基于PCR-DGGE指纹图谱川纹笛鲷及圆白鲳消化道壁优势菌群结构比较分析 被引量：29

1

作者 周志刚 石鹏君 +3 位作者 姚斌 何夙旭 苏永全 丁兆坤 《水生生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2007年第5期682-688,共7页

本文采用免培养的16S rDNA梯度凝胶电泳技术(DGGE)对集约化海水网箱养殖川纹笛鲷Lutjanus sebae及圆白鲳Ephippus orbis消化道壁优势菌群结构进行了比较分析。研究结果显示川纹笛鲷及圆白鲳消化道壁存在着大量细菌群落,对DGGE指纹图谱... 本文采用免培养的16S rDNA梯度凝胶电泳技术(DGGE)对集约化海水网箱养殖川纹笛鲷Lutjanus sebae及圆白鲳Ephippus orbis消化道壁优势菌群结构进行了比较分析。研究结果显示川纹笛鲷及圆白鲳消化道壁存在着大量细菌群落,对DGGE指纹图谱聚类分析表明两种鱼肠道壁及胃壁菌群组成相似度高于50%,其中二者肠道壁细菌组成相似性最高(67%),这些可能与两种鱼养殖在同一水域、摄食相同饵料相关,另外通过软件对DGGE指纹带谱相对丰度分析表明同种鱼肠道壁及胃壁具有相同最大优势菌群。同时,两种鱼消化道壁之间在细菌多样性及相对丰度上亦存在明显区别,圆白鲳消化道壁细菌多样性要高于川纹笛鲷,这可能归因于川纹笛鲷与圆白鲳在天然环境中栖息地的差异性。本研究通过首次建立不同海水鱼消化道壁16S rDNA-DGGE指纹图谱及比较分析,为澄清海水鱼消化道壁微生物区系奠定基础。 展开更多

关键词 川纹笛鲷 圆白鲳 16S RDNA dgge指纹图谱

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圆白鲳消化道菌群PCR-DGGE基因指纹图谱构建 被引量：4

2

作者 周志刚 石鹏君 +1 位作者 姚斌 何夙旭 《上海水产大学学报》 CSCD 北大核心 2008年第2期140-144,共5页

采取免培养的16S rDNA梯度凝胶电泳(DGGE)技术对集约化海水网箱养殖圆白鲳Ephippus orbis(体重17.7±3.0 g)包括胃壁、胃内容物、肠壁及肠内容物在内的消化道菌群结构进行了初步分析。DGGE指纹图谱显示圆白鲳胃内容物、胃壁及肠壁有... 采取免培养的16S rDNA梯度凝胶电泳(DGGE)技术对集约化海水网箱养殖圆白鲳Ephippus orbis(体重17.7±3.0 g)包括胃壁、胃内容物、肠壁及肠内容物在内的消化道菌群结构进行了初步分析。DGGE指纹图谱显示圆白鲳胃内容物、胃壁及肠壁有7条明显条带,肠内容物有6条明显条带,提示圆白鲳消化道可能存在着较丰富细菌群落;针对指纹图谱的聚类分析表明胃内容物及肠内容物细菌组成相似度最高达90.0%,而胃壁与肠壁的相似度相对较差达80%。半定量分析表明圆白鲳消化道菌群相对丰度的变异系数均大于47.4%,暗示圆白鲳消化道趋向于以一种或极少数种细菌占统治地位。 展开更多

关键词 圆白鲳 16S RDNA dgge指纹图谱

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培养法和免培养法联合检测油藏环境烃降解菌和产甲烷菌群多样性 被引量：3

3

作者 李辉 林匡飞 +3 位作者 牟伯中 张卫 顾继光 李洋洋 《微生物学通报》 CAS CSCD 北大核心 2011年第1期21-28,共8页

烃降解菌和产甲烷菌是油藏环境微生物生态系统中重要的功能菌群,采用DGGE和FISH方法分析了不同油藏样品中两类菌群的多样性和产甲烷活性。DGGE结果表明,不同水样的alkB基因多样性相差较大,而且注水井条带明显多于采油井。FISH结果表明,... 烃降解菌和产甲烷菌是油藏环境微生物生态系统中重要的功能菌群,采用DGGE和FISH方法分析了不同油藏样品中两类菌群的多样性和产甲烷活性。DGGE结果表明,不同水样的alkB基因多样性相差较大,而且注水井条带明显多于采油井。FISH结果表明,油藏水样中产甲烷菌含量明显高于烃降解菌,且两者空间分布的位置较近;说明油藏环境中烃降解菌和产甲烷菌结成一定的相互关系。富集培养表明,胜利油田产出液接种物培养130 d后,石油烃降解率达到50%以上,产甲烷的最大速率达到1.57×10-2 mmol/(L.d)。利用分子生物学方法分析油藏环境功能菌群的多样性,可以为开展微生物采油技术的应用提供有用信息。 展开更多

