新型人冠状病毒HCoV-NL63和HCoV-HKU1的研究进展 被引量：12

1

作者 陆柔剑 谭文杰 阮力 《生物技术通讯》 CAS 2008年第1期93-96,共4页

多年来,人们公认的人冠状病毒包括HCoV-229E和HCoV-OC43等2株。但2002—2003年,由一种新型人冠状病毒SARS-CoV所引发的全球范围的严重急性呼吸综合征(SARS)的流行,使多国蒙受巨大损失,由此,冠状病毒又成为研究的焦点。随着分子生物学技... 多年来,人们公认的人冠状病毒包括HCoV-229E和HCoV-OC43等2株。但2002—2003年,由一种新型人冠状病毒SARS-CoV所引发的全球范围的严重急性呼吸综合征(SARS)的流行,使多国蒙受巨大损失,由此,冠状病毒又成为研究的焦点。随着分子生物学技术的发展,2004—2005年,又发现了2种新型人冠状病毒HCoV-NL63和HCoV-HKU1。在此,就这2种病毒的发现、流行情况,及其与疾病的相关性做一简要综述。 展开更多

关键词 人冠状病毒 hcov-nl63 hcov-HKU1 呼吸道疾病

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福州地区重症呼吸道感染患儿中4种人冠状病毒的检测与分析 被引量：10

2

作者 修文琼 郑奎城 +4 位作者 吴冰珊 黄萌 谢剑锋 康育兰 刘光华 《中华实验和临床病毒学杂志》 CAS CSCD 2017年第5期429-433,共5页

目的 了解4种人冠状病毒（HCoV-HKU1、HCoV-NL63、HCoV-OC43、HCoV-229E）在福州急性重症下呼吸道感染患儿中的感染状况及临床意义.方法 收集2007年11月至2015年1月因呼吸道感染住进医院儿科重症监护病房的小儿鼻咽抽取物标本,共计266份... 目的 了解4种人冠状病毒（HCoV-HKU1、HCoV-NL63、HCoV-OC43、HCoV-229E）在福州急性重症下呼吸道感染患儿中的感染状况及临床意义.方法 收集2007年11月至2015年1月因呼吸道感染住进医院儿科重症监护病房的小儿鼻咽抽取物标本,共计266份.通过RT-PCR法先用一对通用引物对人冠状病毒pol基因片段进行检测.测序并BLAST比对分析8份阳性产物.对用HCoV通用引物检测阳性的标本,再分别用两种人新型冠状病毒HCoV-HKU1和HCoV-NL63的特异性引物进行扩增检测.对这8株病毒进行系统进化分析.结果 检出8例HCoV感染阳性病例,检出率3.0％.其中2例感染HCoV-HKU1,1例感染HCoV-NL63,1例感染HCoV-229E,4例感染HCoV-OC43.在这266例住院患儿中HCoV-HKU1感染的检出率约为0.75％;HCoV-NL63和HCoV-229E感染的检出率约为0.38％;HCoV-OC43感染的检出率约为1.50％.检测出两例HCoV-HKU1与人副流感病毒3型（HPIV-3）的混合感染.系统进化分析表明这8株HCoV分成4簇,2株HCoV-HKU1属于HKU1基因型A.结论 4种人冠状病毒可能是儿童下呼吸道感染中较为重要的病原. 展开更多

关键词 呼吸道感染 人冠状病毒 hcov-HKU1 hcov—nl63 hcov-OC43 hcov-229E

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福州地区儿童急性呼吸道感染与人类冠状病毒NL63 被引量：9

3

作者 曾秀雅 伍严安 +4 位作者 吴小青 陈发林 陈发文 赵采 马晓宁 《福建医科大学学报》 2008年第1期76-79,共4页

目的探讨福州地区小儿急性呼吸道感染是否与人类冠状病毒NL63(HCoV-NL63)相关。方法收集211份急性呼吸道感染(ARTI)患儿鼻咽分泌物,RT-PCR法对HCoV-NL631b基因进行筛查,阳性者再对HCoV-NL631a基因进行扩增并与GenBank中相关序列进行比... 目的探讨福州地区小儿急性呼吸道感染是否与人类冠状病毒NL63(HCoV-NL63)相关。方法收集211份急性呼吸道感染(ARTI)患儿鼻咽分泌物,RT-PCR法对HCoV-NL631b基因进行筛查,阳性者再对HCoV-NL631a基因进行扩增并与GenBank中相关序列进行比较。结果HCoV-NL631b基因阳性标本3份(1.4%),用HCoV-NL631a基因扩增也得到阳性结果,PCR产物测序后与基因库中多株HCoV-NL63Ⅰa基因比较,同源性98%～99%。结论福州地区部分儿童急性呼吸道感染与HCoV-NL63有关。 展开更多

