RNA-Z曲线及其在病毒基因识别中的应用 被引量：6

1

作者 韩乐 莫忠息 《生物数学学报》 CSCD 2004年第2期245-250,共6页

20世纪90年代中期提出的Z曲线方法从几何学的角度阐明了如何识别基因,并取得了非常好的实验结果.但它是完全基于DNA序列结构构建的,对于识别RNA病毒基因效果并不理想,本文提出的RNA-Z曲线方法则弥补了这一缺陷.

关键词 Z曲线 基因识别 碱基

下载PDF 职称材料

基于ITS2序列的矮地茶药材基因识别 被引量：8

2

作者 答国政 张秀桥 +4 位作者 姚辉 王志平 赵博 张超 胡志刚 《中药材》 CAS CSCD 北大核心 2015年第11期2277-2280,共4页

目的:采用ITS2序列鉴定从市场上收集的矮地茶药材,为保证矮地茶用药安全提供可靠的基因识别方法。方法:收集矮地茶药材基原物种紫金牛及其混伪品共17个物种56份样品,并从NCBI下载6条相关序列,分析上述物种ITS2序列的种内和种间变异位点... 目的:采用ITS2序列鉴定从市场上收集的矮地茶药材,为保证矮地茶用药安全提供可靠的基因识别方法。方法:收集矮地茶药材基原物种紫金牛及其混伪品共17个物种56份样品,并从NCBI下载6条相关序列,分析上述物种ITS2序列的种内和种间变异位点、Kimura 2-parameter(K2P)距离,以邻接(NJ)法构建系统树,建立基于ITS2序列的矮地茶药材DNA条形码鉴定技术方法。同时,从市场上随机收集15份矮地茶药材样品,通过ITS2序列比对和构建系统聚类树判定药材真伪。结果:紫金牛ITS2序列种内K2P距离最大值(0.0059)和平均值(0.0010)均明显小于其与混伪品种间K2P距离最小值(0.0364)和平均值(0.1159),系统NJ树能将紫金牛与混伪品明显区分开;15份矮地茶药材的序列比对和系统NJ树鉴定结果表明,其中13份为正品,2份为混伪品。结论:本研究建立了基于ITS2序列的矮地茶药材DNA条形码鉴定技术方法,为快速检测市场流通的矮地茶药材真伪提供了可借鉴的基因识别方法。 展开更多

关键词 矮地茶 紫金牛 ITS2序列 基因识别

下载PDF 职称材料

国内关于乡村聚落的“基因图谱”构建方法综述

3

作者 孙兆旋 《建筑与文化》 2024年第3期91-92,共2页

“基因图谱”通过系统而直观的图示表达特征与规律,是研究乡村聚落物质与非物质空间的重要方法。文章对国内乡村聚落空间“基因图谱”构建的相关研究进行系统分类总结,选取具有代表性的“空间基因”“景观基因”以及“文化基因”的识别... “基因图谱”通过系统而直观的图示表达特征与规律,是研究乡村聚落物质与非物质空间的重要方法。文章对国内乡村聚落空间“基因图谱”构建的相关研究进行系统分类总结,选取具有代表性的“空间基因”“景观基因”以及“文化基因”的识别、提取以及图谱构建方法进行综述,以期为我国乡村聚落的“基因图谱”研究带来启发。 展开更多

关键词 乡村聚落 基因识别 基因提取 图谱构建 综述

下载PDF 职称材料

基于AR模型的基因芯片数据识别 被引量：5

4

作者 刘敬伟 程乾生 《生物数学学报》 CSCD 2003年第3期328-332,共5页

将自回归模型(AR)模型引入基因芯片数据识别领域,提出了基于自回归模型的时间序列特征提取方法。利用动态时轴弯曲(DTW)作为分类器,在标准的肿瘤基因芯片数据的识别结果表明,本方法能够达到100％的识别率,可以应用于基因芯片数据的识别... 将自回归模型(AR)模型引入基因芯片数据识别领域,提出了基于自回归模型的时间序列特征提取方法。利用动态时轴弯曲(DTW)作为分类器,在标准的肿瘤基因芯片数据的识别结果表明,本方法能够达到100％的识别率,可以应用于基因芯片数据的识别、分类和基因疾病推断。 展开更多

