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2018-2019年福州腹泻住院儿童A组轮状病毒全基因组分析 被引量：6
1
作者 黄枝妙 吴冰珊 +2 位作者 林琦 林卫东 翁育伟 《病毒学报》 CAS CSCD 北大核心 2021年第6期1385-1393,共9页
了解2018-2019年福州市五岁以下腹泻住院儿童标本中A组轮状病毒(RVA)基因组特征。通过反转录-聚合酶链式反应(RT-PCR)对49份RVA阳性标本进行核酸扩增,对扩增到的40份标本进行全基因组二代测序,获得G1P[8]型RVA毒株7株,G9P[8]型RVA毒株3... 了解2018-2019年福州市五岁以下腹泻住院儿童标本中A组轮状病毒(RVA)基因组特征。通过反转录-聚合酶链式反应(RT-PCR)对49份RVA阳性标本进行核酸扩增,对扩增到的40份标本进行全基因组二代测序,获得G1P[8]型RVA毒株7株,G9P[8]型RVA毒株33株。根据VP7节段分型,40株RVA毒株中有30株G9-Ⅵ亚型、3株G9-Ⅲ亚型和7株G1-Ⅰ亚型;根据VP4节段分型,40株RVA毒株均属于P[8]-3亚型。全基因组核苷酸序列分析表明,除了VP7节段外,序列差异比较大的有NSP4和NSP1两个节段。本研究获得11株G9P[8]型Wa-like株(G9-P[8]-I1-R1-C1-M1-A1-N1-T1-E1-H1),22株NSP4节段重配的G9P[8]-E2株(G9-P[8]-I1-R1-C1-M1-A1-N1-T1-E2-H1),在测序的33株G9P[8]型RVA毒株中G9P[8]-E2重配株占66.7%。7株G1P[8]型RVA毒株均为Wa-like株。研究结果表明,2018-2019年福州地区流行的RVA毒株中G9P[8]-E2重配株已经成为优势株,为了更全面了解福州地区RVA毒株的遗传变异情况,后续还需加大标本量持续进行监测。 展开更多
关键词 A组轮状病毒 基因重配 二代测序 g/p分型
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黑龙江地区G6P[5]型牛轮状病毒分离鉴定及遗传进化分析
2
作者 王笑冉 朱庆贺 +2 位作者 宋军 郭东华 孙东波 《黑龙江八一农垦大学学报》 2024年第2期29-36,共8页
牛轮状病毒(bovine rotavirus,BRV)是引起犊牛急性病毒性胃肠炎的主要病原体之一。为调查黑龙江省牛群BRV的基因型及其遗传进化多样性,利用恒河猴胚肾细胞(MA-104)对BRV阳性粪便样本进行病毒分离,通过逆转录-聚合酶链反应(reverse trans... 牛轮状病毒(bovine rotavirus,BRV)是引起犊牛急性病毒性胃肠炎的主要病原体之一。为调查黑龙江省牛群BRV的基因型及其遗传进化多样性,利用恒河猴胚肾细胞(MA-104)对BRV阳性粪便样本进行病毒分离,通过逆转录-聚合酶链反应(reverse transcription polymerase chain reaction,RT-PCR)检测、间接免疫荧光鉴定和电镜观察方法对分离毒株进行鉴定;进一步通过Illumina二代测序技术获得分离毒株全基因组,对其进行序列分析,并构建VP4、VP7进化树。结果显示,MA-104细胞盲传至第5代出现细胞病变效应(cytopathic effect,CPE),传至第8代稳定出现CPE,分离毒株经RT-PCR检测、间接免疫荧光鉴定为BRV阳性,电镜观察结果显示在细胞培养物中观察到呈典型车轮状的无囊膜病毒粒子,符合BRV形态特征,表明成功分离得到一株BRV,将其命名为BRV HLJ-J7;全基因组测序分析显示基因型为G6-P[5]-I2-R2-C2-M2-A11-N2-T6-E2-H3型;遗传进化分析结果显示,VP4基因与中国分离毒株Y3亲缘关系最近,同源性为98.2%;VP7基因与中国分离毒株LN19-4亲缘关系最近,同源性为98.8%。研究成功分离到一株G6P[5]型BRV,为黑龙江省BRV遗传进化及分子流行病学的研究奠定基础。 展开更多
关键词 牛轮状病毒 分离鉴定 型 遗传进化
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重组G3P[13]型A群猪轮状病毒全基因组测序分析 被引量：3
3
作者 王一丹 向华 +4 位作者 张斌 向萌 任玉鹏 邱文英 付利芝 《动物医学进展》 北大核心 2022年第4期1-7,共7页
