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大豆Kunitz型胰蛋白酶抑制剂基因的分离及其在抗虫植物基因工程中的应用 被引量：45
1
作者 高越峰 朱祯 +3 位作者 肖桂芳 朱玉 吴茜 李向辉 《Acta Botanica Sinica》 CSCD 1998年第5期405-411,共7页
大豆Ｋｕｎｉｔｚ型胰蛋白酶抑制剂属于丝氨酸蛋白酶抑制剂，具有抗虫特性。从未成熟的大豆（ＧｌｙｃｉｎｅｍａｘＬ．）子叶中提取总ＲＮＡ，然后反转录成单链ｃＤＮＡ，以此为模板，用ＰＣＲ方法扩增出大豆Ｋｕｎｉｔｚ型胰蛋白酶抑... 大豆Ｋｕｎｉｔｚ型胰蛋白酶抑制剂属于丝氨酸蛋白酶抑制剂，具有抗虫特性。从未成熟的大豆（ＧｌｙｃｉｎｅｍａｘＬ．）子叶中提取总ＲＮＡ，然后反转录成单链ｃＤＮＡ，以此为模板，用ＰＣＲ方法扩增出大豆Ｋｕｎｉｔｚ型胰蛋白酶抑制剂基因，并克隆到ｐＢｌｕｅｓｃｒｉｐｔＫＳ（＋）的ＳｍａⅠ位点上。序列分析表明：克隆片段大小为６６３ｂｐ，包含了基因完整的编码序列。编码多肽由２１７个氨基酸组成，其中包括Ｎ端２５个氨基酸组成的信号肽序列，１８１个氨基酸组成的成熟蛋白序列和Ｃ端１１个氨基酸组成的液泡定位信号序列。构建了此基因的一系列植物表达载体，用于烟草（ＮｉｃｏｔｉａｎａｔａｂａｃｕｍＬ．）、水稻（ＯｒｙｚａｓａｔｉｖａＬ．）、棉花（ＧｏｓｙｐｉｕｍｈｉｒｓｕｔｕｍＬ．）等作物的转化。利用棉铃虫（ＨｅｌｉｏｔｈｉｓａｒｍｉｇｅｒａＨｕｂｎｅｒ）对经ＰＣＲＳｏｕｔｈｅｒｎ杂交验证获得的转基因烟草进行了抗虫测试，结果表明，转基因烟草和对照烟草相比，具有明显的抗虫能力。 展开更多
关键词 大豆 胰蛋白酶抑制剂 抗虫 转基因烟草 基因工程
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中药材乌梢蛇及其混淆品的DNA序列分析鉴别 被引量：55
2
作者 王义权 周开亚 +1 位作者 徐珞珊 徐国钧 《药学学报》 CAS CSCD 北大核心 1999年第1期67-71,共5页
ＤＮＡ序列分析鉴别是中药材品种鉴定的新方法［１］，已应用于海马、龟甲、鳖甲等中药材的鉴定［２～７］。目前商品流通中乌梢蛇（ＺＡＯＣＹＳ）药材的混淆品种类较多，游蛇科（Ｃｏｌｕｂｒｉｄａｅ）的常见种类都有可能被当作乌梢... ＤＮＡ序列分析鉴别是中药材品种鉴定的新方法［１］，已应用于海马、龟甲、鳖甲等中药材的鉴定［２～７］。目前商品流通中乌梢蛇（ＺＡＯＣＹＳ）药材的混淆品种类较多，游蛇科（Ｃｏｌｕｂｒｉｄａｅ）的常见种类都有可能被当作乌梢蛇制成药材，品种鉴定困难［８］。而... 展开更多
关键词 中药材鉴定 伪品 乌梢蛇 dna序列分析
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金钱白花蛇及其伪品的Cyt b基因片段序列分析和PCR鉴别研究 被引量：56
3
作者 王义权 周开亚 +1 位作者 徐珞珊 徐国钧 《药学学报》 CAS CSCD 北大核心 1998年第12期941-947,共7页
对金钱白花蛇及其伪、混品药材和原动物的Ｃｙｔｂ基因片段的序列分析发现，该基因片段在金钱白花蛇及其伪品间的差异远远大于金钱白花蛇种内个体间的差异，是理想的用于鉴别金钱白花蛇及其伪混品的分子遗传标记。在对Ｃｙｔｂ基因片段... 对金钱白花蛇及其伪、混品药材和原动物的Ｃｙｔｂ基因片段的序列分析发现，该基因片段在金钱白花蛇及其伪品间的差异远远大于金钱白花蛇种内个体间的差异，是理想的用于鉴别金钱白花蛇及其伪混品的分子遗传标记。在对Ｃｙｔｂ基因片段序列分析的基础上，设计了金钱白花蛇ＰＣＲ鉴别的一对高度特异性引物ＢｕＬ１和ＢｕＨ１。结果表明，该对引物在对金钱白花蛇的ＰＣＲ鉴别中，用６０℃～６５℃的复性温度，可以１００％检出金钱白花蛇，误检率和漏检率为０，并能在混合的药材粉末中检测出被检样品中是否含有金钱白花蛇组份。本研究还表明ＰＣＲ鉴别将有可能成为中成药复方组分鉴别的一种新手段。 展开更多
