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大肠杆菌σ^(70)启动子的识别 被引量:5
1
作者 张颖 贾芸 吕军 《生物物理学报》 CAS CSCD 北大核心 2007年第6期475-481,共7页
应用多样性增量结合二次判别分析(Increment of Diversity with Quadratic Discriminant analysis,IDQD)方法,对大肠杆菌σ70启动子进行识别。使用受试者操作特性(receiver operating characteristic,ROC)曲线和精度召回率曲线(Precisio... 应用多样性增量结合二次判别分析(Increment of Diversity with Quadratic Discriminant analysis,IDQD)方法,对大肠杆菌σ70启动子进行识别。使用受试者操作特性(receiver operating characteristic,ROC)曲线和精度召回率曲线(Precision Recall Curves,PRC)进行性能评估。10-fold交叉检验给出,在正负集之比为1∶1时,ROC曲线下面积和PRC曲线下面积均为95%。结果表明,IDQD算法有能力应用于原核启动子的识别。识别精度高于现有算法。 展开更多
关键词 大肠杆菌 启动子 多样性增量 二次判别分析
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甲壳素复合石墨相氮化碳的制备及光催化杀菌性能 被引量:6
2
作者 余致汐 贺南南 +1 位作者 陈欢 江芳 《环境化学》 CAS CSCD 北大核心 2020年第5期1271-1278,共8页
本文采用水热法制备了甲壳素(Chitin)和石墨相氮化碳(g-C3N4)复合材料Chitin-CN,并采用XRD、SEM、XPS、光电流及阻抗分析等手段对其进行物化特性分析.与g-C3N4相比,Chitin-CN复合材料的光生电子-空穴对的分离效率较高,甲壳素(Chitin)含... 本文采用水热法制备了甲壳素(Chitin)和石墨相氮化碳(g-C3N4)复合材料Chitin-CN,并采用XRD、SEM、XPS、光电流及阻抗分析等手段对其进行物化特性分析.与g-C3N4相比,Chitin-CN复合材料的光生电子-空穴对的分离效率较高,甲壳素(Chitin)含量为0.2 g的Chitin-CN材料在模拟太阳光照射下对大肠杆菌K-12表现出最佳的光催化杀菌效率,在2 h内可完全杀死6.5 lg cfu·mL-1的大肠杆菌K-12.Chitin-CN的破碎结构暴露了更多的活性位点,甲壳素的加入提高了光生载流子的分离率,从而促进了复合材料光催化杀菌的性能.捕获实验表明超氧自由基(·O-2)和空穴(h+)是Chitin-CN作用于大肠杆菌K-12的主要活性物种. 展开更多
关键词 光催化 甲壳素 大肠杆菌k-12 杀菌
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基于序列柔性参数的大肠杆菌启动子的预测 被引量:1
3
作者 谢亚茹 董志飞 +2 位作者 杨佳赫 周小军 李前忠 《内蒙古大学学报(自然科学版)》 CAS 北大核心 2018年第6期620-628,共9页
以大肠杆菌K-12的启动子(Promoter)序列作为正集,编码区(Coding区)和基因间汇聚区(CON区)的序列作为两组对照负集建立数据库,分别对实验上确定的165条σ38、94条σ54及600条σ70启动子序列进行二联体位点的保守性分析,得到保守性参数随... 以大肠杆菌K-12的启动子(Promoter)序列作为正集,编码区(Coding区)和基因间汇聚区(CON区)的序列作为两组对照负集建立数据库,分别对实验上确定的165条σ38、94条σ54及600条σ70启动子序列进行二联体位点的保守性分析,得到保守性参数随位点的涨落.用单种柔性结构参数分别和各集的二联体位置关联权重矩阵构成对序列的打分函数,分别对三类数据集进行了检验.研究发现,在自洽检验中,算法对σ38、σ54启动子的预测准确性都达到98%,对σ70启动子的预测准确性也达到了88%.通过绘制ROC曲线,确定了三类数据集的十交叉检验的最佳阈值,该算法在最佳阈值下对σ38、σ70两类启动子的预测准确度(Ac)都达到了80%以上,其中算法对以σ70启动子序列为正集、编码区序列为负集的数据集(记为Prom-Coding数据集)的Ac为88%,而对以σ54启动子序列为正集、基因间汇聚区序列为负集的数据集(记为Prom-CON数据集)的Ac为76%、Prom-Coding数据集的Ac为87%.使用Jackknife法对σ38、σ54两类数据集进行检验,Ac都达到了80%以上. 展开更多
关键词 大肠杆菌k-12 二联体位置关联权重矩阵 保守性参数 柔性参数 ROC曲线
