目的:基于网络药理学及分子对接探讨丹红通精方治疗男性不育症的作用机制。方法:基于中国知网、万方数据、中药系统药理学数据库与分析平台(traditional Chinese medicine systems pharmacology database and analysis platform,TCMSP,h...目的:基于网络药理学及分子对接探讨丹红通精方治疗男性不育症的作用机制。方法:基于中国知网、万方数据、中药系统药理学数据库与分析平台(traditional Chinese medicine systems pharmacology database and analysis platform,TCMSP,http://tcmspw.com/tcmsp.php)等数据库检索丹红通精方组方药物的主要有效成分,通过TCMSP检索有效成分相关靶点。运用Genecards、DisGeNET和在线人类孟德尔遗传数据库(online mendelian inheritance in man,OMIM)检索不育相关靶点。通过Venny 2.1软件对丹红通精方的有效活性成分靶点和丹红通精方靶点进行映射,筛选出共同靶点,即为丹红通精方治疗不育的潜在靶点,绘制韦恩图。将潜在靶点导入String数据库,得到潜在靶点的蛋白相互关系(protein-protein interaction,PPI),并构建PPI网络。将有效成分、潜在靶点导入Cytoscape 3.8.2软件构建“药物-有效成分-潜在靶点-疾病”网络,并采用Network Analyzer进行拓扑分析筛选核心有效成分。运用R软件进行潜在靶点的基因本体(gene ontology,GO)功能富集分析和京都基因与基因组百科全书(kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)信号通路富集分析。采用AutoDock Vina对关键成分和靶点进行分子对接。结果:通过检索各数据库获得丹红通精方有效成分264个,相关靶点313个。运用Genecards、DisGeNET和OMIM数据库获得不育相关靶点3765个。通过Venny 2.1软件筛选出203个潜在靶点。“药物-有效成分-潜在靶点-疾病”网络拓扑分析筛选得到槲皮素、山柰酚、β-谷甾醇等核心成分。PPI网络分析得到JUN、过氧化物酶体增殖物激活受体(peroxisome proliferators-activated receptors,PPARs)、白细胞介素-6(interleukin-6,IL-6)、核转录因子-κB抑制剂α(nuclear transcription factor-κB inhibitor alpha,NF-κBIα)等核心靶点。KEGG信号通路富集分析得到157条信号通路。分子对接显示核心成分与核心蛋白结合良好�展开更多
文摘目的:基于网络药理学及分子对接探讨丹红通精方治疗男性不育症的作用机制。方法:基于中国知网、万方数据、中药系统药理学数据库与分析平台(traditional Chinese medicine systems pharmacology database and analysis platform,TCMSP,http://tcmspw.com/tcmsp.php)等数据库检索丹红通精方组方药物的主要有效成分,通过TCMSP检索有效成分相关靶点。运用Genecards、DisGeNET和在线人类孟德尔遗传数据库(online mendelian inheritance in man,OMIM)检索不育相关靶点。通过Venny 2.1软件对丹红通精方的有效活性成分靶点和丹红通精方靶点进行映射,筛选出共同靶点,即为丹红通精方治疗不育的潜在靶点,绘制韦恩图。将潜在靶点导入String数据库,得到潜在靶点的蛋白相互关系(protein-protein interaction,PPI),并构建PPI网络。将有效成分、潜在靶点导入Cytoscape 3.8.2软件构建“药物-有效成分-潜在靶点-疾病”网络,并采用Network Analyzer进行拓扑分析筛选核心有效成分。运用R软件进行潜在靶点的基因本体(gene ontology,GO)功能富集分析和京都基因与基因组百科全书(kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)信号通路富集分析。采用AutoDock Vina对关键成分和靶点进行分子对接。结果:通过检索各数据库获得丹红通精方有效成分264个,相关靶点313个。运用Genecards、DisGeNET和OMIM数据库获得不育相关靶点3765个。通过Venny 2.1软件筛选出203个潜在靶点。“药物-有效成分-潜在靶点-疾病”网络拓扑分析筛选得到槲皮素、山柰酚、β-谷甾醇等核心成分。PPI网络分析得到JUN、过氧化物酶体增殖物激活受体(peroxisome proliferators-activated receptors,PPARs)、白细胞介素-6(interleukin-6,IL-6)、核转录因子-κB抑制剂α(nuclear transcription factor-κB inhibitor alpha,NF-κBIα)等核心靶点。KEGG信号通路富集分析得到157条信号通路。分子对接显示核心成分与核心蛋白结合良好�
