一个蛋白质可能在不同条件或不同时刻与不同的蛋白质发生相互作用,这称为蛋白质的动态特性.蛋白质在分子处理的不同阶段参与到不同的模块,与其他的蛋白质共同完成某项功能.因此,动态蛋白质相互作用的研究有助于提高蛋白质功能预测的准确...一个蛋白质可能在不同条件或不同时刻与不同的蛋白质发生相互作用,这称为蛋白质的动态特性.蛋白质在分子处理的不同阶段参与到不同的模块,与其他的蛋白质共同完成某项功能.因此,动态蛋白质相互作用的研究有助于提高蛋白质功能预测的准确率.结合蛋白质相互作用网络和时间序列基因表达数据,构建动态蛋白质相互作用网络.为降低PPI网络中假阴性对功能预测产生的负面影响,结合结构域信息和复合物信息,预测和产生新的相互作用,并对相互作用加权.基于构建的动态加权网络,提出一种功能预测方法 D-PIN(Dynamic protein interaction networks).基于三个不同的酵母相互作用网络实验结果表明,D-PIN方法的综合性能比现有方法提高了14%以上.结果验证了构建的动态加权蛋白质相互网络的有效性.展开更多
目前节点重要度评估中针对静态无权图的研究比较多,针对动态加权图的研究相对较少。针对加权网络提出了等效点权节点重要度评估方法;考虑加权网络的动态性,提出了动态距离矩阵更新算法;结合动态规划和迭代的思想,给出了一种新的求距离...目前节点重要度评估中针对静态无权图的研究比较多,针对动态加权图的研究相对较少。针对加权网络提出了等效点权节点重要度评估方法;考虑加权网络的动态性,提出了动态距离矩阵更新算法;结合动态规划和迭代的思想,给出了一种新的求距离矩阵的方法;考虑加权网络的社区性,提出了基于距离增量的分组算法;最后,综合给出了基于距离增量分组的动态节点重要度评估算法(node importance evaluation based on distance-increment grouping in dynamic weighted network,IDGD),通过在C-DBLP(digital bib-liography & library project in China)数据上的对比实验,验证了算法的可行性和有效性。展开更多
文摘一个蛋白质可能在不同条件或不同时刻与不同的蛋白质发生相互作用,这称为蛋白质的动态特性.蛋白质在分子处理的不同阶段参与到不同的模块,与其他的蛋白质共同完成某项功能.因此,动态蛋白质相互作用的研究有助于提高蛋白质功能预测的准确率.结合蛋白质相互作用网络和时间序列基因表达数据,构建动态蛋白质相互作用网络.为降低PPI网络中假阴性对功能预测产生的负面影响,结合结构域信息和复合物信息,预测和产生新的相互作用,并对相互作用加权.基于构建的动态加权网络,提出一种功能预测方法 D-PIN(Dynamic protein interaction networks).基于三个不同的酵母相互作用网络实验结果表明,D-PIN方法的综合性能比现有方法提高了14%以上.结果验证了构建的动态加权蛋白质相互网络的有效性.
文摘目前节点重要度评估中针对静态无权图的研究比较多,针对动态加权图的研究相对较少。针对加权网络提出了等效点权节点重要度评估方法;考虑加权网络的动态性,提出了动态距离矩阵更新算法;结合动态规划和迭代的思想,给出了一种新的求距离矩阵的方法;考虑加权网络的社区性,提出了基于距离增量的分组算法;最后,综合给出了基于距离增量分组的动态节点重要度评估算法(node importance evaluation based on distance-increment grouping in dynamic weighted network,IDGD),通过在C-DBLP(digital bib-liography & library project in China)数据上的对比实验,验证了算法的可行性和有效性。
