期刊文献+
共找到200篇文章
< 1 2 10 >
每页显示 20 50 100
MADS-box基因家族基因重复及其功能的多样性 被引量:22
1
作者 吕山花 孟征 《植物学通报》 CSCD 北大核心 2007年第1期60-70,共11页
基因的重复(duplication)及其功能的多样性(diversification)为生物体新的形态进化提供了原材料。MADS-box基因在植物(特别是被子植物)的进化过程中发生了大规模的基因重复事件而形成一个多基因家族。MADS-box基因家族的不同成员在植物... 基因的重复(duplication)及其功能的多样性(diversification)为生物体新的形态进化提供了原材料。MADS-box基因在植物(特别是被子植物)的进化过程中发生了大规模的基因重复事件而形成一个多基因家族。MADS-box基因家族的不同成员在植物生长发育过程中起着非常重要的作用,在调控开花时间、决定花分生组织和花器官特征以及调控根、叶、胚珠及果实的发育中起着广泛的作用。探讨MADS-box基因家族的进化历史有助于深入了解基因重复及随后其功能分化的过程和机制。本文综述了MADS-box基因家族基因重复及其功能分化式样的研究进展。 展开更多
关键词 MADS-BOX基因 基因重复 功能分化
下载PDF
Genome-wide Analysis of Plant-specific Dof Transcription Factor Family in Tomato 被引量:29
2
作者 Xiaofeng Cai Yuyang Zhang +7 位作者 Chanjuan Zhang Tingyan Zhang Tixu Hu Jie Ye Junhong Zhang Taotao Wang Hanxia Li Zhibiao Ye 《Journal of Integrative Plant Biology》 SCIE CAS CSCD 2013年第6期552-566,共15页
The Dof (DNA binding with One Finger) family encoding single zinc finger proteins has been known as a family of plant-specific transcription factors. These transcription factors are involved in a variety of function... The Dof (DNA binding with One Finger) family encoding single zinc finger proteins has been known as a family of plant-specific transcription factors. These transcription factors are involved in a variety of functions of importance for different biological processes in plants. In the current study, we identified 34 Dof family genes in tomato (Solanum lycopersicum L.), distributed on 11 chromosomes. A complete overview of SlDof genes in tomato is presented, including the gene structures, chromosome locations, phylogeny, protein motifs and evolution pattern. Phylogenetic analysis of 34 SlDof proteins resulted in four classes constituting six clusters. In addition, a comparative analysis between these genes in tomato, Arabidopsis (Arabidopsis thaliana L.) and rice (Oryza sativa L.) was also performed. The tomato Dof family expansion has been dated to recent duplication events, and segmental duplication is predominant for the SlDof genes. Furthermore, the SlDof genes displayed differential expression either in their transcript abundance or in their expression patterns under normal growth conditions. This is the first step towards genome-wide analyses of the Dof genes in tomato. Our study provides a very useful reference for cloning and functional analysis of the members of this gene family in tomato and other species. 展开更多
关键词 DOF TOMATO duplication gene expression MOTIF phylogenetic analysis.
