-
题名水平聚类分簇和垂直分组的大规模长序列多比对
被引量：1
- 1
-
-
作者
王淋
钟诚
-
机构
广西大学计算机与电子信息学院
广西高校并行分布与智能计算重点实验室
-
出处
《小型微型计算机系统》
CSCD
北大核心
2023年第10期2353-2361,共9页
-
基金
国家自然科学基金项目(61962004,61462005)资助.
-
文摘
为解决现有算法在大规模长序列数据集上耗时过长的问题,提出一种融合水平聚类分簇和垂直分组的多序列比对方法.采用mBed方法和简并字母表方法将序列集编码为数值向量集,利用二分k-means算法聚类数值向量集并将序列集划分成多个水平簇;提出最长兼容链构建算法和簇内序列垂直分割方法,进而设计簇内序列垂直分组方法将每个水平簇划分为多个垂直分组,分别比对各垂直分组,以获得各个水平簇内序列的比对结果;设计针对水平簇集的簇间序列垂直分组方法和带有Gap类型推断的动态规划渐进比对方法,将长序列集垂直划分为多个簇间分组并分别进行对准,以实现大规模长序列的比对.实验结果表明,与同类算法相比,本文方法在维持较高比对精度的同时,显著地减少了比对的时间开销.
-
关键词
测序长序列
多比对
水平分簇
垂直分组
最长兼容链
gap类型推断
-
Keywords
sequencing long reads
multiple alignment
horizontal clustering
vertical grouping
longest compatible chain
gap inference
-
分类号
TP301
[自动化与计算机技术—计算机系统结构]
-