关键词 自回归模型 基因芯片 基因识别 动态时轴弯曲

下载PDF 职称材料

壮族织锦文化基因的识别与分类——基于广西靖西市的田野调查

5

作者 石小瑞 柏贵喜 《民族艺林》 2023年第2期142-150,共9页

文化基因是文化遗传的基本单位,文化基因要素对特定文化的形成起着关键性作用。在壮族人民的主体创作过程中,壮锦内生出了强大的文化基因,这些文化基因为其发展灌注了蓬勃的生命力。文章以靖西壮锦为个案,根据唯一性、突显性、关键性和... 文化基因是文化遗传的基本单位,文化基因要素对特定文化的形成起着关键性作用。在壮族人民的主体创作过程中,壮锦内生出了强大的文化基因,这些文化基因为其发展灌注了蓬勃的生命力。文章以靖西壮锦为个案,根据唯一性、突显性、关键性和可持续复制性的识别原则以及要素解构、类型比较的识别方法识别其纹样、工具、材料、技艺等文化基因,按照各基因要素的重要性和成分属性进行分类,划分为主导基因、亚主导基因和嵌合基因三种类型。以靖西壮锦为个案,对其文化基因进行识别与分类,可以丰富文化基因在少数民族传统手工艺方面的相关研究,拓宽民族文化的研究视角,增强各民族对中华文化的认同。 展开更多

关键词 壮族织锦 文化基因 基因识别 靖西市

下载PDF 职称材料

基于知识编码的剪切位点预测 被引量：3

6

作者 黄金艳 李通化 陈开 《同济大学学报（自然科学版）》 EI CAS CSCD 北大核心 2007年第11期1548-1551,1561,共5页

在现有生物统计中,对脱氧核糖核酸中碱基的编码表达主要限于腺嘌呤,鸟嘌呤,胞嘧啶和胸腺嘧啶4种.但这种编码方式的变量太少,同时没有考虑碱基在脱氧核糖核酸中的位置信息,在剪切位点预测中,准确率不会超过90%.据此采用基于知识的编码方... 在现有生物统计中,对脱氧核糖核酸中碱基的编码表达主要限于腺嘌呤,鸟嘌呤,胞嘧啶和胸腺嘧啶4种.但这种编码方式的变量太少,同时没有考虑碱基在脱氧核糖核酸中的位置信息,在剪切位点预测中,准确率不会超过90%.据此采用基于知识的编码方式,即真剪切位点与假剪切位点的统计差表,结合支持向量机方法,大大提高了剪切位点识别的准确率,并进一步采用碱基的统计特征的多变量编码方式使真给体位点和假给体位点的预报率分别达到96.4%和93.0%,真受体位点和假受体位点的预报率分别达到94.4%和93.0%. 展开更多

关键词 基因识别 支持向量机 剪切位点识别 编码方法

下载PDF 职称材料

基于动态时间规划的基因芯片数据识别 被引量：1

7

作者 刘敬伟 程乾生 《北京大学学报（自然科学版）》 CAS CSCD 北大核心 2002年第5期611-615,共5页

研究了动态时间规划 (DP)在基因芯片数据识别中的应用 ,提出了基因芯片数据的全局最大自相似度的定义以及基于最大自相似度和高维局部片段校对的基因芯片数据自动识别方法。讨论了基于最大相似度建立模板的方法与基于最大相似度的基因... 研究了动态时间规划 (DP)在基因芯片数据识别中的应用 ,提出了基因芯片数据的全局最大自相似度的定义以及基于最大自相似度和高维局部片段校对的基因芯片数据自动识别方法。讨论了基于最大相似度建立模板的方法与基于最大相似度的基因沿校对路径平均的建立模板方法对基因识别和分类的影响。对肿瘤基因的识别实验结果表明 :基于最大相似度的DP算法 (DP MS)能够达到 10 0 %的识别率 ,本方法可以应用于基因芯片数据的识别、分类和基因疾病推断。 展开更多

关键词 数据识别 SMITH-WATERMAN算法 动态时间规划 基因芯片 基因识别 最大相似度 模式识别

下载PDF 职称材料

Z曲线在基因组中应用的研究与展望

8

作者 张爽 黄萍 +2 位作者 藏露 欧阳玉梅 马志强 《生物信息学》 2009年第3期212-214,226,共4页

随着后基因组时代的到来,大规模分子数据的处理和分析的需求变得越来越重要,生物数据的处理方法也层出不穷。这里介绍了一种新的表示DNA序列的模型—Z曲线,并详细的介绍了它的数学原理、和它在识别基因、基因起始位点以及识别Isochore... 随着后基因组时代的到来,大规模分子数据的处理和分析的需求变得越来越重要,生物数据的处理方法也层出不穷。这里介绍了一种新的表示DNA序列的模型—Z曲线,并详细的介绍了它的数学原理、和它在识别基因、基因起始位点以及识别Isochore结构上的应用,最后展望了Z曲线在识别TFBS上的应用。 展开更多