原文传递
蒺藜苜蓿全基因组中WRKY转录因子的鉴定与分析 被引量:24
3
作者 宋辉 南志标 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2014年第2期152-168,共17页
WRKY基因家族是植物基因组内一类重要的转录因子,参与植物许多生理生化过程,如植物发育、代谢以及生物和非生物胁迫。目前,已在多种植物中鉴定出WRKY基因家族,但是关于蒺藜苜蓿(Medicago truncatula L.)WRKY基因家族的系统分析鲜有报道... WRKY基因家族是植物基因组内一类重要的转录因子,参与植物许多生理生化过程,如植物发育、代谢以及生物和非生物胁迫。目前,已在多种植物中鉴定出WRKY基因家族,但是关于蒺藜苜蓿(Medicago truncatula L.)WRKY基因家族的系统分析鲜有报道。文章利用生物信息学方法,从蒺藜苜蓿全基因组中共鉴定出93个WRKY基因,包括81个标准的WRKY基因(19个Ⅰ型基因,49个Ⅱ型基因以及13个Ⅲ型基因)和12个非标准类型的WRKY基因。对这些WRKY基因进行了基因重复、染色体定位、基因结构、保守基序和系统进化等方面的分析。蒺藜苜蓿WRKY基因家族中最近共发生了11次基因重复事件,共涉及24个基因,占全部WRKY基因的26%。染色体物理定位分析表明,蒺藜苜蓿WRKY基因在染色体上呈不均匀分布,存在6个基因簇。对WRKYⅢ型基因的进化分析表明,它们在长期的进化过程中受纯化选择压力。 展开更多
关键词 WRKY 蒺藜苜蓿 基因重复 系统进化 EST表达模式
下载PDF
特发性全面性癫痫的遗传学研究进展 被引量:21
4
作者 姜玉武 谢涵 《北京大学学报(医学版)》 CAS CSCD 北大核心 2013年第2期186-191,共6页
癫痫(epilepsy)是一种世界范围内常见的神经系统疾病。据世界卫生组织(World Health Organiza—tion,WHO)的报告显示,癫痫的患病率在5.0‰~11.2%0,即大约全球有5000万的活动性癫痫患者(经常有癫痫发作并需要抗癫痫药物维持... 癫痫(epilepsy)是一种世界范围内常见的神经系统疾病。据世界卫生组织(World Health Organiza—tion,WHO)的报告显示,癫痫的患病率在5.0‰~11.2%0,即大约全球有5000万的活动性癫痫患者(经常有癫痫发作并需要抗癫痫药物维持治疗者)。 展开更多
关键词 癫痫 全身性 癫痫 失神性 疾病遗传易感性 突变 基因复制
下载PDF
花同源异型MADS-box基因在被子植物中的功能保守性和多样性 被引量:15
5
作者 崔荣峰 孟征 《植物学通报》 CSCD 北大核心 2007年第1期31-41,共11页
MADS-box基因家族成员作为转录调控因子在被子植物花发育调控中发挥关键作用。本文以模式植物拟南芥(Arabidopsisthaliana)和水稻(Oryzasativa)为例,综述了近10年来对被子植物(又称有花植物)两大主要类群——核心真双子叶植物和单子叶... MADS-box基因家族成员作为转录调控因子在被子植物花发育调控中发挥关键作用。本文以模式植物拟南芥(Arabidopsisthaliana)和水稻(Oryzasativa)为例,综述了近10年来对被子植物(又称有花植物)两大主要类群——核心真双子叶植物和单子叶植物花同源异型MADS-box基因的研究成果,分析MADS-box基因在被子植物中的功能保守性和多样性,同时探讨双子叶植物花发育的ABCDE模型在多大程度上适用于单子叶植物。 展开更多
关键词 MADS-BOX基因 被子植物 基因重复 保守性和多样性
下载PDF
新基因水稻OsLSD1的克隆及拟南芥和水稻类LSD1基因家族的生物信息学分析 被引量:17
6
作者 王丽娟 田颖川 何朝族 《生物化学与生物物理进展》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2005年第3期268-274,共7页
类LSD1(LSD1-like) 基因家族是一类特殊的C2C2型锌指蛋白基因,编码植物特有的转录因子. 目前已经研究的2个成员拟南芥LSD1(lesions stimulating disease resistance 1) 和LOL1(LSD-One-Like 1) 基因均参与植物细胞程序化死亡(programmed... 类LSD1(LSD1-like) 基因家族是一类特殊的C2C2型锌指蛋白基因,编码植物特有的转录因子. 目前已经研究的2个成员拟南芥LSD1(lesions stimulating disease resistance 1) 和LOL1(LSD-One-Like 1) 基因均参与植物细胞程序化死亡(programmed cell death, PCD) 的调控. 从水稻cDNA文库中克隆到1个类LSD1基因,命名为OsLSD1. 该基因长988 bp,包含一个432 bp的开放阅读框,推导的氨基酸序列(143个氨基酸) 含有3个内部保守的锌指结构域. DNA印迹结果表明OsLSD1基因在水稻基因组中为单拷贝,且在根、茎和叶中表达. 借助于生物信息学分析技术,从拟南芥和水稻数据库中各识别出5个和7个(包括OsLSD1) 类LSD1基因. 分析了这些类LSD1基因的结构,蛋白质结构域组成. 系统进化分析表明,无论基于编码区的核苷酸或氨基酸序列都可以将这些类LSD1基因分为2类. 虽然不存在拟南芥或水稻特有的类LSD1蛋白,但有些结构域是水稻所特有的,也有些基因是来源于复制事件. 展开更多
关键词 拟南芥 结构域 锌指蛋白基因 氨基酸序列 基因家族 克隆 新基因 生物信息学分析 表达 转录因子
下载PDF
