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ABEEMσπ/MM模型对蛋白质G_A88/G_B88水溶液动力学性质的研究
被引量：
4
1
作者
杨忠志
王晶晶
刘翠
《辽宁师范大学学报（自然科学版）》
CAS
2012年第4期493-498,共6页
应用ABEEMσπ/MM(σπ水平的原子与键电负性均衡方法融合进分子力学)浮动电荷模型以及显性ABEEM-7P水模型,对GA88和GB88两个蛋白质分子进行了分子动力学模拟.分析了2个蛋白质的动力学性质,包括蛋白质的回旋半径、疏水表面积和亲水表面...
应用ABEEMσπ/MM(σπ水平的原子与键电负性均衡方法融合进分子力学)浮动电荷模型以及显性ABEEM-7P水模型,对GA88和GB88两个蛋白质分子进行了分子动力学模拟.分析了2个蛋白质的动力学性质,包括蛋白质的回旋半径、疏水表面积和亲水表面积、各类原子位置的均方根偏差以及氢键分布.通过对比水溶液和真空下2个蛋白质的回旋半径,表明该模型很好地体现了蛋白质的"电致紧缩"现象;对疏水表面积和亲水表面积的计算表明,GB88中残基与溶剂的相互作用更强一些;非氢原子位置的均方根偏差及氢键分布情况与实验结构相比较表明,ABEEMσπ/MM浮动电荷模型模拟的GA88和GB88的结构与实验结构有很好的一致性,进而说明该模型的合理性和参数的可转移性.
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关键词
分子动力学模拟
浮动电荷力场
ABEEMσπ
MM
ga
88
GB
88
回旋半径
氢键分布
下载PDF
职称材料
ABEEM_(σπ)和OPLS-AA力场对蛋白质G_A88/G_B88的分子动力学模拟
被引量：
3
2
作者
王晶晶
刘翠
杨忠志
《高等学校化学学报》
SCIE
EI
CAS
CSCD
北大核心
2013年第1期142-148,共7页
将原子与键电负性均衡方法融入分子力学方法,即利用ABEEMσπ浮动电荷力场与ABEEM-7P水模型相结合的方法及OPLS-AA固定电荷力场方法,对GA88和GB88蛋白进行了水溶液(温度295 K)和真空中的分子动力学模拟.比较两种方法得到的两个蛋白质的...
将原子与键电负性均衡方法融入分子力学方法,即利用ABEEMσπ浮动电荷力场与ABEEM-7P水模型相结合的方法及OPLS-AA固定电荷力场方法,对GA88和GB88蛋白进行了水溶液(温度295 K)和真空中的分子动力学模拟.比较两种方法得到的两个蛋白质的结构与实验结构的均方根偏差,分析了两种方法得到的两个蛋白质的回旋半径、氢键分布、径向分布及电荷分布情况.结果表明,ABEEMσπ和OPLS-AA力场均能正确模拟蛋白质结构,得到的各项偏差值接近,但从各偏差的波动大小可见,ABEEMσπ力场的模拟更稳定;回旋半径模拟很好地体现了蛋白质的'电致紧缩'现象;氢键分布、径向分布及电荷分布表明,与OPLS-AA固定电荷力场相比,ABEEMσπ浮动电荷力场能更好地体现蛋白质和周围水分子的极化效应.
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关键词
原子与键电负性均衡方法
分子力场
OPLSAA固定电荷力场
ga
88
GB
88
蛋白
分子动力学模拟
动力学性质
下载PDF
职称材料
题名
ABEEMσπ/MM模型对蛋白质G_A88/G_B88水溶液动力学性质的研究
被引量：
4
1
作者
杨忠志
王晶晶
刘翠
机构
辽宁师范大学化学化工学院
出处
《辽宁师范大学学报（自然科学版）》
CAS
2012年第4期493-498,共6页
基金
国家自然科学基金项目(21133005
20633050)
文摘
应用ABEEMσπ/MM(σπ水平的原子与键电负性均衡方法融合进分子力学)浮动电荷模型以及显性ABEEM-7P水模型,对GA88和GB88两个蛋白质分子进行了分子动力学模拟.分析了2个蛋白质的动力学性质,包括蛋白质的回旋半径、疏水表面积和亲水表面积、各类原子位置的均方根偏差以及氢键分布.通过对比水溶液和真空下2个蛋白质的回旋半径,表明该模型很好地体现了蛋白质的"电致紧缩"现象;对疏水表面积和亲水表面积的计算表明,GB88中残基与溶剂的相互作用更强一些;非氢原子位置的均方根偏差及氢键分布情况与实验结构相比较表明,ABEEMσπ/MM浮动电荷模型模拟的GA88和GB88的结构与实验结构有很好的一致性,进而说明该模型的合理性和参数的可转移性.
关键词
分子动力学模拟
浮动电荷力场
ABEEMσπ
MM
ga
88
GB
88
回旋半径
氢键分布
Keywords
molecular dynamic simulations
fluctuating charge force field
ABEEMσπ/MM
ga
88
/GB
88
radius of gyration
distribution of hydrogen bond
分类号
O641.121 [理学—物理化学]
下载PDF
职称材料
题名
ABEEM_(σπ)和OPLS-AA力场对蛋白质G_A88/G_B88的分子动力学模拟
被引量：
3
2
作者
王晶晶
刘翠
杨忠志
机构
辽宁师范大学化学化工学院
出处
《高等学校化学学报》
SCIE
EI
CAS
CSCD
北大核心
2013年第1期142-148,共7页
基金
国家自然科学基金重点项目(批准号:21133005
21073080)资助
文摘
将原子与键电负性均衡方法融入分子力学方法,即利用ABEEMσπ浮动电荷力场与ABEEM-7P水模型相结合的方法及OPLS-AA固定电荷力场方法,对GA88和GB88蛋白进行了水溶液(温度295 K)和真空中的分子动力学模拟.比较两种方法得到的两个蛋白质的结构与实验结构的均方根偏差,分析了两种方法得到的两个蛋白质的回旋半径、氢键分布、径向分布及电荷分布情况.结果表明,ABEEMσπ和OPLS-AA力场均能正确模拟蛋白质结构,得到的各项偏差值接近,但从各偏差的波动大小可见,ABEEMσπ力场的模拟更稳定;回旋半径模拟很好地体现了蛋白质的'电致紧缩'现象;氢键分布、径向分布及电荷分布表明,与OPLS-AA固定电荷力场相比,ABEEMσπ浮动电荷力场能更好地体现蛋白质和周围水分子的极化效应.
关键词
原子与键电负性均衡方法
分子力场
OPLSAA固定电荷力场
ga
88
GB
88
蛋白
分子动力学模拟
动力学性质
Keywords
Atom-bond electrone
ga
tivity equalization method/molecular mechanics
OPLS-AA fixed-pointcharge force field
Protein
ga
88
/
ga
88
Molecular dynamics simulation
Dynamic property
分类号
O641 [理学—物理化学]
下载PDF
职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
ABEEMσπ/MM模型对蛋白质G_A88/G_B88水溶液动力学性质的研究
杨忠志
王晶晶
刘翠
《辽宁师范大学学报（自然科学版）》
CAS
2012
4
下载PDF
职称材料
2
ABEEM_(σπ)和OPLS-AA力场对蛋白质G_A88/G_B88的分子动力学模拟
王晶晶
刘翠
杨忠志
《高等学校化学学报》
SCIE
EI
CAS
CSCD
北大核心
2013
3
下载PDF
职称材料
已选择
0
条
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引用分析
参考文献
引证文献
统计分析
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