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长白母猪断奶至配种间隔全基因组关联分析
1
作者 陈信佑 林清 +7 位作者 张笑科 李婷婷 万鹏冲 林长光 黄珍 谢水华 张豪 李加琪 《广东畜牧兽医科技》 2023年第3期30-34,41,共6页
该研究旨通过全基因组关联分析定位影响长白母猪断奶至配种间隔的候选基因,以期为我国种猪育种工作提供理论参考。本研究以国家某核心育种场1063头长白母猪的断奶至配种间隔记录和50 K基因数据为研究材料,利用GEMMA软件的混合线性模型... 该研究旨通过全基因组关联分析定位影响长白母猪断奶至配种间隔的候选基因,以期为我国种猪育种工作提供理论参考。本研究以国家某核心育种场1063头长白母猪的断奶至配种间隔记录和50 K基因数据为研究材料,利用GEMMA软件的混合线性模型进行全基因组关联分析(GWAS),鉴定关联分析显著位点。结果表明,长白母猪第一胎次和第三胎次共存在5个显著SNPs。对5个显著位点进行单倍型分析,获得4个单倍型块。筛选到的BTG1、FUT1、FUT2、SCNN1G和CBLB基因可能是影响断奶至配种间隔性状的重要基因,该研究结果可作为以后种猪育种实践提供参考。 展开更多
关键词 全基因组关联分析 断配间隔 GEMMA 长白猪
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茶树叶型性状的全基因组关联分析
2
作者 王小萍 王云 +5 位作者 熊元元 刘晓 李明红 张厅 赖谦 李春华 《西南农业学报》 CSCD 北大核心 2023年第11期2339-2347,共9页
【目的】发掘与叶型性状关联的SNP位点,为茶树分子标记辅助育种提供参考依据。【方法】对收集于四川本地的91份茶树自然群体开展简化基因组测序(GBS),并利用测序获得的863468个SNP标记对叶长(YC)、叶宽(YK)、长宽比(CKB)、叶身(YS)、叶... 【目的】发掘与叶型性状关联的SNP位点,为茶树分子标记辅助育种提供参考依据。【方法】对收集于四川本地的91份茶树自然群体开展简化基因组测序(GBS),并利用测序获得的863468个SNP标记对叶长(YC)、叶宽(YK)、长宽比(CKB)、叶身(YS)、叶色(YSZ)、叶尖(YD)、叶脉对数(YM)和叶缘(YY)8个叶型性状开展基于广义线性模型[GLM(Q)模型]的全基因组关联分析。【结果】在P<0.01条件下,其中6个性状共检测到38个显著SNP位点,分别是叶长(YC)关联到1个,长宽比(CKB)关联到24个,叶色泽(YSZ)关联到6个,叶尖(YD)关联到2个,叶脉对数关联到1个,叶缘关联到4个。38个显著SNP位点对关联性状的解释率为31.37%~60.70%。进一步在显著位点上下游50 kbp区域内进行候选基因挖掘,共得到8个候选基因:CSA011953(Sec11a)、CSA027293(CAD3)、CSA020561(GAE2)、CSA008530(AIM1)、CSA008531(MFP)、CSA008532(AIM1)、CSA008763(CYP72A154)、CSA029592(RABG3F)。对候选基因进行GO和KEGG注释,根据注释结果初步预测基因CSA027293(CAD3)与长宽比(CKB)、CSA008763(CYP72A154)与叶色(YSZ)紧密关联。【结论】38个茶树叶型性状显著关联的SNP位点发掘与2个候选基因预测可为茶树调控叶型基因精确定位、分子标记辅助育种提供基因资源和参考依据。 展开更多
关键词 茶树 SNP标记 叶型 全基因组关联分析
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原发性胆汁性胆管炎易感基因多态性的研究现状 被引量：2
3
作者 高琪 张华 《分子诊断与治疗杂志》 2020年第1期118-122,共5页
原发性胆汁性胆管炎(PBC)是一种慢性进行性肝内胆汁淤积的自身免疫性疾病,临床特点以大量抗线粒体抗体(AMA)的产生和胆管上皮细胞的损伤为特征。PBC的病因和发病机制尚未完全明确,可能与遗传和环境等相互作用所导致的异常自身免疫反应... 原发性胆汁性胆管炎(PBC)是一种慢性进行性肝内胆汁淤积的自身免疫性疾病,临床特点以大量抗线粒体抗体(AMA)的产生和胆管上皮细胞的损伤为特征。PBC的病因和发病机制尚未完全明确,可能与遗传和环境等相互作用所导致的异常自身免疫反应有关。PBC的家族聚集性、女性患病率明显高于男性以及同卵双胞胎患病的高度一致性,均提示了遗传易感性在PBC的发生和发展中起着重要的作用。全基因组关联分析(GWAS)以及病例对照研究已经鉴定出与PBC相关的各种人类白细胞抗原(HLA)和非HLA等位基因,并证实了PBC的种族差异性。本文综述了可能与PBC相关的易感基因多态性的研究现状。 展开更多
关键词 原发性胆汁性胆管炎 遗传易感性 全基因组关联分析 单核苷酸多态性 HLA和非HLA等位基因
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