Phylogenetic Analysis of the Plant-specific Zinc Finger-Homeobox and Mini Zinc Finger Gene Families 被引量:16
7
作者 Claude W. dePamphilis 《Journal of Integrative Plant Biology》 SCIE CAS CSCD 2008年第8期1031-1045,共15页
Zinc finger-homeodomain proteins (ZHD) are present in many plants; however, the evolutionary history of the ZHD gene family remains largely unknown. We show here that ZHD genes are plant-specific, nearly all intronl... Zinc finger-homeodomain proteins (ZHD) are present in many plants; however, the evolutionary history of the ZHD gene family remains largely unknown. We show here that ZHD genes are plant-specific, nearly all intronless, and related to MINI ZINC FINGER (MIF) genes that possess only the zinc finger. Phylogenetic analyses of ZHD genes from representative land plants suggest that non.seed plant ZHD genes occupy basal positions and angiosperm homologs form seven distinct clades. Several clades contain genes from two or more major angiosperm groups, including eudicots, monocots, magnoliids, and other basal angiosperms, indicating that several duplications occurred before the diversification of flowering plants. In addition, specific lineages have experienced more recent duplications. Unlike the ZHD genes, MIFs are found only from seed plants, possibly derived from ZHDs by loss of the homeodomain before the divergence of seed plants. Moreover, the MIF genes have also undergone relatively recent gene duplications. Finally, genome duplication might have contributed substantially to the expansion of family size in angiosperms and caused a high level of functional redundancy/overlap in these genes. 展开更多
关键词 gene duplication gene family evolution Mini Zinc Finger PHYSCOMITRELLA POPLAR SELAGINELLA zinc finger-homeodomain proteins
原文传递
番茄热激蛋白90的全基因组鉴定及分析 被引量:16
8
作者 刘云飞 万红建 +7 位作者 杨悦俭 韦艳萍 李志邈 叶青静 王荣青 阮美颖 姚祝平 周国治 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2014年第10期1043-1052,共10页
热激蛋白90(Heat shock protein 90,Hsp90)是植物应对不良环境胁迫产生的一类特定的抗逆蛋白。文章以番茄(Solanum lycopersicum L.)基因组数据为平台,借助生物信息学方法对Hsp90基因家族进行鉴定与分析。结果表明,番茄至少含有7... 热激蛋白90(Heat shock protein 90,Hsp90)是植物应对不良环境胁迫产生的一类特定的抗逆蛋白。文章以番茄(Solanum lycopersicum L.)基因组数据为平台,借助生物信息学方法对Hsp90基因家族进行鉴定与分析。结果表明,番茄至少含有7个Hsp90基因,不均匀分布在6条染色体上,氨基酸序列长度为267~794aa,内含子数目为2~19;共线性分析发现两对基因(Hsp90-1和 Hsp90-3,Hsp90-5和 Hsp90-7)以片段重复形式存在。MEME(Multiple Em for Motif Elicitation)分析显示,番茄Hsp90基因编码的氨基酸序列具有多个保守基序;聚类分析揭示番茄、水稻(Oryza sativaL.)和拟南芥(Arabidopsis thaliana L.)Hsp90基因可以分为5组,存在3对直系同源基因和4对旁系同源基因;基于RNA-seq数据库表达分析发现,3个基因(Hsp90-5、Hsp90-6和Hsp90-7)在营养器官和生殖器官中表达量较高,4个基因(Hsp90-1、Hsp90-2、Hsp90-3和Hsp90-4)除在番茄转色后10 d的果实中表达量较高外,其余组织中表达量均较低;对Hsp90基因启动子序列进行分析,发现了多个参与植物对逆境胁迫的顺式作用元件,如 HSE、CCAAT-box。此外,qRT-PCR 检测结果表明,在叶片热胁迫条件下,番茄Hsp90基因的表达量均存在增强趋势,表明这些基因参与了番茄叶片应对高温胁迫的反应。研究结果为鉴定番茄Hsp90基因的功能和进化起源奠定了基础。 展开更多
