蜡梅花发育相关基因CpUFO表达特性与功能分析

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作者 车冰雁 余尚妍 +1 位作者 李志能 李先源 《林业科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2024年第2期87-96,共10页

【目的】UFO是被子植物中首个被发现的F-box蛋白,主要参与调控花分生组织特性和花器官发育。本文通过对蜡梅CpUFO基因表达特性分析及异源表达拟南芥表型分析,初步鉴定CpUFO的功能,为阐明蜡梅花发育分子调控机制提供参考。【方法】基于... 【目的】UFO是被子植物中首个被发现的F-box蛋白,主要参与调控花分生组织特性和花器官发育。本文通过对蜡梅CpUFO基因表达特性分析及异源表达拟南芥表型分析,初步鉴定CpUFO的功能,为阐明蜡梅花发育分子调控机制提供参考。【方法】基于前期构建的蜡梅转录组数据,克隆蜡梅CpUFO基因并对其编码蛋白进行同源比对及进化树分析。根据qRT-PCR分析CpUFO基因在不同组织、器官及全年花发育各阶段中的相对表达量,比较35S::CpUFO转基因拟南芥株系及Col-0野生型表型差异,并通过qRT-PCR检测过表达拟南芥株系内源开花相关基因的表达特性,分析过表达CpUFO对拟南芥开花时间以及花器官发育的影响。【结果】获得的CpUFO基因cDNA序列为1665 bp,编码403个氨基酸,含有保守的F-box结构域。CpUFO在外花被片中表达量相对最高,其次是内花被片,在果、茎、叶、腋芽及雌雄蕊中表达水平较低;而在全年花芽中的表达量分析结果显示,低温打破休眠后的露瓣和始花以及盛开期花芽中的表达量显著高于其他时期。与野生型拟南芥相比,35S::CpUFO转基因株系莲座叶数目减少,开花提前,且拟南芥内源基因TFL1表达量下调,成花关键基因FUL和AP1的表达量上调。【结论】CpUFO在不同组织、器官及花发育各阶段均有表达,不同组织中在外花被片中表达量最高,全年花芽中打破休眠的花蕾开放阶段表达量最高。同时,过表达CpUFO会促进拟南芥早花并影响其花器官发育。 展开更多

关键词 蜡梅 UfO基因 f-box家族 花发育

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基于盐胁迫转录组信息的蚕豆F-box基因家族分析 被引量：2

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作者 郝树琳 陈宏伟 +5 位作者 廖芳丽 李莉 刘昌燕 刘良军 万正煌 沙爱华 《中国农业科学》 CAS CSCD 北大核心 2020年第17期3443-3454,共12页

【目的】通过生物信息学方法分析蚕豆F-box基因家族成员的分布、结构及进化,研究家族成员在不同处理时间条件下的表达模式及对盐胁迫的响应,为该类基因生物学功能和盐胁迫机制的研究提供参考。【方法】基于蚕豆盐胁迫转录组测序(RNA-seq... 【目的】通过生物信息学方法分析蚕豆F-box基因家族成员的分布、结构及进化,研究家族成员在不同处理时间条件下的表达模式及对盐胁迫的响应,为该类基因生物学功能和盐胁迫机制的研究提供参考。【方法】基于蚕豆盐胁迫转录组测序(RNA-seq)数据,利用NR、Swiss-prot和PFAM 3个数据库和NCBI网站,对蚕豆F-box基因进行筛选注释;利用Web Logo 3、Prot Comp 9.0、MEGA-X和MEME等软件进行保守结构域、亚细胞定位、系统进化树和Motif等生物信息学分析。基于盐胁迫转录组数据分析蚕豆(yz17134耐盐和yz17078不耐盐)F-box基因家族在盐胁迫下的差异表达模式,并采用实时荧光定量PCR技术(qRT-PCR)检测部分家族成员在16和24 h的表达情况。【结果】基于盐胁迫转录组测序数据,注释得到161个蚕豆F-box基因,均含有F-box保守结构域。根据C端结构域的不同,将其分成11个亚族:FBX、FBXFBA、FBXLRR、FBXPP2、FBXKelch、FBXTUB、FBXFBD、FBXDUF、FBXACTIN、FBXWD40和FBO。保守结构域分析表明,F-box保守基序中包含1个极度保守的色氨酸残基。比较分析蚕豆F-box家族和拟南芥F-box家族共同构建的进化树,发现同一C端结构域的基因大多聚集在一起。亚细胞定位预测结果显示,124个F-box基因定位于细胞外,37个定位于细胞核中。基因结构分析表明,蚕豆F-box家族基因的DNA序列中均无内含子,且均由UTR区和CDS区组成。基于盐胁迫转录组数据的F-box差异表达模式分析表明,蚕豆F-box基因在2个不同处理时间点上的表达各不相同,在盐处理16 h的表达较为明显。qRT-PCR分析结果表明,在F-box家族成员中,共存在5个差异基因。其中Vf056266.1、Vf062764.1和Vf024236.1在盐处理16 h的表达量均上调,Vf060904.1和Vf045761.1在盐处理16 h的表达量均下调。【结论】蚕豆F-box基因家族注释得到161个蚕豆F-box基因,分为11个亚族。其中5个重要的F-box基因在不同盐处理时� 展开更多

