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基于H1N1型禽流感病毒的HA蛋白序列进化树研究
被引量：
1
1
作者
薛晓丽
李阳
唐旭清
《计算机应用研究》
CSCD
北大核心
2015年第9期2634-2638,共5页
为了从本质上揭示H1N1病毒分子的变异、流感流行等关系,提出一种构建H1N1病毒进化树新方法。在1902—2013年全球22 455条H1N1型禽流感病毒HA蛋白质序列数据的基础上,利用其特征向量构建基于内积的HA蛋白质序列相似度。采用基于相似度的...
为了从本质上揭示H1N1病毒分子的变异、流感流行等关系,提出一种构建H1N1病毒进化树新方法。在1902—2013年全球22 455条H1N1型禽流感病毒HA蛋白质序列数据的基础上,利用其特征向量构建基于内积的HA蛋白质序列相似度。采用基于相似度的完全聚类图的方法进行数据系统粗粒化的相似信息提取。最后,利用基于模糊邻近关系的结构聚类方法进行H1N1型禽流感病毒HA蛋白质序列的进化树研究,将病毒分为33大类。进一步分析表明,H1N1病毒的变异不仅与爆发时间密切相关,还与所分布地域及地域间的距离有很大关系,即分布地域间的距离越近,爆发的病毒进化的相似程度越高。对大量的病毒进行进化树分析,从宏观角度体现了各类病毒之间的进化关系。
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关键词
H1N1病毒
ha
蛋白
序列
模糊邻近关系
结构聚类
进化树
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职称材料
H1N1流感病毒的HA、NA蛋白序列进化树
2
作者
李建林
薛晓丽
唐旭清
《食品与生物技术学报》
CAS
CSCD
北大核心
2016年第10期1035-1040,共6页
为了从本质上揭示H1N1病毒分子的变异、流感流行等关系,提出一种构建H1N1型流感病毒进化树的新方法。在1902—2013年全球22 455条H1N1型流感病毒HA蛋白序列和16444条NA蛋白序列数据的基础上,利用其特征向量构建基于内积的蛋白序列相似度...
为了从本质上揭示H1N1病毒分子的变异、流感流行等关系,提出一种构建H1N1型流感病毒进化树的新方法。在1902—2013年全球22 455条H1N1型流感病毒HA蛋白序列和16444条NA蛋白序列数据的基础上,利用其特征向量构建基于内积的蛋白序列相似度;采用基于相似度的完全聚类图的方法进行数据系统粗粒化的相似信息提取;最后,利用基于模糊邻近关系的结构聚类方法构建H1N1型禽流感病毒HA、NA蛋白序列的进化树及算法研究。试验结果表明:H1N1病毒的变异不仅与爆发时间密切相关,还与所分布地域及地域间的距离有很大关系,且分布地域间的距离越近,爆发的病毒进化的相似程度越高。因此这种基于大数据处理的新方法能有效揭示流感病毒的进化关系,为进一步研究流感病毒的变异、进化与预测奠定了基础。
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关键词
H1N1病毒
ha
蛋白
序列
NA
蛋白
序列
模糊邻近关系
结构聚类
进化树
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职称材料
甲型流感病毒HA蛋白质序列的预测
被引量：
1
3
作者
张玲
高洁
《食品与生物技术学报》
CAS
CSCD
北大核心
2013年第8期828-831,共4页
基于CGR-游走模型和分数阶差分,用ARFIMA模型预测甲型流感病毒HA蛋白质序列。对所选取1943～2013年同源性相对较高的71条蛋白质序列,用ARFIMA(p,d,q)模型对前20个位置去拟合并且预测,除极个别外由预报区域图显示原始数据都在预报区域内...
基于CGR-游走模型和分数阶差分,用ARFIMA模型预测甲型流感病毒HA蛋白质序列。对所选取1943～2013年同源性相对较高的71条蛋白质序列,用ARFIMA(p,d,q)模型对前20个位置去拟合并且预测,除极个别外由预报区域图显示原始数据都在预报区域内,表明模型建立的比较合理,预报效果很好。这对流感病毒的研究和预测有着重要的意义。
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关键词
甲流
ha
蛋白
质
序列
预测
CGR游走模型
ARFIMA(p
d
q)
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职称材料
流感大爆发的多重早期预警信号
4
作者
张玲
高洁
靳佩轩
《生物数学学报》
2015年第2期299-304,共6页
基于CGR-混沌游走模型,本文对选取自1913-2012年的流感病毒HA蛋白质序列用时间序列方法来研究,从而得出流感大爆发的早期预警信号的多重指标值.基于详细HP模型先对蛋白质序列建立CGR-混沌游走模型,再求方差、延迟2自相关系数,发现大流行...
基于CGR-混沌游走模型,本文对选取自1913-2012年的流感病毒HA蛋白质序列用时间序列方法来研究,从而得出流感大爆发的早期预警信号的多重指标值.基于详细HP模型先对蛋白质序列建立CGR-混沌游走模型,再求方差、延迟2自相关系数,发现大流行年(-+1至2年)的混沌游走序列的方差和自相关系数都明显高于相邻年,而在非大流行年它们通常较小.
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关键词
流感病毒
早期预警信号
CGR-混沌游走模型
ha
蛋白
质
序列
原文传递
题名
基于H1N1型禽流感病毒的HA蛋白序列进化树研究
被引量：
1
1
作者
薛晓丽
李阳
唐旭清
机构
江南大学理学院
出处
《计算机应用研究》
CSCD
北大核心
2015年第9期2634-2638,共5页
基金
国家自然科学基金资助项目(11371174)
中央高校基本科研业务费专项资助项目(JUSRP51317B)
文摘
为了从本质上揭示H1N1病毒分子的变异、流感流行等关系,提出一种构建H1N1病毒进化树新方法。在1902—2013年全球22 455条H1N1型禽流感病毒HA蛋白质序列数据的基础上,利用其特征向量构建基于内积的HA蛋白质序列相似度。采用基于相似度的完全聚类图的方法进行数据系统粗粒化的相似信息提取。最后,利用基于模糊邻近关系的结构聚类方法进行H1N1型禽流感病毒HA蛋白质序列的进化树研究,将病毒分为33大类。进一步分析表明,H1N1病毒的变异不仅与爆发时间密切相关,还与所分布地域及地域间的距离有很大关系,即分布地域间的距离越近,爆发的病毒进化的相似程度越高。对大量的病毒进行进化树分析,从宏观角度体现了各类病毒之间的进化关系。
关键词
H1N1病毒
ha
蛋白
序列
模糊邻近关系
结构聚类
进化树
Keywords
H1 N1 virus
ha
protein sequences
fuzzy proximity relations
structural clustering
evolutionary tree
分类号
TP391 [自动化与计算机技术—计算机应用技术]
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职称材料
题名
H1N1流感病毒的HA、NA蛋白序列进化树
2
作者
李建林
薛晓丽
唐旭清
机构
江南大学理学院
出处
《食品与生物技术学报》
CAS
CSCD
北大核心
2016年第10期1035-1040,共6页
基金
国家自然科学基金项目(11371174)
中央高校基本科研业务费专项(JUSRP51317B)
文摘
为了从本质上揭示H1N1病毒分子的变异、流感流行等关系,提出一种构建H1N1型流感病毒进化树的新方法。在1902—2013年全球22 455条H1N1型流感病毒HA蛋白序列和16444条NA蛋白序列数据的基础上,利用其特征向量构建基于内积的蛋白序列相似度;采用基于相似度的完全聚类图的方法进行数据系统粗粒化的相似信息提取;最后,利用基于模糊邻近关系的结构聚类方法构建H1N1型禽流感病毒HA、NA蛋白序列的进化树及算法研究。试验结果表明:H1N1病毒的变异不仅与爆发时间密切相关,还与所分布地域及地域间的距离有很大关系,且分布地域间的距离越近,爆发的病毒进化的相似程度越高。因此这种基于大数据处理的新方法能有效揭示流感病毒的进化关系,为进一步研究流感病毒的变异、进化与预测奠定了基础。
关键词
H1N1病毒
ha
蛋白
序列
NA
蛋白
序列
模糊邻近关系
结构聚类
进化树
Keywords
H1N1 virus,
ha
protein sequences,NA protein sequences, fuzzy proximity relations, structural clustering, evolutionary tree
分类号
R373.13 [医药卫生—病原生物学]
下载PDF
职称材料
题名
甲型流感病毒HA蛋白质序列的预测
被引量：
1
3
作者
张玲
高洁
机构
江南大学理学院
出处
《食品与生物技术学报》
CAS
CSCD
北大核心
2013年第8期828-831,共4页
基金
国家自然科学基金项目(11002061)
中央高校基础研究专项项目(JUSRP21117)
文摘
基于CGR-游走模型和分数阶差分,用ARFIMA模型预测甲型流感病毒HA蛋白质序列。对所选取1943～2013年同源性相对较高的71条蛋白质序列,用ARFIMA(p,d,q)模型对前20个位置去拟合并且预测,除极个别外由预报区域图显示原始数据都在预报区域内,表明模型建立的比较合理,预报效果很好。这对流感病毒的研究和预测有着重要的意义。
关键词
甲流
ha
蛋白
质
序列
预测
CGR游走模型
ARFIMA(p
d
q)
Keywords
influenza virus
ha
protein sequence
prediction
CGR walk model
ARFIMA （p, d, q）
分类号
Q939.4 [生物学—微生物学]
下载PDF
职称材料
题名
流感大爆发的多重早期预警信号
4
作者
张玲
高洁
靳佩轩
机构
江南大学理学院
出处
《生物数学学报》
2015年第2期299-304,共6页
基金
国家自然科学基金(No.11271163)
中央高校基础研究专项经费(No.JUSRP21117)
文摘
基于CGR-混沌游走模型,本文对选取自1913-2012年的流感病毒HA蛋白质序列用时间序列方法来研究,从而得出流感大爆发的早期预警信号的多重指标值.基于详细HP模型先对蛋白质序列建立CGR-混沌游走模型,再求方差、延迟2自相关系数,发现大流行年(-+1至2年)的混沌游走序列的方差和自相关系数都明显高于相邻年,而在非大流行年它们通常较小.
关键词
流感病毒
早期预警信号
CGR-混沌游走模型
ha
蛋白
质
序列
Keywords
Influenza virus
Early-warning signals
C
ha
os game representation(CGR)-walk model
ha
protein sequence
分类号
O212.1 [理学—概率论与数理统计]
原文传递
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
基于H1N1型禽流感病毒的HA蛋白序列进化树研究
薛晓丽
李阳
唐旭清
《计算机应用研究》
CSCD
北大核心
2015
1
下载PDF
职称材料
2
H1N1流感病毒的HA、NA蛋白序列进化树
李建林
薛晓丽
唐旭清
《食品与生物技术学报》
CAS
CSCD
北大核心
2016
0
下载PDF
职称材料
3
甲型流感病毒HA蛋白质序列的预测
张玲
高洁
《食品与生物技术学报》
CAS
CSCD
北大核心
2013
1
下载PDF
职称材料
4
流感大爆发的多重早期预警信号
张玲
高洁
靳佩轩
《生物数学学报》
2015
0
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