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荧光定量PCR探针熔解曲线法在结核分枝杆菌耐药基因检测中的应用 被引量:34
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作者 胡春梅 郭晶 +2 位作者 严虹 施旭东 张侠 《中国防痨杂志》 CAS 2016年第1期38-41,共4页
目的应用荧光定量PCR探针熔解曲线法检测耐多药结核病患者的临床分离菌株对一线抗结核药物的耐药基因突变。方法于2009年1月1日至2012年12月31日留取南京市胸科医院结核科门诊部或住院的所有肺结核患者痰液标本,每人3~5ml,均进行痰... 目的应用荧光定量PCR探针熔解曲线法检测耐多药结核病患者的临床分离菌株对一线抗结核药物的耐药基因突变。方法于2009年1月1日至2012年12月31日留取南京市胸科医院结核科门诊部或住院的所有肺结核患者痰液标本,每人3~5ml,均进行痰结核分枝杆菌培养、鉴定和药物敏感性试验(简称“药敏试验”),分离出结核分枝杆菌菌株67株。应用荧光定量PCR探针熔解曲线法,根据靶序列熔点变化,实时PCR检测结核病患者的临床分离标本对利福平、异烟肼、乙胺丁醇及链霉素的耐药情况;通过与传统药敏试验进行对比,对2种结果不一致的菌株进行基因测序分析,探讨其发生突变的位点差异,并观察在治疗中的变化。结果利福平和异烟肼的表型和基因型检测具有较高的一致性,分别为99%(66/67)和97%(65/67),不一致的菌株都是表型检测法为耐药,而基因型检测为敏感,测序未检测到突变。乙胺丁醇和链霉素的表型和基因型检测一致性较低,分别为60%(40/67)和75%(50/67)。测序发现,乙胺丁醇的突变发生在embB306和embB406位点上;链霉素突变发生在rrs基因517位点和907位点,以及rpsL43耐药密码子。结论应用荧光定量PCR探针熔解曲线法,能快速筛查结核分枝杆菌对一线抗结核药物的耐药情况。 展开更多
关键词 探针熔解曲线法 结核 抗药性 多种 细菌 耐药基因 突变
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KRAS基因突变与结直肠癌患者临床病理特征及预后的关系 被引量:27
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作者 彭健 陈颖 +4 位作者 董先龙 汤二将 李华光 林谋斌 李阿建 《中华消化外科杂志》 CAS CSCD 北大核心 2018年第2期143-147,共5页
目的:探讨KRAS基因突变与结直肠癌患者临床病理特征及预后的关系。方法:采用回顾性病例对照研究方法。收集2007年1月至2011年7月同济大学附属杨浦医院收治的315例行结直肠癌手术患者的临床病理资料。采用高通量测序技术检测结直肠癌... 目的:探讨KRAS基因突变与结直肠癌患者临床病理特征及预后的关系。方法:采用回顾性病例对照研究方法。收集2007年1月至2011年7月同济大学附属杨浦医院收治的315例行结直肠癌手术患者的临床病理资料。采用高通量测序技术检测结直肠癌手术切除标本石蜡切片KRAS基因突变情况。分析指标:(1)KRAS基因检测情况。(2)KRAS基因突变状态与结直肠癌患者临床病理因素的关系。(3)随访和生存情况。(4)结直肠癌患者预后的KRAS基因突变情况多因素分析。采用门诊和电话方式进行随访,了解患者术后总体生存情况。随访时间截至2016年8月。计数资料比较采用X2检验。偏态分布的计量资料采用M(四分位距)表示,两者比较采用非参数检验。采用Kaplan-Meier法计算患者生存率,采用Logrank检验比较患者生存情况。多因素分析采用COX比例风险回归模型。结果:(1)KRAS基因检测情况:315例患者手术切除标本均成功完成检测,其中KRAS基因野生型172例,KRAS基因突变型143例(第2号外显子12号密码子突变患者80例、第2号外显子13号密码子突变患者24例、其余位点突变患者40例,其中第2号外显子12号和13号密码子同时突变患者1例;错义突变141例、无义突变2例)。KRAS基因突变位点中,点突变以p.G12D和p.G13D为主。(2)KRAS基因突变状态与结直肠癌患者临床病理因素的关系:KRAS基因野生型结直肠癌患者肿瘤部位分别为:近端结肠34例、远端结肠48例、直肠90例,KRAS基因突变型结直肠癌患者肿瘤部位分别为:近端结肠44例、远端结肠27例、直肠72例,两者上述指标比较,差异有统计学意义(χ^2=0.038,P〈0.05)。(3)随访和生存情况:315例结直肠癌患者均获得术后随访,随访时间为3~115个月,中位随访时间为78个月。172例KRAS基因野生型、80例KRAS基因第2号外显子12� 展开更多
关键词 结肠肿瘤 直肠肿瘤 KRAS基因 基因突变 外科手术 预后
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抗体选择压作用下H9N2亚型禽流感病毒HA基因的变异 被引量:18
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作者 娄本红 朱秀同 +1 位作者 孙贝贝 崔治中 《微生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2009年第7期955-959,共5页
