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合作猪HMOX1基因的克隆及生物信息学分析 被引量:7
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作者 王伟 杨巧丽 +5 位作者 谢开会 杨姣姣 闫尊强 王鹏飞 马艳萍 滚双宝 《基因组学与应用生物学》 CAS CSCD 北大核心 2020年第9期3919-3928,共10页
本研究旨在对合作猪血红素加氧酶1(heme oxygenase 1,HMOX1)基因进行克隆及分析其相关生物信息学。本试验以NCBI数据库中已知的野猪HMOX1基因mRNA序列为模板设计特异性引物,应用RT-PCR技术扩增得到CDS区全长序列,采用生物信息学分析软... 本研究旨在对合作猪血红素加氧酶1(heme oxygenase 1,HMOX1)基因进行克隆及分析其相关生物信息学。本试验以NCBI数据库中已知的野猪HMOX1基因mRNA序列为模板设计特异性引物,应用RT-PCR技术扩增得到CDS区全长序列,采用生物信息学分析软件对合作猪HMOX1基因序列特征、同源性以及编码产物的理化性质、二级结构和三级结构、亚细胞定位、潜在信号肽剪切位点、跨膜结构域、亲疏水性、保守结构域、激酶磷酸化修饰位点等进行预测分析。结果表明,合作猪HMOX1基因CDS全长867 bp,编码288个氨基酸,与NCBI中公布的野猪(NM001004027.1)HMOX1基因核苷酸同源性为99%,氨基酸同源性为99.3%,并发现在第450 bp处T>C为同义突变;第706 bp处A>G和第802 bp处A>G为错义突变,导致第236位和第268位的异亮氨酸均突变为缬氨酸。合作猪与野猪、绵羊、牛、犬、兔、人、猫、马、小鼠、大鼠和鸡的氨基酸同源性分别为99.3%、86.5%、85.5%、84.7%、84.0%、82.6%、82.6%、81.4%、78.9%、77.2%和61.5%;系统进化树分析发现合作猪与野猪亲缘关系最近,与鸡的亲缘关系最远。合作猪该基因编码产物具有亲水性和不稳定性,二级结构以α-螺旋为主,主要定位于分泌系统囊泡,不存在信号肽剪切位点,属非分泌蛋白;存在一段跨膜螺旋结构,含有一个Hemeoxygenase保守结构域,44个磷酸化修饰位点。本研究成功克隆出合作猪HMOX1基因CDS全长序列,可为今后HMOX1基因在合作猪高海拔低氧胁迫下的适应性分子机制研究提供科学理论依据。 展开更多
关键词 合作猪 hmox1 克隆 生物信息学分析
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Isoliquiritigenin induces HMOX1 and GPX4-mediated ferroptosis in gallbladder cancer cells 被引量:3
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作者 Zeyu Wang Weijian Li +13 位作者 Xue Wang Qin Zhu Liguo Liu Shimei Qiu Lu Zou Ke Liu Guoqiang Li Huijie Miao Yang Yang Chengkai Jiang Yong Liu Rong Shao Xu’an Wang Yingbin Liu 《Chinese Medical Journal》 SCIE CAS CSCD 2023年第18期2210-2220,共11页
Background:Gallbladder cancer(GBC)is the most common malignant tumor of biliary tract.Isoliquiritigenin(ISL)is a natural compound with chalcone structure extracted from the roots of licorice and other plants.Relevant ... Background:Gallbladder cancer(GBC)is the most common malignant tumor of biliary tract.Isoliquiritigenin(ISL)is a natural compound with chalcone structure extracted from the roots of licorice and other plants.Relevant studies have shown that ISL has a strong anti-tumor ability in various types of tumors.However,the research of ISL against GBC has not been reported,which needs to be further investigated.Methods:The effects of ISL against GBC cells in vitro and in vivo were characterized by cytotoxicity test,RNA-sequencing,quantitative real-time polymerase chain reaction,reactive oxygen species(ROS)detection,lipid peroxidation detection,ferrous ion detection,glutathione disulphide/glutathione(GSSG/GSH)detection,lentivirus transfection,nude mice tumorigenesis experiment and immunohistochemistry.Results:ISL significantly inhibited the proliferation of GBC cells in vitro.The results of transcriptome sequencing and bioinformatics analysis showed that ferroptosis was the main pathway of ISL inhibiting the proliferation of GBC,and HMOX1 and GPX4 were the key molecules of ISL-induced ferroptosis.Knockdown of HMOX1 or overexpression of GPX4 can reduce the sensitivity of GBC cells to ISL-induced ferroptosis and significantly restore the viability of GBC cells.Moreover,ISL significantly reversed the iron content,ROS level,lipid peroxidation level and GSSG/GSH ratio of GBC cells.Finally,ISL significantly inhibited the growth of GBC in vivo and regulated the ferroptosis of GBC by mediating HMOX1 and GPX4.Conclusion:ISL induced ferroptosis in GBC mainly by activating p62-Keap1-Nrf2-HMOX1 signaling pathway and downregulating GPX4 in vitro and in vivo.This evidence may provide a new direction for the treatment of GBC. 展开更多