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耐利福定大肠杆菌K—12包膜组分的生化分析
4
作者 李显志 王浴生 《中国抗生素杂志》 CAS CSCD 北大核心 1991年第3期193-198,共6页
通过提取大肠杆菌K-12敏感株及其耐利福定株的包膜,并对其组分作了初步的生化分析。结果表明:十二烷基磺酸钠—聚丙烯酰胺凝胶电泳发现耐药株包膜蛋白质中一条分子量为52KD的蛋白带较相应敏感株包膜蛋白有明显减少;超薄膜层聚丙烯酰胺... 通过提取大肠杆菌K-12敏感株及其耐利福定株的包膜,并对其组分作了初步的生化分析。结果表明:十二烷基磺酸钠—聚丙烯酰胺凝胶电泳发现耐药株包膜蛋白质中一条分子量为52KD的蛋白带较相应敏感株包膜蛋白有明显减少;超薄膜层聚丙烯酰胺等电聚焦电泳分析提示敏感株与耐药株包膜蛋白的等电点无明显区别,均为4.5~6.7;氨基酸组成分析提示敏感株与耐药株包膜的各种氨基酸及其含量无明显区别;薄层色谱分析提示耐药菌膜脂较敏感菌膜脂多分离出1种组分,前者7种组分,后者仅6种组分;敏感株与耐药株包膜总含量分别为每毫克干重包膜含糖186.7±15.3和150.0±17.0微克。提示大肠杆菌K-12耐利福定后包膜屏障通透性的改变可能系蛋白质和脂类改变的结果。进一步的研究工作仍在继续之中。 展开更多
关键词 利福定 大肠杆菌k-12 抗药性
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细菌对利福定的耐药性与细菌包膜屏障的关系
5
作者 李显志 凌保生 王浴生 《中国抗生素杂志》 CAS CSCD 北大核心 1989年第5期315-317,共3页
选用大肠杆菌k-12及其耐利福定菌株,利用同位素示踪技术研究发现利福定明显抑制~3H-尿苷掺入敏感菌,而耐药菌掺入则不受抑制,加用膜通透剂EDTA后,~3H-尿苷掺入耐药菌受到明显的抑制;~3H-利福定透入耐药菌的量明显低于透入敏感菌的量,用E... 选用大肠杆菌k-12及其耐利福定菌株,利用同位素示踪技术研究发现利福定明显抑制~3H-尿苷掺入敏感菌,而耐药菌掺入则不受抑制,加用膜通透剂EDTA后,~3H-尿苷掺入耐药菌受到明显的抑制;~3H-利福定透入耐药菌的量明显低于透入敏感菌的量,用EDTA后,透入耐药菌中的~3H-利福定显著增加。结果提示:细菌包膜屏障通透性降低使药物进入菌体减少是细菌对利福定耐药的重要机制之一。 展开更多
关键词 利福定 细菌包膜屏障 抗药性 细菌
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黄粉虫幼虫免疫血淋巴最佳制样条件的确定 被引量:13
6
作者 王小平 徐冠军 《华中农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 1998年第5期442-446,共5页
采用正交设计L27(313)的方法对大肠杆菌诱导黄粉幼虫的免疫血淋巴最佳制样条件进行了研究,结果表明:以每虫105菌量诱导较小的虫体(0.7g以下)后72h取样得到的样品活性最高。
关键词 黄粉虫 大肠杆菌 免疫血淋巴 制样 抑菌物质
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不同条件对大肠杆菌K12转化质粒pKD46效率研究 被引量:6
7
作者 李伟星 张力 +3 位作者 王扬 张君胜 杨晓志 张铎 《湖北农业科学》 北大核心 2010年第8期1803-1806,共4页
研究了不同处理方法、不同生长时期以及热激时间等因素对Escherichia coli K12转化质粒pKD46效率的影响。结果表明,在OD600为0.43时,利用RbCl法制备的新鲜感受态细胞,在42℃热激90s时,对质粒pKD46的转化效率最高,可达到5.4×106。同... 研究了不同处理方法、不同生长时期以及热激时间等因素对Escherichia coli K12转化质粒pKD46效率的影响。结果表明,在OD600为0.43时,利用RbCl法制备的新鲜感受态细胞,在42℃热激90s时,对质粒pKD46的转化效率最高,可达到5.4×106。同时,优化了其他影响转化效率的因素。 展开更多
关键词 大肠杆菌k12菌株 质粒pkD46 RbCl法
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大肠杆菌中dctA基因敲除及其苹果酸摄取功能鉴定 被引量:4
8
作者 姜巨全 张正来 +1 位作者 徐桐 孟琳 《东北农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2018年第5期45-52,共8页