关键词 番茄 热激蛋白 基因重复 表达分析
下载PDF
番茄bZIP基因家族的系统进化分析 被引量:14
9
作者 张珍珠 陈秀玲 +3 位作者 王沛文 戚飞 谢莹 王傲雪 《东北农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2014年第9期47-55,共9页
bZIP基因家族是一类广泛存在于真核生物中的转录因子家族,参与多个植物生长发育及生物和非生物胁迫的响应过程。目前,已对多个物种的bZIP基因家族进行信息学分析,而未见番茄中bZIP基因家族的分析报道。通过番茄基因组数据库,鉴定和分析... bZIP基因家族是一类广泛存在于真核生物中的转录因子家族,参与多个植物生长发育及生物和非生物胁迫的响应过程。目前,已对多个物种的bZIP基因家族进行信息学分析,而未见番茄中bZIP基因家族的分析报道。通过番茄基因组数据库,鉴定和分析番茄bZIP转录因子家族,获得76个bZIP基因家族成员;根据系统进化、基因结构和保守序列的分析将这些基因分成16个亚类;染色体分布和遗传分析揭示,番茄bZIP基因家族存在于12条染色体上并主要以片段复制的方式进行扩增。研究结果为揭示番茄和其他物种的bZIP基因家族成员的功能奠定理论基础。 展开更多
关键词 番茄 BZIP 生物信息学 系统进化 基因复制
下载PDF
Gene Duplication and the Evolution of Plant MADS-box Transcription Factors 被引量:14
10
作者 Chiara A.Airoldi Brendan Davies 《Journal of Genetics and Genomics》 SCIE CAS CSCD 2012年第4期157-165,共9页
Since the first MADS-box transcription factor genes were implicated in the establishment of floral organ identity in a couple of model plants, the size and scope of this gene family has begun to be appreciated in a mu... Since the first MADS-box transcription factor genes were implicated in the establishment of floral organ identity in a couple of model plants, the size and scope of this gene family has begun to be appreciated in a much wider range of species. Over the course of millions of years the number of MADS-box genes in plants has increased to the point that the Arabidopsis genome contains more than 100. The understanding gained from studying the evolution, regulation and function of multiple MADS-box genes in an increasing set of species, makes this large plant transcription factor gene family an ideal subject to study the processes that lead to an increase in gene number and the selective birth, death and repurposing of its component members. Here we will use examples taken from the MADS-box gene family to review what is known about the factors that influence the loss and retention of genes duplicated in different ways and examine the varied fates of the retained genes and their associated biological outcomes. 展开更多
关键词 Flower development MADS-box transcription factor gene duplication EVOLUTION
原文传递
基因重复的研究进展 被引量:8
11
作者 彭贵子 陈玲玲 田大成 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2006年第7期886-892,共7页
