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基于动态加权PPI网络的关键蛋白质识别算法
被引量：
5
1
作者
杨书新
鲁纪华
汤达荣
《计算机应用研究》
CSCD
北大核心
2019年第2期367-370,379,共5页
与静态PPI网络相比,动态PPI网络更能体现蛋白质之间相互作用的真实情况,并有效降低PPI网络中的假阴性。现有的关键蛋白质预测方法主要应用在静态PPI网络,忽视了PPI网络的动态特性。为有效预测关键蛋白质,利用基因表达数据提取蛋白质的...
与静态PPI网络相比,动态PPI网络更能体现蛋白质之间相互作用的真实情况,并有效降低PPI网络中的假阴性。现有的关键蛋白质预测方法主要应用在静态PPI网络,忽视了PPI网络的动态特性。为有效预测关键蛋白质,利用基因表达数据提取蛋白质的动态信息,再结合静态PPI网络构建动态PPI网络,然后引入GO术语对网络加权,并基于动态加权PPI网络提出一种新的预测方法——DWE。该方法以蛋白质在动态网络中的动态加权边之和与蛋白质在动态网络中出现的次数的比值衡量蛋白质在网络中的关键性。实验结果表明动态加权PPI网络有助于提高关键蛋白质的预测精度,且DWE方法优于其他几种关键蛋白质预测方法。
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关键词
动态网络
关键蛋白质
go
术语
动态加权PPI网络
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职称材料
基于GO体系的基因功能相似性度量方法
被引量：
1
2
作者
张树波
赖剑煌
《计算机应用与软件》
CSCD
2016年第1期31-37,共7页
比较基因或基因产物功能上的相似性是生命科学研究的一项重要内容,它在生物大分子功能预测、基因聚类、生物网络分析和疾病相关基因筛选等方面具有广泛的应用。计算基因之间的功能相似性已经成为生物信息学研究的基础性工作。基因本体GO...
比较基因或基因产物功能上的相似性是生命科学研究的一项重要内容,它在生物大分子功能预测、基因聚类、生物网络分析和疾病相关基因筛选等方面具有广泛的应用。计算基因之间的功能相似性已经成为生物信息学研究的基础性工作。基因本体GO(Gene Ontology)体系集成了多种异质数据库的信息,用结构化的自然语言术语对基因和基因产物的功能进行注释和分类,是研究基因功能相似性的有力工具。从GO术语之间相似性、基因之间功能相似性两个方面,总结和评述过去十几年里,人类利用生物信息学方法在语义水平上研究基因功能相似性的进展和取得的成果,分析基因功能相似性计算方法存在的问题和面临的挑战,指出基于GO体系的基因功能相似性度量方法今后的主要研究方向。
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关键词
基因本体
go
术语
语义相似性
功能相似性
最短路径
信息量
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职称材料
一种新型的蛋白质复合物挖掘算法
3
作者
许睿
金松林
王廷雨
《河南科技学院学报（自然科学版）》
2017年第1期60-64,70,共6页
随着人类基因组计划的完成,如何从蛋白质网络的结构特性出发,有效地识别蛋白质复合物和功能模块正成为蛋白质组学研究的重点.提出一种新型的蛋白质复合物挖掘算法,首先分析蛋白质网络的结构特征,依据每个蛋白质的GO术语相似性对蛋白质...
随着人类基因组计划的完成,如何从蛋白质网络的结构特性出发,有效地识别蛋白质复合物和功能模块正成为蛋白质组学研究的重点.提出一种新型的蛋白质复合物挖掘算法,首先分析蛋白质网络的结构特征,依据每个蛋白质的GO术语相似性对蛋白质网络进行加权,再通过不断地迭代传播,将各节点划分到稳定的集合中,从而识别出蛋白质复合物.该算法与CPM算法(k=3)及Core-Attachment算法进行对照实验,结果表明该算法在预测得到的蛋白质复合物的匹配程度和复合物的功能富集性等方面更有优势.