关键词 蛇 CYTB基因 dna序列 金钱白花蛇 中药鉴别
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中国对虾16SrRNA基因序列多态性的研究 被引量：40
4
作者 邱高峰 常林瑞 +2 位作者 徐巧婷 方雄英 楼允东 《Zoological Research》 CAS CSCD 2000年第1期35-40,共6页
利用PCR技术扩增获得中国对虾 (Penaeuschinensis)线粒体DNA的 16SrRNA基因片段 ,通过测定该基因片段的序列 ,分析了取自我国烟台、长岛、青岛近海和宁波养殖的 17只中国对虾遗传多态性。结果发现 ,不同地理种群存在丰富的DNA序列多态性... 利用PCR技术扩增获得中国对虾 (Penaeuschinensis)线粒体DNA的 16SrRNA基因片段 ,通过测定该基因片段的序列 ,分析了取自我国烟台、长岛、青岛近海和宁波养殖的 17只中国对虾遗传多态性。结果发现 ,不同地理种群存在丰富的DNA序列多态性 ,17只个体具有 17种基因型 ,在扩增的长为 5 2 3bp的基因片段中 ,共检测到 3 7个多态性核苷酸位点 ( 7 0 7% )。UPGMA法构建的分子系统树表明不同地理种群中国对虾存在一定程度的遗传分化 ,长岛群体与烟台群体遗传关系较近 ,宁波群体次之 ,青岛群体为相对独立的一支。 展开更多
关键词 中国对虾 线粒体dna 16SrRNA dna序列 多态性
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马鹿四个亚种的起源和遗传分化研究 被引量：43
5
作者 李明 王小明 +4 位作者 盛和林 玉手英利 增田隆一 永田纯子 大泰司纪之 《Zoological Research》 CAS CSCD 1998年第3期177-183,共7页
利用线粒体ＤＮＡ的细胞色素ｂ基因片段序列差异来分析探讨马鹿（Ｃｅｒｖｕｓｅｌａｐｈｕｓ）４个亚种的起源和遗传分化问题。结果表明：马鹿各亚种的ＤＮＡ差异都达到了亚种分化水平，并指出天山马鹿（Ｃｅｓｏｎｇａｒｉｃｕｓ... 利用线粒体ＤＮＡ的细胞色素ｂ基因片段序列差异来分析探讨马鹿（Ｃｅｒｖｕｓｅｌａｐｈｕｓ）４个亚种的起源和遗传分化问题。结果表明：马鹿各亚种的ＤＮＡ差异都达到了亚种分化水平，并指出天山马鹿（Ｃｅｓｏｎｇａｒｉｃｕｓ）东西两个种群可能是两个不同的亚种；马鹿各亚种在５４—７６万年前开始分化，其中天山马鹿最先分化出来；马鹿与梅花鹿（Ｃｅｒｖｕｓｎｉｐｐｏｎ）间较低的种间遗传差异可能说明二者分化较晚，亲缘关系较近。 展开更多
关键词 马鹿 起源 遗传分化 细胞色素B dna序列
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通过Cyt b基因同源序列比较评估厦门文昌鱼的分类学地位 被引量：34
6
作者 王义权 许群山 +1 位作者 彭宣宪 周涵韬 《动物学报》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2004年第2期202-208,共7页
白氏文昌鱼Branchiostomabelcheri (Gray)在我国和日本沿海均有分布 ,由于南、北方文昌鱼形态学上有一定差异 ,且二者间存在一些过渡类型 ,其分类地位问题仍有待进一步澄清。本文测定了厦门欧厝海域产的文昌鱼mtDNACytb基因序列 ,并与... 白氏文昌鱼Branchiostomabelcheri (Gray)在我国和日本沿海均有分布 ,由于南、北方文昌鱼形态学上有一定差异 ,且二者间存在一些过渡类型 ,其分类地位问题仍有待进一步澄清。本文测定了厦门欧厝海域产的文昌鱼mtDNACytb基因序列 ,并与日本产的文昌鱼以及另外产于大西洋的两种文昌鱼Cytb基因序列比较。分子系统学分析结果表明 :厦门欧厝海域产的文昌鱼与日本产的文昌鱼平均遗传距离为 2 1 12 % ,达到了种间分化的水平 ;经过对已有文献和文昌鱼地理分布的综合分析 ,作者建议将原来的白氏文昌鱼青岛亚种B belcheritsingtauense提升为种 ,南、北方所产文昌鱼分别作为两个独立的种存在 ,即南方的B belcheri (Gray)和北方的B 展开更多