关键词 ISOLIQUIRITIGENIN Ferroptosis Gallbladder cancer hmox1 GPX4
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基因多态性与新生儿高胆红素血症的关系研究进展 被引量:5
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作者 邵坤 张钢强 周运恒 《临床和实验医学杂志》 2022年第12期1342-1344,F0003,共4页
新生儿高胆红素血症(neonatal hyperbilirubinemia,NH)是新生儿常见的疾病,超过50%的新生儿在出生后的一周内会出现黄疸,也是导致新生儿住院治疗的首要原因[1-3]。误诊或延迟诊断可能会使NH新生儿面临神经功能障碍的风险,严重的NH疾病... 新生儿高胆红素血症(neonatal hyperbilirubinemia,NH)是新生儿常见的疾病,超过50%的新生儿在出生后的一周内会出现黄疸,也是导致新生儿住院治疗的首要原因[1-3]。误诊或延迟诊断可能会使NH新生儿面临神经功能障碍的风险,严重的NH疾病可能会导致胆红素脑病,甚至可能会导致神经系统出现慢性或永久性损伤和后遗症[4]。研究证实,临床的发病因素难以提供真正的病因,遗传变异才是造成这种疾病的根本原因[5]。 展开更多
关键词 新生儿高胆红素血症 基因多态性 UGT1A1 SLCO1B1 hmox1 BLVRA
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基于网络药理学及实验验证辣椒素对急性心肌梗死大鼠的保护作用机制
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作者 魏法权 刘学谦 《现代药物与临床》 CAS 2024年第8期1969-1977,共9页
目的探究辣椒素对急性心肌梗死大鼠的保护作用及相关机制。方法联合TCMSP、DAVID网站进行网络药理学分析,探寻辣椒素抗急性心肌梗死可能的作用靶点及通路。48只SD大鼠随机分为假手术组、模型组、辣椒素(20 mg/kg)组、辣椒素+2-MeoE2(30 ... 目的探究辣椒素对急性心肌梗死大鼠的保护作用及相关机制。方法联合TCMSP、DAVID网站进行网络药理学分析,探寻辣椒素抗急性心肌梗死可能的作用靶点及通路。48只SD大鼠随机分为假手术组、模型组、辣椒素(20 mg/kg)组、辣椒素+2-MeoE2(30 mg/kg)组,各组ig相应药物连续14 d,1次/d。采用心脏超声观察大鼠心肌功能的变化,试剂盒检测血清中心肌酶肌酸激酶(CK)、肌酸激酶同工酶MB(CK-MB)、乳酸脱氢酶(LDH)和心肌肌钙蛋白(cTnT)水平。苏木精–伊红(HE)染色观察心脏组织的组织学变化。实时荧光定量检测低氧诱导因子-1A(HIF-1A)、血管内皮生长因子(VEGF)、血红素加氧酶1(HMOX1)、B淋巴细胞瘤-2(Bcl-2)m RNA的表达。Western blotting检测大鼠心肌组织中HIF-1A、Bcl-2蛋白水平。结果网络药理学研究分析显示辣椒素抗急性心肌梗死靶点富集显著性最高的通路为HIF-1信号通路。动物实验显示,与模型组相比,辣椒素组心肌细胞凋亡率明显减少,血清CK、CK-MB、LDH和c TnT水平均明显下降,左室舒张末期容积(LVEDV)、左室收缩末期容积(LVESV)明显下降,左室短轴的缩短率(LVFS)、左心室射血分数(LVEF)、每搏量(SV)明显增加(P<0.05、0.01),同时HIF-1A、VEGF、HMOX1、Bcl-2 mRNA表达明显增加,HIF-1A、Bcl-2蛋白表达也明显升高(P<0.01)。与辣椒素组相比,辣椒素+2-MeoE2组对急性心肌梗死大鼠的保护作用明显减弱。结论辣椒素可能通过调节HIF-1A、VEGF、HMOX1、Bcl-2等核心靶标,干预HIF-1等信号通路的活性,进而发挥抗急性心肌梗死的作用。 展开更多
关键词 辣椒素 急性心肌梗死 低氧诱导因子-1A 血管内皮生长因子 血红素加氧酶1 B淋巴细胞瘤-2
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儿茶素通过促进胃癌细胞铁死亡增强化疗药物5-FU的杀伤作用
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作者 徐涛 井文君 刘静 《现代肿瘤医学》 CAS 2024年第16期2981-2989,共9页
目的:探讨儿茶素对胃癌化疗效果的影响及机制。方法:使用5-FU(100μg/mL)处理胃癌细胞AGS和GC7901,分别处理0 h、3 h、6 h、9 h、12 h、16 h、24 h,通过PI染色及流式细胞术检测胃癌细胞AGS及GC7901的死亡情况;Western Blot实验检测正常... 目的:探讨儿茶素对胃癌化疗效果的影响及机制。方法:使用5-FU(100μg/mL)处理胃癌细胞AGS和GC7901,分别处理0 h、3 h、6 h、9 h、12 h、16 h、24 h,通过PI染色及流式细胞术检测胃癌细胞AGS及GC7901的死亡情况;Western Blot实验检测正常胃黏膜上皮细胞RGM-1、胃癌细胞AGS和GC7901铁死亡相关特征蛋白谷胱甘肽过氧化酶4(glutathione peroxidase 4,GPX4)、溶质载体家族7成员11(solute carrier family 7 member 11,SLC7A11)及重肽铁蛋白(ferritin heavy polypeptide,FTH)的表达,Image J软件测量灰度值;将胃癌细胞分别设置为对照组、5-FU处理组、5-FU联合Catechin处理组和5-FU联合DMSO处理组,分别通过PI染色及流式细胞术检测细胞死亡,通过C11-BODIPY581/591染色及流式细胞术检测脂质过氧化物积累,通过Western Blot实验检测铁死亡相关特征蛋白的表达,通过吸光光度法检测细胞裂解物中游离Fe^(2+)的含量;分离线粒体和细胞质组分,检测各个分组中线粒体内游离Fe^(2+)含量和细胞质内游离Fe^(2+)含量,并通过Mito-Ferro Green染色进一步验证增量Fe^(2+)的细胞内定位;Western Blot方法检测血红素加氧酶1蛋白(heme oxygenase 1,Hmox1)在各分组中的表达并通过Image J软件测量灰度值;将胃癌细胞分别设置为对照组、5-FU处理组、5-FU组联合Catechin处理组、5-FU联合Catechin和siRNA-NC处理组、5-FU联合Catechin和siRNA-Hmox1处理组,检测线粒体游离Fe^(2+)含量、脂质过氧化物积累及细胞死亡。结果:胃癌细胞在5-FU处理0~12 h内,随处理时间增长死亡率逐渐升高,然而在处理12~24 h内死亡率变化不明显表现出耐药性;胃癌细胞中铁死亡相关特征蛋白GPX4、SLC7A11和FTH的表达量显著高于正常胃黏膜上皮细胞(P<0.05);与对照组相比,处理24 h后,5-FU联合Catechin处理组细胞死亡数量、脂质过氧化物积累都显著升高(P<0.05),同时铁死亡相关特征蛋白GPX4、SLC7A11、FTH的表达量显著降低(P<0.05);5-FU� 展开更多
关键词 儿茶素 5-氟尿嘧啶 细胞铁死亡 二价铁离子 血红素加氧酶1
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Pathological significance of heme oxygenase-1 as a potential tumor promoter in heme-induced colorectal carcinogenesis