【目的】了解H9N2亚型禽流感病毒(AIV)在抗体选择压作用下的遗传变异。【方法】将制备疫苗用的LG1株H9N2亚型AIV分别接种含有母源抗体鸡胚(A组)和不含有母源抗体的SPF鸡胚(B组),并连续传代。其中A组再分为4个独立的传代系列A1-4,B组再分... 【目的】了解H9N2亚型禽流感病毒(AIV)在抗体选择压作用下的遗传变异。【方法】将制备疫苗用的LG1株H9N2亚型AIV分别接种含有母源抗体鸡胚(A组)和不含有母源抗体的SPF鸡胚(B组),并连续传代。其中A组再分为4个独立的传代系列A1-4,B组再分为2个独立传代系列B1-2。在每个传代系列,分别对第10,20,30,40,50代病毒的HA基因进行扩增克隆测序,并与原始病毒的序列比较。【结果】LG1株H9N2在没有抗体的鸡胚的传代过程中,仅发生少数碱基的不稳定随机变异,且多为无义突变。在经测序的2个传代序列的10个不同代次病毒,共出现了29个位点变异,有义突变(NS)与无义突变(S)比值NS/S为1.42。但在有抗体的鸡胚的传代过程中,发生了多个呈现稳定遗传的有义突变。在经测序的4个传代序列的20个不同代次病毒,共出现了45个位点变异,有义突变(NS)与无义突变(S)比值NS/S为3.46。【结论】在鸡胚传代过程中母源抗体提供的免疫选择压确实能影响H9N2的HA基因的变异。同时表明,带有母源抗体的鸡胚是实验室条件下研究免疫选择压对病毒抗原性变异影响的一种有效的实验模型。 展开更多
关键词 H9N2亚型禽流感病毒 抗体选择压作用 遗传变异
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中国西南三区216例儿童葡萄糖-6-磷酸脱氢酶缺乏症基因型分布和临床特征分析 被引量:16
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作者 彭瑛 詹小亭 +2 位作者 邓正华 邓莹莹 温先勇 《广东医学》 CAS 2019年第13期1856-1860,共5页
目的了解葡萄糖-6-磷酸脱氢酶(G6PD)缺乏症患者基因突变型在四川(川)、云南(滇)、贵州(黔)三地区的分布情况及临床特征,为该病的临床诊治提供实验室依据。方法对来自川滇黔疑似G6PD缺乏症的汉族患者450例(男342例,女108例),采用多色探... 目的了解葡萄糖-6-磷酸脱氢酶(G6PD)缺乏症患者基因突变型在四川(川)、云南(滇)、贵州(黔)三地区的分布情况及临床特征,为该病的临床诊治提供实验室依据。方法对来自川滇黔疑似G6PD缺乏症的汉族患者450例(男342例,女108例),采用多色探针荧光PCR熔解曲线法进行G6PD基因型别检测,并分析基因突变类型与临床表型之间的关系。结果450例可疑样本中,检出215例(男172例,女43例)单基因突变和1例含1388G>A和1004C>A复合型突变。11种单基因突变型所占比例分别为:1388G>A型29.78%;1376G>T型24.65%;1024C>T型22.33%;95A>G型12.09%;871G>A型4.05%;392G>T型2.33%;517T>C型1.39%;487G>T型0.93%;1004C>A型0.93%;1387C>T型0.47%;1360C>T型0.47%。川、滇和黔三地优势基因均为1388G>A、1376G>T和1024C>T型。男女患儿前两位突变位点均为1388G>A(26.7%,41.9%)和1376G>T(26.2%,18.6%),1024C>T(25.0%)居男性患儿第3位,女性第3位则为95A>G(14.0%)。<1岁的患儿以1024C>T(28.0%)、1388G>A(25.6%)和1376G>T(25.0%)型为主,>1岁的患儿以1388G>A(43.1%)、1376G>T(23.5%)和95A>G(15.7%)为主。男性患儿酶活性明显低于女性患儿,各基因突变型在同一性别之间酶活性差异无统计学意义(F=0.680、1.629,P=0.666、0.177)。肝肿大、贫血、黄疸和尿色改变为主要的临床表现,不同基因型与临床表现之间差异无统计学意义(P>0.05)。结论川、滇、黔三地区汉族人群中G6PD缺乏症患儿基因突变型以1388G>A、1376G>T和1024C>T为优势突变基因,呈多样化分布。突变型可能与性别和首次发病年龄有关,各突变型之间没有明显的临床表现和酶活性差异。 展开更多
关键词 G6PD缺乏症 基因突变 酶活性 多色探针荧光PCR熔解曲线法
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微滴数字PCR和Super-ARMS检测晚期肺腺癌患者血浆循环肿瘤DNA表皮生长因子受体基因突变的临床价值研究 被引量:15
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作者 曹喆 王静 +11 位作者 秦娜 李琨 吕嘉林 王敬慧 杨新杰 李曦 张卉 张权 龙洪清 舒诚荣 马丽 张树才 《中国肺癌杂志》 CAS CSCD 北大核心 2020年第2期84-90,共7页
背景与目的晚期肺腺癌患者在选择靶向药物时需以肿瘤表皮生长因子受体(epidermal growth factor receptor, EGFR)基因突变类型作为依据,然而晚期肺腺癌肿瘤组织取材较难,有专家共识指出外周血可替代肿瘤组织作为检测标本。本文旨在探讨... 背景与目的晚期肺腺癌患者在选择靶向药物时需以肿瘤表皮生长因子受体(epidermal growth factor receptor, EGFR)基因突变类型作为依据,然而晚期肺腺癌肿瘤组织取材较难,有专家共识指出外周血可替代肿瘤组织作为检测标本。本文旨在探讨微滴数字聚合酶链反应法(droplet digital polymerase chain reaction, ddPCR)和超级扩增阻滞突变系统(super-amplification refractory mutation system, super-ARMS)这两种方法检测晚期肺腺癌患者外周血中血浆循环肿瘤脱氧核糖核酸(circulating tumor DNA, ctDNA)中EGFR基因突变的临床价值。方法收集2016年2月-2019年2月首都医科大学附属北京胸科医院确诊的初治晚期肺腺癌共119例纳入研究,比较ddPCR和Super-ARMS技术检测血浆ctDNA EGFR基因突变的敏感度、特异度。部分EGFR基因经典突变阳性患者接受一线EGFR酪氨酸激酶抑制剂(EGFR tyrosine kinase inhibitors, EGFR-TKI)口服治疗,将患者按检测结果分亚组,组1为ddPCR及Super-ARMS检测EGFR基因突变结果均为阳性,21例。组2为ddPCR及Super-ARMS检测EGFR基因突变结果均为阴性,16例。