基因重复是基因通过不等交换、逆转录转座或全基因组重复等途径产生一个与原基因相似的基因或碱基序列。它与生物体基因组大小的进化、新基因的起源、物种的分化以及基因抗突变的能力大小等都密切相关。文章综述了重复基因的产生机制、... 基因重复是基因通过不等交换、逆转录转座或全基因组重复等途径产生一个与原基因相似的基因或碱基序列。它与生物体基因组大小的进化、新基因的起源、物种的分化以及基因抗突变的能力大小等都密切相关。文章综述了重复基因的产生机制、保留机制、选择作用、分化途径以及重复基因进化速率等方面的相关研究,揭示了基因重复对生物进化的重要性,以引起大家对该领域的关注。 展开更多
关键词 基因重复 重复基因 不等交换 逆转录转座 全基因组重复
下载PDF
白鱀豚MHC基因类DQB1座位第二外元的序列变异分析 被引量:3
12
作者 严洁 杨光 +1 位作者 周开亚 魏辅文 《动物学报》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2003年第4期501-507,共7页
测定了 4 5个克隆的白豚 (Lipotesvexillifer)MHCⅡ类基因DQB座位第二外元 172bp的核苷酸序列 ,共获得 15种序列 ,发现了 2 2个变异位点。核苷酸的非同义替换明显多于同义替换 ,并造成了 15个氨基酸的改变。氨基酸的替换趋于集中在假定... 测定了 4 5个克隆的白豚 (Lipotesvexillifer)MHCⅡ类基因DQB座位第二外元 172bp的核苷酸序列 ,共获得 15种序列 ,发现了 2 2个变异位点。核苷酸的非同义替换明显多于同义替换 ,并造成了 15个氨基酸的改变。氨基酸的替换趋于集中在假定的与抗原的选择性识别相关的位点附近。白豚DQB基因的核苷酸和氨基酸序列与文献报道的白鲸 (Delphinapterusleucas)和一角鲸 (Monodonmonoceros)DQB1序列具有较高的同源性。氨基酸序列不具备人及其它一些灵长类动物DQB2基因所共有的基序 (Motif) ,而与牛DQB1基因的基序相近 ,说明本研究得到的白豚MHC序列应属于类DQB1基因。同一个体出现了多种序列的情况 ,提示白豚的DQB基因可能存在着座位重复。白豚的类DQB1座位的序列中存在多种基序的不同组合 ,推测是由于基因转换造成的. 展开更多
关键词 白鱀豚 MHC基因 DQB1座位 序列变异分析 基因重复 基因转换
下载PDF
中国人手足裂畸形患者中染色体10q24.3区域DNA重复突变的鉴定 被引量:11
13
作者 杨威 胡周军 +9 位作者 余晓芬 李气环 张爱菊 邓曦 张爱英 高春生 刘扬 敖杨 罗会元 张学 《中华医学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2006年第10期652-658,共7页
目的鉴定一个中国人手足裂畸形(SHFM)家系的致病突变,揭示该家系中手足裂畸形发生的分子遗传基础。方法回顾家系(4代共5例患者)中3例患者已有X线检查资料,补拍畸形手足外观照片。采集其中2例患者外周血进行高分辨G显带核型分析。从现有... 目的鉴定一个中国人手足裂畸形(SHFM)家系的致病突变,揭示该家系中手足裂畸形发生的分子遗传基础。方法回顾家系(4代共5例患者)中3例患者已有X线检查资料,补拍畸形手足外观照片。采集其中2例患者外周血进行高分辨G显带核型分析。从现有4名家系成员(包括3例患者)外周血样品中提取基因组DNA。针对TP63基因全部16个外显子(包括外显子/内含子交界区)设计并合成引物,以1例患者基因组DNA为模板进行聚合酶链反应(PCR)扩增和产物直接测序。在已知的5个SHFM位点染色体区域选择微卫星标记,通过PCR扩增和聚丙烯酰胺凝胶电泳分析家系成员的基因型。对染色体10q24.3区域SHFM3位点内微卫星标记的多态片段进行测序分析,比较患者和基因型相同的正常对照个体不同等位片段测序峰高度的差别。结果家系中现存3例患者双手均为桡侧指/掌骨缺失,2例患者双足表现中央轴趾/跖骨缺失,1例患者双足仅剩腓侧趾/跖骨,都符合典型手足裂畸形的临床表现。对患者进行高分辨G显带核型分析,未见染色体数目异常或结构畸变;对患者DNA进行TP63基因测序,未发现突变。通过检测微卫星标记进行基因型分析,发现患者在SHFM1、SHFM4和SHFM5三个位点不表现单体型共享,而在SHFM2和SHFM3两个位点则共享某一单体型,提示本家系中手足裂畸形表型可能由SHFM2或SHFM3位点的突变引起。进一步分析SHFM2和SHFM3两个位点微卫星标记的聚丙烯酰胺凝胶电泳结果,发现患者在SHFM3位点的患者共享等位片段呈现信号增强现象。以相同基因型正常人为对照个体进行微卫星标记的比较测序分析,发现患者间共享等位片段的测序峰在患者中增高约1倍。以上结果表明,本家系患者发生了SHFM3位点内的DNA重复。结论首次在中国人手足裂畸形患者中发现染色体10q24.3区域DNA重复突变。 展开更多
关键词 肢畸形 先天性 基因 重复 TP63基因 手足裂畸形
原文传递
Molecular evolution of the rice miR395 gene family 被引量:7
14
作者 Sreelatha GUDDETI De Chun ZHANG +6 位作者 Ai Li LI Chuck H. LESEBERG Hui KANG Xiao Guang LI Wen Xue ZHAI Mitrick A. JOHNS Long MAO 《Cell Research》 SCIE CAS CSCD 2005年第8期631-638,共8页
