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棉花FAR1/FHY3基因家族的全基因组分析 被引量：8
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作者 袁娜 王彤 +5 位作者 刘廷利 杨郁文 郭月 刘静 张保龙 杜建厂 《棉花学报》 CSCD 北大核心 2018年第1期1-11,共11页
【目的】FAR1/FHY3是1类起源于转座子酶的转录因子,在光敏色素A(phyA)信号通路的启动中起到非常重要的作用。通过对FAR1/FHY3家族进行全基因组学分析,为深入研究FAR1/FHY3在棉花光信号通路中的分子调控机理提供基础。【方法】利用生物... 【目的】FAR1/FHY3是1类起源于转座子酶的转录因子,在光敏色素A(phyA)信号通路的启动中起到非常重要的作用。通过对FAR1/FHY3家族进行全基因组学分析,为深入研究FAR1/FHY3在棉花光信号通路中的分子调控机理提供基础。【方法】利用生物信息学方法对亚洲棉(Gossypium arboreum L.)、雷蒙德氏棉(Gossypium raimondii Ulbrich)和陆地棉(Gossypium hirsutum L.)中的FAR1/FHY3基因进行了全基因组鉴定和分析。【结果】共鉴定出88个FAR1/FHY3基因,其中陆地棉中数量最少。聚类分析将所有成员分为3个亚组。Ka/Ks值表明大部分基因都经历了负选择过程。转录组数据分析发现,大部分FAR1/FHY3基因在棉花叶片中表达,少数在茎、花瓣和花托中表达。陆地棉中的Gh FAR14在4种组织中均有较高水平的表达,且与拟南芥FHY3具有较高的同源性,推测其在陆地棉phyA信号通路的启动过程中可能起到关键作用。【结论】该研究结果有助于了解棉花FAR1/FHY3基因家族的进化与功能,为下一步深入研究该基因家族在棉花生长发育和响应红光信号通路中的分子调控机理提供基础。 展开更多
关键词 亚洲棉 雷蒙德氏棉 陆地棉 far1/fhy3 生物信息学
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番茄FAR1/FHY3转录因子家族的全基因组鉴定及表达分析 被引量：5
2
作者 陈渝 邓洁 +7 位作者 陈君愉 曾亭 余婷婷 黄千华 陈培超 刘庆 简伟 杨星勇 《植物生理学报》 CAS CSCD 北大核心 2021年第10期1983-1995,共13页
FAR1/FHY3是由转座酶衍生的一类转录因子家族,它通过调控下游基因表达,进而在植物光响应、生长发育及逆境胁迫应答过程发挥重要作用,但当前有关FAR1/FHY3家族的研究主要集中在模式植物拟南芥(Arabidopsis thaliana)中。为了探究番茄(Lyc... FAR1/FHY3是由转座酶衍生的一类转录因子家族,它通过调控下游基因表达,进而在植物光响应、生长发育及逆境胁迫应答过程发挥重要作用,但当前有关FAR1/FHY3家族的研究主要集中在模式植物拟南芥(Arabidopsis thaliana)中。为了探究番茄(Lycopersicon esculentum) FAR1/FHY3基因家族的进化和功能,该研究通过全基因组分析鉴定到27个FAR1/FHY3基因,并利用生物信息学手段和荧光定量PCR技术(qRTPCR)对其展开分析。结果表明,该基因家族可分为7个亚家族,与拟南芥和玉米(Zea mays)具有相似分类,不同亚族之间基因结构存在显著差异;该家族成员在4、5和12号以外的所有染色体上均呈现不均衡分布,并且存在4个串联重复的基因簇;组织表达分析表明,个别亚族之间存在组织表达相似性,多数组织中均存在相对高表达基因,特别是第I亚族基因在果实发育及成熟过程特异高表达;qRT-PCR结果表明大多数成员能被NaCl、PEG6000胁迫诱导表达,而被ABA处理所抑制,特别是SlFAR1-22、SlFAR1-23和SlFAR1-25基因能够分别被PEG6000胁迫诱导上调表达28.06、14.25和9.09倍,暗示FAR1/FHY3家族在胁迫应答过程具有重要作用。该研究结果可为进一步解析该家族成员在番茄生长发育及胁迫应答过程中的功能机制奠定基础。 展开更多
关键词 番茄 far1/fhy3 转录因子 生物信息学 胁迫应答
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