关键词 CYTB基因 同源序列 厦门 文昌鱼 dna序列 分子系统学 分类地位
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DNA序列数据挖掘技术 被引量：37
7
作者 朱扬勇 熊赟 《软件学报》 EI CSCD 北大核心 2007年第11期2766-2781,共16页
DNA序列数据是一类重要的生物数据.研究DNA序列数据解读其含义是后基因组时代的主要研究任务.数据挖掘是目前最有效的数据分析手段之一,用于发现大量数据所隐含的各种规律,也是生物信息学采用的主要数据分析技术.将数据挖掘技术用于DNA... DNA序列数据是一类重要的生物数据.研究DNA序列数据解读其含义是后基因组时代的主要研究任务.数据挖掘是目前最有效的数据分析手段之一,用于发现大量数据所隐含的各种规律,也是生物信息学采用的主要数据分析技术.将数据挖掘技术用于DNA序列数据分析,已得到了广泛关注和快速发展,并取得了许多研究成果.综述了DNA序列数据挖掘领域的研究状况和进展,提出了3个研究阶段:基于统计的挖掘方法应用阶段、一般化挖掘方法应用阶段和专门的DNA序列数据挖掘方法设计阶段.阐述了DNA序列数据挖掘的基础是序列相似性,评述了DNA序列数据挖掘领域所采用的关键技术,包括DNA序列模式、关联、聚类、分类和异常挖掘等,分析讨论了其相应的生物应用背景和意义.最后给出DNA序列数据挖掘进一步研究的热点问题,包括DNA序列数据新的存储和索引机制的设计、根据生物领域知识的数据挖掘新模型和算法的设计等. 展开更多
关键词 dna序列 数据挖掘 生物信息学 序列模式 序列相似性
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瘢痕疙瘩Fas基因突变的银染PCR-SSCP检测 被引量：22
8
作者 鲁峰 高建华 +1 位作者 刘永波 黎小间 《解放军医学杂志》 CAS CSCD 北大核心 1999年第5期358-360,共3页
以前的研究提示：瘢痕疙瘩成纤维细胞的Ｆａｓ 受体可能处于无功能状态。进一步探讨导致无功能Ｆａｓ分子的可能机制。取瘢痕疙瘩、增生性瘢痕患者的组织及外周血标本，ＰＣＲ特异性扩增Ｆａｓ 分子外显子９ 的编码区，扩增产物经银染... 以前的研究提示：瘢痕疙瘩成纤维细胞的Ｆａｓ 受体可能处于无功能状态。进一步探讨导致无功能Ｆａｓ分子的可能机制。取瘢痕疙瘩、增生性瘢痕患者的组织及外周血标本，ＰＣＲ特异性扩增Ｆａｓ 分子外显子９ 的编码区，扩增产物经银染ＳＳＣＰ筛选，最后可疑阳性的ＰＣＲ样本进行ＤＮＡ 测序。经ＰＣＲ－ＳＳＣＰ检测，２０％ （２／１０）的瘢痕疙瘩组织中发现异常电泳带，经ＤＮＡ 测序证实，这２ 例突变均为位于Ｆａｓ ｃＤＮＡ的７５５ｂｐ 处的“Ａ”缺失而导致的移码突变。结果提示：编码Ｆａｓ分子死亡域结构基因的移码突变可能导致Ｆａｓ受体功能丧失，从而导致成纤维细胞的凋亡异常；该研究从基因水平阐述了瘢痕疙瘩发生的分子机制。 展开更多
关键词 瘢痕疙瘩 FAS PCR-SSCP dna测序 基因突变
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检测葡萄无核基因DNA探针的合成与应用 被引量：32
9
作者 王跃进 Lamikanra Olusola 《西北农林科技大学学报（自然科学版）》 CSCD 北大核心 2002年第3期42-46,共5页