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作者 Rachitha Singhabahu Sujani M Vinod Gopalan 《Cancer Pathogenesis and Therapy》 2024年第2期65-73,共9页
The significance of the heme-metabolizing enzyme heme oxygenase-1(HMOx1)in the pathogenesis of colorectal cancer(CRC)has not been fully explored.HMOx1 cytoprotection is imperative to limit oxidative stress.However,its... The significance of the heme-metabolizing enzyme heme oxygenase-1(HMOx1)in the pathogenesis of colorectal cancer(CRC)has not been fully explored.HMOx1 cytoprotection is imperative to limit oxidative stress.However,its roles in preventing carcinogenesis in response to high levels of heme are not thoroughly understood.This study re-views various mechanisms associated with the paradoxical role of HMOx1,which is advantageous for tumor growth,refractoriness,and survival of cancer cells amid oxidative stress in heme-induced CRC.The alternate role of HMOx1 promotes cell proliferation and metastasis through immune modulation and angiogenesis.Inhibiting HMOx1 has been found to reverse tumor promotion.Thus,HMOx1 acts as a conditional tumor promoter in CRC pathogenesis. 展开更多
关键词 HEME CARCINOGENESIS Colorectal cancer hmox1 PROMOTER
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多囊卵巢综合征关键基因的筛选及其与疾病进展和预后的相关性分析
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作者 孙奎奎 杨微微 +4 位作者 王文靖 郝颖新 郭波 任晨春 鞠明艳 《天津医科大学学报》 2023年第6期609-616,共8页
目的:通过生物信息学方法筛选多囊卵巢综合征(PCOS)的关键基因并分析其与PCOS进展和预后的相关性。方法:在GEO数据库中下载GSE34526数据集的表达谱,利用R软件筛选数据集中PCOS患者卵巢颗粒细胞(n=7)和正常颗粒细胞(n=3)的差异表达基因(D... 目的:通过生物信息学方法筛选多囊卵巢综合征(PCOS)的关键基因并分析其与PCOS进展和预后的相关性。方法:在GEO数据库中下载GSE34526数据集的表达谱,利用R软件筛选数据集中PCOS患者卵巢颗粒细胞(n=7)和正常颗粒细胞(n=3)的差异表达基因(DEGs),对DEGs进行基因本体论(GO)和京都百科全书基因和基因组(KEGG)富集分析,识别关键基因。使用单样本基因富集分析(ssGSEA)评分量化每个PCOS样本中的免疫信号的富集水平,进行抗肿瘤免疫和促肿瘤抑制评分。利用人类蛋白质图谱数据库(HPA)分析关键基因在卵巢癌(OC)、乳腺癌(BRCA)和子宫内膜癌(UCEC)中的蛋白表达水平,绘制ROC曲线分析3年、5年和10年癌症生存率。结果:本研究共筛选出16个DEGs,GO和KEGG分析结果显示DEGs在PCOS患者的细胞黏附分子(CAMs)、补体和凝血级联、上皮细胞迁移和炎症反应的正向调控等通路中富集,进一步筛选出2个关键基因,ITGAM和HMOX1。二者与促炎免疫细胞(如巨噬细胞、MDSCs、中性粒细胞、浆细胞样树突状细胞、调节性T细胞)的相关性分析显示,ITGAM(P分别为0.001、<0.001、0.051、0.04、<0.001)和HMOX1(P分别为<0.001、0.001、<0.001、<0.001、0.001)与以上促炎免疫细胞呈正相关,即发挥促炎作用。在OC、BRCA和UCEC组织中,ITGAM和HMOX1蛋白水平较高,而对照组无表达。作为不良预后因素,ITGAM显著影响PCOS继发的OC患者的生存(P=0.0046),ITGAM在OC中3、5、10年生存预测率ROC曲线下面积(AUC)均>0.5,其中10年AUC>0.59。HMOX1在BRCA、OC和UCEC中的3年AUC>0.5,在BRCA中的10年AUC>0.6,均有较好的预测效能。ITGAM+HMOX1联合预测在BRCA中的3、5、10年AUC分别为0.51、0.498、0.606,在OC中分别为0.563、0.537、0.481,在UCEC中分别为0.556、0.479、0.472。结论:ITGAM和HMOX1可以作为PCOS的潜在诊断和治疗靶点,其表达水平可以评价PCOS病情发展及预后。 展开更多
关键词 多囊卵巢综合征 生物信息学分析 ITGAM hmox1
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pcDNA3.1-HMOX1重组质粒载体的构建与鉴定 被引量:5
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作者 陈敬林 黄湘 +3 位作者 谭家余 李冬秀 袁春雷 万志丹 《广东医学》 CAS 北大核心 2015年第2期189-191,共3页
目的构建pc DNA3.1-HMOX1重组质粒载体。方法使用基因合成法合成HMOX1基因,在其N端添加Kozak序列及His标签序列,将扩增后的目的基因双酶切连接至pc DNA3.1载体的Bam HⅠ和NotⅠ之间。转化DH5α大肠杆菌后,挑取阳性克隆子进行质粒抽提电... 目的构建pc DNA3.1-HMOX1重组质粒载体。方法使用基因合成法合成HMOX1基因,在其N端添加Kozak序列及His标签序列,将扩增后的目的基因双酶切连接至pc DNA3.1载体的Bam HⅠ和NotⅠ之间。转化DH5α大肠杆菌后,挑取阳性克隆子进行质粒抽提电泳及测序鉴定。结果 p CDNA3.1-HMOX1重组质粒经酶切电泳及DNA测序证实,目的基因HMOX1的序列完全正确,重组质粒载体构建成功。结论成功构建p CDNA3.1-HMOX1融合基因并在DH5α大肠杆菌内表达,为进一步探讨HMOX1的生物学功能奠定了基础。 展开更多
关键词 hmox1 重组质粒 载体构建
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Northern Blot and Immunohistochemistry Analysis of HMOX1Expression in Blue- and Brown-shelled Chickens 被引量:1
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作者 Wang Zhe-peng Liu Rui-fang +1 位作者 Hua Peng-huan Wang An-ru 《Journal of Northeast Agricultural University(English Edition)》 CAS 2013年第3期25-30,F0003,共7页
