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感染大肠杆菌F17湖羊羔羊脾脏中差异circRNA分析
被引量：
2
1
作者
邹双霞
金澄艳
+11 位作者
鲍建军
王悦
陈炜昊
吴天弋
王利宏
吕晓阳
高雯
王步忠
朱国强
戴国俊
师东方
孙伟
《中国农业科学》
CAS
CSCD
北大核心
2019年第6期1090-1101,共12页
【背景】羊大肠杆菌病是一种以剧烈腹泻和败血症为特征的急性传染病,是规模化羊场最为常见高发的细菌性疾病之一,尤其是初生羔羊易被产肠毒素大肠杆菌(ETEC)感染,引起羔羊腹泻,又叫羔羊白痢,使养殖场遭受严重的经济损失。而传统的抗生...
【背景】羊大肠杆菌病是一种以剧烈腹泻和败血症为特征的急性传染病,是规模化羊场最为常见高发的细菌性疾病之一,尤其是初生羔羊易被产肠毒素大肠杆菌(ETEC)感染,引起羔羊腹泻,又叫羔羊白痢,使养殖场遭受严重的经济损失。而传统的抗生素治疗方案存在诸多缺陷。【目的】本研究通过让湖羊羔羊口服大肠杆菌F17菌株获得不腹泻和腹泻的羔羊个体,筛选出服用大肠杆菌F17菌毛后不腹泻与腹泻型个体中差异表达的circRNA,进而探究circRNA在绵羊抗腹泻中的作用,从而发现与抗大肠杆菌病性状相关的候选基因。从circRNA层面上,加深对绵羊拮抗大肠杆菌F17菌株的认识,确定绵羊拮抗大肠杆菌F17菌株的功能基因。【方法】用CIRI软件从头预测circRNA,利用RNA-seq技术,首次筛选出感染大肠杆菌F17菌株后不腹泻与腹泻型羔羊个体脾脏中差异表达的(DE)circRNA,对差异表达转录本进行GO富集分析,结合GO注释结果对其功能进行描述。统计每个GO条目中所包括的差异转录本个数,并用Fisher's exact test计算每个GO条目中差异转录本富集的显著性。然后随机选择6个DE circRNA,利用q-PCR分别验证这6个DE circRNA在不腹泻和腹泻组羔羊脾脏内的相对表达水平,进而利用Miranda软件来预测与miRNA结合的circRNA以及miRNA的靶基因,根据miRNA靶基因的功能注释来阐明此部分circRNA的功能,分析circRNA-miRNA-mRNA相互作用,最后用q-PCR验证circRNA在不腹泻组和腹泻组羔羊体内的相对表达水平。【结果】绘制参考序列后,鉴定出已知的7 730个circRNA,DE circRNA与GO数据库进行比对,发现一共有60条circRNA被注释和分类到297个功能亚类中。利用RNA-seq在不腹泻和腹泻羔羊脾脏中筛选出60个差异表达的(DE) circRNA,其中31个上调和29个下调,用q-PCR验证随机选择的6个DE circRNA在不腹泻组和腹泻组羔羊体内的相对表达水平,发现与RNA-seq结果�
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关键词
大肠杆菌
f
17
circRNA
湖羊
circRNA-miRNA-mRNA互作
下载PDF
职称材料
F17大肠埃希菌黏附湖羊小肠上皮细胞模型的初步建立
2
作者
王悦
顾亦飞
+2 位作者
邹双霞
王善禾
孙伟
《扬州大学学报（农业与生命科学版）》
CAS
北大核心
2020年第4期82-86,95,共6页
为探究F17大肠埃希菌对湖羊小肠上皮细胞的黏附机制,以体外培养的小肠上皮细胞和F17大肠埃希菌为研究对象,根据黏附后培养过夜的菌落数,调整黏附时间与感染复数(MOI),获取最佳黏附条件,初步建立F17大肠埃希菌黏附小肠上皮细胞的细胞模型...