关键词 蚕豆 转录组测序 f-box家族 盐胁迫 表达模式

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FBXW7和SRC-3在乳腺癌中的表达及临床意义 被引量：6

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作者 廉奇鑫 苏俊强 +1 位作者 王新 周昱 《黑龙江医药科学》 2015年第3期72-74,共3页

目的:探索F-BOX家族F框/WD-40域蛋白7(FBXW7)、类固醇受体辅助活化因子3(SRC-3)在乳腺癌中是否表达及期在临床中意义。方法:用免疫组织化学法检测FBXW7、SRC-3在乳腺癌及正常乳腺组织中是否有表达。结果:FBXW7在乳腺癌的表达率是64.00%... 目的:探索F-BOX家族F框/WD-40域蛋白7(FBXW7)、类固醇受体辅助活化因子3(SRC-3)在乳腺癌中是否表达及期在临床中意义。方法:用免疫组织化学法检测FBXW7、SRC-3在乳腺癌及正常乳腺组织中是否有表达。结果:FBXW7在乳腺癌的表达率是64.00%、FBXW7在正常乳腺组织中的表达率是86.00%,乳腺癌与癌旁乳腺有差异且有统计学意义(P<0.01),而且与乳腺癌临床分期,淋巴结转移有关(P<0.05);SRC-3在乳腺癌中的表达为70.00%、SRC-3在正常乳腺组织中的表达为52.00%,乳腺癌与癌旁乳腺有差异且有统计学意义差异有统计学意义(P<0.01)同时与乳腺癌临床分期、淋巴结转移有关(P<0.05);FBXW7与SRC-3之间存在负相关关系(r=-0.5856,P<0.01)。结论:FBXW7表达水平的下降和SRC表达水平的增高在乳腺癌的发展进程中都发挥了重要作用。联合检测FBXW7、SRC-3两因子将有助于提前预测乳腺癌进展和转移情况,它们还可能为乳腺癌的三级预防及找寻癌症分子靶向治疗的新靶点提供重要的参考价值。 展开更多

关键词 乳腺癌 f-box家族-7(fBXW7) 类固醇受体辅助活化因子3(SRC-3) 免疫组织化学

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小麦F-box家族基因的分类及克隆分析 被引量：1

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作者 许媛 李铃仙 +4 位作者 王逍冬 魏春茹 赵伟全 于秀梅 刘大群 《河北农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2016年第1期22-28,共7页

为明确小麦中F-box基因的存在种类及数量,作者通过数据库检索、编码区查找及功能结构域预测等途径,获得了NCBI和DFCI两大数据库中已报道的小麦F-box蛋白,并根据C端结构域特征对这些F-box蛋白进行了分类统计。数据库检索分类结果表明,在N... 为明确小麦中F-box基因的存在种类及数量,作者通过数据库检索、编码区查找及功能结构域预测等途径,获得了NCBI和DFCI两大数据库中已报道的小麦F-box蛋白,并根据C端结构域特征对这些F-box蛋白进行了分类统计。数据库检索分类结果表明,在NCBI和DFCI数据库中共检索到符合条件的F-box基因38条,这些基因可以划分为F-box/LRR(17条,占总数的45%)、F-box/Kelch(6条,占总数的16%)和C端无明显结构域特征(15条,占总数的39%)3种类型。其中,F-box/LRR和C端无明显结构域类型所占比例较大。在此基础上,利用同源克隆策略在中国春小麦中获得了3条包含F-box结构域的序列,分别命名为Ta-SKP2A、Ta-FB和Ta-FBL14。Ta-SKP2A和Ta-FBL14属于F-box/LRR类型,Ta-FB仅包含一个F-box结构域,为C端无明显结构域类型。这些研究将为深入探讨F-box家族基因参与的小麦生物学过程及在其中的作用机理奠定基础。 展开更多