利用细菌质粒 M13克隆葡萄无核基因的 RAPD标记 UBC- 2 6 94 50 后 ,采用自动荧光 DNA序列分析仪对其测序。结果表明 ,UBC- 2 6 94 50 由 4 84对核苷酸及其特定序列构成。按照该序列 ,人工合成两个寡聚核苷酸5′ CCAGT TCACT CTCAA TAGG... 利用细菌质粒 M13克隆葡萄无核基因的 RAPD标记 UBC- 2 6 94 50 后 ,采用自动荧光 DNA序列分析仪对其测序。结果表明 ,UBC- 2 6 94 50 由 4 84对核苷酸及其特定序列构成。按照该序列 ,人工合成两个寡聚核苷酸5′ CCAGT TCACT CTCAA TAGGT CC3′和 5′ CCAGT TCGCC CGTAA ATG3′分别作引物 ,当用获得该标记及其序列的亲本和无核杂种后代作模板进行 PCR分析 ,凡是可以扩增出约 5 90 bp片段即为无核基因携带者和表达者。进一步用其原始无核祖先无核白和商业化无核品种及 C78- 47× B52 - 1 2 2 杂交组合后代做模板进行 PCR扩增 ,凡出现约 5 90 bp的特殊标记即为无核基因携带者和无核性状表达者。研究结果证明 ,18bp寡聚核苷酸 5′ CCAGTTCGCC CGTAA ATG3′具有检测葡萄无核基因的探针作用 ,定名为检测葡萄无核基因的探针 1号 (GSL P1)。 展开更多
关键词 葡萄 无核基因 dna探针 应用
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中药材蛇胆的DNA分子标记鉴定研究 被引量：28
10
作者 刘向华 王义权 +2 位作者 刘忠权 童宗中 周开亚 《药学学报》 CAS CSCD 北大核心 2001年第3期229-232,共4页
目的　运用分子标记技术鉴定药材蛇胆的真伪 ,以克服目前仅依据形态、显微特征及理化性状进行鉴别的不足。方法　分别从药材蛇胆的胆衣和胆汁、原动物棕黑锦蛇的肌肉和胆汁中提取DNA ,经PCR扩增得到约 40 0bp的 12SrRNA基因片段 ,并对... 目的　运用分子标记技术鉴定药材蛇胆的真伪 ,以克服目前仅依据形态、显微特征及理化性状进行鉴别的不足。方法　分别从药材蛇胆的胆衣和胆汁、原动物棕黑锦蛇的肌肉和胆汁中提取DNA ,经PCR扩增得到约 40 0bp的 12SrRNA基因片段 ,并对该基因片段进行测序研究。结果　从少量药材蛇胆的胆衣和胆汁中可提得足够用于PCR扩增的DNA模板 ,扩增产物的测序结果表明同一动物的胆衣和胆汁、肌肉和胆汁的碱基序列完全一致。结论DNA分子标记技术可用于中药材蛇胆和胆汁的鉴定 ,提示该技术也可用于其他动物分泌物类型药材的鉴别。目前市场上药材蛇胆来源较复杂 。 展开更多
关键词 蛇胆 胆衣 胆汁 PCR扩增 dna测序 中药
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中国林蛙的分子系统关系 被引量：23
11
作者 江建平 周开亚 《Zoological Research》 CAS CSCD 北大核心 2001年第1期27-32,共6页
测定了 6种林蛙和用作外群的 2种侧褶蛙和 1种陆蛙的线粒体 12SrRNA基因序列 393bp。序列两两对位比较表明内外群间的位点替换率是 7 3%到 2 3 1% ,内群中物种间则为 0 0 %到 9 2 %。依据上述DNA序列 ,用距离法和最大简约法的系统发育... 测定了 6种林蛙和用作外群的 2种侧褶蛙和 1种陆蛙的线粒体 12SrRNA基因序列 393bp。序列两两对位比较表明内外群间的位点替换率是 7 3%到 2 3 1% ,内群中物种间则为 0 0 %到 9 2 %。依据上述DNA序列 ,用距离法和最大简约法的系统发育分析表明 :①研究的 6种林蛙聚为一支 ,构成单系群 ,并有高的BPs值(90 %以上 )支持 ;② 6种林蛙可以分成 2个姐妹群 ,即中国林蛙、黑龙江林蛙和桓仁林蛙为一组 (BPs >94% ) ,峨眉林蛙、昭觉林蛙和镇海林蛙为一组 (BPs >5 0 % ) ;③昭觉林蛙与镇海林蛙有较近的亲缘关系 ;④中国林蛙的榆中种群与牡丹江种群间的遗传分化似乎达到了种级分化水平。 展开更多
