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我国新分离盖塔病毒的部分基因组分子特征研究
被引量：
12
1
作者
陈维欣
王环宇
+7 位作者
付士红
李铭华
刘桂芳
姜红月
王力华
王海岩
王志玉
梁国栋
《中华微生物学和免疫学杂志》
CAS
CSCD
北大核心
2010年第5期399-404,共6页
目的 通过分子生物学方法研究我国山东省2008年分离的盖塔病毒（DY0824）基因组分子生物学特征.方法 应用逆转录聚合酶链反应（RT-PCR）扩增出结构区基因和3＇ UTR片段,连接到载体中进行序列测定,然后用Clustal X1.83和MegaAlign软件对...
目的 通过分子生物学方法研究我国山东省2008年分离的盖塔病毒（DY0824）基因组分子生物学特征.方法 应用逆转录聚合酶链反应（RT-PCR）扩增出结构区基因和3＇ UTR片段,连接到载体中进行序列测定,然后用Clustal X1.83和MegaAlign软件对测定的核苷酸和推测的氨基酸序列进行比较分析,用Mega4软件绘制系统发生树.结果 DY0824病毒株衣壳蛋白由804个核苷酸组成,编码268个氨基酸,与国内外其他分离株的核苷酸同源性为95.4%～99.9%,氨基酸同源性为97.4%～100%.E2蛋白全长1266个核苷酸,编码422个氨基酸,与其他株的核苷酸同源性为94.8%～99.5%,氨基酸同源性为97.6%～100%.该病毒3＇ UTR由401个核苷酸组成,存在3个重复序列.结论 山东省新分离盖塔病毒衣壳蛋白和E蛋白基国与该病毒原型分离株相比分别存在7个和10个氨基酸差异位点,病毒3＇UTR区域存在多个核苷酸差异位点.
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关键词
盖塔病毒
衣壳
蛋白
基因
e
2
蛋白
基因
3’非翻译区
核苷酸序列
原文传递
四川省首株盖塔病毒SC1210的鉴定
被引量：
6
2
作者
李伟
潘明
+7 位作者
周兴余
林世华
刘学成
付士红
陈丹林
曹一欧
梁国栋
张佳珂
《中华实验和临床病毒学杂志》
CAS
CSCD
2017年第1期2-7,共6页
目的 对四川省从蚊虫分离到的病毒SC1210进行鉴定并分析其基因组特征.方法 利用披膜病毒科甲病毒属特异性引物进行RT-PCR鉴定,并采用二代测序平台Ion Torrent PGM进行基因组全序列测定,然后利用Mega Align软件对测定的核苷酸和推测的氨...
目的 对四川省从蚊虫分离到的病毒SC1210进行鉴定并分析其基因组特征.方法 利用披膜病毒科甲病毒属特异性引物进行RT-PCR鉴定,并采用二代测序平台Ion Torrent PGM进行基因组全序列测定,然后利用Mega Align软件对测定的核苷酸和推测的氨基酸序列进行比较分析,利用Mega 6软件绘制系统发生树.结果 SC1210为盖塔病毒（Getah virus,GETV）,该株病毒基因组全长11 690nt,与国内外其他分离株的核苷酸同源性为99.2％-99.7％,氨基酸同源性为96.5％-99.4％.衣壳蛋白全长为804nt,编码268个氨基酸,与其他株的核苷酸同源性为94.9％-99.2％,氨基酸同源性97％-99.6％.E2基因全长1 266 nt,编码422个氨基酸,与其他株的核苷酸同源性为94.6％-99.6,氨基酸同源性为97.1％-99.5％.3＇UTR全长402 nt,具有GETV病毒独特的3个完整的重复序列元件和19 nt的保守序列.结论 四川省分离到的首株GETV SC1210与云南分离株YN0540亲缘关系较近,而与马来西亚原始株MM2021亲缘关系较远.