关键词 小麦 f-box家族基因 基因克隆 基因分类

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F-box蛋白家族在植物抗逆响应中的作用机制 被引量：15

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作者 贾琪 孙松 +1 位作者 孙天昊 林文雄 《中国生态农业学报》 CSCD 北大核心 2018年第8期1125-1136,共12页

SCF复合体泛素连接酶E3介导的泛素化蛋白降解是翻译后水平上对生命进程进行调控的一个重要方式。它的关键组分F-box蛋白负责识别被降解的靶底物蛋白。植物F-box基因家族成员众多,极具多样性。F-box蛋白N端常含F-box基序,C端常为蛋白互... SCF复合体泛素连接酶E3介导的泛素化蛋白降解是翻译后水平上对生命进程进行调控的一个重要方式。它的关键组分F-box蛋白负责识别被降解的靶底物蛋白。植物F-box基因家族成员众多,极具多样性。F-box蛋白N端常含F-box基序,C端常为蛋白互作保守结构域,该结构具多样性,可识别不同底物,是F-box蛋白分类的依据。研究表明,F-box蛋白参与调控植物的许多生命进程,包括抗逆反应。本文就近年来F-box蛋白在植物抗逆反应中的作用机制进行总结。F-box蛋白大多以SCF复合体泛素连接酶E3介导的泛素化蛋白降解目标蛋白的方式调控抗逆反应,也有不依赖形成SCF复合体的方式行使功能,不少F-box蛋白参与了植物激素信号传导,通过调控转录因子活性而改变下游基因的表达,由此影响了植物的抗逆反应。基因表达谱的生物信息学预测表明,大多数F-box基因参与了植物抗逆反应,目前只有其中一小部分已报道了其抗逆调节功能。在此综述了这些F-box蛋白在植物抗逆胁迫中的研究进展。在干旱和盐碱胁迫反应中,F-box基因常通过影响植物激素脱落酸、乙烯等植物激素信号传导而调控抗逆。由于干旱和盐碱胁迫具协同性,不少F-box基因同时参与抗旱和抗盐碱胁迫,但调节方式有所不同,一些F-box基因对抗干旱和盐碱的反应具协同性,从总体上调控植物的渗透胁迫和离子毒害反应;而另一些F-box基因对干旱和盐胁迫反应的调节作用相反,它们可能在植物抗逆的精细调节中起作用。在低温胁迫反应中,F-box蛋白可调节植物抗低温的CBF信号途径。在生物胁迫反应中,F-box基因常通过影响植物激素茉莉酸和水杨酸途径来调控抗病,病原菌也以攻击植物SCF复合体使植物致病。此外,植物激素信号途径之间相互作用,共同影响抗逆反应。 展开更多

关键词 f-box蛋白家族 SCf复合体 植物 环境胁迫 抗逆反应

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F-box蛋白家族的功能研究进展 被引量：10

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作者 吴静 彭小忠 +1 位作者 袁建刚 强伯勤 《生物化学与生物物理进展》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2002年第4期503-505,共3页

F box蛋白是一类含有F box基序 (motif) ,在泛素介导的蛋白质水解过程中具有底物识别特性的蛋白质家族 .这类蛋白质在细胞时相转换、信号传导、发育等多种生理过程中都具有重要功能 .

关键词 f-box蛋白家族 功能 研究进展 底物识别特异性

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黄瓜F-box基因家族的鉴定与生物信息学分析

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作者 史艳 肖雅茹 +1 位作者 李丽霞 李梅兰 《山西农业科学》 2023年第4期366-374,共9页

F-box蛋白是泛素连接酶E3的核心成分,在植物的生长发育和抵御胁迫方面起着重要作用。为探讨黄瓜F-box基因家族的分子特征与表达模式,通过同源序列比对,共鉴定出22个黄瓜F-box基因家族成员,在7条染色体上均有分布,依次命名为CsF-box01~Cs... F-box蛋白是泛素连接酶E3的核心成分,在植物的生长发育和抵御胁迫方面起着重要作用。为探讨黄瓜F-box基因家族的分子特征与表达模式,通过同源序列比对,共鉴定出22个黄瓜F-box基因家族成员,在7条染色体上均有分布,依次命名为CsF-box01~CsF-box22。然后对该家族基因结构、染色体定位、理化性质、保守基序、顺式作用元件、进化关系和表达模式进行分析。结果表明,黄瓜F-box基因家族编码蛋白大多为不稳定亲水蛋白,55%的成员为酸性蛋白;保守基序分析发现,95%的成员含有Motif1,Motif1在该蛋白家族中最为保守;基因结构分析发现,该家族有8个基因为断裂基因,外显子数目在2~10个;亚细胞定位显示,F-box蛋白主要被定位到细胞质中,其次是细胞核中;启动子顺式作用元件分析发现,黄瓜F-box基因家族富含大量胁迫响应、生长发育调控、激素响应和光响应等作用元件,说明F-box基因可能广泛参与黄瓜生长发育和胁迫响应过程。基因表达分析结果发现,分别有8、2个F-box基因在霜霉菌和丁香假单胞菌胁迫下差异性表达,说明黄瓜F-box家族基因参与了生物胁迫响应途径。 展开更多

