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柯萨奇病毒A组9型的基因分型方法的建立
被引量:
3
1
作者
赵鹤鹤
冀天娇
+10 位作者
杨倩
肖金波
祝双利
王东艳
王建醒
陈建华
路环环
韩振志
张勇
许文波
严冬梅
《病毒学报》
CAS
CSCD
北大核心
2022年第2期264-270,共7页
血清型别鉴定及基因分型分析是开展肠道病毒(Enterovirus,EV)分子进化特征研究的重要内容。目前为止,国内外对柯萨奇病毒A组9型(Coxsackievirus A9,CVA9)的研究主要集中在衣壳蛋白区的细胞受体结合位点及其基因特性分析,而基于全长VP1...
血清型别鉴定及基因分型分析是开展肠道病毒(Enterovirus,EV)分子进化特征研究的重要内容。目前为止,国内外对柯萨奇病毒A组9型(Coxsackievirus A9,CVA9)的研究主要集中在衣壳蛋白区的细胞受体结合位点及其基因特性分析,而基于全长VP1序列的基因型划分结果尚未明确。本研究依托国家手足口病监测网络,对2010-2019年全国31个省级行政区(省、自治区、直辖市)上送的18 238份手足口病样本中分离出的24株CVA9进行全长VP1区序列测定,并与GenBank中所有全长VP1区序列一起进行基因型划分研究。测序结果显示24株CVA9分离株VP1全长为906bp,编码302个氨基酸,与CVA9原型株(Griggs)核苷酸和氨基酸相似性分别为80.5%~97.6%和92.3%~99.6%。结合系统进化树和同一血清型内不同基因型的核苷酸差异界值为15%~25%,将全球CVA9划分为A-H八个基因型。进化树显示B、C和D基因型在病毒进化过程中已消失,而E、F和G基因型呈现共循环的趋势,其中G基因型包含了亚洲、北美洲、大洋洲和欧洲等9个国家的毒株,是CVA9的优势基因型。大部分中国株属于G基因型,与世界流行趋势一致。但在2018年新疆一例手足口病患儿体内分离到的CVA9毒株却与俄罗斯有很近的亲缘关系,被划分为F基因型,推测该毒株为俄罗斯输入株。CVA9虽具有明显的地理聚性,但G基因型中包含的多国家和多时间段的毒株也提示CVA9病毒可能存在远距离的传播和流行。
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关键词
柯萨奇病毒A组
9
型(
cva
9
)
基因分型
分子进化
原文传递
柯萨奇病毒A9型山东地方株的进化遗传学特征
被引量:
1
2
作者
黄蓉蓉
林小娟
+5 位作者
李漫时
刘尧
熊萍
赵晨旭
陶泽新
徐爱强
《病毒学报》
CAS
CSCD
北大核心
2021年第6期1333-1340,共8页
柯萨奇病毒A9型(Coxsackievirus A9,CVA9)是常见的人类肠道病毒血清型,其感染可引起无菌性脑膜炎、脑炎等疾病。为探索其进化遗传学特征,本研究对山东省1991-2018年CVA9分离株的VP1完整编码区进行了序列测定,并与GenBank中获得的全球序...
柯萨奇病毒A9型(Coxsackievirus A9,CVA9)是常见的人类肠道病毒血清型,其感染可引起无菌性脑膜炎、脑炎等疾病。为探索其进化遗传学特征,本研究对山东省1991-2018年CVA9分离株的VP1完整编码区进行了序列测定,并与GenBank中获得的全球序列一并进行系统发生学和进化遗传学分析。结果显示全球CVA9可分为I-XII 12个基因型,优势基因型为VII,包括山东株在内的所有中国分离株均属于该基因型。进化遗传学研究显示,CVA9 VP1区序列的每年每个碱基的平均进化速率约为6.25×10^(-3),共同祖先起源于1919年。CVA9 VP1区的基因多样性在2003年以前无明显变化,2003年以后出现明显波动。本研究为我们了解CVA9的流行趋势和遗传变异提供了数据,对CVA9相关疾病的防控和诊断试剂的研发具有重要的现实意义。
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关键词
柯萨奇病毒A
9
型(
cva
9
)
系统发生学
进化遗传学
无菌性脑膜炎(AM)
原文传递
题名
柯萨奇病毒A组9型的基因分型方法的建立
被引量:
3
1
作者
赵鹤鹤
冀天娇
杨倩
肖金波
祝双利
王东艳
王建醒
陈建华
路环环
韩振志
张勇
许文波
严冬梅
机构
国家脊髓灰质炎实验室
山东省疾病预防控制中心
甘肃省疾病预防控制中心
中国科学院生物安全大科学研究中心
出处
《病毒学报》
CAS
CSCD
北大核心
2022年第2期264-270,共7页
基金
北京市自然科学基金(项目号:L192014),题目:EVA71疫苗大规模应用后对我国手足口病病原谱的影响及其保护效果评价研究
