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中国中南部G8P[8]型A组轮状病毒全基因组遗传特征研究 被引量：1
1
作者 熊光萍 田毅 +10 位作者 范佳欣 唐晓苹 董梦洁 车如意 李伟红 唐梅荣 周珺 刘颂 王铭月 李丹地 段招军 《病毒学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第1期27-37,共11页
G8基因型轮状病毒已在我国出现并迅速增加。本研究拟对采集于中国中南部5岁以下急性胃肠炎患儿的7例G8P[8]型RVA毒株进行全基因组分子特征分析。对轮状病毒特异性扩增结合高通量测序方法对中国中南部14株G8P[8]型RVA毒株进行全基因组测... G8基因型轮状病毒已在我国出现并迅速增加。本研究拟对采集于中国中南部5岁以下急性胃肠炎患儿的7例G8P[8]型RVA毒株进行全基因组分子特征分析。对轮状病毒特异性扩增结合高通量测序方法对中国中南部14株G8P[8]型RVA毒株进行全基因组测序。利用MEGA11.0、Geneious Prime、Geneious9.0.2和DNASTAR软件对RVA毒株进行全序列及遗传变异和进化分析。7株G8P[8]型RVA的基因分型为G8-P[8]-I2-R2-C2-M2-A2-N2-T2-E1-H2,显示为DS-1样基因型。系统进化树结果显示,本研究中国中南部7株G8P[8]分为两大谱系G8-I(13株)和谱系G8-Ⅱ(1株),VP7的最大分支可信度(MCC)树表明,G8的平均进化率估计为1.4×10^(-3)替换/位点/年。G8P[8]基因型RVA在我国包括两个谱系,从该病毒在中国的出现到该病毒在中国的流行传播将经过1~2年,持续的全国RVA监测至关重要。 展开更多
关键词 轮状病毒 基因型 分子特征 平均进化率
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2021—2022年上海<5岁住院儿童病毒性腹泻的病原学特征
2
作者 匡小舟 肖文佳 +2 位作者 潘浩 陈敏 滕峥 《上海预防医学》 CAS 2024年第2期143-149,共7页
【目的】了解新型冠状病毒感染(简称“新冠”)疫情防控期间住院儿童病毒性腹泻病原谱变化及主要病原体基因型别的流行变迁。【方法】采集上海市某哨点儿科医院本地<5岁腹泻住院患儿的粪便标本,采用荧光聚合酶链反应(PCR)方法对轮状... 【目的】了解新型冠状病毒感染(简称“新冠”)疫情防控期间住院儿童病毒性腹泻病原谱变化及主要病原体基因型别的流行变迁。【方法】采集上海市某哨点儿科医院本地<5岁腹泻住院患儿的粪便标本,采用荧光聚合酶链反应(PCR)方法对轮状病毒、诺如病毒、札如病毒、星状病毒和肠道腺病毒进行分子检测,对主要病原体进行分子分型和序列分析。【结果】共收集546份标本,总体病毒阳性检出率为37.55%,依次为诺如病毒GⅡ型(22.16%)、A组轮状病毒(16.12%)、星状病毒(2.93%)、肠道腺病毒(2.38%)、札如病毒(0.92%)和诺如病毒GⅠ型(0.18%)。诺如病毒GⅡ型以GⅡ.4[P31]和GⅡ.4[P16]为主要流行株(占比分别为24.79%和14.05%),其中GⅡ.4[P31]检出占比明显下降(χ2=16.140,P<0.001)。此外,还发现国内罕见轮状病毒基因型G8P[8]型在本地的首次流行,且占比呈上升趋势,总体达到7.95%。该基因型代表株在基因进化分析上与东南亚的DS⁃1⁃like G8P[8]毒株进化距离更近。【结论】诺如病毒基因亚型的分布变化和轮状病毒罕见型别的发现都凸显持续性病原监测和基因分型检测的重要性。少见株的本地化流行对上市疫苗的效果评价和潜在疫苗的开发提出了新的要求。 展开更多
关键词 住院儿童 A组轮状病毒 基因型 诺如病毒gⅡ型
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