大肠杆菌(Escherichia coli)K12基因组中,仅dctA基因编码1个在有氧条件下负责摄取四碳-二羧酸的转运蛋白。为鉴定Dct A能否摄取四碳-2-羟基羧酸(如苹果酸),首先以p KD3为模版PCR扩增含有氯霉素抗性dctA基因同源臂,电转入E.coli K12/p K... 大肠杆菌(Escherichia coli)K12基因组中,仅dctA基因编码1个在有氧条件下负责摄取四碳-二羧酸的转运蛋白。为鉴定Dct A能否摄取四碳-2-羟基羧酸(如苹果酸),首先以p KD3为模版PCR扩增含有氯霉素抗性dctA基因同源臂,电转入E.coli K12/p KD46感受态细胞,筛选具有氯霉素抗性的基因敲除突变株E.coliΔdctA/p KD46。通过消除质粒p KD46构建大肠杆菌dctA基因敲除突变株E.coliΔdctA。构建dctA基因表达载体p Easy T3-dctA。通过苹果酸摄取功能互补试验,证实基因敲除菌株E.coliΔdctA丧失摄取苹果酸功能,四碳-二羧酸摄取蛋白Dct A具有摄取苹果酸功能。研究首次报道Dct A具有摄取苹果酸功能,该基因敲除突变株的构建可为其他菌株来源2-HCT转运蛋白的基因克隆与功能分析奠定基础。 展开更多
关键词 大肠杆菌k12 dctA λRed重组 基因敲除 四碳-2-羟基羧酸
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聚糖联乙炔类脂轭合物与大肠杆菌的识别作用研究 被引量:2
9
作者 范翊 李亚军 +3 位作者 张立功 蒋大鹏 于雅琴 黎明兰 《发光学报》 EI CAS CSCD 北大核心 1998年第2期193-195,共3页
聚糖联乙炔类脂轭合物与大肠杆菌的识别作用研究*范翊a)李亚军a)WangGPb)张立功a)蒋大鹏a)于雅琴c)黎明兰c)a)(中国科学院长春物理研究所,长春130021)b)(DepartmentofChemistr... 聚糖联乙炔类脂轭合物与大肠杆菌的识别作用研究*范翊a)李亚军a)WangGPb)张立功a)蒋大鹏a)于雅琴c)黎明兰c)a)(中国科学院长春物理研究所,长春130021)b)(DepartmentofChemistry,WayneStateUnive... 展开更多
关键词 聚糖联乙炔类脂 大肠杆菌 比色响应 识别作用
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Eicosanoids mediate nodulation reactions to bacterial Escherichia coil K 12 infections in larvae of the oriental blowfly, Chrysomya megacephala
10
作者 Fu Zhao Bing Chen +2 位作者 Yong Wang Fen Zhu Chao-Liang Lei 《Insect Science》 SCIE CAS CSCD 2009年第5期387-392,共6页
Nodulation is the predominant cellular defense reaction to bacterial challenges in insects. In this study, third instar larvae of Chrysomya megacephala were injected with bacteria, Escherichia coli K 12 (10^6 CFU/mL... Nodulation is the predominant cellular defense reaction to bacterial challenges in insects. In this study, third instar larvae of Chrysomya megacephala were injected with bacteria, Escherichia coli K 12 (10^6 CFU/mL, 2μL), immediately prior to injection of inhibitors of eicosanoid biosynthesis, which sharply reduced nodulation response. Test larvae were treated with specific inhibitors ofphospholipase A2 (dexamethasone), cyclo- oxygenase (indomethacin, ibuprofen and piroxicam), dual cyclo-oxygenase/lipoxygenase (phenidone) and lipoxygenase (esculetin) and these reduced nodulation except esculetin. The influence of bacteria was obvious within 2 h of injection (5 nodules/larva), and