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题名基于R软件和数据库的生物信息学分析设计
被引量:6
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作者
张婕
李梦婷
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机构
徐州医科大学生命科学学院
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出处
《现代信息科技》
2020年第4期76-79,共4页
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基金
江苏省大学生创新创业训练计划一般项目(201910313070Y)
基础医学国家级实验教学示范中心(徐州医科大学)资助项目。
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文摘
选取NCBI基因表达谱数据库中访问号为GSE41439的基因芯片数据集为分析对象,首先利用R软件筛选差异表达基因并绘制成聚类热图,然后将差异基因上传至DAVID数据库进行GO功能与KEGG通路富集分析,接着利用STRING数据库构建蛋白质互作网络,并利用Cytoscape软件进行可视化,以直观地观察蛋白与蛋白之间的相互关系。由蛋白互作网络筛选出4个关键基因:PIK3R1、GNAS、GNAL、GNG4,可对其进行更深入的讨论。此方法适用于多种基因芯片的研究,具有很好的可推广性,将其运用于疾病相关的基因芯片,可为医学诊断与精准治疗提供一定的帮助。
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关键词
生物信息学
R软件
david数据库
STRING数据库
Cytoscape
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Keywords
bioinformatics
R-studio
david data base
STRING data base
Cytoscape
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分类号
R319
[医药卫生—基础医学]
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