HMOX1 is an important functional candidate gene for chicken blue egg in view of its role in biosynthesis of biliverdin for blue egg coloration. To elucidate molecular mechanism of blue egg formation, this study detect... HMOX1 is an important functional candidate gene for chicken blue egg in view of its role in biosynthesis of biliverdin for blue egg coloration. To elucidate molecular mechanism of blue egg formation, this study detected expression of HMOX1 in blue-shelled chickens and brown-shelled chickens. Expression and alternative splicing of HMOX1 were detected by Northern blot, expression traits of HO-1 protein in shell glands of blue- (n=4) and brown-shelled (n=4) chickens were analyzed by immunohistochemistry. 3' UTR of HMOX1 was cloned using 3'RACE. Results showed that the expression of HMOX1 at mRNA level had no significant difference between two groups of chickens, but at protein level HO-1 protein was highly expressed in blue-shelled chickens. Immunohistochemistry analysis showed that HO-1 protein expression was predominately located in villus epithelial cell of shell gland. Length of HMOX1 3' UTR were 586 bp. In 3' UTR we found a SNP of rs13866562 showing significant association with blue egg phenotype. Further miRNA prediction showed that it might influence interaction of some miRNAs and target sequences. The data suggested that blue egg is relevant to high expression of HO-1 in villus epithelial cell of shell gland. Further experimental validation for biological relevance of miRNAs is dispensable to elucidate reason for differential expressions of HO-1 protein. 展开更多
关键词 CHICKEN blue egg hmox1 shell gland miRNA
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HMOX1在低氧条件下对胶质瘤干细胞的作用 被引量:1
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作者 宋佳伦 王心正 +2 位作者 吴瑾 李爱玲 满江红 《科学技术与工程》 北大核心 2017年第31期193-198,共6页
HMOX1(Heme Oxygenase 1)属于血红素加氧酶家族,作为血红素分解代谢中的必须酶,在恶性胶质瘤中高表达。脑胶质瘤干细胞(Glioma Stem Cell,GSC)是胶质瘤中的一小群肿瘤细胞,具有无限增殖、自我更新、多向分化的能力,被认为是肿瘤发生、... HMOX1(Heme Oxygenase 1)属于血红素加氧酶家族,作为血红素分解代谢中的必须酶,在恶性胶质瘤中高表达。脑胶质瘤干细胞(Glioma Stem Cell,GSC)是胶质瘤中的一小群肿瘤细胞,具有无限增殖、自我更新、多向分化的能力,被认为是肿瘤发生、复发、转移的根源。本实验通过质谱筛选,发现HMOX1特异性在胶质瘤干细胞中被低氧诱导高表达。目前关于HMOX1蛋白与缺氧环境下GSC的功能相关性未见文献报道。为了研究HMOX1是否在低氧时对GSC有调控作用,我们用慢病毒感染体系在GSC中敲低HMOX1表达,接着对细胞进行1%O_2低氧培养,用Western Blot检测基因干涉效果,用Tumor Sphere形成实验观察GSC细胞表型。实验结果表明,在低氧条件下干涉GSC中HMOX1基因的表达对GSC的生长及存活有明显的抑制。综上所述,HMOX1在GSC中特异性被低氧诱导高表达,且对GSC的生长存活具有调控作用,提示HMOX1有可能是GSC在低氧微环境中的重要调控因子。 展开更多
关键词 hmox1 胶质瘤干细胞 低氧 TUMOR SPHERE
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HMOX1在晶状体上皮细胞中的抗氧化功能 被引量:1
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作者 廖生洁 陈江龙 +3 位作者 张靖淇 王梦蝶 黄炳辉 汪凌云 《湖北理工学院学报》 2021年第5期48-51,54,共5页
为研究HMOX1在晶状体上皮细胞(HLECs)中的抗氧化功能,使用CRISPR-CAS9方法构建了HMOX1敲除细胞系,并使用重组逆转录病毒方法建立了HMOX1稳定过表达细胞系。蛋白质免疫印迹结果显示细胞系均构建成功。使用CCK8检测法观察到HMOX1过表达细... 为研究HMOX1在晶状体上皮细胞(HLECs)中的抗氧化功能,使用CRISPR-CAS9方法构建了HMOX1敲除细胞系,并使用重组逆转录病毒方法建立了HMOX1稳定过表达细胞系。蛋白质免疫印迹结果显示细胞系均构建成功。使用CCK8检测法观察到HMOX1过表达细胞系的细胞存活率显著提高,而敲除细胞系则相反。进一步使用流式细胞术进行ROS水平检测,发现HMOX1过表达细胞系胞内ROS水平显著低于对照细胞系,而敲除HMOX1细胞系的ROS水平则明显升高。这证明了HMOX1在HLECs中具备抗氧化功能。 展开更多
关键词 hmox1 晶状体 白内障 细胞活性 活性氧
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镉暴露上调HMOX1表达的启动子相关活化区域鉴定 被引量:2
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作者 时红杰 薛洁 +2 位作者 时志康 王传付 芈静 《赤峰学院学报(自然科学版)》 2018年第7期93-95,共3页