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关键词
盖塔病毒
衣壳
蛋白
基因
e
2
蛋白
基因
3’非翻译区
核苷酸序列
原文传递
猪瘟病毒辽宁株E2蛋白部分基因片段的序列分析
3
作者
张洪勇
李雪梅
+2 位作者
刘海鹏
吕宗吉
涂长春
《辽宁畜牧兽医》
2002年第2期1-3,共3页
应用RT-PCR方法对辽宁地区8份猪瘟临床病料进行了E2蛋白部分基因片段扩增,其中有5份病料扩增产物经2％的琼脂糖凝胶电泳获得大小约为210bp的目的基因片段。经对目的基因片段回收纯化后进行核苷酸序列测定,并与国内外发表的18株猪瘟病毒...
应用RT-PCR方法对辽宁地区8份猪瘟临床病料进行了E2蛋白部分基因片段扩增,其中有5份病料扩增产物经2％的琼脂糖凝胶电泳获得大小约为210bp的目的基因片段。经对目的基因片段回收纯化后进行核苷酸序列测定,并与国内外发表的18株猪瘟病毒株的核苷酸序列和氨基酸序列进行同源性比较表明,所分离的5株猪瘟病毒株核苷酸序列及氨基酸序列与C1W、C2W等8个毒株的同源性较高,而与国内的疫苗株和强毒株的同源性则较低,基因型差异比较明显,并不归属于同一个基因亚群。本研究通过对E2基因片段扩增以及相应的核苷酸序列和氨基酸序列分析,揭示了本地区猪瘟病毒的分子流行病学背景。
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关键词
e
2
蛋白
基因
基因
片段
RT-PCR
猪瘟
病毒
辽宁株
序列分析
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职称材料
题名
我国新分离盖塔病毒的部分基因组分子特征研究
被引量：
12
1
作者
陈维欣
王环宇
付士红
李铭华
刘桂芳
姜红月
王力华
王海岩
王志玉
梁国栋
机构
山东大学公共卫生学院病毒学研究室
中国疾病预防控制中心病毒病预防控制所病毒性脑炎室
山东省疾病预防控制中心
出处
《中华微生物学和免疫学杂志》
CAS
CSCD
北大核心
2010年第5期399-404,共6页
基金
国家科技部重大传染病专项（2003BA12A08-01）
艾滋病和病毒性肝炎等重大传染病防治重大专项项目（20087ZX10004-010）
文摘
目的 通过分子生物学方法研究我国山东省2008年分离的盖塔病毒（DY0824）基因组分子生物学特征.方法 应用逆转录聚合酶链反应（RT-PCR）扩增出结构区基因和3＇ UTR片段,连接到载体中进行序列测定,然后用Clustal X1.83和MegaAlign软件对测定的核苷酸和推测的氨基酸序列进行比较分析,用Mega4软件绘制系统发生树.结果 DY0824病毒株衣壳蛋白由804个核苷酸组成,编码268个氨基酸,与国内外其他分离株的核苷酸同源性为95.4%～99.9%,氨基酸同源性为97.4%～100%.E2蛋白全长1266个核苷酸,编码422个氨基酸,与其他株的核苷酸同源性为94.8%～99.5%,氨基酸同源性为97.6%～100%.该病毒3＇ UTR由401个核苷酸组成,存在3个重复序列.结论 山东省新分离盖塔病毒衣壳蛋白和E蛋白基国与该病毒原型分离株相比分别存在7个和10个氨基酸差异位点,病毒3＇UTR区域存在多个核苷酸差异位点.
