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题名杭白菊CmbHLH96的克隆及生物信息分析
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作者
何子涵
张佳凝
全英杰
任镘蓉
杨雯婷
高日
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机构
延边大学农学院
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出处
《延边大学农学学报》
2021年第4期35-40,共6页
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基金
国家自然科学基金(32060696)
延边州科技发展计划项目(2020FG31)
+3 种基金
延边大学校企合作项目(延大科合字2020)
延边大学青年基金[延大科合字(2017)第21号]
延边大学博士科研启动基金(2018)
农业农村部景观设计重点实验室开放课题(KF201902)。
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文摘
bHLH是一种转录因子,在植物生长发育过程中起着重要作用。该试验以杭白菊试管苗叶片为材料,提取RNA反转录成cDNA,设计特异引物克隆CmbHLH 96基因,其全长1203 bp,最大开放阅读框(ORF)918 bp,编码306个氨基酸序列,分子量1121.74 KD,理论等电点5.06,不稳定系数35.95,平均亲水性0.75,脂肪系数33.65。分析CmbHLH96蛋白结构域发现,其包含1个Helix-Loop-Helix结构域;对CmbHLH96蛋白二级、三级结构预测的结果它们主要由α螺旋、无规则卷曲和延伸链构成,分别占25.82%、14.71%和59.48%。亚细胞定位预测CmbHLH96可能定位在细胞核中。通过在NCBI上进行BLAST对比并构建系统进化树,结果发现CmbHLH96与青蒿同源蛋白亲缘关系比较近。miRNA预测显示CmbHLH 96基因受miR7696调控。
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关键词
杭白菊
cmbhlh
96
基因克隆
MIRNA
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Keywords
Hangbai
cmbhlh 96
gene cloning
miRNA
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分类号
S682.11
[农业科学—观赏园艺]
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