目的:检测Cd2+处理的He La细胞模型中HMOX1的表达变化,初步探索调控HMOX1转录的启动子的活化区域.方法:通过RT-PCR和Western Blot检测HMOX1m RNA与蛋白水平变化;通过系列报告基因检测初步鉴定HMOX1启动子的活化区域.结果:Cd2+处理的He L... 目的:检测Cd2+处理的He La细胞模型中HMOX1的表达变化,初步探索调控HMOX1转录的启动子的活化区域.方法:通过RT-PCR和Western Blot检测HMOX1m RNA与蛋白水平变化;通过系列报告基因检测初步鉴定HMOX1启动子的活化区域.结果:Cd2+处理的He La细胞模型中,和对照组0h相比,各处理组HMOX1 m RNA与蛋白水平变化显著上调,差异有统计学意义(P<0.05);报告基因检测HMOX1-577-+92启动子片段荧光素酶相对活性显著低于其他组,差异有统计学意义(P<0.05),HMOX1-120-+92启动子片段荧光素酶相对活性也显著降低,差异有统计学意义(P<0.05).结论:Cd2+处理He La细胞模型中,HMOX1 m RNA与蛋白水平显著上调;HMOX1启动子-577^-470片段内存在抑制性转录因子结合位点,-692^-577和-272^-120片段内存在激活性转录因子结合位点. 展开更多
关键词 血红素氧合酶1 转录调控 hmox1
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一种可特异识别Hmox1增强子的人工转录因子的构建
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作者 郭洪峰 魏勇 应大君 《解剖学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2009年第3期333-338,344,F0002,共8页
目的:设计一种可特异识别人血红素加氧酶-1基因(Hmox1)增强子的人T转录因子。方法:以锌指蛋白(ZFP)作为人工转录因子的DNA结合结构域,在人Hmox1增强子上选择一段序列作为锌指蛋白靶序列,提交Zinc finger tools3.0设计得到该锌... 目的:设计一种可特异识别人血红素加氧酶-1基因(Hmox1)增强子的人T转录因子。方法:以锌指蛋白(ZFP)作为人工转录因子的DNA结合结构域,在人Hmox1增强子上选择一段序列作为锌指蛋白靶序列,提交Zinc finger tools3.0设计得到该锌指蛋白的氨基酸序列,通过Swiss Model同源建模,对设计结果进行分析;将锌指蛋白与效应结构域相连组成完整的人工转录因子,用双荧光素酶报告基因检测系统检测其活性。结果:得到了能特异识别人Hmox1增强子的锌指蛋白氨基酸序列,同源建模结果显示其空间结构稳定,所构建的完整人工转录因子经双荧光素酶报告基因检测系统检测能特异上调报告基因的表达。结论:设计得到的人工转录因子经实验验证能特异识别人Hmox1增强子并有效上调报告基因的表达,为进一步构建可上调细胞核内Hmox1表达的人工转录因子奠定了基础。 展开更多
关键词 hmox1 人工转录因子 锌指蛋白 同源建模 双荧光素酶报告基因检测
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The mechanism by which hyperbaric oxygen treatment alleviates spinal cord injury: genome-wide transcriptome analysis
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作者 Zhen-Cheng Sun Fang Liang +3 位作者 Jing Yang Yong Hai Qing-Jun Su Xue-Hua Liu 《Neural Regeneration Research》 SCIE CAS CSCD 2022年第12期2737-2742,共6页
Accumulating studies have demonstrated that hyperbaric oxygen(HBO)treatment alleviates spinal cord injury(SCI).However,the underlying mechanism by which HBO alleviates SCI remains to be elucidated.In this study,we per... Accumulating studies have demonstrated that hyperbaric oxygen(HBO)treatment alleviates spinal cord injury(SCI).However,the underlying mechanism by which HBO alleviates SCI remains to be elucidated.In this study,we performed genome-wide transcriptional profiling of the spinal cord between SCI mice and mice that received HBO treatment by high-throughput RNA sequencing at 1 week after SCI.We also compared genome-wide transcriptional profiles from SCI mice and sham-operated mice.We found 76 differentially co-expressed genes in sham-operated mice,SCI mice,and HBO-treated SCI mice.Using Gene Ontology and Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes enrichment analysis,we identified the biological characteristics of these differentially expressed genes from the perspectives of cell component,biological process,and molecular function.We also found enriched functional pathways including ferroptosis,calcium signaling pathway,serotonergic synapse,hypoxia-inducible factor-1 signaling pathway,cholinergic synapse,and neuroactive ligand-receptor interaction.We performed quantitative reverse transcription-polymerase chain reaction and validated that HBO treatment decreased the expression of Hspb1(heat shock protein beta 1),Hmox1(heme oxygenase 1),Ftl1(ferritin light polypeptide 1),Tnc(tenascin C)and Igfbp3(insulin-like growth factor binding protein 3)and increased the expression of Slc5a7(solute carrier family 5 choline transporter member 7)after SCI.These results revealed the genome-wide transcriptional profile of the injured spinal cord after HBO treatment.Our findings contribute to a better understanding of the mechanism by which HBO treats SCI and may provide new targets for SCI intervention. 展开更多