组3为ddPCR检测结果为阳性而Super-ARMS检测结果为阴性,5例。组4为ddPCR检测结果为阴性而Super-ARMS检测结果阳性,因组4患者个数为0,不纳入统计。以客观缓解率(objective response rate, ORR)及疾病控制率(disease control rate, DCR)评估近期疗效,并用生存分析比较组间无进展生存时间(progression-free survival, PFS)以评估远期疗效。结果 119例晚期肺腺癌组织样本中,共检测到58例(48.7%)EGFR基因突变。ddPCR技术检测与肿瘤组织EGFR基因突变结果的符合率为82.4%(Kappa=0.647, P<0.001),灵敏度为74.1%,特异度为90.2%。而Super-ARMS检测与组织检测的符合度为71.4%,灵敏度仅为58.6%,特异度为83.6%。组3的ORR与DCR值低于组1、2,但组间ORR相比均无统计学意义(P>0.05)。生存分析显示,三组患者PFS比较,差异无统计学意义(χ~2= 展开更多
关键词 肺肿瘤 微滴数字聚合酶链反应 表皮生长因子受体 基因突变 循环肿瘤脱氧核糖核酸 突变扩增系统 Super-突变扩增系统
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幽门螺杆菌对左氧氟沙星耐药的研究进展 被引量:13
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作者 吴李培 宣世海 《世界华人消化杂志》 CAS 北大核心 2014年第2期197-202,共6页
幽门螺杆菌(Helicobacter pylori,H.pylori)是慢性胃炎、消化性溃疡的主要致病因子.随着抗生素广泛使用,H.pylori对抗生素耐药日渐严重,而耐药是导致其根治和清除失败的主要原因.现已证实H.pylori耐氟喹诺酮类药物(左氧氟沙星)的机制与g... 幽门螺杆菌(Helicobacter pylori,H.pylori)是慢性胃炎、消化性溃疡的主要致病因子.随着抗生素广泛使用,H.pylori对抗生素耐药日渐严重,而耐药是导致其根治和清除失败的主要原因.现已证实H.pylori耐氟喹诺酮类药物(左氧氟沙星)的机制与gyrA基因的点突变有关.随着H.pylori耐药率的逐年升高,有关H.pylori的耐药分子机制和检测技术成为研究热点.因此,开展H.pylori耐药的相关研究对H.pylori的治疗有重大意义. 展开更多
关键词 幽门螺杆菌 耐药 左氧氟沙星 基因突变
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渝东北区地中海贫血常见基因类型的调查研究 被引量:12
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作者 李良琼 熊见 +2 位作者 王长本 周正 陈丙龙 《国际检验医学杂志》 CAS 2015年第6期753-754,757,共3页
目的了解渝东北区人群地中海贫血(简称地贫)基因携带率、基因突变类型及分布特征。方法对2013年1~12月来该院就诊及体检共计28 633例样本进行红细胞参数及血红蛋白电泳过筛,表型阳性的标本再用Gap-PCR和反向斑点杂交(RDB)基因检测... 目的了解渝东北区人群地中海贫血(简称地贫)基因携带率、基因突变类型及分布特征。方法对2013年1~12月来该院就诊及体检共计28 633例样本进行红细胞参数及血红蛋白电泳过筛,表型阳性的标本再用Gap-PCR和反向斑点杂交(RDB)基因检测方法确诊地贫类型。结果 28 633例样本中,检出α和β地贫共1 358例,地贫总携带率为4.74%。其中589例(2.06%)α地贫以αα/--SEA(1.38%)型最常见,其次为-αα/-α3.7(0.37%)和αα/-α4.2(0.20%);741例(2.59%)β地贫中检出14种基因突变类型,以CD41-42(1.27%)型构成比最高,其次为IVS-2-654(0.69%)和CD17(0.30%);α地贫复合β地贫双重杂合子28例。结论渝东北区是地贫发生率较高且遗传较复杂的地区,该研究为该区预防地贫、遗传咨询、诊断等提供了参考借鉴资料。 展开更多
关键词 地中海贫血 基因突变 反向斑点杂交
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肺结核患者结核分枝杆菌利福平基因突变特征及耐药情况 被引量:11
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作者 张幽蕾 周笑 +3 位作者 吴灵君 薄旭芬 陈意 汪宇清 《中华全科医学》 2020年第12期2029-2031,2139,共4页
目的探讨肺结核患者当中的结核分枝杆菌利福平基因发生突变的特征,同时分析其耐药情况,为耐药结核病的预防和治疗提供科学依据。方法选取2016年6月—2018年12月杭州师范大学附属医院收治的肺结核患者532例,依据其痰液中的结核分枝杆菌... 目的探讨肺结核患者当中的结核分枝杆菌利福平基因发生突变的特征,同时分析其耐药情况,为耐药结核病的预防和治疗提供科学依据。方法选取2016年6月—2018年12月杭州师范大学附属医院收治的肺结核患者532例,依据其痰液中的结核分枝杆菌耐药性分为耐药株(218株)及敏感株(314株)。测定2组菌株的rpoB基因序列及最低抑菌浓度(MIC)值水平。结果218株耐药菌株中180株为单重突变耐药菌株,rpoB基因结构分析发现,发生比率最高的突变密码子分别为526位(13.2%)、531位(74.4%)。206株(94.5%)耐药菌株出现至少1个突变位点,且均位于耐利福平决定区(RRDR),12株(5.5%)耐药菌株突变位点在RRDR之外。有4株耐药菌株在RRDR之内发生同义突变,4株耐药菌株在RRDR之外发生同义突变。H37Rv密码子未发生任何突变。有8株敏感菌株发生同义突变在RRDR之外。单重突变菌株的RIF平均MIC值水平为(47.34±2.04)μg/mL,显著低于多种突变菌株平均MIC值水平[(118.24±3.95)μg/mL,t=107.636,P<0.001]。526单密码子平均MIC值水平与531单密码子突变菌株的MIC值水平比较差异无统计学意义(P>0.05)。多重密码子突变菌株的MIC值水平为(116.03±5.06)μg/mL高于单重密码子平均MIC值水平[(47.08±1.31)μg/mL,t=85.530,P<0.001]。结论利福平耐药性机制可能与rpoB基因的起始端531位、526位等突变相关,rpoB基因序列可用于预测结核分枝杆菌中的利福平耐药情况及表型。 展开更多