国家重点研发计划(项目号:2021YFC0863000),题目:新型冠状病毒冷链传播机制和低温消毒技术研究。
文摘
血清型别鉴定及基因分型分析是开展肠道病毒(Enterovirus,EV)分子进化特征研究的重要内容。目前为止,国内外对柯萨奇病毒A组9型(Coxsackievirus A9,CVA9)的研究主要集中在衣壳蛋白区的细胞受体结合位点及其基因特性分析,而基于全长VP1序列的基因型划分结果尚未明确。本研究依托国家手足口病监测网络,对2010-2019年全国31个省级行政区(省、自治区、直辖市)上送的18 238份手足口病样本中分离出的24株CVA9进行全长VP1区序列测定,并与GenBank中所有全长VP1区序列一起进行基因型划分研究。测序结果显示24株CVA9分离株VP1全长为906bp,编码302个氨基酸,与CVA9原型株(Griggs)核苷酸和氨基酸相似性分别为80.5%~97.6%和92.3%~99.6%。结合系统进化树和同一血清型内不同基因型的核苷酸差异界值为15%~25%,将全球CVA9划分为A-H八个基因型。进化树显示B、C和D基因型在病毒进化过程中已消失,而E、F和G基因型呈现共循环的趋势,其中G基因型包含了亚洲、北美洲、大洋洲和欧洲等9个国家的毒株,是CVA9的优势基因型。大部分中国株属于G基因型,与世界流行趋势一致。但在2018年新疆一例手足口病患儿体内分离到的CVA9毒株却与俄罗斯有很近的亲缘关系,被划分为F基因型,推测该毒株为俄罗斯输入株。CVA9虽具有明显的地理聚性,但G基因型中包含的多国家和多时间段的毒株也提示CVA9病毒可能存在远距离的传播和流行。
关键词
柯萨奇病毒A组
9
型(
cva
9
)
基因分型
分子进化
Keywords
coxsackievirus
A
9
(
cva
9
)
Genotyping
Molecular
evolution
分类号
R373.2 [医药卫生—病原生物学]
原文传递
题名
柯萨奇病毒A9型山东地方株的进化遗传学特征
被引量:
1
2
作者
黄蓉蓉
林小娟
李漫时
刘尧
熊萍
赵晨旭
陶泽新
徐爱强
机构
山东大学齐鲁医学院公共卫生学院
山东省疾病预防控制中心山东省传染病预防控制重点实验室
出处
《病毒学报》
CAS
CSCD
北大核心
2021年第6期1333-1340,共8页
基金
泰山学者工程专项经费资助(项目号:ts.201511105),研究方向:病毒性及疫苗可预防传染病防控
泰山学者青年专家计划项目(项目号:tsqn202103187),研究方向:基于同一健康理念和下一代测序技术新型病毒的发现、溯源和进化动态研究
国家自然科学基金(项目号:81302481),题目:基于环境污水监测的人类肠道病毒区域性流行遗传变异与重组规律的研究。
文摘
柯萨奇病毒A9型(Coxsackievirus A9,CVA9)是常见的人类肠道病毒血清型,其感染可引起无菌性脑膜炎、脑炎等疾病。为探索其进化遗传学特征,本研究对山东省1991-2018年CVA9分离株的VP1完整编码区进行了序列测定,并与GenBank中获得的全球序列一并进行系统发生学和进化遗传学分析。结果显示全球CVA9可分为I-XII 12个基因型,优势基因型为VII,包括山东株在内的所有中国分离株均属于该基因型。进化遗传学研究显示,CVA9 VP1区序列的每年每个碱基的平均进化速率约为6.25×10^(-3),共同祖先起源于1919年。CVA9 VP1区的基因多样性在2003年以前无明显变化,2003年以后出现明显波动。本研究为我们了解CVA9的流行趋势和遗传变异提供了数据,对CVA9相关疾病的防控和诊断试剂的研发具有重要的现实意义。
关键词
柯萨奇病毒A
9
型(
cva
9
)
系统发生学
进化遗传学
无菌性脑膜炎(AM)
Keywords
coxsackievirus
A
9
(
cva
9
)
Phylogeny
Evolutionary
genetics
Aseptic
meningitis(AM)
分类号
R373.2 [医药卫生—病原生物学]
原文传递
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
柯萨奇病毒A组9型的基因分型方法的建立
赵鹤鹤
冀天娇
杨倩
肖金波
祝双利
王东艳
王建醒
陈建华
路环环
韩振志
张勇
许文波
严冬梅
《病毒学报》
CAS
CSCD
北大核心
2022
3
原文传递
2
柯萨奇病毒A9型山东地方株的进化遗传学特征
黄蓉蓉
林小娟
李漫时
刘尧
熊萍
赵晨旭
陶泽新
徐爱强
《病毒学报》
CAS
CSCD
北大核心
2021
1
原文传递
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