关键词 林蛙 MTdna 12SrRNA基因序列 分子系统学
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从12SrRNA基因序列探讨8种鳄类的系统学关系 被引量：17
12
作者 吴孝兵 王义权 +4 位作者 周开亚 童宗中 聂继山 王朝林 谢万树 《动物学报》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2001年第5期522-527,共6页
测得扬子鳄 (Alligatorsinensis)和暹罗鳄 (Crocodylussiamensis)的mtDNA 12SrRNA基因片段的部分序列 ,与GenBank中的 2种鳄及文献中 4种鳄的 12SrRNA基因相应片段 ,经比对后构建系统树。其结果显示 ,现存鳄类为单系起源 ,可划分为 3个... 测得扬子鳄 (Alligatorsinensis)和暹罗鳄 (Crocodylussiamensis)的mtDNA 12SrRNA基因片段的部分序列 ,与GenBank中的 2种鳄及文献中 4种鳄的 12SrRNA基因相应片段 ,经比对后构建系统树。其结果显示 ,现存鳄类为单系起源 ,可划分为 3个科 ,即 :鳄科、食鱼鳄科和假食鱼鳄科。食鱼鳄与假食鱼鳄亲缘关系较近 ,支持将假食鱼鳄作为食鱼鳄科的一个属 ,与以形态学为基础的研究结果不同。在钝吻鳄科中 ,扬子鳄与凯门鳄亲缘关系较远 ,而与密西西比鳄的亲缘关系虽较近 ,但它们的确存在很多差异 ,两者 12SrRNA基因序列差异达12 12 % ,碱基的颠换数为 9。在基于碱基转换和颠换的NJ系统树及仅基于碱基颠换的NJ系统树中 ,前者支持扬子鳄与密河鳄间的亲缘关系较近 ,而后者支持扬子鳄与凯门鳄间的亲缘关系较近 ,说明扬子鳄与密河鳄间亲缘关系是值得研究的问题。因本文仅根据 12SrRNA基因部分序列来进行分析的 。 展开更多
关键词 鳄类 12SRRNA基因 dna序列 分子进化 系统学
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用DNA序列分析我国5种并殖吸虫的分类地位 被引量：21
13
作者 崔爱利 常正山 +4 位作者 陈名刚 David Blair 陈韶红 张永年 冯正 《中国寄生虫学与寄生虫病杂志》 CAS CSCD 北大核心 2003年第1期27-30,共4页
目的　采用分子生物学技术分析河口并殖吸虫、白水河并殖吸虫、勐腊并殖吸虫、曼谷并殖吸虫及象山并殖吸虫的分类地位。　方法　用明胶、乙基苯基聚乙二醇 (NP4 0 )、聚山梨酸 2 0 0法抽提基因组 DNA,用特异引物 ,PCR扩增 ITS2和部分 CO... 目的　采用分子生物学技术分析河口并殖吸虫、白水河并殖吸虫、勐腊并殖吸虫、曼谷并殖吸虫及象山并殖吸虫的分类地位。　方法　用明胶、乙基苯基聚乙二醇 (NP4 0 )、聚山梨酸 2 0 0法抽提基因组 DNA,用特异引物 ,PCR扩增 ITS2和部分 CO 基因的目的基因。PCR扩增产物纯化后直接测序分析其同源性 ,构建种系发生树。　结果与结论　 DNA序列分析结果表明 ,白水河并殖吸虫、勐腊并殖吸虫、曼谷并殖吸虫及象山并殖吸虫之间存在较小的差异。种系发生树可见 ,这 4种并殖吸虫在并殖吸虫属中彼此比较接近 ,分类地位位于卫氏并殖吸虫与斯氏并殖吸虫之间。河口并殖吸虫与斯氏并殖吸虫在进化及亲缘关系上非常接近。 展开更多
关键词 dna序列分析 并殖吸虫 分类 中国
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几种游蛇的Cyt b基因片段序列分析及其演化关系(英文) 被引量：14
