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CPT1C的表达水平与甲基化的关联及其对胃癌预后的影响
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作者 陈科 陈继军 +2 位作者 陈赵乐 樊菲菲 刘传明 《医学信息》 2022年第18期19-24,共6页
目的探讨CPT1C在胃癌中的表达情况及其可能参与的信号通路。方法从肿瘤基因组图谱(TCGA)数据库中下载并预处理胃癌数据集的mRNA表达RNA-seq数据及临床预后相关数据,对胃癌组织和正常组织中CPT1C基因进行差异表达分析,并绘制图型。以CPT1... 目的探讨CPT1C在胃癌中的表达情况及其可能参与的信号通路。方法从肿瘤基因组图谱(TCGA)数据库中下载并预处理胃癌数据集的mRNA表达RNA-seq数据及临床预后相关数据,对胃癌组织和正常组织中CPT1C基因进行差异表达分析,并绘制图型。以CPT1C表达量的中位数为界将胃癌患者分为高表达组和低表达组,使用Kaplan-Meier法进行生存分析,探索CPT1C的表达与胃癌患者生存和临床病理特征的关系。同时利用DNA甲基化交互可视化数据库(DNMIVD)分析CPT1C甲基化与基因表达的关系及其与预后的相关性。使用GSEA4.0.1软件进行基因集富集分析,同时进行多GSEA富集分析的图形绘制。结果CPT1C在胃癌中显著高表达,与癌旁组织的差异具有统计学意义(P=0.003);删除TCGA胃癌患者中生存时间<30 d的样本后,共有306例样本,CPT1C高表达患者(n=153)预后更差(P=0.01),且在Kaplan-Meier Plotter数据分析平台中,高表达CPT1C的胃癌患者同样与不良预后相关(P<0.05);对TCGA胃癌患者的单因素和多因素回归分析提示,高表达CPT1C与更短的生存相关(P=0.02),CPT1C基因表达与DNA启动子甲基化呈显著负相关(r=-0.33,P=6.60e-10),并且低甲基化与不良预后相关(P=7.53e-03);GSEA分析结果显示,CPT1C高表达样本富集了ECM受体相互作用、Ca离子信号通路和HEDGEHOG信号通路等相关基因集,而CPT1C低表达样本则富集了剪接体,碱基切除修复和氧化磷酸化等相关基因集。结论CPT1C可能作为胃癌的独立预后因素,其可能通过参与ECM受体相互作用、Ca离子信号通路和HEDGEHOG信号通路等通路调节胃癌的发生发展。 展开更多
关键词 胃癌 肿瘤基因组图谱 Kaplan-Meier Plotter dna甲基化交互可视化数据库 CPT1C
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