关键词 呼吸道感染 急性病 冠状病毒属 hcov—nl63 福建

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重庆地区儿童中人冠状病毒流行情况分析 被引量：6

4

作者 谢燕丕 陈昕 +3 位作者 杜丽娜 佘微微 李荣培 赵晓东 《中国生物制品学杂志》 CAS CSCD 2011年第4期464-468,共5页

目的了解重庆地区住院患儿所患急性呼吸道感染与人冠状病毒(Human coronavirus,HCoV)HCoV-HKU1、HCoV-NL63、HCoV-OC43和HCoV-229E的相关性,并分析这4种HCoV的流行特征。方法采集2007年4月～2009年3月于重庆医科大学附属儿童医院因急性... 目的了解重庆地区住院患儿所患急性呼吸道感染与人冠状病毒(Human coronavirus,HCoV)HCoV-HKU1、HCoV-NL63、HCoV-OC43和HCoV-229E的相关性,并分析这4种HCoV的流行特征。方法采集2007年4月～2009年3月于重庆医科大学附属儿童医院因急性呼吸道感染住院的996份患儿的鼻咽部分泌物,经RT-PCR检测排除呼吸道合胞病毒(Respiratory syncytial virus,RSV)和人偏肺病毒(Human metapneumovirus,hMPV)阳性标本460份,采用RT-PCR法对536份RSV和hMPV阴性标本进行HCoV检测。结果 536份标本中共检出HCoV阳性10份,阳性率为1.86%,其中HCoV-HKU1 3份(0.56%),HCoV-NL63 4份(0.74%),HCoV-OC43 3份(0.56%),HCoV-229E 0份;10例患儿中男性9例,女性1例,年龄分布为0～5个月6例(60%),6～11个月2例(20%),12～23个月1例(10%),2～3岁1例(10%);3岁以上的未发现。HCoV感染呈全年散发,其中HCoV-HKU1感染集中在冬春季,HCoV-NL63和HCoV-OC43感染集中在夏秋季。HCoV感染的临床症状表现为发热、咳嗽、痰、喘息、呕吐和腹泻;临床诊断为支气管肺炎4例,间质性肺炎3例,迁延性肺炎1例,毛细支气管炎1例、急性喉气管支气管炎1例,其中有6例合并症状性腹泻。结论重庆地区因急性呼吸道感染住院的患儿中HCoV感染率较低,HCoV可引起下呼吸道感染和消化道感染。 展开更多

关键词 冠状病毒属 hcov-HKU1 hcov-nl63 流行病学

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基于颜色判定的RT-LAMP技术检测HCoV-NL63冠状病毒基因 被引量：4

5

作者 耿合员 汪圣强 +4 位作者 谢晓谦 肖雨 张汀 谭文杰 苏川 《病毒学报》 CAS CSCD 北大核心 2016年第1期56-61,共6页

建立了一种适合于国境口岸简便、快速、灵敏和特异检测人冠状病毒NL63(HCoV-NL63)的核酸检测方法。通过建立基于颜色判定的逆转录环介导等温扩增(Reverse transcription loop-mediated isothermal amplification,RT-LAMP)技术,针对HCoV-... 建立了一种适合于国境口岸简便、快速、灵敏和特异检测人冠状病毒NL63(HCoV-NL63)的核酸检测方法。通过建立基于颜色判定的逆转录环介导等温扩增(Reverse transcription loop-mediated isothermal amplification,RT-LAMP)技术,针对HCoV-NL63核衣壳蛋白(Nucleocapsid,N)基因序列设计出6条特异性引物,在等温条件下(63℃)进行扩增反应60min,在扩增前加入钙黄绿素作为反应指示剂,并结合浊度仪进行实时监测,以最终反应颜色变化作为结果判断标准。利用该方法对同种属其他人冠状病毒、诺如病毒、流感病毒进行检测,以分析该方法的诊断特异性。应用该方法对梯度稀释的HCoV-NL63病毒RNA进行检测,以分析该方法的诊断灵敏性,并与常规real-time RT-PCR方法进行比较。结果显示,本研究建立的基于颜色判定的RT-LAMP方法在短时间内(40min)即可达到对HCoV-NL63的快速检测。该检测方法与加入其它病毒RNA模板溶液颜色均不产生改变,具有较高的检测特异性。检测灵敏性最低检测下限为1 600拷贝/反应。本研究建立的基于颜色判定的RT-LAMP方法可实现对HCoV-NL63冠状病毒现场快速检测,具有在国境口岸以及基层医疗机构和疫区现场推广应用的潜力。 展开更多