关键词 油藏 分子生态 微生物多样性 dgge指纹图谱 FISH杂交

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长江口低氧区沉积物表层纤毛虫多样性及其时空变化 被引量：1

4

作者 赵峰 徐奎栋 孟昭翠 《应用生态学报》 CAS CSCD 北大核心 2012年第12期3441-3448,共8页

利用PCR-DGGE(变性梯度凝胶电泳)指纹图谱和测序技术,以及Ludox-QPS(密度梯度离心-定量蛋白银染色)方法,研究了2011年4月和8月长江口低氧区3个站位表层沉积物中纤毛虫多样性及季节变化.结果表明:不同站位之间纤毛虫分子多样性存在显著差... 利用PCR-DGGE(变性梯度凝胶电泳)指纹图谱和测序技术,以及Ludox-QPS(密度梯度离心-定量蛋白银染色)方法,研究了2011年4月和8月长江口低氧区3个站位表层沉积物中纤毛虫多样性及季节变化.结果表明:不同站位之间纤毛虫分子多样性存在显著差异(ANOSIM分析:R=0.896,P=0.0001),但季节变化不显著(R=0.043,P=0.207).序列数最多的类群为旋唇纲中的寡毛类和舞毛类纤毛虫.Ludox-QPS法研究的纤毛虫活动虫体的种类数及丰度可维持在较高的水平,且在夏季增高2～5倍.Ludox-QPS法与DGGE技术检测到的不同站位间纤毛虫多样性变化趋势基本一致.但Ludox-QPS法检测到纤毛虫活动虫种类数及丰度随季节更替变化显著,该法检获的纤毛虫种类数高于DGGE条带数.长江口低氧区的纤毛虫丰度及多样性较高,可为潜在的水母水螅体提供食物支撑. 展开更多

关键词 纤毛虫多样性 长江口低氧区 dgge指纹图谱 水母暴发

原文传递

刺参肠道及养殖池塘菌群组成的PCR-DGGE指纹图谱分析 被引量：26

5

作者 王轶南 朱世伟 常亚青 《渔业科学进展》 CSCD 北大核心 2010年第3期119-122,共4页

采用基于16S rDNA的PCR-DGGE指纹图谱技术对黄海北部刺参养殖池塘(底泥、海水)及刺参肠道的菌群组成进行了初步分析。结果显示,从刺参肠道、底泥及海水样品分别获得41、31及41条扩增条带,其中优势条带分别为12、9及10条;三者具20条共有... 采用基于16S rDNA的PCR-DGGE指纹图谱技术对黄海北部刺参养殖池塘(底泥、海水)及刺参肠道的菌群组成进行了初步分析。结果显示,从刺参肠道、底泥及海水样品分别获得41、31及41条扩增条带,其中优势条带分别为12、9及10条;三者具20条共有条带,其中4条为各样品的优势条带,共有条带在各样品中的丰度不同;三者分别具5、2及13条特异条带,其中肠道中的第34、42条带以及海水中的第25、46条带丰度均较高;肠道与底泥的菌群组成相似性系数(戴斯系数)为77.8%,二者与海水菌群组成的相似性系数分别为65.9%和55.6%。 展开更多

关键词 刺参Apostichopus JAPONICUS 肠道 养殖池塘 菌群 PCR-dgge指纹图谱

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南美白对虾养殖底泥细菌多样性研究 被引量：7

6

作者 金风杰 蒋德明 +4 位作者 王亭芳 孙霏 常忠义 赵云龙 高红亮 《西北农林科技大学学报（自然科学版）》 CSCD 北大核心 2013年第3期193-198,212,共7页

