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不同病理类型的葡萄膜黑色素瘤中微小RNA差异表达谱分析 被引量:9
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作者 刘忆南 邵蕾 魏文斌 《中华实验眼科杂志》 CAS CSCD 北大核心 2017年第9期778-785,共8页
背景目前研究证实微小RNA(miRNA)参与大多数人类肿瘤疾病的发生和发展,其作用类似于抑癌基因或癌基因。葡萄膜黑色素瘤(UM)是成人常见的眼部恶性肿瘤,其发生和转移机制仍未完全阐明。探讨UM组织中miRNA的差异表达情况有望为UM的... 背景目前研究证实微小RNA(miRNA)参与大多数人类肿瘤疾病的发生和发展,其作用类似于抑癌基因或癌基因。葡萄膜黑色素瘤(UM)是成人常见的眼部恶性肿瘤,其发生和转移机制仍未完全阐明。探讨UM组织中miRNA的差异表达情况有望为UM的靶向治疗提供依据。目的筛选不同病理类型的UM组织中特异性miRNA表达谱。方法收集于2013年3月至2015年10月在北京同仁医院手术局部切除并经常规组织病理学和免疫组织化学检测证实为梭型细胞型UM的标本4例和上皮细胞型UM标本4例,采用miRNA芯片分别检测2种UM组织中miRNA的表达,收集同期死于非肿瘤疾病的8个供体眼的正常葡萄膜组织作为对照,利用组间差异倍数筛选出差异≥2倍差异表达的miRNA;用在线软件预测差异表达miRNA的靶基因,采用生物信息学方法分析靶基因参与的信号功能通路。采用实时定量PCR法验证芯片检测结果。结果收集的梭形细胞型和上皮细胞型UM标本经组织病理学检查均得到确诊,免疫组织化学检测梭形细胞型及上皮细胞型UM组织中HMB45、黑色素-A和S-100均呈阳性反应。与正常葡萄膜组织比较,在梭形细胞型UM组织中差异表达的miRNA有109个,其中29个上调,80个下调,上调的miRNA包括miR-146a-5P、miR-25-3P和miR-29b-1-5P,下调的miRNA包括miR-126-5P、miR-183-5P和miR-96-5P;上皮细胞型UM中差异表达的miRNA有50个,其中23个上调,27个下调,上调的miRNA包括miR-155-5p、miR-210和miR-378a-5p;下调的miRNA包括miR-199a-5p、miR-143-3p和miR-143-5p。在梭形细胞型和上皮细胞型UM组织中共同上调的miRNA为miR-132-3p、miR-21-5P、miR-34a-5P和miR-34b-5P,共同下调的miRNA为miR-125b-2-3P、miR-126-3p、miR-199a-3P和miR-214-3P。梭形细胞型和上皮细胞型UM组织中差异表达的miRNA所预测的靶基因分别参与癌症通路、丝裂原活化蛋白激酶(MAPK)信号通路、Wnt信号� 展开更多
关键词 葡萄膜黑色素瘤/病理 微小RNA 信号转导通路 差异表达谱
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儿童脊髓性肌萎缩症2型患者血浆中环状RNA的表达谱分析
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作者 胡学会 闫红 +3 位作者 吴计划 赵忠礼 汪晓翠 杨斌 《实用临床医药杂志》 CAS 2023年第2期22-27,34,共7页