14
作者 王义权 周开亚 +2 位作者 徐珞珊 杨光 徐国钧 《动物学报》 SCIE CAS CSCD 1999年第3期332-338,共7页
分别从蛇类药材和冷冻保存的新鲜蛇类肌肉标本中提取DNA，经PCR扩增出12种蛇共25个样品的Cytb基因片段，并用银染测序的方法对DNA序列进行了分析。在此基础上用MEGA软件重建的系统发生树表明，研究的11种游蛇科蛇类可以分为3组：第一组... 分别从蛇类药材和冷冻保存的新鲜蛇类肌肉标本中提取DNA，经PCR扩增出12种蛇共25个样品的Cytb基因片段，并用银染测序的方法对DNA序列进行了分析。在此基础上用MEGA软件重建的系统发生树表明，研究的11种游蛇科蛇类可以分为3组：第一组为赤链蛇和水赤链游蛇，第二组为马梢蛇和灰鼠蛇，第三组为锦蛇属的蛇，它们与第二组较近。锦蛇属是一高度分化的属，该组至少可分为两类，一类包括百花锦蛇和黑眉锦蛇；另一类包括玉斑锦蛇、棕黑锦蛇、红点锦蛇、王锦蛇和双斑锦蛇。后一类还可进一步分为3个亚组，玉斑锦蛇和棕黑锦蛇为第一亚组，红点锦蛇单独为第二亚组，王锦蛇和双斑锦蛇为第三亚组。本研究结果还表明，多年保存的陈旧药材标本可以用DNA序列分析的方法对其进行分子系统演化关系的研究。 展开更多
关键词 蛇 CYTB基因 dna片段 游蛇 序列分析 进化
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生物信息学——重大科学意义与经济效益兼备的新学科 被引量：12
15
作者 张春霆 《中国科学基金》 CSCD 1999年第2期65-68,共4页
本文就生物信息学的定义,研究的基本问题和可能取得的突破进行了综述,内容包括分子生物学数据库、DNA序列分析、蛋白质结构预测和分子进化等;并着重指出:科学发展史表明,科学数据的巨大积累将导致重大的科学发现。开普勒三大定律和元素... 本文就生物信息学的定义,研究的基本问题和可能取得的突破进行了综述,内容包括分子生物学数据库、DNA序列分析、蛋白质结构预测和分子进化等;并着重指出:科学发展史表明,科学数据的巨大积累将导致重大的科学发现。开普勒三大定律和元素周期表的发现和氢原子量子理论的建立无不如此。有理由认为,20世纪末生物学数据的巨大积累也必将导致重大的生物学规律的发现。 展开更多
关键词 生物信息学 人类基因组计划 dna序列 蛋白质结构 基因组学 蛋白质组学 分子进化 第2套生物学密码
全文增补中
形目15种鸟类线粒体ND6基因序列差异及其系统进化关系 被引量：16
16
作者 陈晓芳 王翔 +4 位作者 袁晓东 汤敏谦 李玉祥 郭玉梅 李庆伟 《动物学报》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2003年第1期61-66,共6页
采用PCR和质粒克隆测序方法 ,首次获得形目 15种鸟类线粒体基因组的ND6基因全长 5 2 2bp的序列。经对位排列 ,序列间未见有插入和缺失 ,共有 2 16个变异位点 ,种间序列差异为 5 17%～ 19 92 %。以白鹳为外群 ,用NJ法构建 15种鸟类的进... 采用PCR和质粒克隆测序方法 ,首次获得形目 15种鸟类线粒体基因组的ND6基因全长 5 2 2bp的序列。经对位排列 ,序列间未见有插入和缺失 ,共有 2 16个变异位点 ,种间序列差异为 5 17%～ 19 92 %。以白鹳为外群 ,用NJ法构建 15种鸟类的进化关系树。研究结果表明 :构建的系统树将形目 15种鸟类分为 2个支系。第 1支系包括蒙古沙、环颈、灰斑和反嘴鹬。第 2支系包括红脚鹬、林鹬、青脚鹬、翘嘴鹬、翻石鹬、大滨鹬、尖尾滨鹬、斑尾塍鹬、中杓鹬、大杓鹬和白腰杓鹬 ,其中鹬属的 3个种和杓鹬属的 3个种分别组成一个单系 ;翘嘴鹬和翻石鹬、大滨鹬和尖尾滨鹬分别聚为姊妹群 ,表现出较近的亲缘关系 ;斑尾塍鹬独立分支出来。分子证据提示 :鹬科中的塍鹬属、科中的斑属应提升为亚科分类阶元 ;反嘴鹬与科鸟类亲缘关系较近 ,组成一个单系 ,将其归入科下属的一个类群更为合理 ,与核型研究结果及Sibley新分类体系的观点相一致 [动物学报 49(1) :6 1～ 6 7,2 0 0 3]。 展开更多