【目的】研究南美白对虾养殖池一个养殖周期的底泥细菌多样性,为指导水产养殖提供参考。【方法】于2011年7-9月,采集上海市金山区水产养殖基地南美白对虾养殖池塘的底泥,提取底泥中细菌的总DNA,扩增细菌16SrDNA的V3可变区,采用DGGE指纹... 【目的】研究南美白对虾养殖池一个养殖周期的底泥细菌多样性,为指导水产养殖提供参考。【方法】于2011年7-9月,采集上海市金山区水产养殖基地南美白对虾养殖池塘的底泥,提取底泥中细菌的总DNA,扩增细菌16SrDNA的V3可变区,采用DGGE指纹图谱技术以及基因测序技术,对该养殖周期的底泥细菌多样性进行研究。【结果】不同月份虾池底泥中存在一定数量的共有优势菌群,7月和8月的共有优势菌群分别为黄杆菌属和绿弯菌门细菌,8月和9月共有优势菌群为梭菌属细菌,7月份和9月份共有优势菌群为拟杆菌门细菌和硫酸盐还原菌;同时,7-9月底泥中还各自分布有除硫单胞菌属、蛭弧菌属、δ-变形菌门、酸杆菌门、厚壁菌门、聚球藻属等细菌。【结论】南美白对虾养殖底泥中细菌多样性丰富。 展开更多

关键词 南美白对虾养殖池 底泥 DNA提取 PCR-dgge指纹图谱 细菌多样性

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我国8个典型水稻土中产甲烷古菌群落组成的空间分异特征 被引量：5

7

作者 俎千惠 王保战 +3 位作者 郑燕 贾仲君 林先贵 冯有智 《微生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2014年第12期1397-1405,共9页

【目的】产甲烷古菌主导稻田甲烷生成,是稻田生态系统的模式微生物类群之一,具有重要的生态学意义。然而,水稻土产甲烷古菌群落组成的空间分异却鲜有报告。【方法】本研究沿20.55°N至47.43°N梯度,采集了我国不同纬度上8个典... 【目的】产甲烷古菌主导稻田甲烷生成,是稻田生态系统的模式微生物类群之一,具有重要的生态学意义。然而,水稻土产甲烷古菌群落组成的空间分异却鲜有报告。【方法】本研究沿20.55°N至47.43°N梯度,采集了我国不同纬度上8个典型水稻土,利用PCR-DGGE指纹图谱和系统发育树分析揭示不同地点水稻土中产甲烷古菌群落的组成;结合多个环境因子,利用生物信息学,典范对应分析(Canonical Correspondence Analysis,CCA)和维恩图(Venn diagram)明确产甲烷古菌的空间分异规律。【结果】研究发现p H值是驱动水稻土中产甲烷古菌群落组成分异的主要因子;此外,沿纬度梯度,8个地区的产甲烷古菌群落组成也呈现出规律性变化。【结论】本研究首次阐明了稻田中产甲烷古菌群落分布情况,并揭示其主要驱动因子。该认知不仅有助于我们更好地了解产甲烷古菌的生物地理学分布,还有助于从微生物学机制上阐明我国温度梯度带上有机质转化空间的差异。 展开更多

关键词 水稻土 产甲烷古菌 群落组成空间分异 PCR-dgge指纹图谱 典范对应分析

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水稻土中紫色光合细菌沿纬度梯度的空间分异特征 被引量：4

8

作者 俎千惠 王保战 +2 位作者 贾仲君 林先贵 冯有智 《生态学报》 CAS CSCD 北大核心 2016年第21期6730-6737,共8页

紫色光合细菌由于其代谢途径的多样性,在环境中广泛分布,是生态系统中碳循环的参与者和推动者之一。但是,水稻土中紫色光合细菌群落结构的空间分异却鲜有报道。基于此,沿我国温度梯度带(纬度梯度:28.38°N—47.43°N),采集了8... 紫色光合细菌由于其代谢途径的多样性,在环境中广泛分布,是生态系统中碳循环的参与者和推动者之一。但是,水稻土中紫色光合细菌群落结构的空间分异却鲜有报道。基于此,沿我国温度梯度带(纬度梯度:28.38°N—47.43°N),采集了8个典型水稻土,利用PCR-DGGE指纹图谱和系统发育树分析揭示不同地点水稻土中紫色光合细菌群落的组成;结合多个环境因子,利用生物信息学,典范对应分析(Canonical Correspondence Analysis,CCA)和最小判别效应分析(Cladogram,LDA)明确水稻土中紫色光合细菌的空间分异规律。研究发现我国8个典型水稻土中紫色光合细菌主要由变形菌门(Proteobacteria)的α和β这两个分支组成,主要为紫色非硫细菌;p H和纬度都是驱动水稻土中紫色光合细菌群落结构分异的关键因子。该认知不仅有助于更好地揭示稻田关键功能微生物群的生物地理学分布,还有助于进一步探究我国稻田生态系统有机质转化的时空差异。 展开更多