关键词 Ftl1 genome-wide transcriptome hmox1 Hspb1 hyperbaric oxygen IGFBP3 Slc5a7 spinal cord injury TNC
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SARS-CoV-2 virus NSP14 Impairs NRF2/HMOX1 activation by targeting Sirtuin 1
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作者 Shilei Zhang Jingfeng Wang +2 位作者 Lulan Wang Saba Aliyari Genhong Cheng 《Cellular & Molecular Immunology》 SCIE CAS CSCD 2022年第8期872-882,共11页
Most deaths from the COVID-19 pandemic are due to acute respiratory distress syndrome(ARDS)-related respiratory failure.Cytokine storms and oxidative stress are the major players in ARDS development during respiratory... Most deaths from the COVID-19 pandemic are due to acute respiratory distress syndrome(ARDS)-related respiratory failure.Cytokine storms and oxidative stress are the major players in ARDS development during respiratory virus infections.However,it is still unknown how oxidative stress is regulated by viral and host factors in response to SARS-CoV-2 infection.Here,we found that activation of NRF2/HMOX1 significantly suppressed SARS-CoV-2 replication in multiple cell types by producing the metabolite biliverdin,whereas SARS-CoV-2 impaired the NRF2/HMOX1 axis through the action of the nonstructural viral protein NSP14.Mechanistically,NSP14 interacts with the catalytic domain of the NAD-dependent deacetylase Sirtuin 1(SIRT1)and inhibits its ability to activate the NRF2/HMOX1 pathway.Furthermore,both genetic and pharmaceutical evidence corroborated the novel antiviral activity of SIRT1 against SARS-CoV-2.Therefore,our findings reveal a novel mechanism by which SARS-CoV-2 dysregulates the host antioxidant defense system and emphasize the vital role played by the SIRT1/NRF2 axis in host defense against SARS-CoV-2. 展开更多
关键词 SARS-CoV-2 NRF2 hmox1 NSP14 SIRT1 Oxidative stress
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Use of network pharmacology and molecular docking to explore the potential mechanism governing the efficacy of Jinhuaqinggan granules in the treatment of novel coronavirus-induced pneumonia
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作者 Heng Xu Jin-Min Zhang +3 位作者 Yi-Zhuo Qiao Wei Zhang Zi-Tong Fu Qing Zhao 《Precision Medicine Research》 2020年第2期78-94,共17页
Background:Now that the epidemic of new coronavirus pneumonia(corona virus disease 2019)is spreading all over the world,Jinhuaqinggan granules in the Chinese treatment plan has been proved to be an effective Chinese p... Background:Now that the epidemic of new coronavirus pneumonia(corona virus disease 2019)is spreading all over the world,Jinhuaqinggan granules in the Chinese treatment plan has been proved to be an effective Chinese patent medicine for the treatment of corona virus disease 2019.Methods:This study aims to clarify the possible therapeutic mechanism governing the efficacy of Jinhuaqinggan granules in the treatment of corona virus disease 2019,through using network pharmacology and molecular docking.During the analysis,227 active components were obtained and screened by using the ADME method.Furthermore,282 Jinhuaqinggan granule targets and 56 common targets with corona virus disease 2019 were gathered from various databases.Then the protein-protein interaction