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白花除虫菊叶绿体基因组特征及系统发育研究
1
作者 吕薇 付瀚森 +5 位作者 李伽文 刘科新 柏锦学 王彩云 何杰芳 曾拓 《基因组学与应用生物学》 CAS CSCD 北大核心 2024年第1期63-77,共15页
白花除虫菊(Tanacetum cinerariifolium)是全球唯一集约化种植的杀虫园艺作物,从其头状花序提取的天然除虫菊酯广泛应用于有机农业和家居害虫防控,具有极高的商业价值。本研究通过Illumina HiSeq 2500测序平台对白花除虫菊叶绿体基因组... 白花除虫菊(Tanacetum cinerariifolium)是全球唯一集约化种植的杀虫园艺作物,从其头状花序提取的天然除虫菊酯广泛应用于有机农业和家居害虫防控,具有极高的商业价值。本研究通过Illumina HiSeq 2500测序平台对白花除虫菊叶绿体基因组进行了测序,并对其结构特征及系统进化关系进行了分析。结果表明,白花除虫菊叶绿体基因组为典型的四分体结构,基因组大小为150171 bp,包括84个蛋白质编码基因、37个转运RNA基因和8个核糖体RNA基因;密码子偏好性分析发现其叶绿体基因组中密码子末端偏好以A和U结尾,其中亮氨酸的密码子是最常用的,其使用UUA密码子的频率最高,RSCU值为1.88。在其叶绿体基因组中鉴定到简单重复序列(simple sequence repeat,SSR)位点共41个,包含37个单核苷酸重复序列、4个复合型核苷酸重复序列;基于菊科(Asteraceae)39个叶绿体基因组序列构建的系统发育树表明,其叶绿体基因组高度保守,除近缘红花除虫菊(T.coccineum)外,除虫菊类与同为菊科的植物蒿子杆(Ismelia carinata)亲缘较近。本研究结果能为白花除虫菊分子标记的开发、遗传多样性,以及为进一步研究菊蒿属(Tanacetum)植物的保护生物学和种群遗传学奠定基础。 展开更多
关键词 除虫菊酯 叶绿体基因组 基因组比较分析 系统发育分析 白花除虫菊
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聚苹果酸生产菌出芽短梗霉CCTCC M2012223的全基因组测序及序列分析 被引量：3
2
作者 王永康 宋晓丹 +2 位作者 李晓荣 杨尚天 邹祥 《微生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2017年第1期97-108,共12页
【目的】解析出芽短梗霉CCTCC M2012223的基因组序列信息,分析其代谢产物聚苹果酸、黑色素、普鲁兰多糖合成相关基因,为深入研究遗传多样性和代谢工程改造提供序列背景信息。【方法】使用Illumina Hi Seq高通量测序平台对出芽短梗霉CCTC... 【目的】解析出芽短梗霉CCTCC M2012223的基因组序列信息,分析其代谢产物聚苹果酸、黑色素、普鲁兰多糖合成相关基因,为深入研究遗传多样性和代谢工程改造提供序列背景信息。【方法】使用Illumina Hi Seq高通量测序平台对出芽短梗霉CCTCC M2012223菌株进行全基因组测序,并对测序数据进行序列拼接,基因预测与功能注释,COG/GO聚类分析,比较基因组学分析等。下载其他5株出芽短梗霉基因组序列,比较分析6株菌的种内同源基因、全基因组进化以及代谢产物合成相关基因。【结果】出芽短梗霉CCTCC M2012223基因组序列全长30756831 bp,GC含量47.49%,编码9452个基因。比较基因组分析表明出芽短梗霉CCTCC M2012223的基因组组装长度最长,6株菌的同源基因数达到7092个,普鲁兰多糖和聚苹果酸合成相关基因的蛋白序列有很高的保守性。出芽短梗霉CCTCC M2012223和Aureobasidium pullulans var.melanogenum亲缘关系最近,而这2株菌的黑色素合成相关基因的蛋白序列有一些插入和突变。【结论】本研究解析了出芽短梗霉CCTCC M2012223的基因组序列信息,获得黑色素、普鲁兰多糖和聚苹果酸合成相关基因,为后续的代谢机制解析和改造提供相关依据。 展开更多
关键词 出芽短梗霉 全基因组测序 比较基因组分析 代谢机制 聚苹果酸
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不同物种snR72～snR78的比较基因组分析
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作者 李春 罗玉萍 《细胞生物学杂志》 CAS CSCD 2009年第6期871-876,共6页
采用生物信息学技术对不同物种snR72～snR78(snR72、snR73、snR74、snR75、snR76、snR77和snR78)snoRNA基因进行了比较基因组学研究。结果发现,真菌中snR72～snR78具有较高的保守性,它们串联在一起形成基因簇。但在真菌的不同种中,基因... 采用生物信息学技术对不同物种snR72～snR78(snR72、snR73、snR74、snR75、snR76、snR77和snR78)snoRNA基因进行了比较基因组学研究。结果发现,真菌中snR72～snR78具有较高的保守性,它们串联在一起形成基因簇。但在真菌的不同种中,基因簇中的部分snoRNA发生了缺失、位移和重组。动物和植物均存在着真菌snR72～snR78基因的同源分子。但是,与真菌snR72～snR78基因簇不同,动物和植物中的真菌snR72～snR78基因的同源分子并不是串联在一起形成基因簇,而是分散在基因组的不同位点。目前,在动物中尚未发现snR72和snR75,在植物中尚未发现snR76。值得注意的是,在真菌中,snR72～snR78基因簇的各成员只有一个拷贝,但在人、动物和植物中,snR72～snR78的一些成员有多个拷贝。人和小鼠的snR73和snR76有多个拷贝,拟南芥snR72、snR75、snR77和snR78有多个拷贝,水稻snR73、snR75和snR77有多个拷贝。而且,一些多拷贝的snoRNA基因串联在一起,表明动植物中的这些多拷贝的基因很可能是在进化过程中由局部复制产生。 展开更多
关键词 SNORNA snR72~snR78基因 基因簇 比较基因组分析
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