关键词 肺结核 结核分枝杆菌 利福平 基因突变 耐药
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牛脊柱畸形综合征检测方法的建立与应用 被引量:9
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作者 王洪梅 李建斌 +3 位作者 侯明海 王长法 李秋玲 仲跻峰 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2008年第9期1223-1227,共5页
牛脊柱畸形综合征(Complex vertebral malformation,CVM)是近年来新发现的致死性牛常染色体隐性遗传缺陷病。由于编码UDP-N-乙酰葡糖胺载体的SLC35A3基因发生G→T的突变而引起本病的发生,可引起胎牛死胎、流产、早产。为了解我国正常的... 牛脊柱畸形综合征(Complex vertebral malformation,CVM)是近年来新发现的致死性牛常染色体隐性遗传缺陷病。由于编码UDP-N-乙酰葡糖胺载体的SLC35A3基因发生G→T的突变而引起本病的发生,可引起胎牛死胎、流产、早产。为了解我国正常的荷斯坦牛(黑白花奶牛)的CVM携带和发生情况,建立、应用创造酶切位点PCR(Created restriction site PCR,CRS-PCR)、等位基因特异性PCR(Allele-specific polymerase chain reaction,AS-PCR)检测方法检测了表型正常的436头荷斯坦母牛和93头荷斯坦公牛,检测到3头CVM携带者,其中杂合母牛1头,杂合公牛2头,携带率分别为0.60%、2.20%。此方法简便、可靠,为奶牛CVM有害基因的分型和筛选提供了新的方法和思路,为我国奶牛的分子选育提供了可靠的理论依据。 展开更多
关键词 脊柱畸形综合征 基因突变 AS-PCR CRS-PCR 荷斯坦牛
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非小细胞肺癌患者组织与血清ctDNA突变频谱的一致性及其相关因素分析 被引量:8
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作者 李鹤飞 王海波 +5 位作者 孙振卿 李贲 李伟 史鸿云 贾友超 张锡轩 《现代肿瘤医学》 CAS 北大核心 2021年第17期3023-3026,共4页
目的:探究非小细胞肺癌(NSCLC)患者组织与血清循环肿瘤DNA(ctDNA)突变频谱的一致性及其相关因素分析。方法:选取2019年01月至2019年06月在河北大学附属医院诊断及治疗的NSCLC患者50例,检测所有患者肿瘤组织及ctDNA基因突变情况,同时搜... 目的:探究非小细胞肺癌(NSCLC)患者组织与血清循环肿瘤DNA(ctDNA)突变频谱的一致性及其相关因素分析。方法:选取2019年01月至2019年06月在河北大学附属医院诊断及治疗的NSCLC患者50例,检测所有患者肿瘤组织及ctDNA基因突变情况,同时搜集患者肿瘤相关临床资料,根据基因一致性情况将患者分为一致组与不一致组,使用Logistic回归分析影响一致性的相关因素。结果:肿瘤组织中至少存在一种突变的为96%(48/50),血清中至少存在一种突变的为64%(32/50),组织学与血清ctDNA检测结果一致率为46%(23/50);一致组年龄显著小于不一致组,组织学分级中低分化人数比例、Ⅳ期人数比例、肿瘤>3 cm人数比例、骨转移人数比例显著高于不一致组(P<0.05),多因素Logistic回归分析显示,组织低分化(OR=2.802,P=0.028)、Ⅳ期(OR=8.922,P=0.004)、有骨转移(OR=8.425,P=0.012)是基因突变检测一致性的独立危险因素。结论:NSCLC患者组织与血清ctDNA突变频率一致性受多种因素影响,分化越低,分期越高、伴骨转移的一致性越高。 展开更多
关键词 非小细胞肺癌 循环肿瘤DNA 基因突变 相关因素
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Exploring Biocomplexity in Cancer: A Comprehensive Review
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作者 Andras Szasz Gyula Peter Szigeti 《Open Journal of Biophysics》 2024年第2期154-238,共85页