关键词 Z曲线 基因识别 基因起始位点识别 TFBS识别

下载PDF 职称材料

基于稳健判别方法的基因剪切位点识别 被引量：2

9

作者 师玥 金蛟 《数学的实践与认识》 北大核心 2016年第22期202-208,共7页

基因识别是生物信息学研究的一个分支.多元统计中的判别分析方法模型简单、便于解释,处理剪切位点的识别问题效果良好,但极易受到异常值的影响.对于传统判别分析方法,使用稳健统计量进行优化,得到较好的效果,并通过加权方法进一步提高... 基因识别是生物信息学研究的一个分支.多元统计中的判别分析方法模型简单、便于解释,处理剪切位点的识别问题效果良好,但极易受到异常值的影响.对于传统判别分析方法,使用稳健统计量进行优化,得到较好的效果,并通过加权方法进一步提高了判别分析方法的稳健性,取得了更好的识别效果.加权稳健判别分析方法稳健性高、受离群值影响小,对其他分类判别问题具有很好的实际意义和参考价值. 展开更多

关键词 基因识别 剪切位点 异常值 加权稳健判别分析

原文传递

眼科疾病的生物信息学研究进展

10

作者 章爽 高桂平 曾云 《国际眼科杂志》 CAS 北大核心 2022年第9期1490-1495,共6页

生物信息学是一门对基因组学和蛋白质组学进行研究的新兴学科,是生物学、计算机科学、信息工程和统计学的综合交叉学科。在眼科生物基因研究中,角膜、晶状体、房水、玻璃体和视网膜因富含大量的生物信息,是理想的生物信息学研究对象。... 生物信息学是一门对基因组学和蛋白质组学进行研究的新兴学科,是生物学、计算机科学、信息工程和统计学的综合交叉学科。在眼科生物基因研究中,角膜、晶状体、房水、玻璃体和视网膜因富含大量的生物信息,是理想的生物信息学研究对象。基因组学检测技术的高效性和准确性有助于对眼科肿瘤及遗传疾病相关差异表达基因的筛查。蛋白质组学有助于分析眼科疾病状态下眼内液体或细胞中基因表达高低所引起的蛋白表达谱及功能改变,从而揭示疾病的发生机制。本文主要综述生物信息学在眼科疾病的应用,并初步展望其对相关疾病治疗的影响、目前存在的问题及未来的发展趋势。 展开更多

关键词 生物信息学 眼科疾病 基因识别 生物标志物 差异表达基因 信号通路 数据库

下载PDF 职称材料

原核基因识别中的一种负样本生成算法

11

作者 马彬广 《天津理工学院学报》 2004年第1期89-92,共4页

在基因识别的两类算法中,判别算法通常需要正负两类样本来训练参数.在原核生物的基因组中,由于可充当负样本的基因间序列太少,如何产生负样本便成为原核基因识别中的一个问题.本文提供了一种基于"自相似映射"的负样本生成算法... 在基因识别的两类算法中,判别算法通常需要正负两类样本来训练参数.在原核生物的基因组中,由于可充当负样本的基因间序列太少,如何产生负样本便成为原核基因识别中的一个问题.本文提供了一种基于"自相似映射"的负样本生成算法,与通常使用的随机生成算法不同,该算法不需要生成随机数.本文给出了两种负样本生成算法的比较,并初步讨论了自相似性对于DNA序列分析的意义. 展开更多