关键词 水稻土 紫色光合细菌 PCR-dgge指纹图谱 典范对应分析 群落组成空间分异

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HA-A/A-MCO工艺中水解酸化池的菌群结构 被引量：3

9

作者 左宁 白雪 吉芳英 《中国给水排水》 CAS CSCD 北大核心 2012年第13期112-116,共5页

采用PCR-DGGE指纹图谱技术对新型HA-A/A-MCO污泥减量工艺中水解池的微生物菌群结构进行了分析。结果表明,水解池中微生物菌群呈多样性分布且优势菌群突出,有利于稳定产酸且为后续除磷脱氮提供碳源。通过菌种鉴定发现,梭菌属是水解池中... 采用PCR-DGGE指纹图谱技术对新型HA-A/A-MCO污泥减量工艺中水解池的微生物菌群结构进行了分析。结果表明,水解池中微生物菌群呈多样性分布且优势菌群突出,有利于稳定产酸且为后续除磷脱氮提供碳源。通过菌种鉴定发现,梭菌属是水解池中起到产酸和污泥减量作用的主要菌种之一,乳球菌属是水解池中的专性水解酸化菌,梭菌属、芽孢杆菌属和乳酸菌属这三种具有产酸功能的细菌是回流厌氧释磷污泥时导致水解池VFA产量高的原因。厌氧释磷污泥回流进入水解池会携入不动杆菌属和俊片菌属等聚磷菌,且可以稳定生存繁殖,丰富了其菌群多样性;而回流好氧污泥会导致紫色杆菌属等好氧菌的大量繁殖以致破坏水解池兼氧或厌氧环境,削弱其菌种多样性,从而导致回流好氧污泥比回流厌氧释磷污泥的产酸效果差。 展开更多

关键词 污泥减量 PCR—dgge指纹图谱 水解酸化 厌氧释磷 菌群结构

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DGGE分析HA-A/A-MCO污泥减量工艺的菌群结构

10

作者 何进朝 左宁 +1 位作者 曹悦 吉芳英 《中国给水排水》 CAS CSCD 北大核心 2014年第17期32-36,共5页

采用PCR-DGGE指纹图谱技术对HA-A/A-MCO污泥减量工艺的菌群结构进行了分析。结果表明,HA-A/A-MCO反应器中厌氧池、缺氧池和多级串联好氧池的微生物菌群均呈高度多样性分布,且各反应池拥有各自多样稳定的优势菌群,多种优势功能菌群的共... 采用PCR-DGGE指纹图谱技术对HA-A/A-MCO污泥减量工艺的菌群结构进行了分析。结果表明,HA-A/A-MCO反应器中厌氧池、缺氧池和多级串联好氧池的微生物菌群均呈高度多样性分布,且各反应池拥有各自多样稳定的优势菌群,多种优势功能菌群的共同作用促进系统发挥出稳定良好的脱氮除磷和污泥减量性能。菌种鉴定发现,不动杆菌属是系统维持良好除磷效果的基础,螺旋体菌属承担去除有机质的功能,芽孢杆菌属和俊片菌属等在细菌培养区大量繁殖,并作为原、后生动物生长区中高等微生物的食源被捕食,通过这种高等对低等微生物的捕食作用促进了污泥的减量化。 展开更多

关键词 HA-A A-MCO工艺 PCR-dgge指纹图谱 脱氮除磷 污泥减量 菌群结构 微生物捕食

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虾夷马粪海胆不同肠道中菌群组成及其PCR-DGGE图谱分析

11

作者 张璠 李德茂 周雨霞 《江苏农业科学》 北大核心 2014年第9期43-45,共3页

利用细菌16S rDNA PCR-DGGE指纹图谱技术,对虾夷马粪海胆不同肠道的微生物菌群组成进行分析,结果表明:海胆小肠与大肠样品分别得到14条与13条条带,其中,共有条带为10条,优势条带分别为7条与5条,特异性条带分别为4条与3条;经后续条带比... 利用细菌16S rDNA PCR-DGGE指纹图谱技术,对虾夷马粪海胆不同肠道的微生物菌群组成进行分析,结果表明:海胆小肠与大肠样品分别得到14条与13条条带,其中,共有条带为10条,优势条带分别为7条与5条,特异性条带分别为4条与3条;经后续条带比较分析和DGGE图谱割胶测序后发现,小肠与大肠样品中微生物主要来源于外界海水环境,其菌群构成存在差异与虾夷马粪海胆消化巨藻存在不同有关。 展开更多

关键词 虾夷马粪海胆 肠道 16S RDNA PCR-dgge指纹图谱

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