目的分析儿童脊髓性肌萎缩症(SMA)2型患者血浆中环状RNA(circRNA)的表达谱变化。方法选取2021年9月—2022年3月安徽省儿童医院神经内科住院治疗的儿童SMA2型患者5例为SMA组,同期健康对照者5例为对照组。采用高通量测序技术检测并筛选出... 目的分析儿童脊髓性肌萎缩症(SMA)2型患者血浆中环状RNA(circRNA)的表达谱变化。方法选取2021年9月—2022年3月安徽省儿童医院神经内科住院治疗的儿童SMA2型患者5例为SMA组,同期健康对照者5例为对照组。采用高通量测序技术检测并筛选出血浆中差异表达的circRNA,应用生物信息学进行基因本体论(GO)注释、京都基因和基因组百科全书(KEGG)和Reactome通路富集分析。利用在线数据库预测circRNA可能靶向的微小RNA(miRNA)。结果与对照组相比,SMA组患者血浆中共有136个circRNA呈显著差异性表达(P<0.05,差异倍数≥1.5),包括55个表达上调和81个表达下调的circRNA。生物信息学分析发现,同源重组修复、DNA复制等通路在SMA的发生发展中具有重要作用。应用TargetScan和miRanda软件预测了差异表达circRNA与miRNA的关系,绘制了circRNA-miRNA调控网络图。结论SMA组与对照组存在差异表达的circRNA。这些circRNA可能参与SMA的发生、发展,或可成为SMA的新型诊断和治疗的潜在分子标志物。 展开更多
关键词 环状RNA 脊髓性肌萎缩症 儿童 微小RNA 高通量测序 差异表达谱
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抗菌肽Hepcidin诱导草鱼肾细胞miRNA表达分析
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作者 岳小真 常娇娇 +1 位作者 常新月 李槿年 《水生生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2023年第11期1827-1837,共11页
为探讨草鱼抗菌肽Hepcidin(Ci Hep)过表达前后草鱼肾细胞系(Ctenopharyngodon idella kidney,CIK)miRNA表达谱变化及其分子机制,将构建的重组表达质粒pmCherry-N1-Cihep转染CIK细胞,通过检测Ci Hep基因转录水平及融合蛋白mCherry-Ci He... 为探讨草鱼抗菌肽Hepcidin(Ci Hep)过表达前后草鱼肾细胞系(Ctenopharyngodon idella kidney,CIK)miRNA表达谱变化及其分子机制,将构建的重组表达质粒pmCherry-N1-Cihep转染CIK细胞,通过检测Ci Hep基因转录水平及融合蛋白mCherry-Ci Hep荧光强度,筛选其最佳过表达时间。在最佳过表达时间点收集CIK细胞样本,进一步利用高通量测序和qPCR技术对差异表达miRNA表达谱进行分析。结果显示,Ci Hep基因在CIK细胞中最佳过表达时间为转染后72h。从构建的2个sRNA文库中分别鉴定到1850与2013种已知miRNAs,并发现1266与1347种新miRNAs。与对照组相比,过表达组共筛选到460个DEmiRNAs,其中392个显著上调,68个显著下调。对5150个DEmiRNA靶基因进行GO注释和KEGG通路分析,发现436个靶基因得到GO注释,主要参与细胞进程、生物学调节和单细胞生物进程等生物学过程;157个靶基因富集于54条KEGG通路。miRNA-mRNA-免疫互作网络分析显示,29条DEmiRNA和23个靶基因潜在介导Ci Hep参与C型凝集素受体、PI3K-Akt、NOD样受体等13个免疫相关信号通路。12个DEmiRNAs的qPCR验证结果与高通量测序结果一致。研究解析了Ci Hep过表达前后CIK细胞miRNA差异表达谱特征,明晰pma-miR-199b-5p、dremiR-15a-5p、novel_miR_317和novel_miR_536在免疫调控网络中发挥重要作用,为深入探究鱼类抗菌肽诱导miRNA免疫调节的分子机制奠定了基础。 展开更多
关键词 铁调素 过表达 草鱼肾细胞系 MIRNA 差异表达谱