关键词 hcov-nl63 RT-LAMP 快速检测

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HcoV-NL63——一种新发现的呼吸道感染病毒病原 被引量：5

6

作者 邢江峰（综述） 钱渊（审校） 《国际病毒学杂志》 2007年第3期75-79,共5页

人冠状病毒NL63（Human coronavirus NL63，HCoV-NL63）是2004年4月荷兰学者van der Hoek L等首先报道发现的一种与呼吸道疾病有关的新的人冠状病毒，它是一单股正链RNA病毒，属于冠状病毒科冠状病毒属。感染后可以引起上、下呼吸道感... 人冠状病毒NL63（Human coronavirus NL63，HCoV-NL63）是2004年4月荷兰学者van der Hoek L等首先报道发现的一种与呼吸道疾病有关的新的人冠状病毒，它是一单股正链RNA病毒，属于冠状病毒科冠状病毒属。感染后可以引起上、下呼吸道感染，在儿童和免疫力低下的人群中的感染率较高，可与其它病毒合并感染，也可单独感染而引起发病。目前检测HCoV—NL63的方法主要是RT—PCR。 展开更多

关键词 呼吸道感染 呼吸道病毒 人冠状病毒 hcov—nl63

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新型人冠状病毒NL63膜蛋白(M)基因的序列分析及其抗原表位预测分析 被引量：2

7

作者 朱汝南 邢江峰 +4 位作者 钱渊 赵林清 邓洁 王芳 孙宇 《中华微生物学和免疫学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2007年第9期775-778,共4页

目的了解新发现的、与北京地区婴幼儿急性呼吸道感染相关的人冠状病毒HCoV- NL63的主要结构蛋白——膜蛋白(M)的基因特征。方法分别从2份已确认为HCoV-NL63阳性的、取自急性呼吸道感染患儿的标本(BJ3140和BJ8081)中用RT-PCR方法扩增得到... 目的了解新发现的、与北京地区婴幼儿急性呼吸道感染相关的人冠状病毒HCoV- NL63的主要结构蛋白——膜蛋白(M)的基因特征。方法分别从2份已确认为HCoV-NL63阳性的、取自急性呼吸道感染患儿的标本(BJ3140和BJ8081)中用RT-PCR方法扩增得到其M蛋白的全基因,在对其进行了序列分析的基础上对推导出的M蛋白的抗原表位进行了预测分析。结果BJ3140和BJ8081的M蛋白编码基因全长681bp,编码一个含226个氨基酸的蛋白。BJ3140和BJ8081之间M基因的核苷酸和氨基酸同源性分别为99.1%和99.6%;与HCoV-NL63原型株有很高的核苷酸(99.1%～99.7%)和氨基酸同源性(99.6%和98.7%),而与HCoV-229E的氨基酸同源性为61.3%,与HCoV- OC43和SARS-CoV氨基酸同源性则低于31.0%。BJ3140和BJ8081的M蛋白N端21个氨基酸位于病毒包膜外区,随后是3次跨膜区,最后是较长的包膜内区。不同方法的预测结果显示BJ3140的M蛋白的B细胞表位优势肽段多位于C-末端包膜内区域。结论从北京地区婴幼儿HCoV-NL63感染阳性的呼吸道标本中扩增得到的M蛋白编码基因与HCoV-NL63原型株有很高的同源性,具有与其他冠状病毒M蛋白相似的结构特征。 展开更多

关键词 人冠状病毒 hcov-nl63 膜蛋白

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HCoV-NL63 N蛋白不同片段的表达纯化及血清学检测应用分析 被引量：2