关键词 基因识别 负样本 自相似映射 Z曲线 FISHER判别 原核 算法

下载PDF 职称材料

基于ITS2序列的禹州漏芦和漏芦药材基因识别 被引量：1

12

作者 陈江平 侯典云 +4 位作者 严绪华 胡志强 魏蒙 胡志刚 汪乐原 《世界科学技术-中医药现代化》 2016年第2期202-208,共7页

目的:应用ITS2序列鉴别禹州漏芦和漏芦药材的真伪,为临床准确用药提供可靠的基因识别方法。方法:收集多基原药材禹州漏芦基原物种蓝刺头和华东蓝刺头共14份样品和漏芦药材基原物种祁州漏芦8份样品,经实验获取ITS2序列,结合GenBank中20... 目的:应用ITS2序列鉴别禹州漏芦和漏芦药材的真伪,为临床准确用药提供可靠的基因识别方法。方法:收集多基原药材禹州漏芦基原物种蓝刺头和华东蓝刺头共14份样品和漏芦药材基原物种祁州漏芦8份样品,经实验获取ITS2序列,结合GenBank中20条相关近缘混伪品序列,建立以上物种和混伪品的DNA条形码鉴定方法;将从市场上收集的11份禹州漏芦和20份漏芦药材的ITS2序列与以上序列进行比对分析和构建系统NJ树。结果:禹州漏芦两个基原物种的序列主导单倍型相同;禹州漏芦和漏芦药材基原物种最大K2P距离均小于其与混伪品的种间最小K2P距离;系统NJ树分析均能准确区分禹州漏芦和漏芦药材与各自混伪品。药材检测结果表明,11份禹州漏芦中10份为正品,1份为伪品;20份漏芦中2份为正品,18份为伪品。结论:本研究建立了基于ITS2序列的禹州漏芦和漏芦药材DNA条形码鉴定方法,可用于快速鉴别禹州漏芦和漏芦药材真伪。 展开更多

关键词 禹州漏芦 漏芦 ITS2序列 基因识别 近缘混伪品

下载PDF 职称材料

基因识别及其算法研究 被引量：1

13

作者 古毅伟 王松 +3 位作者 张旭 张茹 刘建毅 仝辉 《数学的实践与认识》 CSCD 北大核心 2013年第14期66-76,共11页

针对基因识别问题,基于DNA序列的3周期这一性质,首先给出了DNA序列功率和信噪比的快速算法并讨论了不同物种基因类型的阈值确定方法;在此基础上,建立了基于背景噪声抑制和频谱平滑的SNR频谱预处理模型,经过预处理后的频谱不仅大幅度抑... 针对基因识别问题,基于DNA序列的3周期这一性质,首先给出了DNA序列功率和信噪比的快速算法并讨论了不同物种基因类型的阈值确定方法;在此基础上,建立了基于背景噪声抑制和频谱平滑的SNR频谱预处理模型,经过预处理后的频谱不仅大幅度抑制了背景噪声,同时保留了SNR频谱的模式特征.在编码序列识别上,对经典的EPND预测算法进行了改进,使用改进的EPND算法对经过预处理后频谱进行基因识别,实验结果显示这种基因识别模型具有优异的基因识别性能,比传统直接使用基于滑动窗口DFT的EPND识别算法在敏感度、特异性等评价指标上提高了2%-12%左右. 展开更多

关键词 基因识别 频谱分析 噪声抑制 EPND 滤波 信噪比

原文传递

不同DNA序列映射对频谱3-周期性的影响

14

作者 邵建峰 邵伟 +1 位作者 严晓华 赵剑 《南京工业大学学报（自然科学版）》 CAS 北大核心 2012年第5期128-132,共5页

DNA符号序列经过数值映射后其数字序列所具有的频谱3-周期性被认为是用来区分编码区和非编码区的一个重要特征。将常见映射分为4类,讨论了各类映射之间的关系;使用Parzen窗口密度估计法确定不同映射下的3-周期信噪比阈值,并利用在该阈... DNA符号序列经过数值映射后其数字序列所具有的频谱3-周期性被认为是用来区分编码区和非编码区的一个重要特征。将常见映射分为4类,讨论了各类映射之间的关系;使用Parzen窗口密度估计法确定不同映射下的3-周期信噪比阈值,并利用在该阈值下的分类正确率指标对不同映射进行了评价;依据移动序列信噪比曲线给出敏感性、非震荡性2种指标,比较了不同映射在利用3-周期性进行基因编码区域识别上的优劣性。 展开更多

关键词 3-周期性 序列映射 基因识别 信噪比阈值 分类正确率 敏感性 非震荡性

下载PDF 职称材料

支持向量分类器及其在原核生物基因计算识别中的应用

15

作者 黄国华 《湖南第一师范学院学报》 2011年第2期133-136,共4页

以支持向量机为分类器,序列的k-letter词为特征,建立了原核生物的基因识别模型。分别选取已知功能的基因为正样本,和与等长正样本的随机突变序列为负样本组成训练集。5倍交叉实验的结果表示,对于具有不同核函数的支持向量机以及不同长... 以支持向量机为分类器,序列的k-letter词为特征,建立了原核生物的基因识别模型。分别选取已知功能的基因为正样本,和与等长正样本的随机突变序列为负样本组成训练集。5倍交叉实验的结果表示,对于具有不同核函数的支持向量机以及不同长度的词特征,其预测准确率不同,最高的可达94%以上,最差的低于60%;长度为3的词的特征的分类结果最好,其次是长度为4。这说明3联核苷酸为基因序列比较好的统计特征。 展开更多