MicroRNAs (miRNAs) are 20-22 nucleotide non-coding RNAs that play important roles in plant and animal development. They are usually processed from larger precursors that can form stem-loop structures. Among 20 miRNA f... MicroRNAs (miRNAs) are 20-22 nucleotide non-coding RNAs that play important roles in plant and animal development. They are usually processed from larger precursors that can form stem-loop structures. Among 20 miRNA families that are conserved between Arabidopsis and rice, the rice miR395 gene family was unique because it was organized into compact clusters that could be transcribed as one single transcript. We show here that in fact this family had four clusters of total 24 genes. Three of these clusters were segmental duplications. They contained miR395 genes of both 120 bp and 66 bp long. However, only the latter was repeatedly duplicated. The fourth cluster contained miR395 genes of two different sizes that could be the consequences of intergenic recombination of genes from the first three clusters. On each cluster, both 1-duplication and 2-duplication histories were observed based on the sequence similarity between miR395 genes, some of which were nearly identical suggesting a recent origin. This was supported by a miR395 locus survey among several species of the genus Oryza, where two clusters were only found in species with an AA genome, the genome of the cultivated rice. A comparative study of the genomic organization of Medicago truncatula miR395 gene family showed significant expansion of intergenic spaces indicating that the originally clustered genes were drifting away from each other. The diverse genomic organizations of a conserved microRNA gene family in different plant genomes indicated that this important negative gene regulation system has undergone dramatic tune-ups in plant genomes. 展开更多
关键词 gene duplication genome evolution Oryza sativa microRNA.
下载PDF
棉花RAV基因家族的全基因组分析 被引量:9
15
作者 卢合均 周忠丽 +7 位作者 陈浩东 凌键 刘方 蔡小彦 王星星 王春英 王玉红 王坤波 《棉花学报》 CSCD 北大核心 2014年第6期471-482,共12页
在二倍体棉花D5基因组(Gossypium raimondii Ulb.)数据库中鉴定出10个RAV基因,分布于4、5、8、9、13号染色体;在二倍体棉花A2基因组(Gossypium arboreum L.)数据库中鉴定出10个RAV基因,与棉花D5基因组的R AV成员的数量和序列具有一一对... 在二倍体棉花D5基因组(Gossypium raimondii Ulb.)数据库中鉴定出10个RAV基因,分布于4、5、8、9、13号染色体;在二倍体棉花A2基因组(Gossypium arboreum L.)数据库中鉴定出10个RAV基因,与棉花D5基因组的R AV成员的数量和序列具有一一对应的同源关系,推测棉花A、D组的祖先种中可能存在10个RAV基因。对植物R AV蛋白序列做系统发育分析,将R AV成员分为4个组;发现棉花R AV基因可能参与了棉属所特有的基因组多倍化事件的证据。对N CBI中陆地棉(Gssypium hirsutum L.)EST、Unigene数据库做比对统计,得到陆地棉不同组织中R AV基因表达情况;对陆地棉受黄萎病菌胁迫后的荧光定量检测,发现棉花RAV基因与棉花响应黄萎病菌的胁迫相关。 展开更多