关键词
盖塔病毒
衣壳
蛋白
基因
e
2
蛋白
基因
3’非翻译区
核苷酸序列
Keywords
G
e
tah virus
Capsid g
e
n
e
e
2
prot
e
in g
e
n
e
3＇ untranslat
e
d r
e
gion
Nucl
e
otid
e
s
e
qu
e
nc
e
分类号
Q [生物学]
原文传递
题名
四川省首株盖塔病毒SC1210的鉴定
被引量：
6
2
作者
李伟
潘明
周兴余
林世华
刘学成
付士红
陈丹林
曹一欧
梁国栋
张佳珂
机构
四川省疾病预防控制中心
中国疾病预防控制中心病毒病预防控制所
出处
《中华实验和临床病毒学杂志》
CAS
CSCD
2017年第1期2-7,共6页
文摘
目的 对四川省从蚊虫分离到的病毒SC1210进行鉴定并分析其基因组特征.方法 利用披膜病毒科甲病毒属特异性引物进行RT-PCR鉴定,并采用二代测序平台Ion Torrent PGM进行基因组全序列测定,然后利用Mega Align软件对测定的核苷酸和推测的氨基酸序列进行比较分析,利用Mega 6软件绘制系统发生树.结果 SC1210为盖塔病毒（Getah virus,GETV）,该株病毒基因组全长11 690nt,与国内外其他分离株的核苷酸同源性为99.2％-99.7％,氨基酸同源性为96.5％-99.4％.衣壳蛋白全长为804nt,编码268个氨基酸,与其他株的核苷酸同源性为94.9％-99.2％,氨基酸同源性97％-99.6％.E2基因全长1 266 nt,编码422个氨基酸,与其他株的核苷酸同源性为94.6％-99.6,氨基酸同源性为97.1％-99.5％.3＇UTR全长402 nt,具有GETV病毒独特的3个完整的重复序列元件和19 nt的保守序列.结论 四川省分离到的首株GETV SC1210与云南分离株YN0540亲缘关系较近,而与马来西亚原始株MM2021亲缘关系较远.
关键词
盖塔病毒
衣壳
蛋白
基因
e
2
蛋白
基因
3’非翻译区
核苷酸序列
Keywords
G
e
tah virus
Capsid g
e
n
e
e
2
prot
e
in g
e
n
e
3＇ untranslat
e
d r
e
gion
Nu
e
l
e
otid
e
s
e
qu
e
nc
e
分类号
S852.65 [农业科学—基础兽医学]
原文传递
题名
猪瘟病毒辽宁株E2蛋白部分基因片段的序列分析
3
作者
张洪勇
李雪梅
刘海鹏
吕宗吉
涂长春
机构
沈阳农业大学畜牧兽医学院
佛山科技学院动物医学系
中国人民解放军军需大学兽医研究所
出处
《辽宁畜牧兽医》
2002年第2期1-3,共3页
基金
国家自然科学基金重大项目资助(39893290-1)
文摘
应用RT-PCR方法对辽宁地区8份猪瘟临床病料进行了E2蛋白部分基因片段扩增,其中有5份病料扩增产物经2％的琼脂糖凝胶电泳获得大小约为210bp的目的基因片段。经对目的基因片段回收纯化后进行核苷酸序列测定,并与国内外发表的18株猪瘟病毒株的核苷酸序列和氨基酸序列进行同源性比较表明,所分离的5株猪瘟病毒株核苷酸序列及氨基酸序列与C1W、C2W等8个毒株的同源性较高,而与国内的疫苗株和强毒株的同源性则较低,基因型差异比较明显,并不归属于同一个基因亚群。本研究通过对E2基因片段扩增以及相应的核苷酸序列和氨基酸序列分析,揭示了本地区猪瘟病毒的分子流行病学背景。
关键词
e
2
蛋白
基因
基因
片段
RT-PCR
猪瘟
病毒
辽宁株
序列分析
分类号
S852.651 [农业科学—基础兽医学]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
我国新分离盖塔病毒的部分基因组分子特征研究
陈维欣
王环宇
付士红
李铭华
刘桂芳
姜红月
王力华
王海岩
王志玉
梁国栋
《中华微生物学和免疫学杂志》
CAS
CSCD
北大核心
2010
12
原文传递
2
四川省首株盖塔病毒SC1210的鉴定
李伟
潘明
周兴余
林世华
刘学成
付士红
陈丹林
曹一欧
梁国栋
张佳珂
《中华实验和临床病毒学杂志》
CAS
CSCD
2017
6
原文传递
3
猪瘟病毒辽宁株E2蛋白部分基因片段的序列分析
张洪勇
李雪梅
刘海鹏
吕宗吉
涂长春
《辽宁畜牧兽医》
2002
0
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