关键词 支持向量机 基因识别 核函数 K—letter词

下载PDF 职称材料

伯延古镇景观基因识别及基因信息编码保护研究

16

作者 田晓银 于东飞 《工业设计》 2024年第4期126-129,共4页

古镇的景观文化基因承载着古镇的历史,是古镇地域性景观文化的载体,但是近年来古镇的保护面临挑战。景观基因理论是从地理环境、历史文化及艺术价值等方面对古镇进行解析,为古镇景观的保护提供了新的视角。因此,文章以伯延古镇为例,基... 古镇的景观文化基因承载着古镇的历史,是古镇地域性景观文化的载体,但是近年来古镇的保护面临挑战。景观基因理论是从地理环境、历史文化及艺术价值等方面对古镇进行解析,为古镇景观的保护提供了新的视角。因此,文章以伯延古镇为例,基于景观基因理论对伯延古镇进行景观基因识别和提取,并进行信息编码保护研究,以期为古镇景观文化保护提供一定的参考。 展开更多

关键词 伯延古镇 景观基因识别 景观基因信息编码

下载PDF 职称材料

从苗绣母题共享看中华文化共同体意识 被引量：3

17

作者 王淑华 《中南民族大学学报（人文社会科学版）》 CSSCI 北大核心 2022年第7期45-55,182,183,共13页

基于民族工艺文化基因型中材、纹、型、技、意、制的六元结构,对清水江上游苗族织绣母题进行了田野调查与文化基因识别,发现:在共时性条件下,清水江上游苗族各支系共享了大部分的材料、技法、骨架、纹样、匠意和制度文化基因;而在历时... 基于民族工艺文化基因型中材、纹、型、技、意、制的六元结构,对清水江上游苗族织绣母题进行了田野调查与文化基因识别,发现:在共时性条件下,清水江上游苗族各支系共享了大部分的材料、技法、骨架、纹样、匠意和制度文化基因;而在历时性的共享上,苗绣母题与先秦时期中华文化原型高度契合,苗绣母花本是历史上各族人民交流、交往、交融的重要物证,对铸牢中华文化共同体意识具有重要的历史精神凝聚作用。 展开更多

关键词 苗绣母题 文化基因识别 文化基因共享 中华文化共同体意识

下载PDF 职称材料

非物质文化遗产景观基因识别及其意象研究--以羌年为例 被引量：3

18

作者 谭林 《南方农机》 2022年第5期179-183,共5页

羌年是羌族文化的突出体现,也是非遗文化系统的重要组成部分。引入景观基因理论,将传承载体特征、表达形式特征、民俗信仰特征、文化意象特征四个特征维度作为羌年的主导性基因特征,进而构建起羌年景观基因识别的指标体系。研究指出,传... 羌年是羌族文化的突出体现,也是非遗文化系统的重要组成部分。引入景观基因理论,将传承载体特征、表达形式特征、民俗信仰特征、文化意象特征四个特征维度作为羌年的主导性基因特征,进而构建起羌年景观基因识别的指标体系。研究指出,传承羌年须依托祭祀塔、柏枝等关键性空间载体,同时,羌年传承的产品载体具有典型的“六畜”符号特征。此外,羌年集中表达了万物有灵、敬畏自然、新年平安、风调雨顺的复合性文化意象。研究结果有助于提高对羌年文化景观的识别能力、提升民族文化影响力,为羌年的保护、传承与长效发展提供理论依据。 展开更多

关键词 非物质文化遗产 景观基因理论 景观基因识别 文化意象特征 羌年

下载PDF 职称材料

二阶隐马尔科夫模型在基因识别中的应用 被引量：2

19

作者 丰月姣 贺兴时 《佳木斯大学学报（自然科学版）》 CAS 2009年第6期940-942,共3页

对经典隐马尔可夫模型(HMM)的状态转移和输出观测值的假设条件进行改进,提出了一个基于二阶隐马尔科夫模型(second-order HMM:HMM2)的基因识别系统的模型,论述了用该模型和扩展的Viterbi算法发现基因的方法.

关键词 基因识别 二阶隐马尔科夫模型 VITERBI算法

下载PDF 职称材料