network of Jinhuaqinggan granules and corona virus disease 2019 targets were constructed and 6 core targets were selected through network topology analysis.In addition,A total of 262 biological function annotation entries(P<0.01)and 101 pathways(P<0.01)were obtained by gene ontology functional enrichment analysis and Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes pathway analysis.Results:Molecular docking showed that quercetin,luteolin,kaempferol,wogonin and naringin had an affinity for SARS-CoV-23CL hydrolase and angiotensin-converting enzyme 2.Conclusion:corona virus disease 2019 can be prevented by the primary targets of Jinhuaqinggan granules.The most important bioactive components in Jinhuaqinggan granules-quercetin,naringenin,luteolin and wogonin-can play antiviral effect,anti-inflammatory storm,regulate immunity by regulating signal transducers and activators of transcription 1,interleukin 4,interferon-γ,heme oxygenase 1 and acting on the lipopolysaccharide response,toll-like receptor signaling pathway,mitogen-activated protein kinase signaling pathway,etc. 展开更多
关键词 COVID-19 Jinhuaqinggan granules Signaling pathway STAT1 hmox1 IFNG IL4
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Heme oxygenase 1 linked to inactivation of subchondral osteoclasts in osteoarthritis
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作者 Miao CHU Guangdong CHEN +6 位作者 Kai CHEN Pengfei ZHU Zhen WANG Zhonglai QIAN Huaqiang TAO Yaozeng XU Dechun GENG 《Journal of Zhejiang University-Science B(Biomedicine & Biotechnology)》 SCIE CAS CSCD 2024年第6期513-528,共16页
Osteoarthritis(OA)is a chronic progressive osteoarthropathy in the elderly.Osteoclast activation plays a crucial role in the occurrence of subchondral bone loss in early OA.However,the specific mechanism of osteoclast... Osteoarthritis(OA)is a chronic progressive osteoarthropathy in the elderly.Osteoclast activation plays a crucial role in the occurrence of subchondral bone loss in early OA.However,the specific mechanism of osteoclast differentiation in OA remains unclear.In our study,gene expression profiles related to OA disease progression and osteoclast activation were screened from the Gene Expression Omnibus(GEO)repository.GEO2R and Funrich analysis tools were employed to find differentially expressed genes(DEGs).Gene Ontology(GO)and Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes(KEGG)enrichment analyses demonstrated that chemical carcinogenesis,reactive oxygen species(ROS),and response to oxidative stress were mainly involved in osteoclast differentiation in OA subchondral bone.Furthermore,fourteen DEGs that are associated with oxidative stress were identified.The first ranked differential gene,heme oxygenase 1(HMOX1),was selected for further validation.Related results showed that osteoclast activation in the pathogenesis of OA subchondral bone is accompanied by the downregulation of HMOX1.Carnosol was revealed to inhibit osteoclastogenesis by targeting HMOX1 and upregulating the expression of antioxidant protein in vitro.Meanwhile,carnosol was found to alleviate the severity of OA by inhibiting the activation of subchondral osteoclasts in vivo.Our research indicated that the activation of osteoclasts due to subchondral bone redox dysplasia may serve as a significant pathway for the advancement of OA.Targeting HMOX1 in subchondral osteoclasts may offer novel insights for the treatment of early OA. 展开更多
