目的基于网络药理学和分子对接技术探讨复方丹参滴丸治疗心绞痛的潜在分子机制。方法通过中药系统网络药理学数据库与分析平台(TCMSP)检索复方丹参滴丸的活性成分,利用GeneCards、Disgnet和TTD数据库检索心绞痛疾病相关靶点,通过String...目的基于网络药理学和分子对接技术探讨复方丹参滴丸治疗心绞痛的潜在分子机制。方法通过中药系统网络药理学数据库与分析平台(TCMSP)检索复方丹参滴丸的活性成分,利用GeneCards、Disgnet和TTD数据库检索心绞痛疾病相关靶点,通过String数据库和Metascape开放平台对复方丹参滴丸与心绞痛的交集靶点进行京都基因与基因组百科全书(Kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)通路富集分析及基因本体论(gene ontology,GO)注释。采用SYBYL2.1软件的Surflex-Dock模块对筛选的核心成分和核心靶点进行分子对接。结果从复方丹参滴丸中筛选出76种活性化合物,涉及500个潜在靶点。复方丹参滴丸成分靶点与心绞痛疾病靶点取交集,共获得457个交集靶点;复方丹参滴丸治疗心绞痛作用靶标的蛋白相互作用(PPI)网络中共包含158个节点,其中重要的靶点有STAT3、TP53、AKT1、JUN、MAPK1、HSP90AA1等。复方丹参滴丸通过调控炎症反应、凋亡信号通路、积极调节细胞迁移等GO生物过程,参与流体剪切应力与动脉粥样硬化、PI3K-Akt信号通路、MAPK信号通路、HIF-1信号通路、TNF信号通路、IL17信号通路等信号通路,发挥治疗心绞痛的作用。分子对接结果表明筛选得到的活性成分与靶点有较强的结合。结论运用网络药理学研究方法推测出复方丹参滴丸治疗心绞痛的潜在分子机制及作用靶点,分子对接验证了筛选的关键活性成分与重要靶点具有较强的结合活性。展开更多
目的:基于网络药理学和分子对接方法,确定复方黄柏液治疗的Ⅲ度烧伤肉芽组织愈合的有效活性成分、关键靶点和潜在的药理学机制,并进行肉芽组织成纤维细胞的初步验证。方法:从公共数据库中药系统药理学分析平台(TCMSP)检索复方黄柏液组...目的:基于网络药理学和分子对接方法,确定复方黄柏液治疗的Ⅲ度烧伤肉芽组织愈合的有效活性成分、关键靶点和潜在的药理学机制,并进行肉芽组织成纤维细胞的初步验证。方法:从公共数据库中药系统药理学分析平台(TCMSP)检索复方黄柏液组成成分连翘、黄柏、金银花的有效成分和靶点;GeneCards、OMIM数据库检索“Ⅲ度烧伤”疾病相关靶点。通过生物信息学分析,包括蛋白质-蛋白质相互作用(Protein-proteininteraction,PPI)以及基因本体(Gene ontology,GO)和京都基因和基因组百科全书(Kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)分析,获得了关键的有效成分、核心靶点和相关信号通路;DiscoveryStudio分子对接分析有效成分化合物与靶蛋白的结合。0.5%的DMSO溶液处理的成纤维细胞记为对照组;槲皮素(40μmol/ml)处理的成纤维细胞记为槲皮素组。采用CCK8法、Transwell实验检测细胞增殖、迁移侵袭;WB试验检测细胞p-PI3K、p-Akt蛋白。结果:共筛选出74个有效成分,331个作用靶点,AKT1为潜在的治疗靶点,木犀草素、山柰酚、槲皮素、汉黄芩素、丹皮酚为潜在的候选药物。PI3K-AKT信号通路可能在复方黄柏液治疗Ⅲ度烧伤中发挥关键作用;分子对接表明槲皮素与AKT1结合最好。与对照组相比,槲皮素组成纤维细胞增殖、迁移侵袭均显著降低,p-PI3K、p-Akt蛋白表达也显著降低(P<0.05)。结论:复方黄柏液促进Ⅲ度烧伤患者肉芽组织形成的生物活性成分为槲皮素,潜在通路为PI3K-AKT信号通路,为复方黄柏液治疗Ⅲ度烧伤的研究提供了思路。展开更多