Living objects have complex internal and external interactions. The complexity is regulated and controlled by homeostasis, which is the balance of multiple opposing influences. The environmental effects finally guide ... Living objects have complex internal and external interactions. The complexity is regulated and controlled by homeostasis, which is the balance of multiple opposing influences. The environmental effects finally guide the self-organized structure. The living systems are open, dynamic structures performing random, stationary, stochastic, self-organizing processes. The self-organizing procedure is defined by the spatial-temporal fractal structure, which is self-similar both in space and time. The system’s complexity appears in its energetics, which tries the most efficient use of the available energies;for that, it organizes various well-connected networks. The controller of environmental relations is the Darwinian selection on a long-time scale. The energetics optimize the healthy processes tuned to the highest efficacy and minimal loss (minimalization of the entropy production). The organism is built up by morphogenetic rules and develops various networks from the genetic level to the organism. The networks have intensive crosstalk and form a balance in the Nash equilibrium, which is the homeostatic state in healthy conditions. Homeostasis may be described as a Nash equilibrium, which ensures energy distribution in a “democratic” way regarding the functions of the parts in the complete system. Cancer radically changes the network system in the organism. Cancer is a network disease. Deviation from healthy networking appears at every level, from genetic (molecular) to cells, tissues, organs, and organisms. The strong proliferation of malignant tissue is the origin of most of the life-threatening processes. The weak side of cancer development is the change of complex information networking in the system, being vulnerable to immune attacks. Cancer cells are masters of adaptation and evade immune surveillance. This hiding process can be broken by electromagnetic nonionizing radiation, for which the malignant structure has no adaptation strategy. Our objective is to review the different sides of living complexity 展开更多
关键词 Complexity Networks SMALL-WORLD genetic mutations SELF-ORGANIZING Self-Symmetry Energetic Balance Entropy Nash Equilibrium GAMES Evolution CANCER Therapy
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小麦赤霉病菌对叶菌唑的抗性风险分析 被引量:6
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作者 张铭 张亚妮 +4 位作者 李伟 邓渊钰 曹淑琳 孙海燕 陈怀谷 《农药学学报》 CAS CSCD 北大核心 2022年第1期73-80,共8页