increased to a maximum after 8 h (with 15 nodules/larva), and then significantly reduced over 24 h (9 nodules/larva). The inhibitory influence of dexamethasone was apparent within 2 h of injection (4 vs. 5 nodules/larva), and nodulation was significantly reduced, compared to control, over 24 h (5 vs. 8 nodules/larva). Increased dosages of ibuprofen, indomethacin, piroxicam and phenidone led to decreased numbers of nodules. Nodules continued to exist during the pupal stage. However, the effects of dexamethasone were reversed by treating bacteria-injected insects with an eicosanoid-precursor polyunsaturated fatty acid, arachidonic acid. These findings approved our view that eicosanoid can mediate cellular defense mechanisms in response to bacterial infections in another Dipteran insect C. rnegacephala. 展开更多
关键词 bacteria Chrysomya megacephala EICOSANOIDS escherichia coli k12 NODULATION
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产志贺样毒素的噬菌体φ297在大肠杆菌K514染色体上插入位点的定位研究
11
作者 翟静 张媛英 +3 位作者 王涛 柏素云 孙凌云 蒋汉明 《泰山医学院学报》 CAS 2005年第1期8-12,共5页
目的 鉴定噬菌体φ2 97在大肠杆菌K5 1 4染色体上的插入位点。方法 采用加接头PCR、分子克隆、亚克隆等分子生物学方法从与噬菌体933W的整合酶基因int同源的核苷酸序列开始向未知区域进行步移测序,寻找目的基因。将获得的DNA序列与核... 目的 鉴定噬菌体φ2 97在大肠杆菌K5 1 4染色体上的插入位点。方法 采用加接头PCR、分子克隆、亚克隆等分子生物学方法从与噬菌体933W的整合酶基因int同源的核苷酸序列开始向未知区域进行步移测序,寻找目的基因。将获得的DNA序列与核苷酸数据库进行比较。结果 确定了细菌性噬菌体φ2 97的attL、attR和中心序列位于大肠杆菌K5 1 4的yecE 基因内。结论 噬菌体φ2 97在宿主细胞E coliK5 1 4染色体上的整合位点是yecE基因。 展开更多
关键词 噬菌体φ297 埃希氏大肠杆菌k12 Shiga毒素 附加位点 染色体 插入位点
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产Shiga毒素噬菌体φ297在大肠杆菌K12染色体上整合位点的定位研究
12
作者 曹奇志 翟静 常维山 《微生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2004年第5期605-608,共4页
鉴定大肠杆菌O15 7产生Shiga毒素 (Stx)的噬菌体 φ2 97在大肠杆菌K12染色体上的插入位点。采用加接头PCR方法从与噬菌体 933W的整合酶基因int同源的核苷酸开始向未知区域进行步移测序 ,寻找目的基因。将获得的DNA序列与核苷酸数据库进... 鉴定大肠杆菌O15 7产生Shiga毒素 (Stx)的噬菌体 φ2 97在大肠杆菌K12染色体上的插入位点。采用加接头PCR方法从与噬菌体 933W的整合酶基因int同源的核苷酸开始向未知区域进行步移测序 ,寻找目的基因。将获得的DNA序列与核苷酸数据库进行比较 ,确定了细菌性噬菌体 φ2 97的attL、attR和中心序列位于大肠杆菌K12的yecE基因内。噬菌体 φ2 97在宿主细胞E .coliK12染色体上的整合位点是yecE基因。 展开更多
关键词 噬菌体φ297 埃希氏大肠杆菌k12 特殊位点重组 Shiga毒素
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基于数据挖掘探究兰艾双香方诱导大肠杆菌K12菌株铁死亡机制研究