关键词 RAV基因 转录因子 AP2结构域 B3结构域 基因复制 黄萎病
下载PDF
文昌鱼特异的基因倍增 被引量:3
16
作者 王蔚 宿兵 王义权 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2005年第1期143-149,共7页
进化生物学和发育生物学的结合产生了一门新兴学科———进化发育生物学,近年来,该领域研究取得了丰硕的成果。头索动物文昌鱼是现存生物中最近似于脊椎动物直接祖先的生物,在与脊椎动物分化后形态改变很小,其基因组未曾经历大规模的基... 进化生物学和发育生物学的结合产生了一门新兴学科———进化发育生物学,近年来,该领域研究取得了丰硕的成果。头索动物文昌鱼是现存生物中最近似于脊椎动物直接祖先的生物,在与脊椎动物分化后形态改变很小,其基因组未曾经历大规模的基因组倍增,在一定程度上反映了脊椎动物祖先型基因组的特征,但在漫长的独立进化历程中基因组自身还是经历了一些变化。文章介绍了几例在文昌鱼支系中独立发生的基因倍增事件(Hox;Evx;HNF 3;Calmodulin like),有力地揭示了文昌鱼虽然与脊椎动物直接祖先极其接近,但其基因组有其自身特性,不能简单地将之等同于脊椎动物直接祖先。 展开更多
关键词 文昌鱼 基因组 基因倍增 进化发育生物学
下载PDF
Duplication and Divergence of Floral MADS-Box Genes in Grasses: Evidence for the Generation and Modification of Novel Regulators 被引量:9
17
作者 Guixia Xu Hongzhi Kong 《Journal of Integrative Plant Biology》 SCIE CAS CSCD 2007年第6期927-939,共13页
The process of flowering is controlled by a hierarchy of floral genes that act as flowering time genes, inflorescence/floral meristem Identity genes, and/or floral organ-identity genes. The most important and well-cha... The process of flowering is controlled by a hierarchy of floral genes that act as flowering time genes, inflorescence/floral meristem Identity genes, and/or floral organ-identity genes. The most important and well-characterized floral genes are those that belong to the MADS-box family of transcription factors. Compelling evidence suggests that floral MADS-box genes have experienced a few large-scale duplication events. In particular, the precore eudicot duplication events have been considered to correlate with the emergence and diversification of core eudicots. Duplication of floral MADS-box genes has also been documented in monocots, particularly In grasses, although a systematic study is lacking. In the present study, by conducting extensive phylogenetlc analyses, we identified pre-Poaceae gene duplication events in each of the AP1, P1, AG, AGL11, AGL2/3/4, and AGL9gene lineages. Comparative genomic studies further indicated that some of these duplications actually resulted from the genome doubling event that occurred 66-70 million years ago (MYA). In addition, we found that after gene duplication, exonization (of intron sequences) and pseudoexonization (of exon sequences) have contributed to the divergence of duplicate genes in sequence structure and, possibly, gene function. 展开更多
关键词 DIVERGENCE Oryza sativa gene duplication genome doubling event grasses MADS-box genes.