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基于文献的气滞血瘀证差异表达谱生物信息学研究 被引量:3
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作者 何浩强 陈光 +3 位作者 高嘉良 胡坤 刘超 王阶 《世界科学技术-中医药现代化》 CSCD 北大核心 2019年第4期662-669,共8页
目的:运用生物信息学方法分析气滞血瘀证差异表达谱,以探索气滞血瘀证可能的生物学基础与发生机制。方法:①检索中国知网和PubMed数据库中气滞血瘀证组学层面研究的相关文献331篇,提取并总结基本资料与RNA差异表达谱;②应用GeneCards数... 目的:运用生物信息学方法分析气滞血瘀证差异表达谱,以探索气滞血瘀证可能的生物学基础与发生机制。方法:①检索中国知网和PubMed数据库中气滞血瘀证组学层面研究的相关文献331篇,提取并总结基本资料与RNA差异表达谱;②应用GeneCards数据库进行基因功能注释;③借助DAVID平台对差异表达RNA进行生物功能与信号通路富集分析;④利用starBase v2.0平台中的miRNA-target interactions模块、miRNA-lncRNA interactions模块、miRNA-circRNA interactions模块与STRING Version 10.5平台中的Multiple proteins模块建立气滞血瘀证ceRNA-mRNA-protein相互作用网络。结果:①文献分析显示,共有41篇文献报道了气滞血瘀证组学层面研究的结果,其中蛋白表达研究数量最多,其次为mRNA、SNP、miRNA、DNA甲基化、lncRNA、circRNA;②差异表达谱GO功能富集显示,在生物过程方面,气滞血瘀证相关基因主要与细胞对环状化合物的反应、对转录、神经元凋亡基因表达的负性调控以及炎症反应相关;在细胞组成方面,气滞血瘀证相关基因主要与蛋白复合物、核质、细胞表面相关;在分子功能方面,气滞血瘀证相关基因主要与可识别蛋白结合、酶结合、转录调控区域的基因结合相关,其中炎症反应与目前气滞血瘀证生物学基础研究联系最为密切。③差异表达谱KEGG信号通路分析显示,与气滞血瘀证相关基因可能有关的信号通路包括肿瘤相关蛋白多糖、肿瘤坏死因子信号通路、肿瘤相关信号通路、人类T淋巴细胞病毒感染,其中肿瘤坏死因子信号通路与目前气滞血瘀证生物学基础研究联系较为密切。结论:气滞血瘀证相关基因涉及多种生物功能、多条信号通路,其中与炎症反应与肿瘤坏死因子信号通路联系最为密切。 展开更多
关键词 气滞血瘀证 差异表达谱 生物信息学 基因组 转录组
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肾虚型支气管哮喘患者外周血mRNA差异显示 被引量:1
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作者 胡岳山 李杰芬 王斌 《河南中医学院学报》 2005年第3期13-15,共3页
目的:运用差异显示技术初步筛选肾虚型支气管哮喘的相关基因,为探讨肾虚证的相关基因表达谱打下基础。方法:用限制性酶切片段差异显示技术(RFDD-PCR),收集支气管哮喘肾虚证患者治疗前后外周血,分离纯化其总RNA、合成双链cDNA、TaqI限切... 目的:运用差异显示技术初步筛选肾虚型支气管哮喘的相关基因,为探讨肾虚证的相关基因表达谱打下基础。方法:用限制性酶切片段差异显示技术(RFDD-PCR),收集支气管哮喘肾虚证患者治疗前后外周血,分离纯化其总RNA、合成双链cDNA、TaqI限切酶酶切、在酶切位点两端连上接头、用特异配对于接头的引物进行降落PCR扩增、变性聚丙烯酰胺凝胶电泳、银染、回收差异条带并重扩增、反向斑点杂交、测序、生物信息学分析。结果:共找到三十六条差异条带,其中二十五条能用斑点杂交验证,选取共性差异条带三条进行测序,结果与基因库比较未发现同源序列。结论:三条基因片段可能是与支气管哮喘肾虚证相关的新基因。 展开更多