关键词 黄瓜 f-box基因家族 生物信息学 表达分析

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大白菜F-BOX基因家族的鉴定与核盘菌诱导应答分析

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作者 冯冬林 钟开勤 +1 位作者 丁玲 刘美琴 《福建农业学报》 CAS CSCD 北大核心 2023年第3期294-301,共8页

【目的】筛选参与菌核病应答反应的F-BOX基因,为大白菜抗菌核病基因的功能研究及抗病品种的选育提供基础。【方法】基于核盘菌侵染大白菜转录组测序数据,对大白菜F-BOX基因家族进行鉴定,进行亚细胞定位、染色体定位、保守结构域等生物... 【目的】筛选参与菌核病应答反应的F-BOX基因,为大白菜抗菌核病基因的功能研究及抗病品种的选育提供基础。【方法】基于核盘菌侵染大白菜转录组测序数据,对大白菜F-BOX基因家族进行鉴定,进行亚细胞定位、染色体定位、保守结构域等生物信息学分析。分析F-BOX基因在核盘菌侵染下的差异表达,并采用q-PCR技术检测F-BOX基因在0 h和36 h的表达情况。【结果】共鉴定32个BraF-BOX基因,分子量介于34 751.13~105 942.22Da;亚细胞定位表明,26个F-BOX基因定位在细胞核和细胞质中,6个定位在叶绿体中;系统进化树分析将BraFBOX分为4个亚族;基因结构分析结果表明,每个BraF-BOX家族成员均含有Motif 1,序列中均含有外显子;组织特异性表达分析结果表明在不同大白菜部位,表达量有差异;在核盘菌处理36 h时,q-PCR检测6个基因的相对表达量趋势与转录组数据一致,其中Bra037120、Bra011427、Bra009835等3个基因表达上调,核盘菌侵染时间越长,表达量越大。【结论】综合BraF-BOX基因生物信息学及转录组数据分析,Bra037120、Bra011427、Bra009835基因可能参与大白菜菌核病抗性功能,为后续基因功能研究提供研究基础。 展开更多

关键词 大白菜 f-box基因家族 菌核病 基因表达

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火龙果F-box基因家族的结构分析及表达鉴定

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作者 王周雯 王猛 +6 位作者 丁一 韦双双 谢俊 黄家权 李洪立 胡文斌 汤华 《分子植物育种》 CAS 北大核心 2023年第9期2862-2871,共10页

F-box基因家族作为植物中最大的基因家族之一,在调控植物发育、生殖及非生物胁迫反应等方面,发挥至关重要的作用。本研究以火龙果的自交亲和品种‘金都一号’和自交不亲和品种‘粗砂’为材料,对火龙果花器官转录组中的F-box基因家族进... F-box基因家族作为植物中最大的基因家族之一,在调控植物发育、生殖及非生物胁迫反应等方面,发挥至关重要的作用。本研究以火龙果的自交亲和品种‘金都一号’和自交不亲和品种‘粗砂’为材料,对火龙果花器官转录组中的F-box基因家族进行鉴定,对与花发育和亲和性识别相关基因亚族的理化性质、亚细胞定位、保守结构域、基因在染色体的定位、系统进化关系和遗传结构进行分析,通过RT-qPCR分析其在火龙果花器官的不同组织、授粉前后不同时期的基因表达差异。结果表明:火龙果的F-box基因可被分成11个亚群;根据拟南芥UFO基因聚类结果,鉴定出了10个与花发育相关的火龙果F-box基因,他们的蛋白分子量为40~52 kD,其中70%呈碱性,90%属于不稳定蛋白,80%定位在细胞膜上;10个基因的保守基序组成相似度较高,均含有motif 1;基因系统发育树和遗传结构对比表明,基因的亲缘关系越近,其遗传结构越接近;RT-qPCR验证出8个基因在火龙果在授粉2 h后显著差异表达,HU11G01721基因和HU07G00057基因在自交亲和品种和自交不亲和品种的花授粉时期中存在显著性差异,他们在自交亲和品种中显著上调,表明其与花发育和亲和性识别有关。 展开更多