8

作者 赵敏 张庭瑛 +4 位作者 周为民 赵国霞 张陵林 高基民 谭文杰 《病毒学报》 CAS CSCD 北大核心 2011年第3期244-249,共6页

将HCoV-NL63核衣壳蛋白N端（Np1~154aa）、C端（Cp141~306aa）基因片段克隆到原核表达载体pET30a（＋）上进行原核表达,制备相应的纯化蛋白Np、Cp蛋白,利用Np、Cp蛋白建立基于Western-Blot条带印迹的HCoV-NL63抗体检测法,并与基于全长N... 将HCoV-NL63核衣壳蛋白N端（Np1~154aa）、C端（Cp141~306aa）基因片段克隆到原核表达载体pET30a（＋）上进行原核表达,制备相应的纯化蛋白Np、Cp蛋白,利用Np、Cp蛋白建立基于Western-Blot条带印迹的HCoV-NL63抗体检测法,并与基于全长N蛋白（Nf）的HCoV-NL63抗体检测法相平行筛查了50份成年体检血清。结果显示：50份成年体检血清中,采用Nf、Np、Cp分别检出25、27、36份HCoV-NL63抗体阳性血清,检出率分别为50%、54%、72%。不同N蛋白与血清反应抗体阳性谱存在差异,其中Np与Nf检出一致率为64%,Cp与Nf检出一致率为54%,而Np与Cp检出一致率为54%。本研究表明人冠状病毒NL63在我国人群中感染常见,N蛋白C端（Cp）检出率比全长N（Nf）及N端（Np）要高,Nf、Np、Cp在抗体检测上存在不一致性。这为HCoV-NL63血清学试剂研发及免疫学研究提供了依据与实验基础。 展开更多

关键词 hcov-nl63 原核表达 核衣壳蛋白 Western-Blot条带印迹 血清学检测

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人冠状病毒NL63的研究进展 被引量：2

9

作者 李娜 井申荣 曾韦锟 《云南大学学报（自然科学版）》 CAS CSCD 北大核心 2009年第S1期499-501,508,共4页

2003年严重急性呼吸综合征(SARS)的爆发,使人冠状病毒成为研究的焦点.2004年又发现一种新型的人冠状病毒NL63,引起婴幼儿及免疫低下人群严重的临床症状,同时由于与SARS-CoV的相似性,使其成为研究SARS-CoV致病机理的重要工具.就HCoV-NL6... 2003年严重急性呼吸综合征(SARS)的爆发,使人冠状病毒成为研究的焦点.2004年又发现一种新型的人冠状病毒NL63,引起婴幼儿及免疫低下人群严重的临床症状,同时由于与SARS-CoV的相似性,使其成为研究SARS-CoV致病机理的重要工具.就HCoV-NL63的基因组特点,转录机制及感染过程的分子机制做一简要综述. 展开更多

关键词 人冠状病毒 hcov-nl63 基因组 分子机制

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人冠状病毒NL63棘突蛋白的研究进展 被引量：2

10

作者 赵国霞 高基民 谭文杰 《生物技术通讯》 CAS 2010年第6期879-882,共4页

20世纪60年代以前,人们普遍认为只有2种人冠状病毒(HCoV)HCoV-229E和HCoV-OC43感染人类,2002～2003年出现的由SARS-CoV引发的严重急性呼吸综合征(SARS)的流行使人冠状病毒又一次成为研究的焦点,2004年又发现了一种新的人冠状病毒HCoV-N... 20世纪60年代以前,人们普遍认为只有2种人冠状病毒(HCoV)HCoV-229E和HCoV-OC43感染人类,2002～2003年出现的由SARS-CoV引发的严重急性呼吸综合征(SARS)的流行使人冠状病毒又一次成为研究的焦点,2004年又发现了一种新的人冠状病毒HCoV-NL63。在此,主要就HCoV-NL63,特别是其主要结构蛋白——棘突蛋白的研究进展做一简要综述。 展开更多

关键词 人冠状病毒 hcov-nl63 棘突蛋白

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人冠状病毒HCoV-HKU1和HCoV-NL63双重实时荧光RT-PCR检测方法的研究 被引量：1