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关键词
蛋白质网络
go
术语
蛋白质相互作用
蛋白质复合物
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职称材料
一种新的加权功能相似性算法在蛋白质相互作用研究中的应用
4
作者
王东
须涛
+1 位作者
李令锦
杜林方
《应用与环境生物学报》
CAS
CSCD
北大核心
2010年第3期420-423,共4页
基于GO术语衡量基因产物之间的相似性主要是通过语义相似性进行,此类方法主要是先计算GO术语之间的相似性,然后再通过与GO术语相关的基因产物的相似性两步来实现的.第一步GO术语之间的相似性已经有了大量的研究,但是关于第二步的功能相...
基于GO术语衡量基因产物之间的相似性主要是通过语义相似性进行,此类方法主要是先计算GO术语之间的相似性,然后再通过与GO术语相关的基因产物的相似性两步来实现的.第一步GO术语之间的相似性已经有了大量的研究,但是关于第二步的功能相似性研究却很少,针对平均化计算功能相似性的一些缺陷,提出了一种新的加权的功能相似性计算方法——wfcSim方法.应用DIP数据库中人类和线虫的蛋白质相互作用数据,通过ROC曲线对基于平均化、基于最大化、Wang和wfcSim等4种功能相似性研究方法进行了评估,结果表明,与前人通常使用的基于平均的方法相比,wfcSim方法在功能相似性分析方面具有较高的优越性.
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关键词
语义相似性
功能相似性
蛋白质相互作用
go
术语
wfcSim方法
原文传递
题名
基于动态加权PPI网络的关键蛋白质识别算法
被引量：
5
1
作者
杨书新
鲁纪华
汤达荣
机构
江西理工大学信息工程学院
出处
《计算机应用研究》
CSCD
北大核心
2019年第2期367-370,379,共5页
基金
国家自然科学基金资助项目(61662028
41362015)
江西省教育厅重点科技项目(GJJ161566)
文摘
与静态PPI网络相比,动态PPI网络更能体现蛋白质之间相互作用的真实情况,并有效降低PPI网络中的假阴性。现有的关键蛋白质预测方法主要应用在静态PPI网络,忽视了PPI网络的动态特性。为有效预测关键蛋白质,利用基因表达数据提取蛋白质的动态信息,再结合静态PPI网络构建动态PPI网络,然后引入GO术语对网络加权,并基于动态加权PPI网络提出一种新的预测方法——DWE。该方法以蛋白质在动态网络中的动态加权边之和与蛋白质在动态网络中出现的次数的比值衡量蛋白质在网络中的关键性。实验结果表明动态加权PPI网络有助于提高关键蛋白质的预测精度,且DWE方法优于其他几种关键蛋白质预测方法。
关键词
动态网络
关键蛋白质
go
术语
动态加权PPI网络
Keywords
dynamic network
essential proteins
go
terms
dynamic weighted PPI network
分类号
TP301.6 [自动化与计算机技术—计算机系统结构]
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职称材料
题名
基于GO体系的基因功能相似性度量方法
被引量：
1
2
作者
张树波
赖剑煌
机构
广州航海学院
广东省信息安全技术重点实验室
中山大学信息技术与科学学院
出处
《计算机应用与软件》
CSCD
2016年第1期31-37,共7页
基金
国家自然科学基金项目(60675016
60633030)
文摘
比较基因或基因产物功能上的相似性是生命科学研究的一项重要内容,它在生物大分子功能预测、基因聚类、生物网络分析和疾病相关基因筛选等方面具有广泛的应用。计算基因之间的功能相似性已经成为生物信息学研究的基础性工作。基因本体GO(Gene Ontology)体系集成了多种异质数据库的信息,用结构化的自然语言术语对基因和基因产物的功能进行注释和分类,是研究基因功能相似性的有力工具。从GO术语之间相似性、基因之间功能相似性两个方面,总结和评述过去十几年里,人类利用生物信息学方法在语义水平上研究基因功能相似性的进展和取得的成果,分析基因功能相似性计算方法存在的问题和面临的挑战,指出基于GO体系的基因功能相似性度量方法今后的主要研究方向。