采用菌丝生长速率法,测定了2012‒2014年采自我国江苏、安徽、山东和河南4个省份的100株小麦赤霉病菌对叶菌唑的敏感性,并通过室内药剂驯化获得叶菌唑抗性突变体,研究了抗性突变体的适合度及CYP51基因序列和表达量。结果表明:叶菌唑对供... 采用菌丝生长速率法,测定了2012‒2014年采自我国江苏、安徽、山东和河南4个省份的100株小麦赤霉病菌对叶菌唑的敏感性,并通过室内药剂驯化获得叶菌唑抗性突变体,研究了抗性突变体的适合度及CYP51基因序列和表达量。结果表明:叶菌唑对供试菌株的EC50值范围为0.04~0.51μg/mL,平均EC50值为(0.18±0.09)μg/mL,供试菌株对叶菌唑的敏感性频率分布呈近似正态的连续性单峰曲线,尚未出现抗药性亚群体,可将该平均EC50值作为敏感性基线的参考值,用于监测田间抗药性的演化。通过室内药剂驯化共获得12株抗性突变体,其中2株表现为中等水平抗性,抗性倍数(RI)分别为14.2和15.8,10株表现为低水平抗性,RI值为3.25~9.05。与亲本菌株相比,部分抗性突变体的菌丝生长速率及分生孢子产生能力均显著降低,所有抗性突变体对小麦的致病力均显著降低。交互抗性研究表明,部分抗性突变体对戊唑醇、丙环唑及咪鲜胺表现为抗性,对丙硫菌唑和三唑酮未表现出抗性;部分抗性突变体仅对戊唑醇表现为抗性,对丙环唑、咪鲜胺、丙硫菌唑和三唑酮均未表现出抗性;所有抗性突变体对氰烯菌酯均表现为敏感。研究表明,小麦赤霉病菌对叶菌唑存在低等抗性风险。与亲本菌株相比,2株中等水平和2株低水平抗性突变体的CYP51基因及启动子序列均未发生突变;4株抗性突变体的CYP51A基因表达量均上调,上调倍数范围为1.33~10.28,推测CYP51A基因表达量上调可能与小麦赤霉病菌对叶菌唑抗性的产生相关。 展开更多
关键词 小麦赤霉病菌 叶菌唑 抗药性机制 交互抗性 抗性风险 基因突变 CYP51基因
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荧光PCR熔解曲线法检测广东韶关地区G6PD缺乏症基因突变 被引量:7
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作者 吴新秀 杨学煌 +1 位作者 曾宪琪 陈亚军 《湖南师范大学学报(医学版)》 2017年第3期-,共4页
目的 :采用荧光PCR熔解曲线法检测广东韶关地区G6PD缺乏基因突变,获得基因突变谱并进行方法学应用评价。方法 :采用荧光PCR熔解曲线法试剂盒对613例G6PD缺乏症表型筛查阳性样本,分两管检测中国人群常见的12种G6PD基因突变(95A>G、383... 目的 :采用荧光PCR熔解曲线法检测广东韶关地区G6PD缺乏基因突变,获得基因突变谱并进行方法学应用评价。方法 :采用荧光PCR熔解曲线法试剂盒对613例G6PD缺乏症表型筛查阳性样本,分两管检测中国人群常见的12种G6PD基因突变(95A>G、383T>C、392G>T、487G>A、517T>C、592C>T、871G>A、1004C>A、1024C>T、1360C>T、1376G>T、1388G>A)。结果 :613例标本中检出基因突变536例(男性365例,女171例,占87.44%),其中:1388G>A突变210例(占37.30%),1376G>T突变213例(占37.83%),95A>G突变55例(占9.77%),871G>A突变49例(占8.70%),1024C>T突变18例(占3.20%),1004C>A突变2例(占0.35%),1360C>T突变4例(占0.71%),383T>C突变1例(占0.18%),392G>T突变10例(占1.78%),517T>C突变1例(占0.18%),没有发现487G>A、592C>T突变类型。另外,女性双重杂合或纯合突变分布情况为:1388G>A纯合突变7例,1376G>T纯合突变4例,871G>A纯合突变1例,1388G>A/1376G>T杂合突变4例,1388G>A/871G>A杂合突变2例,1388G>A/95A>G杂合突变1例,1376G>T/1024C>T杂合突变1例,1376G>T/95A>G杂合突变1例,1376G>T/392G>T杂合突变2例。结论 :1388G>A,1376G>T,95A>G,871G>A,1024C>T,1004C>A,1360C>T,383T>C,392G>T,517T>C是韶关地区最常见的基因突变类型,与已报道的中国南方人群突变谱相近;荧光PCR熔解曲线法G6PD缺乏症基因结果准确,可广泛应用于临床基因检测。 展开更多
关键词 葡萄糖-6-磷酸脱氢酶 荧光PCR熔解曲线 基因突变
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乙肝病毒感染者HBV基因突变与疾病进展的关系研究 被引量:1
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作者 韩素雅 张爽 +8 位作者 唐林 苏秋东 王富珍 王锋 郑徽 邱丰 李红艺 王宇 沈立萍 《中华实验和临床病毒学杂志》 CAS CSCD 2024年第1期21-28,共8页
目的分析乙型肝炎病毒(HBV)感染者在不同疾病进展阶段的HBV全基因序列以及关键位点突变情况, 了解HBV基因特征与疾病进展的关系。方法收集无症状HBV携带者、慢性乙型肝炎患者、肝硬化患者以及原发性肝细胞癌患者四种乙肝感染者的血清样... 目的分析乙型肝炎病毒(HBV)感染者在不同疾病进展阶段的HBV全基因序列以及关键位点突变情况, 了解HBV基因特征与疾病进展的关系。方法收集无症状HBV携带者、慢性乙型肝炎患者、肝硬化患者以及原发性肝细胞癌患者四种乙肝感染者的血清样本和基本信息, 采用巢式PCR法扩增样本获得HBV全基因序列, 构建系统发育树确定样本基因型别, 结合各型别参考序列分析样本的基因突变情况。结果成功扩增256份样本, 包括无症状HBV携带组68例、CHB组118例、LC组15例和HCC组55例, 检出B、C、D、I和C/D重组型5种基因型。结果发现有56个核苷酸位点突变率在四组之间有统计学差异(P<0.05);除发现C105T、A1762T/G1764A、G1899A等一些既往报导的关键位点突变以外, 还发现HCC组的T791A、C1485T、C1023T等位点突变率显著高于其他组;无症状HBV携带组的T2150G、T2151C显著高于其他组;发生缺失突变的序列共计24条, 分布在前S区和前C区, HCC组的缺失突变率显著高于其他组。结论本研究发现T791A、C1485T、C1023T等核苷酸位点置换突变可能与HBV疾病进展密切相关, HCC患者较非HCC患者更容易发生HBV基因缺失, 研究结果为了解病毒变异与HBV感染相关疾病进展的关系提供参考。 展开更多
关键词 乙型肝炎病毒 基因突变 基因型
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Piwi/piRNA调控异常与男性不育症 被引量:7