11

作者 刘胜牙 朱玉兰 +3 位作者 张树平 谢聪贤 甄胜西 李微 《中国国境卫生检疫杂志》 CAS 2014年第3期158-162,共5页

目的建立一种快速、灵敏、高效的人冠状病毒HKU1(HCoV-HKU1)和NL63(HCoV-NL63)双重实时荧光RTPCR检测方法。方法根据GENBANK数据库中HCoV-HKU1和HCoV-NL63的基因序列,利用BIOEDIT5.0软件进行序列比对分析,选择基因组的保守序列,并借助... 目的建立一种快速、灵敏、高效的人冠状病毒HKU1(HCoV-HKU1)和NL63(HCoV-NL63)双重实时荧光RTPCR检测方法。方法根据GENBANK数据库中HCoV-HKU1和HCoV-NL63的基因序列,利用BIOEDIT5.0软件进行序列比对分析,选择基因组的保守序列,并借助引物设计生物信息学软件,设计筛选出一套针对HCoV-HKU1和HCoV-NL63双重实时荧光PCR扩增的引物。从特异性、最低检测限、重复性等方面进行评估,建立了HCoV-HKU1和HCoV-NL63双重实时荧光PCR检测方法。结果分别以HCoV-HKU1和HCoV-NL63质粒为模板,HCoV-HKU1和HCoV-NL63双重实时荧光PCR方法的最低检测量分别为4.96×102 copies/ml和4.96×102 copies/ml。该方法针对其他病原微生物及人类基因组无反应信号,特异性好。4个梯度稀释质粒样本的4次重复检测Ct值变异系数均<5%,重复性好。结论 HCoV-HKU1和HCoV-NL63双重实时荧光RT-PCR方法准确性好、灵敏度高、稳定性好,在临床鉴别诊断和口岸冠状病毒的监测中具有很好的应用前景。 展开更多

关键词 人冠状病毒HKU1 人冠状病毒nl63 双重实时荧光PCR 检测 研究

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2020年深圳地区4株冠状病毒HCoV-NL63基因组特征分析 被引量：1

12

作者 阮嘉雯 胡鹏威 +6 位作者 蒋潘虹 鞠长燕 刘楚云 袁梦 段永翔 陈辉 俞慕华 《中国人兽共患病学报》 CAS CSCD 北大核心 2022年第1期35-41,共7页

目的了解2020年深圳市冠状病毒HCoV-NL63全基因组序列的遗传特征和变异。方法对HCoV-NL63核酸检测阳性的咽拭子标本进行全基因组测序、系统发生树重建和生物信息学分析。结果获得4株HCoV-NL63全基因组序列,均属于B基因型B2亚型,株间核苷... 目的了解2020年深圳市冠状病毒HCoV-NL63全基因组序列的遗传特征和变异。方法对HCoV-NL63核酸检测阳性的咽拭子标本进行全基因组测序、系统发生树重建和生物信息学分析。结果获得4株HCoV-NL63全基因组序列,均属于B基因型B2亚型,株间核苷酸(氨基酸)同源性为99.80%~99.98%(99.64%~99.93%),在进化树上处于同一分支,与广州2018年肺炎病人中获得的MK334046.1毒株距离最近。氨基酸变异分析表明结构蛋白中S、M蛋白变异性较大。与B基因型参考株对比发现,S蛋白中发现2处氨基酸位点变异:位于散发疫情毒株S1蛋白NTR区L196F和位于聚集性疫情毒株S2蛋白A946S。N-糖基化位点预测发现S蛋白N-糖基化位点有10个,M蛋白N-糖基化位点有2个。结论本研究中的4株冠状病毒源自广州毒株的可能性大,在一定程度上可为HCoV-NL63防控工作提供生物学溯源依据。 展开更多

