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PD-1与单克隆抗体残基特异性结合机制的计算丙氨酸扫描研究
被引量：
3
1
作者
温炜
黄达锭
+1 位作者
鲍劲霄
张增辉
《高等学校化学学报》
SCIE
EI
CAS
CSCD
北大核心
2021年第7期2161-2169,共9页
通过分子动力学模拟检测了2种程序性细胞死亡蛋白(PD-1)/单克隆抗体(Pembrolizumab和Nivolumab)复合物,并使用高效的计算丙氨酸扫描方法预测了单抗与PD-1的结合热点,将它们与对PD-1/PD-L1结合重要的热点残基进行对比分析.结果显示,Pembr...
通过分子动力学模拟检测了2种程序性细胞死亡蛋白(PD-1)/单克隆抗体(Pembrolizumab和Nivolumab)复合物,并使用高效的计算丙氨酸扫描方法预测了单抗与PD-1的结合热点,将它们与对PD-1/PD-L1结合重要的热点残基进行对比分析.结果显示,Pembrolizumab以类似于PD-L1的方式与PD-1结合,而Nivolumab则以不同的方式与PD-1结合.2个PD-1/mAb复合物中共有的热点只有_(PD-1)K131.同时发现,与_(PD-1)K131结合的单抗的关键残基通常都受范德华(vdW)能量控制.2种单克隆抗体上热点的自由能贡献都以vdW能量为主,这表明在下一代PD-1新抗体的设计中需要提高静电型热点残基的数量.
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关键词
程序性细胞死亡蛋白
丙氨酸扫描计算
单克隆抗体
分子力学广义波恩表面积
相互作用熵
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职称材料
分子动力学和丙氨酸变异研究MDM2与抑制剂P4的结合模式
被引量：
1
2
作者
陈建中
梁志强
+4 位作者
王伟
时术华
张少龙
段莉莉
张庆刚
《原子与分子物理学报》
CAS
CSCD
北大核心
2014年第2期311-316,共6页
抑制p53-MDM2相互作用已经成为癌症治疗的新途径.采用分子动力学模拟和MM-PBSA(molecular mechanics-Possion-Boltzmann surface area)方法研究了肽类抑制剂P4与MDM2的结合模式.研究表明P4与MDMD2疏水性裂缝的范德华作用是抑制剂结合的...
抑制p53-MDM2相互作用已经成为癌症治疗的新途径.采用分子动力学模拟和MM-PBSA(molecular mechanics-Possion-Boltzmann surface area)方法研究了肽类抑制剂P4与MDM2的结合模式.研究表明P4与MDMD2疏水性裂缝的范德华作用是抑制剂结合的主导力量。采用丙氨酸变异计算研究了P4与MDM2的作用热区.结果表明残基Lys51,Leu54,Leu57,Ile61,Met62,Tyr67,Gln72,His73,Val93,His96和Ile99的丙氨酸变异导致了范德华作用的降低,而对极性相互作用几乎没有产生影响,同时也证明这些残基处于P4与MDM2作用表面的热区,对抑制剂的结合有重要贡献,这能为抗癌药物的设计提供理论上的指导.
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关键词
分子动力学
丙氨酸变异
MM-PBSA
p53-MDM2相互作用
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职称材料
题名
PD-1与单克隆抗体残基特异性结合机制的计算丙氨酸扫描研究
被引量：
3
1
作者
温炜
黄达锭
鲍劲霄
张增辉
机构
华东师范大学化学与分子工程学院
上海纽约大学计算化学联合研究中心
美国纽约大学化学系
出处
《高等学校化学学报》
SCIE
EI
CAS
CSCD
北大核心
2021年第7期2161-2169,共9页
基金
国家重点研发计划项目(批准号:2016YFA0501700)
国家自然科学基金重大研究计划培育项目(批准号:91753103)
国家自然科学基金重点项目(批准号:21933010)资助.
文摘
通过分子动力学模拟检测了2种程序性细胞死亡蛋白(PD-1)/单克隆抗体(Pembrolizumab和Nivolumab)复合物,并使用高效的计算丙氨酸扫描方法预测了单抗与PD-1的结合热点,将它们与对PD-1/PD-L1结合重要的热点残基进行对比分析.结果显示,Pembrolizumab以类似于PD-L1的方式与PD-1结合,而Nivolumab则以不同的方式与PD-1结合.2个PD-1/mAb复合物中共有的热点只有_(PD-1)K131.同时发现,与_(PD-1)K131结合的单抗的关键残基通常都受范德华(vdW)能量控制.2种单克隆抗体上热点的自由能贡献都以vdW能量为主,这表明在下一代PD-1新抗体的设计中需要提高静电型热点残基的数量.
关键词
程序性细胞死亡蛋白
丙氨酸扫描计算
单克隆抗体
分子力学广义波恩表面积
相互作用熵
Keywords
PD-1
computational
alanine
scanning
Monoclonal
antibodies
MM/GBSA
Interaction
entropy
分类号
O643 [理学—物理化学]
O642 [理学—化学]
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职称材料
题名
分子动力学和丙氨酸变异研究MDM2与抑制剂P4的结合模式
被引量：
1
2
作者
陈建中
梁志强
王伟
时术华
张少龙
段莉莉
张庆刚
机构
山东交通学院理学院
山东建筑大学理学院
山东师范大学物理与电子科学学院
出处
《原子与分子物理学报》
CAS
CSCD
北大核心
2014年第2期311-316,共6页
基金
国家自然科学基金(11104164
11274206
+2 种基金
31200545)
山东省自然科学基金(ZR2011HM048)
山东交通学院博士启动资金和校自然基金
文摘
抑制p53-MDM2相互作用已经成为癌症治疗的新途径.采用分子动力学模拟和MM-PBSA(molecular mechanics-Possion-Boltzmann surface area)方法研究了肽类抑制剂P4与MDM2的结合模式.研究表明P4与MDMD2疏水性裂缝的范德华作用是抑制剂结合的主导力量。采用丙氨酸变异计算研究了P4与MDM2的作用热区.结果表明残基Lys51,Leu54,Leu57,Ile61,Met62,Tyr67,Gln72,His73,Val93,His96和Ile99的丙氨酸变异导致了范德华作用的降低,而对极性相互作用几乎没有产生影响,同时也证明这些残基处于P4与MDM2作用表面的热区,对抑制剂的结合有重要贡献,这能为抗癌药物的设计提供理论上的指导.
关键词
分子动力学
丙氨酸变异
MM-PBSA
p53-MDM2相互作用
Keywords
Molecular
dynamics
computational
alanine
scanning
mutagensis
MM-PBSA
p53-MDM2
interaction
分类号
Q641.12 [生物学—生物物理学]
下载PDF
职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
PD-1与单克隆抗体残基特异性结合机制的计算丙氨酸扫描研究
温炜
黄达锭
鲍劲霄
张增辉
《高等学校化学学报》
SCIE
EI
CAS
CSCD
北大核心
2021
3
下载PDF
职称材料
2
分子动力学和丙氨酸变异研究MDM2与抑制剂P4的结合模式
陈建中
梁志强
王伟
时术华
张少龙
段莉莉
张庆刚
《原子与分子物理学报》
CAS
CSCD
北大核心
2014
1
下载PDF
职称材料
已选择
0
条
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引用分析
参考文献
引证文献
统计分析
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