原文传递
Genome-wide identification and co-expression network analysis of the Os NF-Y gene family in rice 被引量:9
18
作者 Wenjie Yang Zhanhua Lu +1 位作者 Yufei Xiong Jialing Yao 《The Crop Journal》 SCIE CAS CSCD 2017年第1期21-31,共11页
Nuclear factor Y(NF-Y) is a ubiquitous transcription factor that regulates important physiological and developmental processes. In this study, we identified 34 Os NF-Y genes in rice, including 6 newly identified genes... Nuclear factor Y(NF-Y) is a ubiquitous transcription factor that regulates important physiological and developmental processes. In this study, we identified 34 Os NF-Y genes in rice, including 6 newly identified genes. Expression profile analysis covering the whole life cycle revealed that transcripts of Os NF-Y differentially accumulated in a tissue-specific,preferential or constitutive manner. In addition, gene duplication studies and expression analyses were performed to determine the evolutionary origins of the Os NF-Y gene family.Nine Os NF-Y genes were differentially expressed after treatment of seedlings with one or more abiotic stresses such as drought, salt and cold. Analysis of expression correlation and Gene Ontology annotation suggested that Os NF-Y genes were co-expressed with genes that participated in stress, accumulation of seed storage reserves, and plant development.Co-expression analysis also revealed that Os NF-Y genes might interact with each other,suggesting that NF-Y subunits formed complexes that take part in transcriptional regulation. These results provide useful information for further elucidating the function of the NF-Y family and their regulatory pathways. 展开更多
关键词 Abiotic stress gene duplication Nuclear factor Y NF-Y Oryza sativa
下载PDF
Duplication and divergent evolution of the CHS and CHS-like genes in the chalcone synthase(CHS)superfamily 被引量:7
19
作者 YANG Ji GU Hongya 《Chinese Science Bulletin》 SCIE EI CAS 2006年第5期505-509,共5页
The enzymes of the CHS-superfamily are responsible for biosynthesis of a wide range of natural products in plants. They are important for flower pigmentation, protection against UV light and defense against phytopatho... The enzymes of the CHS-superfamily are responsible for biosynthesis of a wide range of natural products in plants. They are important for flower pigmentation, protection against UV light and defense against phytopathogens. Many plants were found to contain multiple copies of CHS genes. This review summarizes the recent progress in the studies of the CHS-superfamily, focusing on the duplication and divergent evolution of the CHS and CHS-like genes. Comparative analyses of gene structure, ex- pression patterns and catalytic properties revealed extensive differentiation in both regulation and func- tion among duplicate CHS genes. It is also proposed that the CHS-like enzymes in the CHS-superfamily evolved from CHS at different times in various or- ganisms. The CHS-superfamily thus offers a valuable model to study the rates and patterns of sequence divergence between duplicate genes. 展开更多
关键词 苯基苯乙烯酮合酶 基因复制 分裂演进 CHS基因 植物生物化学
原文传递
鳙Sox基因克隆及序列进化分析 被引量:8
20
作者 郭稳杰 俞小牧 童金苟 《水生生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2014年第4期664-668,共5页
利用简并引物SoxN和Sox9在鳙基因组DNA中进行PCR扩增和产物克隆测序,并对序列进行同源性比较和系统进化分析。结果表明本文鉴定出鳙15个Sox基因HMG盒序列,分别属于SoxB、SoxC和SoxE组,依据斑马鱼同源基因将其分别命名为Sox1a、Sox1b、S... 利用简并引物SoxN和Sox9在鳙基因组DNA中进行PCR扩增和产物克隆测序,并对序列进行同源性比较和系统进化分析。结果表明本文鉴定出鳙15个Sox基因HMG盒序列,分别属于SoxB、SoxC和SoxE组,依据斑马鱼同源基因将其分别命名为Sox1a、Sox1b、Sox2、Sox3、Sox4a、Sox4b、Sox9a、Sox9b、Sox10、Sox11b、Sox12、Sox14a、Sox14b、Sox19和Sox21a。基于鳙和斑马鱼Sox1、Sox4和Sox9基因核苷酸序列构建的系统进化树显示这3个Sox基因的复制时间发生在鳙和斑马鱼的分化之前,结果支持了鱼类特异的基因组复制假说。以Sox1a、Sox1b和Sox4基因为分子钟标记构建系统进化树探讨鳙和斑马鱼的分化时间,结果显示,同属于鲤科鱼类的鳙(鲤亚科)和斑马鱼(鱼丹亚科)在原始的鱼丹亚科鱼类中存在一个共同祖先,大约出现在63.7百万年前。研究结果为进一步研究鱼类Sox基因复制和基因组进化等问题提供了重要参考资料。 展开更多
关键词 SOX基因 基因组加倍 系统进化树 分化时间
下载PDF
上一页 1 2 10 下一页 到第
使用帮助 返回顶部