关键词 肾虚型支气管哮喘 外用血mRNA差异 基因表达谱
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植物功能基因组学研究进展 被引量:7
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作者 岳思君 郑蕊 陈宁 《生物技术通讯》 CAS 2005年第2期217-220,共4页
植物基因组研究已经由以全基因组测序为目标的结构基因组学转向以基因功能鉴定为目标的功能基因组学研究。本文简要介绍了植物功能基因组的主要研究方法,如基因表达系列分析法、表达序列标签法、差异表达谱基因芯片法、蛋白质组学分析... 植物基因组研究已经由以全基因组测序为目标的结构基因组学转向以基因功能鉴定为目标的功能基因组学研究。本文简要介绍了植物功能基因组的主要研究方法,如基因表达系列分析法、表达序列标签法、差异表达谱基因芯片法、蛋白质组学分析法以及生物信息学等及其研究现状,并展望了植物功能基因组学的应用前景。 展开更多
关键词 植物 功能基因组学 基因表达系列分析 表达序列标签 差异表达谱基因芯片 蛋白质组学 生物信息学
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肾阳虚证患者血液生化、免疫指标与基因表达谱结果的对比研究 被引量:9
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作者 陈晓玲 高志芬 丁维俊 《四川中医》 北大核心 2007年第5期11-13,共3页
目的:对比研究肾阳虚寒证患者血液生化、免疫指标以及差异基因表达谱的临床应用价值。方法:针对一个典型肾阳虚家系15个成员,运用现代检测技术进行血液生化、免疫学指标检测,同时采用人类Oligo芯片杂交技术对其外周血单个核细胞的差异... 目的:对比研究肾阳虚寒证患者血液生化、免疫指标以及差异基因表达谱的临床应用价值。方法:针对一个典型肾阳虚家系15个成员,运用现代检测技术进行血液生化、免疫学指标检测,同时采用人类Oligo芯片杂交技术对其外周血单个核细胞的差异基因表达谱进行分析研究。结果:虽然每个成员分别出现了2-8项异常血液学指标,但整体而言,该家系肾阳虚患者与正常人之间在糖、蛋白质、脂类代谢上和体液、细胞免疫方面无明显差异(P>0.l);而5张芯片的杂交结果显示,共有53个基因反复出现在差异基因表达谱之中,这些基因可能在肾阳虚寒证的发生发展中起着关键性作用。结论:常规血液生化、免疫学指标对肾阳虚寒证的参考意义不太大,而芯片检测技术以及由此获得的差异表达基因谱在中医证候研究中具有潜在的临床应用价值。 展开更多
关键词 肾阳虚证 生化免疫指标 基因芯片 差异基因表达谱
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评价与改良牛乳品质的研究最终报告
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作者 王建武 隋顺超 王慧敏 《科技创新导报》 2016年第2期162-163,共2页
