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三种游离核酸提取试剂盒对血浆cfDNA提取性能的比较 被引量：1
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作者 应超 蔡燕宁 +3 位作者 郝淑文 王婷 刘沅贺 赵立芳 《实用医学杂志》 CAS 北大核心 2023年第12期1556-1563,共8页
目的综合评估3种游离核酸(cfDNA)提取试剂盒,以筛选出经济可靠的商品试剂盒。方法我们使用了3种不同的试剂盒提取10名健康人血浆中的cfDNA,并使用Agilent 2100生物芯片分析仪对cfDNA片段大小和丰度进行评估。同时,我们还使用微滴式数字P... 目的综合评估3种游离核酸(cfDNA)提取试剂盒,以筛选出经济可靠的商品试剂盒。方法我们使用了3种不同的试剂盒提取10名健康人血浆中的cfDNA,并使用Agilent 2100生物芯片分析仪对cfDNA片段大小和丰度进行评估。同时,我们还使用微滴式数字PCR(ddPCR)对cfDNA中的核糖核酸酶P蛋白亚基p30(RPP30)、NADH脱氢酶亚基1(ND1)、NADH脱氢酶亚基4(ND4)基因拷贝数进行定量,并利用实时荧光定量PCR(qPCR)检测cfDNA中藤黄节杆菌序列(ALU)ALU115和ALU247的浓度。此外,我们还在混合血浆中掺入50~766 bp的DNA Ladder,然后使用上述3种提取试剂盒对其进行提取,并使用Agilent 2100生物芯片分析仪分析各DNA片段的浓度,以计算不同试剂盒对不同大小的DNA片段的回收率和提取偏好性。结果3种试剂盒从健康人血浆中纯化的100~300 bp cfDNA浓度分别为(5.10±1.99)、(4.64±3.09)和(1.82±1.29)ng/mL(P=0.006)。Kit A所提取的RPP30拷贝数显著高于Kit C(P=0.018),而Kit A和Kit B所提取的ND1和ND4拷贝数也均显著高于Kit C(P=0.001;P=0.001;P=0.001;P=0.001)。此外,Kit A所提取的cfDNA中,ALU 115和ALU 247的浓度也显著高于Kit C(P=0.009;P=0.003)。3种试剂盒对混合血浆中掺入的外源性DNA Ladder的回收率差异有统计学意义(P<0.001),同时Kit B和Kit C对不同大小的DNA片段也存在提取偏好性。结论Kit A性能最佳,Kit B是一种低成本替代方案,其工作流程更简单省时。 展开更多
关键词 游离DNA 提取试剂盒 核酸提取
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基于免核酸提取可视化RT-LAMP快速检测黄瓜绿斑驳花叶病毒
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作者 尹新颖 曹际娟 +2 位作者 李鑫 杨莉莉 朴永哲 《植物保护》 CAS CSCD 北大核心 2023年第2期264-271,共8页
本文基于逆转录环介导恒温扩增(RT-LAMP)技术建立葫芦科作物中黄瓜绿斑驳花叶病毒(CGMMV)免核酸提取的可视化快速检测方法。根据CGMMV全基因组序列,筛选保守区域并设计特异性RT-LAMP检测引物。通过荧光扩增方法(加SYTO-9)和可视化方法(... 本文基于逆转录环介导恒温扩增(RT-LAMP)技术建立葫芦科作物中黄瓜绿斑驳花叶病毒(CGMMV)免核酸提取的可视化快速检测方法。根据CGMMV全基因组序列,筛选保守区域并设计特异性RT-LAMP检测引物。通过荧光扩增方法(加SYTO-9)和可视化方法(加钙黄绿素),开展RT-LMAP特异性、灵敏度和重现性试验分析。结果表明,优化筛选的引物组可以特异性地检测CGMMV,检测灵敏度达到4.21×10^(3) fg/μL,组内和组间变异系数均小于5%,重现性好。对瓜类作物田间种苗、植株叶片及市售种子等103份样品进行检测及一致性分析,表明该方法与基于RNA提取RT-LAMP、荧光RT-qPCR及免疫测试条检测结果之间的Kappa值均为1.0(1~1,95%置信区间),具有很好的一致性。基于免核酸提取的可视化RT-LAMP快检方法成为适合现场快速检测的理想选择,对于CGMMV危害葫芦科作物的田间监测以及疫情防控具有广泛的推广应用前景。 展开更多
关键词 黄瓜绿斑驳花叶病毒 逆转录环介导恒温扩增(RT-LAMP) 可视化 免核酸提取
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免提取冻干式百日咳鲍特菌核酸检测方法建立及应用 被引量：2
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作者 郭鹏波 章波 +1 位作者 王彦红 高利飞 《实验与检验医学》 CAS 2021年第4期789-791,801,共4页
目的本研究建立快速、便携、特异、敏感的百日咳鲍特菌实时定量PCR(Q-PCR)核酸检侧方法,并初步探索在呼吸道感染患者中百日咳鲍特菌(Bordetella pertussis)检测的应用价值。方法靶基因采用IS481基因,优化反应试剂实现免核酸提取直接扩增... 目的本研究建立快速、便携、特异、敏感的百日咳鲍特菌实时定量PCR(Q-PCR)核酸检侧方法,并初步探索在呼吸道感染患者中百日咳鲍特菌(Bordetella pertussis)检测的应用价值。方法靶基因采用IS481基因,优化反应试剂实现免核酸提取直接扩增,对体系进行冻干处理,简化操作步骤。并对所收集得到的上呼吸道感染者的咽拭子标本进行检测评价。结果本检测体系检出限达到100copies/mL,227例急性上呼吸道感染者的咽拭子标本中,其阳性检出率为3.96%。结论成功建立了高敏感、简便、快速的百日咳核酸检测方法,为百日咳诊断提供了新手段。 展开更多
关键词 百日咳鲍特菌 实时荧光定量PCR IS481基因 免核酸提取 冻干
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芯片电泳在免核酸提取PCR产物分析中的应用 被引量：1
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作者 雷秀霞 李卓然 +4 位作者 梁广铁 龙幼敏 陈英姿 张小精 王秋平 《中华医院感染学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2014年第9期2326-2328,2331,共4页
目的探讨两种免核酸提取试剂联合应用DNA芯片电泳是否能快速、准确地用于新德里金属酰胺酶(NDM-1)阳性细菌的鉴定,了解该联合检测方法在流行病病原体快速鉴定中的应用价值,为流行性病原体的快速鉴定提供便捷手段。方法取1个(或0.1个)麦... 目的探讨两种免核酸提取试剂联合应用DNA芯片电泳是否能快速、准确地用于新德里金属酰胺酶(NDM-1)阳性细菌的鉴定,了解该联合检测方法在流行病病原体快速鉴定中的应用价值,为流行性病原体的快速鉴定提供便捷手段。方法取1个(或0.1个)麦氏单位NDM-1(+)菌液加入免核酸提取试剂后直接进行PCR扩增,扩增产物用自制的芯片电泳进行产物分析,通过样品迁移时间与标准品比较精确计算出目的基因片段长度并大致推算产物的含量。结果两种免核酸提取试剂联合芯片电泳分析技术能快速、准确、高效地扩增出新德里金属酰胺酶NDM-1(+)细菌的目的基因片段,尤其湖南某厂家的试剂灵敏度更高。结论该联合检测方法在流行病尤其是突发性病原体的快速鉴定、监测中具有潜在的临床应用价值。 展开更多
关键词 芯片电泳 新德里金属酰胺酶阳性细菌 免核酸提取试剂
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