关键词 OSTEOCLAST Oxidative stress Osteoarthritis(OA) Heme oxygenase 1(hmox1) CARNOSOL
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无量山乌骨鸡HMOX 1基因克隆、生物信息学分析及组织表达研究
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作者 殴小嫚 刘明欢 +3 位作者 吴芸 郭爱伟 李秋玉 陈粉粉 《中国畜牧兽医》 CAS CSCD 北大核心 2023年第11期4381-4391,共11页
【目的】扩增无量山乌骨鸡血红素加氧酶1(heme oxygenase 1,HMOX1)基因CDS区并进行生物信息学分析,检测其组织表达特征,为后续该基因的功能研究奠定基础。【方法】以无量山乌骨鸡皮下脂肪组织cDNA为模板,PCR扩增HMOX 1基因,连接PESI-T... 【目的】扩增无量山乌骨鸡血红素加氧酶1(heme oxygenase 1,HMOX1)基因CDS区并进行生物信息学分析,检测其组织表达特征,为后续该基因的功能研究奠定基础。【方法】以无量山乌骨鸡皮下脂肪组织cDNA为模板,PCR扩增HMOX 1基因,连接PESI-T载体后进行测序分析,使用DNAMAN软件对所获序列进行翻译并与原鸡进行序列比对;使用BLAST、Mega 7.0、SOPMA、ProtParam和ExPASy等在线软件进行相似性比对、系统进化树构建、编码蛋白的理化性质及蛋白结构预测;利用STRING软件预测HMOX1互作蛋白;通过实时荧光定量PCR检测HMOX 1基因在无量山乌骨鸡不同组织中的表达水平。【结果】无量山乌骨鸡HMOX 1基因CDS区长为891 bp,编码296个氨基酸,与原鸡HMOX 1基因(登录号:NM_205344.1)核苷酸序列相比存在3处突变,其中2处为同义突变,第217 bp处G>C为错义突变,导致第73位的天冬氨酸突变为甘氨酸。HMOX 1基因与原鸡和日本鹌鹑的氨基酸序列相似性较高(99.6%和95.0%),与马的相似性最低(60.2%)。系统进化树分析发现,无量山乌骨鸡与原鸡和日本鹌鹑亲缘关系较近,与非禽类的亲缘关系较远。HMOX1蛋白具有不稳定性和亲水性,主要定位在细胞质中,不存在信号肽裂解位点,属于非分泌蛋白;存在1个跨膜螺旋结构,共有47个磷酸化修饰位点;二级结构以α-螺旋为主。HMOX1蛋白与HMOX2、BLVRA、HEPH、CP、COX10等10个蛋白可能存在相互作用。组织表达分析发现,HMOX 1基因在无量山乌骨鸡各组织中均有表达,其中在肝脏中表达量最高,在心脏中表达量最低。【结论】无量山乌骨鸡HMOX 1基因CDS区长为891 bp,编码296个氨基酸;预测其与10个蛋白存在相互作用;HMOX 1基因在无量山乌骨鸡肝脏组织中高表达。研究结果为进一步探究HMOX 1基因在鸡脂代谢中的作用及功能提供了理论依据。 展开更多
关键词 无量山乌骨鸡 hmox 1基因 克隆 生物信息学 组织表达
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基于蛋白质组学探讨消癌解毒方调控Nrf2/HMOX1通路促进肝癌细胞铁死亡的作用机制
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作者 李文婷 张淇 +5 位作者 吴勉华 李黎 姜泽群 张羽 杨卫豪 费凡 《南京中医药大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2023年第12期1179-1188,共10页
目的通过蛋白质组学方法探讨消癌解毒方促进肝癌小鼠肿瘤细胞铁死亡,抑制移植瘤生长的作用机制。方法C57BL/6J小鼠随机分为模型组、消癌解毒方低剂量组、消癌解毒方高剂量组、消癌解毒方联合铁死亡抑制剂组、铁死亡抑制剂组、顺铂组。构... 目的通过蛋白质组学方法探讨消癌解毒方促进肝癌小鼠肿瘤细胞铁死亡,抑制移植瘤生长的作用机制。方法C57BL/6J小鼠随机分为模型组、消癌解毒方低剂量组、消癌解毒方高剂量组、消癌解毒方联合铁死亡抑制剂组、铁死亡抑制剂组、顺铂组。构建H22小鼠移植瘤模型,消癌解毒方低、高剂量组予消癌解毒方灌胃,剂量分别为(10、20 g·kg^(-1)·d^(-1));铁死亡抑制剂组予Liproxstatin-1腹腔注射,剂量为10 mg·kg^(-1)·d^(-1);顺铂组予顺铂腹腔注射,剂量为10 mg·kg^(-1)·d^(-1);消癌解毒方联合铁死亡抑制剂组予消癌解毒方(20 g·kg^(-1)·d^(-1))灌胃以及Liproxstatin-1(10 mg·kg^(-1)·d^(-1))腹腔注射,模型组灌胃等量生理盐水。连续给药11 d后剥取瘤体计算抑瘤率;HE染色检测病理变化;透射电镜观察线粒体结构变化;流式细胞术检测瘤体组织活性氧(ROS)水平;制备血清以TMT肽段标记结合LC-MS/MS寻找差异蛋白表达谱、应用IPA软件进行分析;生化检测血清铁离子、还原型谷胱甘肽(GSH)及丙二醛(MDA)含量;Western blot法检测核因子E2相关因子2(Nrf2)、血红素加氧酶-1(HMOX1)、胱氨酸/谷氨酸逆向转运蛋白(SLC7A11)和谷胱甘肽过氧化物酶4(GPX4)的蛋白表达水平。结果消癌解毒方低、高剂量及顺铂能抑制瘤体生长,抑瘤率分别为36.12%、51.63%、57.43%,铁死亡抑制剂促进了瘤体的生长,抑瘤率为-45.56%,消癌解毒方联合铁死亡抑制剂组瘤体较铁死亡抑制剂组缩小,抑瘤率为18.11%;HE染色显示消癌解毒方高剂量组、顺铂组瘤体组织出现凋亡细胞及大量空泡蓄积;透射电镜结果显示,消癌解毒方低、高剂量组出现一定程度的线粒体萎缩及膜密度增加;流式结果显示:消癌解毒方干预后ROS水平明显升高(P<0.01);蛋白质组学检测显示,消癌解毒方高剂量组与模型组相比差异蛋白共129个,其中下调蛋白62个,上调蛋白67个,差异表达涉及脂质代� 展开更多
关键词 消癌解毒方 Nrf2/hmox1通路 氧化应激 脂质过氧化 铁死亡
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牦牛HMOX1基因克隆及生物信息学分析 被引量:1
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作者 张雅欣 张雅洁 +4 位作者 李睿思 唐甜 吴贝宁 麻俊渊 杨妍梅 《现代畜牧兽医》 2022年第8期10-15,共6页
研究旨在克隆牦牛血红素加氧酶1(HMOX1)基因,并对其进行生物信息学分析。采用牦牛肺脏组织为材料,根据NCBI数据库公布的牦牛的HMOX1基因序列,利用primer 5.0软件进行引物设计,通过PCR扩增的方法克隆HMOX1基因CDS区序列,并利用在线软件... 研究旨在克隆牦牛血红素加氧酶1(HMOX1)基因,并对其进行生物信息学分析。采用牦牛肺脏组织为材料,根据NCBI数据库公布的牦牛的HMOX1基因序列,利用primer 5.0软件进行引物设计,通过PCR扩增的方法克隆HMOX1基因CDS区序列,并利用在线软件对其编码蛋白进行理化性质、疏水性、跨膜结构域、信号肽、亚细胞定位、磷酸化位点、二级结构、三级结构、同源性和系统进化树的预测分析。结果显示,牦牛HMOX1基因CDS区包含870个核苷酸,编码289个氨基酸,分子量为32876.64,理论等电点为6.68;疏水性分析结果显示,该蛋白为亲水性蛋白,存在1个跨膜结构区域,不存在信号肽;亚细胞定位预测可能为胞质蛋白;预测该蛋白有14个丝氨酸磷酸化位点、17个苏氨酸磷酸化位点和11个酪氨酸磷酸化位点;二级结构和三级结构预测以α-螺旋和无规则卷曲为主;同源性分析表明,牦牛与牛的亲缘关系最近。 展开更多
关键词 牦牛 hmox1基因 克隆 生物信息学分析
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