该研究利用蛋白质组学的方法对中国荷斯坦奶牛、美国荷斯坦奶牛、娟姗牛和中国水牛的牛奶蛋白质进行了定性及定量的研究,其中包括初乳和常乳的牛奶乳清蛋白质及乳脂肪球膜蛋白质进行了细致的研究,建立牛乳清蛋白差异表达谱、乳脂肪球膜... 该研究利用蛋白质组学的方法对中国荷斯坦奶牛、美国荷斯坦奶牛、娟姗牛和中国水牛的牛奶蛋白质进行了定性及定量的研究,其中包括初乳和常乳的牛奶乳清蛋白质及乳脂肪球膜蛋白质进行了细致的研究,建立牛乳清蛋白差异表达谱、乳脂肪球膜差异蛋白质表达谱,挖掘与乳品质改良相关的功能性蛋白,揭示不同奶牛品种乳蛋白质合成、分泌信号传导通路的差异,为牛乳品质的改良提供素材,同时通过牛乳蛋白质组技术平台和牛乳蛋白质数据库的建立,进行转基因牛奶蛋白质表达差异的食品安全研究。在4种牛乳初乳和常乳的乳清及乳脂肪球膜蛋白质中,利用高效液相色谱和质谱联用的方法,鉴定出1148种蛋白质;将娟珊牛与水牛中表达的全部蛋白质分别与荷斯坦牛进行比较,在水牛中特异表达的蛋白质有132种,在娟珊牛中特异表达的蛋白质有131种。对这些特异表达的蛋白质结合4种牛泌乳特性和牛奶的特性进行分析,发现了大量与乳脂肪合成分泌相关的蛋白质。采用同位素标记相对和绝对定量(i TRAQ)定量蛋白质组学质谱技术对这些蛋白质进行表达量的检测。对中国荷斯坦牛、美国荷斯坦牛、娟珊牛和水牛中初乳乳清和常乳乳清中168种具有定量结果的蛋白进行聚类及主成分分析,并根据聚类及主成分分析比较美国荷斯坦牛、娟珊牛及水牛与中国荷斯坦牛蛋白表达差异之间的相关性。在乳脂肪球膜蛋白质i TRAQ实验中,在8种乳脂肪球膜蛋白质样品中共有710种蛋白质具有定量的结果。我们以中国荷斯坦牛牛乳蛋白质相对表达量为本底,其他3种牛奶蛋白质相对含量与其比较。通过对差异表达蛋白的鉴定与功能分析我们找到了多个与脂代谢与炎症反应及其他疾病相关的蛋白,这些蛋白可以作为候选基因转入牛乳中,提高牛奶品质或增强奶牛抗病性,从而能够形成高 展开更多
关键词 乳清蛋白差异表达谱 乳脂肪球膜差异蛋白质表达谱 功能性蛋白
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茶丽纹象甲为害诱导的茶树防御反应分析 被引量:1
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作者 高香凤 李慧玲 王让剑 《西北植物学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第11期1943-1951,共9页
基于转录组测序,获得了茶树新梢叶片被茶丽纹象甲为害前后的差异基因表达谱,并从信号监测与转导、转录因子、次生代谢物生成等方面分析了相关基因的表达变化情况,为进一步研究茶丽纹象甲为害诱导的茶树防御机制奠定基础。结果表明:(1)... 基于转录组测序,获得了茶树新梢叶片被茶丽纹象甲为害前后的差异基因表达谱,并从信号监测与转导、转录因子、次生代谢物生成等方面分析了相关基因的表达变化情况,为进一步研究茶丽纹象甲为害诱导的茶树防御机制奠定基础。结果表明:(1)茶丽纹象甲为害茶树新梢叶片后共检测到显著上调表达基因309个,显著下调表达基因297个,这些显著差异表达基因共分成23类。(2)检测到信号监测与转导过程中合计17个单基因上调表达2.0~2.8倍,包括富含亮氨酸重复序列的类受体蛋白激酶基因、促分裂原活化蛋白激酶级联信号系统蛋白激酶基因、茉莉酸信号通路基因、钙离子信号基因、水杨酸代谢通路基因;检测到21个转录因子单基因上调表达1.8~2.8倍,包括bHLH、WRKY、bZIP、MYB、UAF等转录因子;检测到苯丙类、类黄酮及萜类物质代谢过程中合计8个单基因上调表达2.1~2.5倍,包括苯丙酮酸互变异构酶基因、肉桂酰辅酶A还原酶基因、二氢黄酮醇还原酶基因、花色素还原酶基因、法尼基二磷酸合成酶基因、法尼醇脱氢酶基因。研究认为,茶丽纹象甲为害诱导信号转导、转录因子及次生代谢过程中的基因增量表达以机械损伤作用为主,昆虫口腔分泌物对这些基因的诱导表达具有协同促进作用。 展开更多
关键词 茶树 茶丽纹象甲 信号转导 转录因子 次生代谢 差异基因表达谱 转录组测序
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茶丽纹象甲危害诱导的茶树防御机制相关酶基因发掘 被引量:1