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作者 王鑫 李智彤 刘默芳 《生命科学》 CSCD 北大核心 2018年第2期169-177,共9页
男性不育是一个全球性的人口与健康问题,主要病因是少弱畸形精子症或不明原因。最近的生殖生物学和临床医学研究发现了一系列与男性不育相关的基因突变和调控通路,促进了对男性不育致病原因及机理的认识。piRNA(piwi-interacting RNA)是... 男性不育是一个全球性的人口与健康问题,主要病因是少弱畸形精子症或不明原因。最近的生殖生物学和临床医学研究发现了一系列与男性不育相关的基因突变和调控通路,促进了对男性不育致病原因及机理的认识。piRNA(piwi-interacting RNA)是2006年发现的一类动物生殖细胞特异性小分子非编码RNA,通过与Piwi家族蛋白结合形成Piwi/piRNA复合物,在沉默转座子、维持生殖细胞基因组稳定性和完整性、调控生殖细胞发育分化和配子形成等过程中发挥不可或缺的重要生物学功能。近期的研究提示,Piwi/piRNA调控通路异常与男性不育相关。现简要总结和概述了近期关于Piwi/piRNA调控通路在精子发生和男性不育中的生物学功能和机制方面的研究进展。 展开更多
关键词 男性不育 PIRNA PIWI 基因突变 精子发生
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地西他滨联合维生素C治疗骨髓增生异常综合征的疗效及机制
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作者 杨福冬 程丽华 +3 位作者 徐锋 张娜 周婕 傅媛媛 《现代临床医学》 2024年第2期93-96,108,共5页
目的:评估地西他滨联合维生素C治疗骨髓增生异常综合征(MDS)的疗效及机制。方法:选取2020年9月至2022年9月在我院初诊MDS患者78例为研究对象,根据患者选择的不同化疗方式分为两组,观察组(38例)应用地西他滨联合维生素C方案治疗,对照组(4... 目的:评估地西他滨联合维生素C治疗骨髓增生异常综合征(MDS)的疗效及机制。方法:选取2020年9月至2022年9月在我院初诊MDS患者78例为研究对象,根据患者选择的不同化疗方式分为两组,观察组(38例)应用地西他滨联合维生素C方案治疗,对照组(40例)单独应用地西他滨治疗,评估两组疗效。所有患者进行MDS相关突变基因检测,分析突变基因特点及与疗效的关系。结果:观察组治疗总反应率高于对照组(76.32%vs55.00%,P<0.05)。MDS患者基因突变检出率为71.79%,TET2突变患者治疗有效率高于对照组(100.00%vs 55.56%,P<0.05)。结论:MDS患者易发生基因突变,地西他滨联合维生素C较单独应用地西他滨治疗MDS临床疗效更显著,且反应应答率高,其机制可能与维生素C激活肿瘤细胞TET2的表达,增强去甲基化作用有关。 展开更多
关键词 骨髓增生异常综合征 地西他滨 维生素C 基因突变 二代测序
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新生儿高胆红素血症117例病因分析 被引量:5
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作者 冯于玲 王婷 +3 位作者 纪青 蒋最明 肖建平 周小桢 《医学研究杂志》 2022年第1期78-83,共6页
目的探讨湖南省株洲地区新生儿高胆红素血症患儿的常见病因,并进行相关UGT1A1基因分析,为临床诊治提供参考依据。方法选取2018年9月~2020年12月笔者医院诊断新生儿高胆红素血症的患儿117例(病例组),完善常规检查调查其病因,并全部进行UG... 目的探讨湖南省株洲地区新生儿高胆红素血症患儿的常见病因,并进行相关UGT1A1基因分析,为临床诊治提供参考依据。方法选取2018年9月~2020年12月笔者医院诊断新生儿高胆红素血症的患儿117例(病例组),完善常规检查调查其病因,并全部进行UGT1A1基因检测;选取同期笔者医院未达新生儿高胆红素血症诊断标准的新生儿65例(对照组),对比两组新生儿的基因检测结果。结果在病例组中,引起高胆红素血症的前4位病因依次为UGT1A1 G71R突变61例,不明原因28例,溶血性疾病27例,感染21例,其中28.21%病例存在混合病因;病例组的UGT1A1基因A等位基因频率明显高于对照组(P<0.05),G71R突变类型对发生重度高胆红素血症差异无统计学意义(P>0.05);未检测到TATA盒突变。结论湖南省株洲地区新生儿高胆红素血症的病因以UGT1A1 G71R突变、不明原因、溶血性疾病、感染为主,部分病例存在混合病因;本研究人群中患儿UGT1A1基因突变以G71R突变为主,G71R突变是株洲地区新生儿发生高胆红素血症的危险因素,但G71R不同突变类型(纯合、杂合)对该地区重度高胆红素血症的发生差异无统计学意义;TATA盒突变可能与株洲地区新生儿高胆红素血症的发生无关。 展开更多
关键词 新生儿高胆红素血症 病因分析 尿苷二磷酸葡萄糖醛酸基转移酶1A1 基因突变
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神经营养因子赖氨酸激酶受体1型基因突变致先天性无痛无汗症1例并文献复习
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作者 王晓宇 曹芳 +1 位作者 罗明鑫 华山 《安徽医药》 CAS 2024年第2期383-386,共4页