关键词 火龙果 f-box基因家族 生物信息分析

原文传递

针对Fbxl5基因关键结构域F-box的Crispr/Cas9打靶有效性分析 被引量：1

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作者 高晶 邓云 +6 位作者 陈宇 高建芳 傅雪珂 尹丽阳 万永奇 吴秀山 李永青 《激光生物学报》 CAS 2016年第6期559-563,共5页

为了在动物体内研究Fbxl5基因是通过什么机制导致斑马鱼心脏出现突变表型,本文利用近几年兴起的CRISPR/Cas9打靶技术建立斑马鱼Fbxl5基因敲除品系。本文将打靶位点定位于Fbxl5的F-box结构域,也就是Fbxl5的第五号外显子上。首先经过基因... 为了在动物体内研究Fbxl5基因是通过什么机制导致斑马鱼心脏出现突变表型,本文利用近几年兴起的CRISPR/Cas9打靶技术建立斑马鱼Fbxl5基因敲除品系。本文将打靶位点定位于Fbxl5的F-box结构域,也就是Fbxl5的第五号外显子上。首先经过基因打靶网站分析筛选出针对Fbxl5基因F-box结构域最适合的打靶位点,扩增出Fbxl5基因CRISPR/Cas9打靶双链DNA,并转录为RNA,与Hcas9共注射至斑马鱼胚胎。最后,在注射48 h后对Fbxl5基因CRISPR/Cas9打靶的有效性进行检测。首先在注射48 h之后收集胚胎提取基因组DNA,用特异性引物进行PCR扩增;将纯化后的Fbxl5基因PCR产物连接到p MD18-T载体,再经质粒提取,测序分析,通过与WT斑马鱼基因组序列进行比对发现Fbxl5-9号在PAM序列AGG下游缺失了4个碱基。证明该CRISPR/Cas9系统在敲除心脏发育候选基因Fbxl5是有效的,该研究为最终获得Fbxl5基因敲除斑马鱼奠定了良好的基础。 展开更多

关键词 fbxl5 f-box基因家族 CRISPR/Cas9 基因敲除

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FBXW7在卵巢癌中的研究进展 被引量：1

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作者 沈爱红 张军 《中国综合临床》 2017年第12期1142-1145,共4页

FBXW7是一种抑癌基因,为F-box蛋白家族成员,能调节人体细胞生长及周期进程.它有20多种底物,大部分底物为癌蛋白,少数为肿瘤抑制因子,在大多数肿瘤中高表达.FBXW7基因缺陷或缺失,可使染色体出现不稳定性,从而导致肿瘤发生.现就其分子结... FBXW7是一种抑癌基因,为F-box蛋白家族成员,能调节人体细胞生长及周期进程.它有20多种底物,大部分底物为癌蛋白,少数为肿瘤抑制因子,在大多数肿瘤中高表达.FBXW7基因缺陷或缺失,可使染色体出现不稳定性,从而导致肿瘤发生.现就其分子结构、功能特点及在妇科恶性肿瘤卵巢癌中的作用机制做一综述. 展开更多

关键词 fBXW7 f-box蛋白家族 P53 卵巢癌

原文传递

FBXW7在结直肠癌中的研究进展

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作者 龚建 霍继荣 《临床与病理杂志》 2014年第6期790-796,共7页

泛素蛋白酶体系统(ubiquitin-proteasome system,UPS)是真核细胞内降解蛋白的重要体系,它的异常表达与多种肿瘤的发生、发展及预后密切相关。F-box家族蛋白是泛素蛋白酶体系统的重要组成部分,FBXW7是F-box家族蛋白中研究较多的成员之一... 泛素蛋白酶体系统(ubiquitin-proteasome system,UPS)是真核细胞内降解蛋白的重要体系,它的异常表达与多种肿瘤的发生、发展及预后密切相关。F-box家族蛋白是泛素蛋白酶体系统的重要组成部分,FBXW7是F-box家族蛋白中研究较多的成员之一。近年来的研究发现,FBXW7基因的异常表达与恶性肿瘤密切相关。结直肠癌(colorectal cancer,CRC)是世界第三位最常见的恶性肿瘤之一,且近年来发病率有逐年增高的趋势。本文就FBXW7在CRC中的研究进展进行综述。 展开更多

关键词 fBXW7 f-box蛋白家族 结直肠肿瘤 泛素蛋白酶体系统

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