关键词
基因本体
go
术语
语义相似性
功能相似性
最短路径
信息量
Keywords
Gene ontology
go
terminology Semantic similarity Functional similarity Shortest path Information amount
分类号
TP3-05 [自动化与计算机技术—计算机科学与技术]
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职称材料
题名
一种新型的蛋白质复合物挖掘算法
3
作者
许睿
金松林
王廷雨
机构
河南科技学院信息工程学院
出处
《河南科技学院学报（自然科学版）》
2017年第1期60-64,70,共6页
文摘
随着人类基因组计划的完成,如何从蛋白质网络的结构特性出发,有效地识别蛋白质复合物和功能模块正成为蛋白质组学研究的重点.提出一种新型的蛋白质复合物挖掘算法,首先分析蛋白质网络的结构特征,依据每个蛋白质的GO术语相似性对蛋白质网络进行加权,再通过不断地迭代传播,将各节点划分到稳定的集合中,从而识别出蛋白质复合物.该算法与CPM算法(k=3)及Core-Attachment算法进行对照实验,结果表明该算法在预测得到的蛋白质复合物的匹配程度和复合物的功能富集性等方面更有优势.
关键词
蛋白质网络
go
术语
蛋白质相互作用
蛋白质复合物
Keywords
protein network
go
terms
protein interaction
protein complex
分类号
TP301.6 [自动化与计算机技术—计算机系统结构]
下载PDF
职称材料
题名
一种新的加权功能相似性算法在蛋白质相互作用研究中的应用
4
作者
王东
须涛
李令锦
杜林方
机构
四川大学生物资源与生态环境教育部重点实验室
四川大学纳米生物医学技术与膜生物学研究所
出处
《应用与环境生物学报》
CAS
CSCD
北大核心
2010年第3期420-423,共4页
基金
"十一五"国家科技支撑计划项目(No.2006BA F07B01)资助~~
文摘
基于GO术语衡量基因产物之间的相似性主要是通过语义相似性进行,此类方法主要是先计算GO术语之间的相似性,然后再通过与GO术语相关的基因产物的相似性两步来实现的.第一步GO术语之间的相似性已经有了大量的研究,但是关于第二步的功能相似性研究却很少,针对平均化计算功能相似性的一些缺陷,提出了一种新的加权的功能相似性计算方法——wfcSim方法.应用DIP数据库中人类和线虫的蛋白质相互作用数据,通过ROC曲线对基于平均化、基于最大化、Wang和wfcSim等4种功能相似性研究方法进行了评估,结果表明,与前人通常使用的基于平均的方法相比,wfcSim方法在功能相似性分析方面具有较高的优越性.
关键词
语义相似性
功能相似性
蛋白质相互作用
go
术语
wfcSim方法
Keywords
semantic similarity
functional similarity
protein-protein interaction
Gene Ontology
wfcSim al
go
rithm
分类号
Q51 [生物学—生物化学]
原文传递
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
基于动态加权PPI网络的关键蛋白质识别算法
杨书新
鲁纪华
汤达荣
《计算机应用研究》
CSCD
北大核心
2019
5
下载PDF
职称材料
2
基于GO体系的基因功能相似性度量方法
张树波
赖剑煌
《计算机应用与软件》
CSCD
2016
1
下载PDF
职称材料
3
一种新型的蛋白质复合物挖掘算法
许睿
金松林
王廷雨
《河南科技学院学报（自然科学版）》
2017
0
下载PDF
职称材料
4
一种新的加权功能相似性算法在蛋白质相互作用研究中的应用
王东
须涛
李令锦
杜林方
《应用与环境生物学报》
CAS
CSCD
北大核心
2010
0
原文传递
已选择
0
条
导出题录
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参考文献
引证文献
统计分析
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