目的 报告先天性无痛无汗症(CIPA)1例并文献复习,增加其病因及临床特点的了解,减少误诊误治。方法 采集2021年12月安徽省儿童医院收治的病儿及其父母外周血进行医学全外显子组基因检测,并对候选基因变异进行Sanger测序验证。结果 基因... 目的 报告先天性无痛无汗症(CIPA)1例并文献复习,增加其病因及临床特点的了解,减少误诊误治。方法 采集2021年12月安徽省儿童医院收治的病儿及其父母外周血进行医学全外显子组基因检测,并对候选基因变异进行Sanger测序验证。结果 基因分子遗传学分析结果提示病儿在神经营养因子赖氨酸激酶受体1型(NTRK1)中存在2个分别来自父母双方的杂合突变(c.575-19G>A和c.444C>A),结合病儿临床表现符合CIPA。结论 CIPA为单基因遗传病,临床罕见,基因分子遗传学分析有助于诊断。 展开更多
关键词 遗传性感觉和自主神经性神经病 先天性无痛无汗症 罕见病 基因突变 神经营养因子赖氨酸激酶受体1型
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骨髓增生异常综合征患者基因突变与预后的关系 被引量:5
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作者 张小寒 尼罗帕尔·吐尔逊 +4 位作者 秦玉婷 赵芳 王欢 江明 郝建萍 《中华实用诊断与治疗杂志》 2022年第4期325-329,共5页
目的 观察骨髓增生异常综合征(myelodysplastic syndrome, MDS)患者基因突变特点,探讨其对患者预后的影响。方法 250例MDS患者均采用5-阿扎胞苷治疗,治疗前应用二代测序技术检测MDS患者骨髓中34种髓系肿瘤相关基因突变情况,分析基因突... 目的 观察骨髓增生异常综合征(myelodysplastic syndrome, MDS)患者基因突变特点,探讨其对患者预后的影响。方法 250例MDS患者均采用5-阿扎胞苷治疗,治疗前应用二代测序技术检测MDS患者骨髓中34种髓系肿瘤相关基因突变情况,分析基因突变特点;根据国际预后积分系统(Revised International Prognostic Scoring System, IPSS-R)分为较低危组(IPSS-R积分≤3.5分)110例和较高危组(IPSS-R积分>3.5分)140例,比较2组基因突变情况;中位随访时间20个月,采用Kaplan-Meier生存曲线分析2组不同基因突变者与未突变者中位生存时间的差异;采用多因素Cox回归分析MDS患者预后不良的影响因素。结果 250例患者中178例发生基因突变,基因突变率为71.2%,其中发生1个基因突变66例,2个基因突变43例,3个基因突变30例,>3个基因突变39例,未发生基因突变72例;基因突变率≥10%的有ASXL1基因突变49例(19.6%),TET2基因突变42例(16.8%),SF3B1基因突变38例(15.2%),BCOR基因突变35例(14.0%),U2AF1基因突变33例(13.2%),DNMT3A基因突变28例(11.2%),TP53基因突变25例(10.0%)。较高危组≥3个基因突变比率(32.86%)及BCOR、U2AF1、TP53基因突变率(19.29%、17.14%、14.29%)均高于较低危组(20.91%、7.27%、8.18%、4.55%)(P<0.05),SF3B1基因突变率(5.00%)低于较低危组(28.18%)(χ^(2)=25.682,P<0.001);较高危组患者表观调节、信号转导、细胞周期与凋亡相关基因突变率(43.57%、20.71%、20.00%)均高于较低危组(30.91%、10.91%、5.45%)(P<0.05),剪切因子基因突变率(25.71%)低于较低危组(37.27%)(χ^(2)=3.861,P=0.049)。较低危组与较高危组TP53基因突变患者中位生存时间(11、22个月)均短于未突变者(45、33个月)(Z=—1.787,P=0.037;Z=—4.986,P<0.001),较低危组SF3B1突变患者中位生存时间(52个月)长于未突变者(41个月)(Z=3.149,P=0.002);2组ASXL1、TET2、U2AF1、DNMT3A、RUNX1基因突变者中位生存时间与未突变者比较差异均无统计学意义(P>0.05)。 展开更多
关键词 骨髓增生异常综合征 二代测序 基因突变 TP53基因 SF3B1基因
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泛肿瘤基因突变检测高通量测序基因包的开发及临床验证
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作者 张晓密 梁志坤 +3 位作者 方鹏 陈思远 周南 蒋析文 《现代肿瘤医学》 CAS 2024年第4期623-628,共6页
目的:本研究旨在开发高通量测序基因包(panel)以实现个性化的泛肿瘤突变基因的检测,同时验证其临床适用性。方法:通过公开数据库选择并设计223个肿瘤相关基因的引物组成panel,并以菁良公司的不同百分比结构变异福尔马林固定石蜡包埋(for... 目的:本研究旨在开发高通量测序基因包(panel)以实现个性化的泛肿瘤突变基因的检测,同时验证其临床适用性。方法:通过公开数据库选择并设计223个肿瘤相关基因的引物组成panel,并以菁良公司的不同百分比结构变异福尔马林固定石蜡包埋(formalin-fixed paraffin-embedded,FFPE)标准品、野生型标准品、泛肿瘤800标准品、Horizon Discovery公司的游离DNA标准品为样本完成本panel准确性、重复性和检测限的实验室验证,并利用10例组织样本和2例游离DNA样本进行临床验证。结果:在准确性上,本panel阳性和阴性检出符合率达到100%。在重复性上,利用5%结构变异FFPE标准品具有良好的重复性,而游离DNA标准品重复性一般。在最低检测限上,2.5%结构变异FFPE标准品可稳定检出,最低可检出1%结构变异标准品;游离DNA标准品的最低检测限为0.25%。利用本panel检测临床样本表现出与对照方法良好的一致性。结论:成功开发靶向针对223个肿瘤相关基因的高通量测序panel并完成了分析性能和临床适用性验证,该方法具有协助临床诊断与治疗的潜力。 展开更多
关键词 高通量测序 基因包 泛肿瘤 基因突变
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