文摘目的基于网络药理学和分子对接技术探讨复方丹参滴丸治疗心绞痛的潜在分子机制。方法通过中药系统网络药理学数据库与分析平台(TCMSP)检索复方丹参滴丸的活性成分,利用GeneCards、Disgnet和TTD数据库检索心绞痛疾病相关靶点,通过String数据库和Metascape开放平台对复方丹参滴丸与心绞痛的交集靶点进行京都基因与基因组百科全书(Kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)通路富集分析及基因本体论(gene ontology,GO)注释。采用SYBYL2.1软件的Surflex-Dock模块对筛选的核心成分和核心靶点进行分子对接。结果从复方丹参滴丸中筛选出76种活性化合物,涉及500个潜在靶点。复方丹参滴丸成分靶点与心绞痛疾病靶点取交集,共获得457个交集靶点;复方丹参滴丸治疗心绞痛作用靶标的蛋白相互作用(PPI)网络中共包含158个节点,其中重要的靶点有STAT3、TP53、AKT1、JUN、MAPK1、HSP90AA1等。复方丹参滴丸通过调控炎症反应、凋亡信号通路、积极调节细胞迁移等GO生物过程,参与流体剪切应力与动脉粥样硬化、PI3K-Akt信号通路、MAPK信号通路、HIF-1信号通路、TNF信号通路、IL17信号通路等信号通路,发挥治疗心绞痛的作用。分子对接结果表明筛选得到的活性成分与靶点有较强的结合。结论运用网络药理学研究方法推测出复方丹参滴丸治疗心绞痛的潜在分子机制及作用靶点,分子对接验证了筛选的关键活性成分与重要靶点具有较强的结合活性。
文摘目的:基于网络药理学和分子对接方法,确定复方黄柏液治疗的Ⅲ度烧伤肉芽组织愈合的有效活性成分、关键靶点和潜在的药理学机制,并进行肉芽组织成纤维细胞的初步验证。方法:从公共数据库中药系统药理学分析平台(TCMSP)检索复方黄柏液组成成分连翘、黄柏、金银花的有效成分和靶点;GeneCards、OMIM数据库检索“Ⅲ度烧伤”疾病相关靶点。通过生物信息学分析,包括蛋白质-蛋白质相互作用(Protein-proteininteraction,PPI)以及基因本体(Gene ontology,GO)和京都基因和基因组百科全书(Kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)分析,获得了关键的有效成分、核心靶点和相关信号通路;DiscoveryStudio分子对接分析有效成分化合物与靶蛋白的结合。0.5%的DMSO溶液处理的成纤维细胞记为对照组;槲皮素(40μmol/ml)处理的成纤维细胞记为槲皮素组。采用CCK8法、Transwell实验检测细胞增殖、迁移侵袭;WB试验检测细胞p-PI3K、p-Akt蛋白。结果:共筛选出74个有效成分,331个作用靶点,AKT1为潜在的治疗靶点,木犀草素、山柰酚、槲皮素、汉黄芩素、丹皮酚为潜在的候选药物。PI3K-AKT信号通路可能在复方黄柏液治疗Ⅲ度烧伤中发挥关键作用;分子对接表明槲皮素与AKT1结合最好。与对照组相比,槲皮素组成纤维细胞增殖、迁移侵袭均显著降低,p-PI3K、p-Akt蛋白表达也显著降低(P<0.05)。结论:复方黄柏液促进Ⅲ度烧伤患者肉芽组织形成的生物活性成分为槲皮素,潜在通路为PI3K-AKT信号通路,为复方黄柏液治疗Ⅲ度烧伤的研究提供了思路。