关键词 呼吸道感染 hcov-nl63 全基因组测序 系统进化分析

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人冠状病毒NL63超速离心富集方法的建立及优化

13

作者 胡月超 宋敬东 +2 位作者 耿合员 朱娜 谭文杰 《中华实验和临床病毒学杂志》 CAS CSCD 2022年第2期199-204,共6页

目的建立并优化人冠状病毒NL63参考株(HCoV-NL63-NC_005831)的体外富集方法。方法以恒河猴肾细胞系(LLC-MK2)培养HCoV-NL63,以离心力135000×g、分别离心病毒培养上清4 h、6 h、8 h、10 h和12 h以富集病毒,并以商品化PEG沉淀试剂盒... 目的建立并优化人冠状病毒NL63参考株(HCoV-NL63-NC_005831)的体外富集方法。方法以恒河猴肾细胞系(LLC-MK2)培养HCoV-NL63,以离心力135000×g、分别离心病毒培养上清4 h、6 h、8 h、10 h和12 h以富集病毒,并以商品化PEG沉淀试剂盒富集方法作为对照。采用实时荧光定量PCR(qRT-PCR)、半数组织培养感染剂量(TCID50)和空斑实验对原始病毒液、富集病毒液分别进行病毒核酸和病毒生物活性定量检测,评价病毒富集效果;通过透射电镜负染观测病毒富集前后的形态。结果经层超速离心法及经PEG沉淀法分别进行体积100∶1富集处理,两种方法获得的富集病毒液相较于原液的病毒核酸浓度及活病毒浓度均有提高(P<0.001)。超速离心方法富集前后,电镜下观察到的病毒颗粒呈正常的负染形态;4 h、6 h、8 h、10 h和12 h超速离心后活病毒浓度平均分别是原病毒液的(7.35±1.62)倍、(13.98±1.71)倍、(36.36±10.41)倍、(48.16±9.38)倍、(54.26±7.02)倍,PEG沉淀后活病毒浓度是原病毒液的(3.39±0.16)倍,经超速离心法获得的富集病毒液的核酸浓度及活病毒浓度显著高于PEG沉淀法(P<0.05);8 h、10 h、12 h超速离心后病毒浓度显著高于4 h和6 h(P<0.05),但8 h、10 h、12 h之间病毒含量差异无统计学意义(P>0.05)。结论超速离心法相较于商品化的PEG沉淀法能更有效富集HCoV-NL63病毒;离心力为135000×g时,选择8 h的超离时间可获得较优的体外富集效果。 展开更多

关键词 hcov-nl63 超速离心 PEG QRT-PCR 病毒富集

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北京地区人冠状病毒NL63 N和E蛋白基因序列及生物信息学分析

14

作者 邢江峰 朱汝南 +4 位作者 钱渊 赵林清 邓洁 王芳 孙宇 《病毒学报》 CAS CSCD 北大核心 2007年第4期245-251,共7页

为了解北京地区新近发现的新型冠状病毒-人冠状病毒NL63（Human coronavirus NL63,HCoV-NL63）的N和E蛋白编码基因的特征,从经RT-PCR检测阳性的临床标本中扩增得到的HCoV-NL63 N蛋白和E蛋白编码基因序列,分别克隆至pCF-T和pUCm-T载体中... 为了解北京地区新近发现的新型冠状病毒-人冠状病毒NL63（Human coronavirus NL63,HCoV-NL63）的N和E蛋白编码基因的特征,从经RT-PCR检测阳性的临床标本中扩增得到的HCoV-NL63 N蛋白和E蛋白编码基因序列,分别克隆至pCF-T和pUCm-T载体中并进行测序,同时运用生物信息学的方法,对北京HCoV-NL63阳性标本BJ8081 N和E蛋白编码基因的核苷酸和氨基酸序列与HCoV-NL63原型株及其他几种冠状病毒的N和E蛋白编码基因的核苷酸和氨基酸序列进行比较分析和种系进化分析;用SOPMA方法对BJ8081 N和E蛋白的二级结构进行了预测分析,并对N和E蛋白的其他生物学特性进行了预测分析。经序列比对分析发现,BJ8081 N蛋白氨基酸序列在78-85肽段（FYYLGTGP）内与所比较的其他冠状病毒N蛋白相应位置的氨基酸序列完全相同,提示此区段可能为包括HCoV-NL63在内的所有冠状病毒N蛋白的保守区域。在BJ8081 N蛋白氨基酸序列的100-121肽段可能是和基因组RNA相结合的位置;在BJ8081 E蛋白的15-37位氨基酸可能是E蛋白的跨膜区域。研究对BJ8081 N蛋白和E蛋白的编码基因序列进行了测定和生物信息学分析,为今后对HCoV-NL63的进一步深入研究奠定了基础。 展开更多

关键词 新冠状病毒 hcov-nl63 N蛋白 E蛋白 二级结构 生物信息学

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人冠状病毒 NL63中国株的全基因组克隆与序列分析

15

作者 耿合员 崔丽瑾 +2 位作者 陆柔剑 赵莉 谭文杰 《中华微生物学和免疫学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2014年第6期411-416,共6页

