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3种鲌亚科鱼类全基因组微卫星分布特征分析
1
作者 刘士力 刘一诺 +5 位作者 李飞 郑建波 程顺 蒋文枰 迟美丽 赵金良 《上海海洋大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2023年第6期1176-1183,共8页
利用MISA软件对3种鲌亚科鱼类全基因组中的完整型微卫星进行了搜索,并对其分布特征及规律进行了分析。结果表明:在翘嘴鲌(Culter alburnus,1.055 Gb)、浪白鱼(Anabarilius grahami,1.006 Gb)和团头鲂(Megalobrama amblycephala,1.116 Gb... 利用MISA软件对3种鲌亚科鱼类全基因组中的完整型微卫星进行了搜索,并对其分布特征及规律进行了分析。结果表明:在翘嘴鲌(Culter alburnus,1.055 Gb)、浪白鱼(Anabarilius grahami,1.006 Gb)和团头鲂(Megalobrama amblycephala,1.116 Gb)全基因组中,分别筛选出772276、548726和772329个完整型微卫星。相对丰度分别为732.0,553.2和691.2个/Mb。微卫星总长度分别为14.29,9.42和15.02 Mb,分别占基因组序列总长度的1.35%,0.94%和1.35%。在1~6个不同碱基重复类型完整型微卫星中,3种鲌亚科鱼类的6种碱基类型数目排序是一致的。均是单碱基重复数目最多,然后依次是二碱基、四碱基、三碱基、五碱基和六碱基。3种鱼三碱基和四碱基重复中数量最多的分别是AAT和AGAT,但在翘嘴鲌二碱基重复中,AT重复微卫星的数量要多于AC重复。3种鱼中不同碱基类型微卫星分布频率随着重复单元拷贝数和长度的增加呈递减趋势,其微卫星重复单元长度主要分布在10~30 bp,分别占微卫星总数的90.54%、94.27%和89.17%。本研究结果可为进一步研究鲌亚科基因组特征提供参考,并为今后进行这3种鱼的分子标记辅助育种及遗传信息评估等工作提供基础资料。 展开更多
关键词 鲌亚科 微卫星 基因组 分布特征
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珠江三种鲌亚科鱼类微卫星鉴别技术的建立 被引量：1
2
作者 李琳 李新辉 +4 位作者 杨计平 李跃飞 李捷 帅方敏 朱书礼 《广东农业科学》 CAS CSCD 北大核心 2014年第10期102-105,110,共5页
应用微卫星标记技术鉴别珠江3种主要鲌亚科鱼类广东鲂（Megalobrama terminalis）、鳊（Parabamis pekinensis）、海南红鲌（Culter recurviceps）.从GenBank和文献资料中初选3种鲌亚科鱼类的微卫星标记,设计108对微卫星引物,用PCR扩增... 应用微卫星标记技术鉴别珠江3种主要鲌亚科鱼类广东鲂（Megalobrama terminalis）、鳊（Parabamis pekinensis）、海南红鲌（Culter recurviceps）.从GenBank和文献资料中初选3种鲌亚科鱼类的微卫星标记,设计108对微卫星引物,用PCR扩增3种鱼的基因组DNA,并用聚丙烯酰胺凝胶电泳检测选出每种鱼的特异微卫星标记,共获得16个特异性标记.其中,微卫星标记F-524在广东鲂和海南红鲌中扩增的目的片段为309～320 bp,在鳊中无扩增条带;微卫星标记L-4在鳊和海南红鲌中扩增目的片段为160～201 bp,在广东鲂中无扩增条带;微卫星标记L-7在广东鲂和鳊中扩增的目的片段为160～190 bp,在海南红鲌中扩增的片段为123～143 bp.3个微卫星标记,单独使用1个特异性标记或几种特异性微卫星标记相结合,可快速从分子水平鉴别出广东鲂、鳊、海南红鲌,从而解决3种鲌亚科鱼类早期发育过程中形态比较相似,通过形态鉴定比较困难的问题. 展开更多
关键词 珠江 鲌亚科 微卫星 鉴别技术
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湖南鱼类鲌亚科寄生两种指环虫的记述
3
作者 王文彬 夏维福 +2 位作者 王智 李淑红 罗玉双 《常德师范学院学报（自然科学版）》 2003年第2期57-58,74,共3页
描述了湖南省沅水流域亚科鱼类寄生两种指环虫 ,即 :嘉鱼指环虫DactylogyrusjiayuensisZhangetJi,1980 ,拟尖头红为其宿主新记录 ;大钩指环虫Dactylogyrusmagni hamatusAchmerow ,195 2 ,似和青梢红为其宿主新记录 .
关键词 鱼类寄生虫 嘉鱼指环虫 大钩指环虫 湖南 鲌亚科 宿主 几丁质 形态结构
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基于细胞色素b基因序列的鲌亚科鱼类系统发育研究 被引量：4
4
作者 冯晓宇 谢楠 +2 位作者 冯建彬 许宝青 赵金良 《淡水渔业》 CSCD 北大核心 2009年第5期23-27,共5页
采用特异性引物PCR扩增获得了鲌亚科7属10种鱼类细胞色素b基因的全长序列,初步构建了鲌亚科鱼类的系统发育关系。NJ树和MP树一致表明,鲌亚科鱼类种内所有个体均单独聚群,支持率高;同一属内,除蒙古鲌(Culter mogolicus mongolicus)未能... 采用特异性引物PCR扩增获得了鲌亚科7属10种鱼类细胞色素b基因的全长序列,初步构建了鲌亚科鱼类的系统发育关系。NJ树和MP树一致表明,鲌亚科鱼类种内所有个体均单独聚群,支持率高;同一属内,除蒙古鲌(Culter mogolicus mongolicus)未能与同属的翘嘴鲌(Culter alburnus)、青梢鲌(Culter dabryi dabryi)单独聚为一支外,团头鲂(Megalobrama amblycephala)与三角鲂(Megalobrama terminal)、翘嘴鲌与青梢鲌均为姐妹种。NJ、MP树显示鲌亚科鱼类属间关系的支持率都较低,鲂属(Megalobrama)与鳊属(Parabramis)间、鲌属(Culter)与原鲌属(Cultrichthys)间、细鳊属(Rasborinus)与半属(Hemiculterella)、属(Hemiculter)间有较近的亲缘关系,在系统演化关系上,细鳊属、半属、依氏鱼属(Ishikauia)较为原始,鲌属与原鲌属、鲂属与鳊属互为姐妹群,为较特化群。 展开更多
关键词 鲌亚科鱼类 细胞色素b序列 系统发育
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