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基于Snakemake的RNA-seq数据自动化分析流程RNApipe
1
作者
武乐
李益楠
+1 位作者
孔德信
周志鹏
《华中农业大学学报》
CAS
CSCD
北大核心
2022年第6期143-151,共9页
为使科研工作者简单高效地分析RNA-seq数据,本研究基于Snakemake工作流程管理系统和Conda环境管理器构建了一个自动化和模块化的工作流程:RNApipe(Github:https://github.com/ywu019/RNApipe.git),其可对来自任何有参物种的RNA-seq数据...
为使科研工作者简单高效地分析RNA-seq数据,本研究基于Snakemake工作流程管理系统和Conda环境管理器构建了一个自动化和模块化的工作流程:RNApipe(Github:https://github.com/ywu019/RNApipe.git),其可对来自任何有参物种的RNA-seq数据自动执行质控、比对、定量、鉴定差异基因,以及GO、KEGG、GSEA等功能注释分析;其中,每一步骤的分析结果均以高质量的可视化图片或报告展示,并保留重要的输出文件。使用RNApipe在多个模式物种中的测试与评估结果表明:RNApipe可以平稳运行,且注释结果准确。与现有的自动化分析流程相比,RNApipe的主要特点包括:工作流程较为完整、默认工具消耗时间与资源较少、适用于任何有参物种、全面的可视化、以及用户友好性(易安装、易使用、易扩展)。研究表明,RNApipe便于研究人员快速地从大型RNA-seq测序数据中获取基本信息。
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关键词
转录组测序
差异表达分析
功能注释
Snakemake
conda
自动化数据分析
可视化
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职称材料
钻井水射流附壁振荡短节的频率和压降分析
被引量：
1
2
作者
何智恒
李美求
+1 位作者
李宁
王冰冰
《石油矿场机械》
CAS
2022年第1期74-80,共7页
水平井、大位移井等复杂井在钻进过程中会出现大摩阻、钻压拖拽等问题。水力振荡器可以有效降摩减阻、提高钻井效率,而侧壁高度、侧壁角度、劈尖距离及反馈角度等结构参数是影响振荡短节振动特性的关键因素。在阐明水力振荡器工作原理...
水平井、大位移井等复杂井在钻进过程中会出现大摩阻、钻压拖拽等问题。水力振荡器可以有效降摩减阻、提高钻井效率,而侧壁高度、侧壁角度、劈尖距离及反馈角度等结构参数是影响振荡短节振动特性的关键因素。在阐明水力振荡器工作原理、进行理论分析的基础上,利用CFD数值模拟方法及单因素分析法研究了结构性能参数变化和振荡器压降频率之间的关系。研究结果表明:振荡短节压降、和振荡频率随侧壁角度的增大而增大,且振荡频率逐渐趋于稳定;随着侧壁高度的增大,压降和频率呈现先降低后上升的趋势,且在侧壁高度2 mm时达到最低值;劈尖距离增大,压降和频率逐渐降低;反馈角度增大时,振荡频率基本保持不变。研究成果对射流式水力振荡短节的设计及结构优化具有一定的指导意义。
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关键词
水力振荡器
射流振荡
压降
振荡频率
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职称材料
题名
基于Snakemake的RNA-seq数据自动化分析流程RNApipe
1
作者
武乐
李益楠
孔德信
周志鹏
机构
华中农业大学信息学院
华中农业大学生命科学技术学院
出处
《华中农业大学学报》
CAS
CSCD
北大核心
2022年第6期143-151,共9页
基金
国家自然科学基金项目(31970552)。
文摘
为使科研工作者简单高效地分析RNA-seq数据,本研究基于Snakemake工作流程管理系统和Conda环境管理器构建了一个自动化和模块化的工作流程:RNApipe(Github:https://github.com/ywu019/RNApipe.git),其可对来自任何有参物种的RNA-seq数据自动执行质控、比对、定量、鉴定差异基因,以及GO、KEGG、GSEA等功能注释分析;其中,每一步骤的分析结果均以高质量的可视化图片或报告展示,并保留重要的输出文件。使用RNApipe在多个模式物种中的测试与评估结果表明:RNApipe可以平稳运行,且注释结果准确。与现有的自动化分析流程相比,RNApipe的主要特点包括:工作流程较为完整、默认工具消耗时间与资源较少、适用于任何有参物种、全面的可视化、以及用户友好性(易安装、易使用、易扩展)。研究表明,RNApipe便于研究人员快速地从大型RNA-seq测序数据中获取基本信息。
关键词
转录组测序
差异表达分析
功能注释
Snakemake
conda
自动化数据分析
可视化
Keywords
RNA-seq
differential expression
functional annotation
Snakemake
conda
automated data analysis
visualization
分类号
TP311.13 [自动化与计算机技术—计算机软件与理论]
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职称材料
题名
钻井水射流附壁振荡短节的频率和压降分析
被引量：
1
2
作者
何智恒
李美求
李宁
王冰冰
机构
长江大学机械结构强度与振动研究所
出处
《石油矿场机械》
CAS
2022年第1期74-80,共7页
基金
国家科技重大专项(2016ZX05038-001-LH002)。
文摘
水平井、大位移井等复杂井在钻进过程中会出现大摩阻、钻压拖拽等问题。水力振荡器可以有效降摩减阻、提高钻井效率,而侧壁高度、侧壁角度、劈尖距离及反馈角度等结构参数是影响振荡短节振动特性的关键因素。在阐明水力振荡器工作原理、进行理论分析的基础上,利用CFD数值模拟方法及单因素分析法研究了结构性能参数变化和振荡器压降频率之间的关系。研究结果表明:振荡短节压降、和振荡频率随侧壁角度的增大而增大,且振荡频率逐渐趋于稳定;随着侧壁高度的增大,压降和频率呈现先降低后上升的趋势,且在侧壁高度2 mm时达到最低值;劈尖距离增大,压降和频率逐渐降低;反馈角度增大时,振荡频率基本保持不变。研究成果对射流式水力振荡短节的设计及结构优化具有一定的指导意义。
关键词
水力振荡器
射流振荡
压降
振荡频率
Keywords
hydraulic oscillator
conda
effect
pressure drop
frequency of oscillation
分类号
TE921.202 [石油与天然气工程—石油机械设备]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
基于Snakemake的RNA-seq数据自动化分析流程RNApipe
武乐
李益楠
孔德信
周志鹏
《华中农业大学学报》
CAS
CSCD
北大核心
2022
0
下载PDF
职称材料
2
钻井水射流附壁振荡短节的频率和压降分析
何智恒
李美求
李宁
王冰冰
《石油矿场机械》
CAS
2022
1
下载PDF
职称材料
已选择
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参考文献
引证文献
统计分析
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