目的：对来自北京儿童医院的两份人冠状病毒NL63（human coronavirus NL63， HCoV-NL63）阳性样本进行病毒全基因组序列测定和分析。方法以荷兰株（NL63_Amsterdam 1）为参考株，设计18对包含重叠区域的、覆盖全长基因组的引物，采用病... 目的：对来自北京儿童医院的两份人冠状病毒NL63（human coronavirus NL63， HCoV-NL63）阳性样本进行病毒全基因组序列测定和分析。方法以荷兰株（NL63_Amsterdam 1）为参考株，设计18对包含重叠区域的、覆盖全长基因组的引物，采用病毒RNA提取、RT-PCR分段克隆测序的方法获得NL63国内株全长基因组序列；通过与其他毒株的比对分析，构建其系统发生树。结果NL63国内株基因组全长27538 bp，与参考株核苷酸相似性为99．1％，其中在1a区有连续15个碱基的缺失。系统发生分析表明，NL63目前可分为A型、B型、C型和D型共4个基因型，而国内株处在新的基因型（ D型）。结论本研究首次获得了两株NL63国内分离株的全基因组序列，进一步阐明了基因组的结构特征，对其遗传进化作了系统分析，为国内NL63病毒的分子流行病学研究提供参考。 展开更多

关键词 hcov-nl63 全基因组测序 系统发生分析 Human CORONAVIRUS nl 63

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新型冠状病毒的“身份证”信息

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作者 杨先碧 《大自然探索》 2020年第3期25-27,共3页

2020年春节,迫使大家都闭门在家的新型冠状病毒究竟是一种怎样的病毒?根据科学家的研究,我们给它编制了一张“身份证”。让我们一起来看看相关信息。姓名:新型冠状病毒新型冠状病毒可以简称为“新冠病毒”。冠状病毒是个大家族。这个家... 2020年春节,迫使大家都闭门在家的新型冠状病毒究竟是一种怎样的病毒?根据科学家的研究,我们给它编制了一张“身份证”。让我们一起来看看相关信息。姓名:新型冠状病毒新型冠状病毒可以简称为“新冠病毒”。冠状病毒是个大家族。这个家族目前有15个“兄弟”,其中有7个可以感染人类。在这7种可以感染人类的冠状病毒中,新冠病毒的年龄最小,它的6个“哥哥”分别是:HCoV-229E、HCoV-OC43、HCoV-NL63、HCoV-HKUl、SARS-CoV、MERS-CoV。 展开更多

关键词 冠状病毒 身份证 hcov-229E hcov-nl63 SARS-COV 感染人类 大家族

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最新证实冠状病毒与严重的下呼吸道疾病相关

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作者 王嘉 《传染病网络动态》 2005年第5期2-3,共2页

据Medscape．com3月7日报道(原载J Med Virol 2005：75：455-．462)，研究人员发现，在澳大利亚严重的下呼吸道疾病与人类冠状病毒(HCOV-NL63)感染有关。病毒是引起呼吸道疾病的最常见原因。现有的检测手段可查出HCOV-NL63和人类肺间病... 据Medscape．com3月7日报道(原载J Med Virol 2005：75：455-．462)，研究人员发现，在澳大利亚严重的下呼吸道疾病与人类冠状病毒(HCOV-NL63)感染有关。病毒是引起呼吸道疾病的最常见原因。现有的检测手段可查出HCOV-NL63和人类肺间病毒等与此类疾病相关。 展开更多

关键词 疾病相关 冠状病毒 严重 hcov-nl63 下呼吸道疾病 研究人员 澳大利亚 常见原因 检测手段 MED 人类

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第4种人冠状病毒

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《生物制品快讯》 2004年第7期17-18,共2页

关键词 人冠状病毒 hcov—nl63 毛细支气管炎 结膜炎

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人冠状病毒HCoV-NL63和HCoV-HKU1常规RT-PCR与实时荧光定量RT-PCR检测方法的建立及应用比较 被引量：22

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作者 陆柔剑 张陵林 +4 位作者 谭文杰 周为民 王仲 彭堃 阮力 《病毒学报》 CAS CSCD 北大核心 2008年第4期305-311,共7页