为了解引发四川某猪场腹泻疫情的猪轮状病毒(PoRV)基因组特征和遗传变异规律,采用RT-PCR分别扩增PoRV 11个基因节段,并克隆测序,通过生物信息学分析软件研究病毒基因组特征、变异性及遗传进化规律。结果显示,SCMY-1株基因合型为G3-P[13]... 为了解引发四川某猪场腹泻疫情的猪轮状病毒(PoRV)基因组特征和遗传变异规律,采用RT-PCR分别扩增PoRV 11个基因节段,并克隆测序,通过生物信息学分析软件研究病毒基因组特征、变异性及遗传进化规律。结果显示,SCMY-1株基因合型为G3-P[13]-I5-R1-C1-M1-A8-N1-T1-E1-H1,即G3P[13]型毒株。该毒株VP2、NSP2和NSP4基因与人源毒株同源性最高,分别与3株人源轮状病毒RVA/Human-wt/LKA/R1207/2009株、RVA/Human-wt/ZAF/UFS-NGS-MRC-DPRU2291/2009和RVA/Human/CU331-NR/08株单独聚为一小支,推测这可能增加SCMY-1株跨种传播到人的风险。此外,SCMY-1株VP4基因与美国3个猪源毒株同处一个小分支;VP7基因与RVA/Pig/China/LNCY/2016株遗传进化距离最近。上述结果提示,PoRV可能在国际和国内生猪贸易过程中被广泛传播。与NCBI上已登录毒株相比,SCMY-1株VP4、VP7蛋白氨基酸分别存在13个和2个独有氨基酸位点的突变,可能对VP4和VP7两个主要抗原毒力及抗原性产生影响。重组分析显示,SCMY-1株VP3基因由两个猪源亲本株重组而来,推测这可能增强病毒毒力和宿主适应性。研究结果丰富了PoRV基因组学和分子流行病学相关研究资料,为PoRV预防控制提供理论参考,也为深入研究PoRV跨物种传播的分子基础提供科学依据。 展开更多
关键词 型A群猪轮状病毒 基因组 遗传变异 基因重组
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桂皮醛对糖尿病小鼠血糖水平的影响及机制 被引量：16
4
作者 黄链莎 刘铜华 +5 位作者 孙文 许光远 郭璇 李迎真 陈淑惠 周鹏 《中国实验方剂学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2018年第10期95-100,共6页
目的：观察桂皮醛（cinnamaldehyde,CA）降血糖作用,并探讨其作用机制。方法：6~8周龄雄性db/db小鼠24只,按血糖随机分为模型组,二甲双胍组（0.2 g·kg^-1）,桂皮醛低剂量组（0.025 g·kg^-1）和桂皮醛高剂量组（0.05 g·kg... 目的：观察桂皮醛（cinnamaldehyde,CA）降血糖作用,并探讨其作用机制。方法：6~8周龄雄性db/db小鼠24只,按血糖随机分为模型组,二甲双胍组（0.2 g·kg^-1）,桂皮醛低剂量组（0.025 g·kg^-1）和桂皮醛高剂量组（0.05 g·kg^-1）,每组6只,另设同周龄C57BL/6J小鼠6只为正常组。治疗4周后,检测各组小鼠空腹血糖（fasting blood glucose,FBG）,总胆固醇（total cholesterd,TC）,甘油三酯（total triglyceride,TG）,游离脂肪酸（free fatty acids,FFA）,天门冬氨酸氨基转移酶（aspartate aminotransferase,AST）,血清胰岛素（fasting insulin,Fins）水平,计算胰岛素抵抗指数（homa insulin-resistance,HOMA-IR）;取肝脏组织检测肝糖原含量以及高碘酸-希夫（periodic acid-Schiff stain,PAS）染色;采用实时荧光定量聚合酶链式反应（Real-time PCR）,蛋白免疫印迹法（Western blot）检测肝脏相关mRNA和蛋白表达。结果：治疗4周后,与模型组比较,CA组小鼠体质量,FBG,Fins,HOMA-IR,血脂明显降低（P〈0.05,P〈0.01）,肝脏糖原含量显著升高;小鼠肝脏葡萄糖-6-磷酸酶（glucose-6-phosphate,G-6-P）,磷酸烯醇式丙酮酸羧激酶（phosphoenolpyruvate carboxykinase,PEPCK）mRNA表达显著降低（P〈0.01）,p-蛋白激酶B（protein kinase B,Akt）,p-糖原合成酶激酶-3β（GSK-3β）蛋白表达显著升高（P〈0.01）。结论：CA具有降低血糖作用,相关机制可能是通过上调肝脏胰岛素信号通路Akt,GSK-3β磷酸化水平,抑制G-6-P,PEPCK mRNA表达实现。 展开更多
关键词 桂皮醛 2型糖尿病 葡萄糖-6-磷酸酶(g-6-p)/磷酸烯醇式丙酮酸羧激酶(pEpCK) 蛋白激酶B(Akt)/糖原合成酶激酶-3β(gSK-3β)
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