13
作者 张振华 宋健 +8 位作者 孟凯强 胥冰 王斌 沈舒文 张瑞凡 王紫慧 苏辉 王卓 冯天照 《中国医药科学》 2022年第15期71-74,共4页
目的 本研究旨在通过数据挖掘探究兰艾双香方在发挥抑菌作用过程中,常见致病菌—大肠杆菌诱使铁死亡发生的过程,为后续开展常见致病菌发生铁死亡的研究提供基础研究方向和理论基础。方法以兰艾双香方中的各种中药在中国知网、万方数据... 目的 本研究旨在通过数据挖掘探究兰艾双香方在发挥抑菌作用过程中,常见致病菌—大肠杆菌诱使铁死亡发生的过程,为后续开展常见致病菌发生铁死亡的研究提供基础研究方向和理论基础。方法以兰艾双香方中的各种中药在中国知网、万方数据、维普以及中药系统药理学数据库等检索有效成分及对应蛋白。建立中药数据的Excel表格,对有效成分、分子蛋白等进行分析,并分析药物蛋白在大肠杆菌K12菌株不同样本起作用蛋白,最后对在大肠杆菌K12菌株中铁死亡蛋白进行分析。结果 兰艾双香方中共138个活性化学成分,共获得兰艾双香方蛋白265个,其中“MG1655”样品中共有17个作用蛋白,“W3110”样本中共有5个作用蛋白,fhuA是在大肠杆菌K12抑菌过程中诱导大肠杆菌发生铁死亡的关键蛋白。结论 通过数据发掘的方式,发现兰艾双香方中存在的铁色素外膜转运蛋白在大肠杆菌铁死亡进程中发挥作用,为后续开展诱导常见大肠杆菌等常见致病菌发生铁死亡从而发挥抑菌作用提供了基础。 展开更多
关键词 兰艾双香方 铁死亡 大肠杆菌k12菌株 FHUA
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大肠杆菌外膜蛋白OmpW的克隆及在外膜上高表达 被引量:4
14
作者 邹海杰 吴贤斌 +1 位作者 潘建义 赵辅昆 《中国生物工程杂志》 CAS CSCD 北大核心 2011年第12期46-50,共5页
目的:利用表达载体pLLP-OmpA实现大肠杆菌K12外膜蛋白OmpW在外膜上高表达。方法:PCR扩增ompW基因,构建重组表达载体pLLP-OmpA-ompW,然后转化大肠杆菌K12,得到在外膜上高表达的菌株。提取该菌外膜蛋白,利用免疫小鼠制备得到的抗血清进行W... 目的:利用表达载体pLLP-OmpA实现大肠杆菌K12外膜蛋白OmpW在外膜上高表达。方法:PCR扩增ompW基因,构建重组表达载体pLLP-OmpA-ompW,然后转化大肠杆菌K12,得到在外膜上高表达的菌株。提取该菌外膜蛋白,利用免疫小鼠制备得到的抗血清进行Western blot分析验证高表达的OmpW是否定位于外膜。结果:成功构建了重组表达载体,经转化后成功筛选到高表达菌株,并经Western blot证实高表达的OmpW定位在外膜上。结论:首次成功获得OmpW在外膜上的高表达,该高表达菌株可为深入研究OmpW在细菌致病机制中的作用及其它功能提供研究基础。 展开更多
关键词 大肠杆菌k12 OmpW 重组载体 抗血清制备
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定量监控大肠杆菌主代谢目标蛋白质及中间代谢物
15
作者 程永波 邓子新 刘天罡 《微生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2015年第11期1458-1467,共10页
【目的】监控大肠杆菌(Escherichia coli)主代谢通路上蛋白表达状况及中间代谢物变化,为代谢工程改造提供基础性数据及检测方法。【方法】利用Skyline软件靶向设计主代谢(糖酵解途径、磷酸戊糖途径、三羧酸循环、混合酸发酵途径及脂肪... 【目的】监控大肠杆菌(Escherichia coli)主代谢通路上蛋白表达状况及中间代谢物变化,为代谢工程改造提供基础性数据及检测方法。【方法】利用Skyline软件靶向设计主代谢(糖酵解途径、磷酸戊糖途径、三羧酸循环、混合酸发酵途径及脂肪酸合成途径)目标蛋白质label-free(MRM)方法对其相对定量监控;在相同质谱平台(Triple Quad 4500)上利用LC-MS/MS(MRM)方法对目标中间代谢物绝对定量监控。【结果】实验表明不同生长时期内(对数生长期、稳定期及衰亡期)大肠杆菌主代谢蛋白质表达表现出4种不同的变化现象,某一代谢通路上的单一蛋白不能反映该通路的表达状态;磷酸戊糖途径、混合酸发酵途径以及三羧酸循环途径中较多的蛋白质在衰亡期表达量最高,但几种目标中间代谢产物(ATP、ADP、AMP、NAD+、NADH、NADP+、NADPH、Co A、acetyl-Co A)的积累量与对数生长期相比,稳定期及衰亡期都相应减少(除了acetylCo A以外)。【结论】该文中使用的检测方法可以有效地反映大肠杆菌体内代谢的基本状况。 展开更多
关键词 大肠杆菌(k12 MGl655) 液质联用 代谢物 靶向蛋白组
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