分别设计HCoV-NL63和HCoV-HKU1特异的引物与荧光标记探针,并合成含靶基因的模板RNA,建立常规RT-PCR方法与实时荧光定量RT-PCR方法,对其灵敏性、特异性和可重复性以及用于临床样本的适用性等进行平行比较评价。结果表明:这两种方法皆可对... 分别设计HCoV-NL63和HCoV-HKU1特异的引物与荧光标记探针,并合成含靶基因的模板RNA,建立常规RT-PCR方法与实时荧光定量RT-PCR方法,对其灵敏性、特异性和可重复性以及用于临床样本的适用性等进行平行比较评价。结果表明:这两种方法皆可对HCoV-NL63或HCoV-HKU1进行特异性诊断,其中荧光定量RT-PCR方法检测灵敏度均可达10拷贝/25μL反应体积,不同批次重复检测结果间的变异系数均小于5%。上述方法应用于158份临床鼻咽拭子标本,其中荧光定量RT-PCR方法检出6份HCoV-NL63阳性标本,5份HCoV-HKU1阳性标本,而常规RT-PCR方法则分别检出HCoV-NL63阳性与HCoV-HKU1阳性各3份。对常规RT-PCR方法获得的阳性样品进行序列分析证实上述方法的可靠性。本实验成功建立了可用于临床标本检测的人冠状病毒HCoV-NL63和HCoV-HKU1常规RT-PCR方法与实时荧光定量RT-PCR检测方法,并初步证实荧光定量RT-PCR检测方法检出率明显高于常规RT-PCR方法,这为开展HCoV-NL63和HCoV-HKU1的流行监测及临床早期诊断提供了有效技术手段。 展开更多

关键词 人冠状病毒 hcov—nl63和hcov—HKU1 实时荧光定量RT—PCR 常规RT—PCR

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五株人冠状病毒NL63的基因型鉴定及S1 domain基因特征分析 被引量：3

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作者 何佩 崔爱利 +5 位作者 徐瑾 高立冬 余鹏博 孙凯旋 许文波 许晓光 《病毒学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第2期202-210,共9页

为阐明我国部分地区人冠状病毒(Human coronavirus,HCoV)NL63基因特征,本研究对2013年陕西省、2018年河南省和湖南省送检的5株HCoV-NL63核酸检测阳性的呼吸道样本进行HCoV-NL63基因型别鉴定及S1 do-main基因特征分析。通过对HCoV-NL63... 为阐明我国部分地区人冠状病毒(Human coronavirus,HCoV)NL63基因特征,本研究对2013年陕西省、2018年河南省和湖南省送检的5株HCoV-NL63核酸检测阳性的呼吸道样本进行HCoV-NL63基因型别鉴定及S1 do-main基因特征分析。通过对HCoV-NL63棘突蛋白(Spike glycoprotein,S)基因的S1 domain区域进行基因扩增和序列测定,同时结合GenBank数据库下载的1983～2018年其他国家74条HCoV-NL63代表株序列和2007～2010年中国流行的12条HCoV-NL63代表株序列,构建基因亲缘性关系树,并对S蛋白的S1 domain区域进行核苷酸序列比对分析。结果提示全球HCoV-NL63流行株可划分为A和B两个基因型;A基因型可进一步划分为A0,A1,A2和A3四个基因亚型,其中本研究将GenBank中2008年中国流行的2株HCoV-NL63毒株划分为新基因亚型(A3);B基因型可进一步划分为B0,B1和B2三个基因亚型。A和B基因型的HCoV-NL63代表株序列在地域分布上无明显差异,但A基因型不同基因亚型的HCoV-NL63序列在年代分布上呈现出一定的时间进化趋势。在我国A和B基因型HCoV-NL63均已被检测到,但主要以A基因型流行为主,且主要集中在A1和A2基因亚型。不同基因型HCoV-NL63序列在S1 domain区域核苷酸和氨基酸序列上存在特征性差异。本研究通过对五株HCoV-NL63基因型鉴定及S1 domain基因特征分析,初步阐明了我国部分地区流行的HCoV-NL63基因型/基因亚型分布情况及基因特征,丰富了我国本土流行的HCoV-NL63基因数据库,为我国HCoV-NL63分子流行病学研究及分子检测和监测技术的改进和验证提供了基础基因数据。 展开更多

关键词 人冠状病毒nl63(hcov-nl63) 基因型 基因特征 分子流行病学

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