为探究F17大肠埃希菌对湖羊小肠上皮细胞的黏附机制,以体外培养的小肠上皮细胞和F17大肠埃希菌为研究对象,根据黏附后培养过夜的菌落数,调整黏附时间与感染复数(MOI),获取最佳黏附条件,初步建立F17大肠埃希菌黏附小肠上皮细胞的细胞模型;利用实时荧光定量PCR分别检测F17大肠埃希菌黏附后及脂多糖(LPS)诱导后的白细胞介素(IL)-6、IL-8和IL-1β的表达情况来鉴定该模型。结果表明:F17大肠埃希菌黏附3 h与黏附1、2、4 h时,黏附MOI=100∶1与MOI=200∶1、400∶1、500∶1差异显著,即F17大肠埃希菌黏附MOI=100∶1、黏附时间3 h为最佳黏附条件;小肠上皮细胞免疫相关基因的表达量随黏附时间、诱导时间发生显著变化;与LPS诱导模型相比, F17大肠埃希菌黏附模型更能模拟细菌黏附细胞的生理状态,说明模型建立成功。
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关键词
f
17
大肠埃希菌
湖羊
小肠上皮细胞
细胞模型
黏附
白细胞介素
下载PDF
职称材料
题名
感染大肠杆菌F17湖羊羔羊脾脏中差异circRNA分析
被引量：
2
1
作者
邹双霞
金澄艳
鲍建军
王悦
陈炜昊
吴天弋
王利宏
吕晓阳
高雯
王步忠
朱国强
戴国俊
师东方
孙伟
机构
扬州大学动物科学与技术学院
南京新九州农牧科技有限公司
江苏西来原生态农业有限公司
扬州大学兽医学院
东北农业大学动物医学院
扬州大学教育部农业与农产品安全国际合作联合实验室
出处
《中国农业科学》
CAS
CSCD
北大核心
2019年第6期1090-1101,共12页
基金
国家自然科学基金(31872333)
科技部家养动物平台项目
+6 种基金
江苏省重点研发计划(现代农业)(BE2018354)
江苏省农业重大新品种创制项目(PZCZ201739)
江苏省农业科技自主创新项目(CX(18)2003)
江苏高校优势学科建设工程资助项目
江苏省高校自然科学研究重大项目(17KJA230001)
江苏省六大高峰人才项目和扬州大学研究生创新工程项目(XKYCX17_060
SJCX18_0804)
文摘
【背景】羊大肠杆菌病是一种以剧烈腹泻和败血症为特征的急性传染病,是规模化羊场最为常见高发的细菌性疾病之一,尤其是初生羔羊易被产肠毒素大肠杆菌(ETEC)感染,引起羔羊腹泻,又叫羔羊白痢,使养殖场遭受严重的经济损失。而传统的抗生素治疗方案存在诸多缺陷。【目的】本研究通过让湖羊羔羊口服大肠杆菌F17菌株获得不腹泻和腹泻的羔羊个体,筛选出服用大肠杆菌F17菌毛后不腹泻与腹泻型个体中差异表达的circRNA,进而探究circRNA在绵羊抗腹泻中的作用,从而发现与抗大肠杆菌病性状相关的候选基因。从circRNA层面上,加深对绵羊拮抗大肠杆菌F17菌株的认识,确定绵羊拮抗大肠杆菌F17菌株的功能基因。【方法】用CIRI软件从头预测circRNA,利用RNA-seq技术,首次筛选出感染大肠杆菌F17菌株后不腹泻与腹泻型羔羊个体脾脏中差异表达的(DE)circRNA,对差异表达转录本进行GO富集分析,结合GO注释结果对其功能进行描述。统计每个GO条目中所包括的差异转录本个数,并用Fisher's exact test计算每个GO条目中差异转录本富集的显著性。然后随机选择6个DE circRNA,利用q-PCR分别验证这6个DE circRNA在不腹泻和腹泻组羔羊脾脏内的相对表达水平,进而利用Miranda软件来预测与miRNA结合的circRNA以及miRNA的靶基因,根据miRNA靶基因的功能注释来阐明此部分circRNA的功能,分析circRNA-miRNA-mRNA相互作用,最后用q-PCR验证circRNA在不腹泻组和腹泻组羔羊体内的相对表达水平。【结果】绘制参考序列后,鉴定出已知的7 730个circRNA,DE circRNA与GO数据库进行比对,发现一共有60条circRNA被注释和分类到297个功能亚类中。利用RNA-seq在不腹泻和腹泻羔羊脾脏中筛选出60个差异表达的(DE) circRNA,其中31个上调和29个下调,用q-PCR验证随机选择的6个DE circRNA在不腹泻组和腹泻组羔羊体内的相对表达水平,发现与RNA-seq结果�
关键词
大肠杆菌
f
17
circRNA
湖羊
circRNA-miRNA-mRNA互作
Keywords
escherichia
coli
f
17
circRNA
Lake
sheep
circRNA-miRNA-mRNA
interaction
分类号
S858.26 [农业科学—临床兽医学]
下载PDF
职称材料
题名
F17大肠埃希菌黏附湖羊小肠上皮细胞模型的初步建立
2
作者
王悦
顾亦飞
邹双霞
王善禾
孙伟
机构
扬州大学动物科学与技术学院
扬州大学教育部农业与农产品安全国际联合研究实验室
出处
《扬州大学学报（农业与生命科学版）》
CAS
北大核心
2020年第4期82-86,95,共6页
基金
国家自然科学基金资助项目(31872333)
江苏省重点研发计划(现代农业)项目(BE2018354)
+4 种基金
江苏省农业重大新品种创制项目(PZCZ201739)
江苏省农业科技自主创新资金项目[CX(18)2003]
江苏省“六大人才高峰”项目(XKYCX17-060)
江苏高校优势学科建设工程项目(PAPD)
江苏省高校自然科学研究重大项目(17KJA230001)。
文摘
为探究F17大肠埃希菌对湖羊小肠上皮细胞的黏附机制,以体外培养的小肠上皮细胞和F17大肠埃希菌为研究对象,根据黏附后培养过夜的菌落数,调整黏附时间与感染复数(MOI),获取最佳黏附条件,初步建立F17大肠埃希菌黏附小肠上皮细胞的细胞模型;利用实时荧光定量PCR分别检测F17大肠埃希菌黏附后及脂多糖(LPS)诱导后的白细胞介素(IL)-6、IL-8和IL-1β的表达情况来鉴定该模型。结果表明:F17大肠埃希菌黏附3 h与黏附1、2、4 h时,黏附MOI=100∶1与MOI=200∶1、400∶1、500∶1差异显著,即F17大肠埃希菌黏附MOI=100∶1、黏附时间3 h为最佳黏附条件;小肠上皮细胞免疫相关基因的表达量随黏附时间、诱导时间发生显著变化;与LPS诱导模型相比, F17大肠埃希菌黏附模型更能模拟细菌黏附细胞的生理状态,说明模型建立成功。
关键词
f
17
大肠埃希菌
湖羊
小肠上皮细胞
细胞模型
黏附
白细胞介素
Keywords
escherichia
coli
f
17
Hu
sheep
intestinal
epithelial
cells
cell
model
adhesion
interleukin
分类号
S826.8 [农业科学—畜牧学]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
感染大肠杆菌F17湖羊羔羊脾脏中差异circRNA分析
邹双霞
金澄艳
鲍建军
王悦
陈炜昊
吴天弋
王利宏
吕晓阳
高雯
王步忠
朱国强
戴国俊
师东方
孙伟
《中国农业科学》
CAS
CSCD
北大核心
2019
2
下载PDF
职称材料
2
F17大肠埃希菌黏附湖羊小肠上皮细胞模型的初步建立
王悦
顾亦飞
邹双霞
王善禾
孙伟
《扬州大学学报（农业与生命科学版）》
CAS
北大核心
2020
0
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