关键词 鸻形目 鸟类 线粒体 ND6基因 序列差异 系统进化
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遗传密码和DNA序列的高维空间数字编码 被引量：17
17
作者 陈惟昌 陈志华 +2 位作者 陈志义 王自强 邱红霞 《生物物理学报》 CAS CSCD 北大核心 2000年第4期760-768,共9页
二进制数字化编码是信息科学最基本的编码方式。用0(00)、1(01)、2(10)和3(11)4个数码对4种碱基(C、T、A、G)进行二进制数字编码 ,共有24种可能的编码组合 ,其中8种满足碱基互补法则 ,它们是拓扑等价的。按碱基分子量大小排列的编码格式... 二进制数字化编码是信息科学最基本的编码方式。用0(00)、1(01)、2(10)和3(11)4个数码对4种碱基(C、T、A、G)进行二进制数字编码 ,共有24种可能的编码组合 ,其中8种满足碱基互补法则 ,它们是拓扑等价的。按碱基分子量大小排列的编码格式 :0123/CTAG是最理想的编码格式。用二进制数对DNA的字符序列进行编码 ,有以下优点 :1)压缩信息冗余度 ,提高编码效率 ;2)可以对碱基的结构、功能基团、碱基互补、氢键强弱等性质进行编码 ;3)DNA序列的数字编码具有严格的大小顺序 ,即具有全序性质 ;4)DNA数字编码的对称性程度 ,与遗传密码简并度的对称性一致 ,并可得出氨基酸遗传密码的高维空间连通性简并法则 ;5)可以方便求出任意碱基重复单元的重复系列的数字编码法则 ;6)根据高维空间汉明编码距离的定义 ,可以确定任意多个DNA序列之间的信息距离和它们的交空间和并空间 ,对DNA序列生物信息学的分析研究有重要意义 ;7)DNA序列的数字编码可以方便进行各种数学运算和逻辑运算 ,对促进DNA生物计算机的发展 ,可有重大推动作用。 展开更多
关键词 数字编码 dna序列 遗传密码 高维空间
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DNA序列和分数阶Chen超混沌系统彩色图像加密 被引量：22
18
作者 姚丽莎 朱珍元 程家兴 《激光与光电子学进展》 CSCD 北大核心 2016年第9期86-95,共10页
针对彩色图像加密的特点,为了减弱图像相关性、加大密钥空间、提高安全性,提出DNA序列和分数阶Chen超混沌系统彩色图像加密算法。该算法将三维的彩色图像转换成三个二维DNA序列矩阵,利用分数阶Chen超混沌系统产生的混沌序列将三个DNA序... 针对彩色图像加密的特点,为了减弱图像相关性、加大密钥空间、提高安全性,提出DNA序列和分数阶Chen超混沌系统彩色图像加密算法。该算法将三维的彩色图像转换成三个二维DNA序列矩阵,利用分数阶Chen超混沌系统产生的混沌序列将三个DNA序列矩阵进行位置置乱,将置乱的三个DNA序列矩阵分别分成相等的小块,利用分数阶Chen混沌系统和DNA序列加法法则将块相加,重新组合小块并利用DNA解码规则得到彩色加密图像。仿真结果和安全性分析表明,与其他图像加密算法对比,该算法降低了算法空间和时间需求,相关性低,密钥空间大,密钥敏感性高,安全性更高,具有更强的抵御各种攻击能力。 展开更多
关键词 图像处理 图像加密 dna序列 分数阶Chen超混沌系统 彩色图像
原文传递
猪MHC-Ⅱ类区DQA新等位基因及新突变位点的发现 被引量：17
