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基于温度副本交换分子动力学模拟方法研究温度致H1小肽结构变化特征
被引量：
2
1
作者
曹赞霞
王吉华
《生物化学与生物物理进展》
SCIE
CAS
CSCD
北大核心
2010年第3期319-325,共7页
采用GROMOS43A1力场,用温度副本交换分子动力学模拟方法研究水溶液中H1小肽在4个不同温度下的结构特征.选择H1小肽的初始构象分别为α螺旋和β折叠片,完成了两组独立的36个温度副本交换的分子动力学模拟,一组从α螺旋出发的模拟用来对...
采用GROMOS43A1力场,用温度副本交换分子动力学模拟方法研究水溶液中H1小肽在4个不同温度下的结构特征.选择H1小肽的初始构象分别为α螺旋和β折叠片,完成了两组独立的36个温度副本交换的分子动力学模拟,一组从α螺旋出发的模拟用来对该小肽的结构特征进行研究,另一组从β折叠片出发的模拟用于验证构象采样的收敛性,每个副本的模拟时间为300ns,共计模拟时间长达21.6μs.在此基础上,研究了H1小肽在温度300K、330K、350K和370K下的结构特征,分析了其主链二面角分布、天然氢键数、β转角的形成概率以及不同温度下偏好采样构象的变化特征等.模拟结果表明,在4个不同温度下,均能够采样到同β折叠片结构的Cα原子均方根偏差最小为0.05nm的构象类,该构象类在4个不同温度300K、330K、350K和370K下分别包含了全部构象的39%、23%、13%和11%.GROMOS43A1力场在刻画小肽的结构方面具有一定的精度,但是在描述氢键方面仍需要加强,H1小肽在不同温度下结构特征的比较能够为分子力场的优化提供重要的帮助.
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关键词
h
1
小
肽
副本交换
分子力场
分子动力学模拟
下载PDF
职称材料
比较不同分子力场对H1小肽结构特征的描述
2
作者
曹赞霞
王吉华
《生物物理学报》
CAS
CSCD
北大核心
2009年第S1期316-317,共2页
分子动力学模拟方法对我们理解小肽在溶剂环境中如何折叠形成它特定结构能提供很大的帮助。蛋白质模拟结果的准确性以及可靠性主要依赖于经验力场的精确性。
关键词
动力学模拟
分子力场
副本交换
h
1
小
肽
原文传递
题名
基于温度副本交换分子动力学模拟方法研究温度致H1小肽结构变化特征
被引量：
2
1
作者
曹赞霞
王吉华
机构
山东省高校生物物理重点实验室(德州学院)
出处
《生物化学与生物物理进展》
SCIE
CAS
CSCD
北大核心
2010年第3期319-325,共7页
基金
国家自然科学基金(30970561)
山东省自然科学基金(2009ZRA14027
2009ZRA14028)资助项目~~
文摘
采用GROMOS43A1力场,用温度副本交换分子动力学模拟方法研究水溶液中H1小肽在4个不同温度下的结构特征.选择H1小肽的初始构象分别为α螺旋和β折叠片,完成了两组独立的36个温度副本交换的分子动力学模拟,一组从α螺旋出发的模拟用来对该小肽的结构特征进行研究,另一组从β折叠片出发的模拟用于验证构象采样的收敛性,每个副本的模拟时间为300ns,共计模拟时间长达21.6μs.在此基础上,研究了H1小肽在温度300K、330K、350K和370K下的结构特征,分析了其主链二面角分布、天然氢键数、β转角的形成概率以及不同温度下偏好采样构象的变化特征等.模拟结果表明,在4个不同温度下,均能够采样到同β折叠片结构的Cα原子均方根偏差最小为0.05nm的构象类,该构象类在4个不同温度300K、330K、350K和370K下分别包含了全部构象的39%、23%、13%和11%.GROMOS43A1力场在刻画小肽的结构方面具有一定的精度,但是在描述氢键方面仍需要加强,H1小肽在不同温度下结构特征的比较能够为分子力场的优化提供重要的帮助.
关键词
h
1
小
肽
副本交换
分子力场
分子动力学模拟
Keywords
h
1
peptide
replica-exc
h
ange
force field
molecular dynamics simulation
分类号
Q615 [生物学—生物物理学]
Q7
下载PDF
职称材料
题名
比较不同分子力场对H1小肽结构特征的描述
2
作者
曹赞霞
王吉华
机构
山东省高校生物物理重点实验室
出处
《生物物理学报》
CAS
CSCD
北大核心
2009年第S1期316-317,共2页
基金
德州学院提供的经费支持
文摘
分子动力学模拟方法对我们理解小肽在溶剂环境中如何折叠形成它特定结构能提供很大的帮助。蛋白质模拟结果的准确性以及可靠性主要依赖于经验力场的精确性。
关键词
动力学模拟
分子力场
副本交换
h
1
小
肽
分类号
Q51 [生物学—生物化学]
原文传递
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
基于温度副本交换分子动力学模拟方法研究温度致H1小肽结构变化特征
曹赞霞
王吉华
《生物化学与生物物理进展》
SCIE
CAS
CSCD
北大核心
2010
2
下载PDF
职称材料
2
比较不同分子力场对H1小肽结构特征的描述
曹赞霞
王吉华
《生物物理学报》
CAS
CSCD
北大核心
2009
0
原文传递
已选择
0
条
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引用分析
参考文献
引证文献
统计分析
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