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作者 王让剑 李慧玲 高香凤 《核农学报》 CAS CSCD 北大核心 2018年第12期2313-2325,共13页
为揭示茶树被茶丽纹象甲取食诱导的分子防御机制,以取食诱导叶片为处理组,以未取食叶片为对照组,利用转录组测序法获得茶树新梢叶片被茶丽纹象甲危害前后的差异基因表达谱,并从中筛选茶丽纹象甲危害诱导的茶树防御机制相关的酶基因。结... 为揭示茶树被茶丽纹象甲取食诱导的分子防御机制,以取食诱导叶片为处理组,以未取食叶片为对照组,利用转录组测序法获得茶树新梢叶片被茶丽纹象甲危害前后的差异基因表达谱,并从中筛选茶丽纹象甲危害诱导的茶树防御机制相关的酶基因。结果表明,COG功能比对共获得39 037个注释,包括25个功能类别,其中防御机制功能类别包含的单基因数为316个;KEGG功能比对共获得27 075个注释,包括363个生物代谢通路;从COG比对结果的防御机制功能类别中筛选出差异表达酶单基因簇8个,均上调表达,涉及的代谢通路包括MAPK信号路径、类黄酮生物合成、丙酮酸代谢、萜类生物合成、苯丙氨酸代谢,基于KEGG代谢通路分析,初步归纳了8个防御机制相关酶之间的关系。RT-qPCR分析结果表明,8个酶单基因在茶丽纹象甲取食茶树新梢叶片后72 h内均上调表达,其中双特异性磷酸酶3、双特异性MAP激酶磷酸酶、花色素还原酶、二氢黄酮醇4-还原酶、NADPH依赖的丙酮醛还原酶基因表达差异主要由机械损伤作用导致。本研究结果为进一步深入开展茶丽纹象甲危害诱导的茶树分子防御机制研究及其抗性茶树种质鉴定提供了参考。 展开更多
关键词 茶树 茶丽纹象甲 防御机制 差异基因表达谱 转录组测序
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染矽尘大鼠毒理效应相关差异基因表达谱的研究
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作者 刘萍 陈蕾 +3 位作者 刘伟 孔海霞 王世鑫 涂植光 《中华劳动卫生职业病杂志》 CAS CSCD 北大核心 2011年第11期806-811,共6页
目的研究染矽尘大鼠毒理效应相关差异基因表达谱。方法应用气管暴露法对雄性Wistar大鼠进行二氧化硅(50mg/ml)染尘,对照组大鼠气管内灌注1ml灭菌生理盐水。染尘后第14天处死大鼠,取肺组织。应用Ⅲumina激光共聚焦光纤微珠基因芯片... 目的研究染矽尘大鼠毒理效应相关差异基因表达谱。方法应用气管暴露法对雄性Wistar大鼠进行二氧化硅(50mg/ml)染尘,对照组大鼠气管内灌注1ml灭菌生理盐水。染尘后第14天处死大鼠,取肺组织。应用Ⅲumina激光共聚焦光纤微珠基因芯片技术,研究大鼠肺组织差异基因表达谱,采用因注释、富集数据库(thedatabase for annotation,visualization and integrated discovery,DAVID)生物信息学分析工具,对差异基因的基因功能和生物学通路进行富集统计学分析。结果检测出的有效基因共22107个,筛选出染矽尘组与对照组的差异基因共1567个,其中上调基因为765个,下调基因为802个。与毒理效应相关的差异基因有461个,其中上调基因为285个,下调的有176个。Real—timePCR实验验证了血红素加氧酶(HMOX1)、过氧化物歧化酶(SOD1)基因上调的趋势和基因芯片结果是一致的。结论二氧化硅粉尘诱导的大鼠肺组织纤维化中起毒理效应的大量相关基因上调或下调,二氧化硅所致的肺纤维化可能存在复杂的基因网络调控系统,其中,毒理机制是肺纤维化发生发展过程中的重萼一环。 展开更多
关键词 矽尘 差异基因表达型 大鼠
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