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作者 刘榜 朱正茂 +6 位作者 余梅 曹建华 林丽 熊统安 朱猛进 彭中镇 李奎 《Acta Genetica Sinica》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2003年第10期955-960,共6页
根据猪SLA DQA基因cDNA序列和人HLA DQA基因组序列设计引物 ,在猪中成功扩增了一个 731bp的片段 ,该片段包括猪SLA DQA基因的大部分第 2外显子、完整第 2内含子和少部分第 3外显子 ,通过克隆和PCR直接测序获得该片段的核苷酸序列。在家... 根据猪SLA DQA基因cDNA序列和人HLA DQA基因组序列设计引物 ,在猪中成功扩增了一个 731bp的片段 ,该片段包括猪SLA DQA基因的大部分第 2外显子、完整第 2内含子和少部分第 3外显子 ,通过克隆和PCR直接测序获得该片段的核苷酸序列。在家系中对第 2外显子的核苷酸序列和其编码的α1 结构域的氨基酸序列进行了分析 ,并与GenBank中所有的SLA DQA第 2外显子序列进行比较分析 ,发现有 4个新突变位点和两个新等位基因存在。新等位基因分别是DQA SLT 2 6和DQA TC 2 1 1。DQA SLT 2 6与单倍型c、d相比有 8个核苷酸的差异和 4个氨基酸的改变 :单倍型c、d在 6 0、6 5、81、93位的氨基酸分别是Val、Lys、Asp、Lys;而DQA SLT 2 6相应的氨基酸是Ala、Glu、Gly、Ile。DQA TC 2 1 1与单倍型c、d相比存在 1个氨基酸的改变 ,由单倍型c和d中 94位氨基酸His变为Tyr。 展开更多
关键词 SLA-DQA 第2外显子 第2内含子 dna序列 新等位基因
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扬子鳄饲养种群线粒体DNA控制区的序列多态性 被引量：15
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作者 王义权 朱伟铨 王朝林 《Acta Genetica Sinica》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2003年第5期425-430,共6页
扬子鳄 (Alligatorsinensis)是中国特有的珍稀爬行动物 ,至 2 0 0 0年 ,野生扬子鳄的个体数已不足 15 0条 ,作为保护这一物种的措施之一 ,先后于 80年代初建起了 2个养殖场 ,现人工繁殖的扬子鳄总数已达 90 0 0余条。为揭示扬子鳄种群... 扬子鳄 (Alligatorsinensis)是中国特有的珍稀爬行动物 ,至 2 0 0 0年 ,野生扬子鳄的个体数已不足 15 0条 ,作为保护这一物种的措施之一 ,先后于 80年代初建起了 2个养殖场 ,现人工繁殖的扬子鳄总数已达 90 0 0余条。为揭示扬子鳄种群遗传多样性 ,从两个饲养种群中采集了 42个个体的样品 ,其中宣州样品 33个 (XZSP) ,长兴样品 9个(CXSP) ,用PCR方法扩增mtDNA控制区 ,扩增产物纯化后直接用ABI 310全自动遗传分析仪荧光标记测序 ,得到其中 39个个体的mtDNA控制区 5′端 46 2bp的序列。经比对发现 ,39个个体间的 5′端mtDNA控制区没有任何变异位点 ,共享一种单元型 ,提示扬子鳄饲养种群的遗传多样性非常贫乏 ,造成这一结果的主要原因是近 5 0年来 ,扬子鳄种群衰退和数量迅速减少导致的遗传多样性丢失 ,其次是人工繁殖的群体同时受到始创者数量较少产生的瓶颈效应影响。针对扬子鳄遗传多样性的现状 ,作者最后就这一濒危动物遗传多样性的保护对策提出 3点建议。 展开更多
关键词 扬子鳄 dna序列 线粒体dna控制区 遗传多样性
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