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嵌合RNA检测和验证技术
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作者 王广富 丁咏伟 +1 位作者 唐悦 秦付军 《生物化学与生物物理进展》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2024年第4期797-808,共12页
嵌合RNA(chimeric RNA)是由来自不同基因的外显子片段组成的融合转录本。传统的嵌合RNA检测方法有染色体核型分析、荧光原位杂交(FISH)等,但这些技术的特异性、灵敏性和准确性较差。随着测序技术的发展,二代测序技术展现出强大的数据处... 嵌合RNA(chimeric RNA)是由来自不同基因的外显子片段组成的融合转录本。传统的嵌合RNA检测方法有染色体核型分析、荧光原位杂交(FISH)等,但这些技术的特异性、灵敏性和准确性较差。随着测序技术的发展,二代测序技术展现出强大的数据处理能力,可以通过高通量序列分析来检测嵌合RNA,目前基于高通量测序的检测方法有FusionCatcher、SOAPfuse、EricScript等。目前较为常用的对检测到的嵌合RNA的验证方法有聚合酶链反应(PCR)、核糖核酸酶保护实验(RPA)、琼脂糖凝胶电泳、Sanger测序等。多种检测技术的开发使得越来越多的嵌合RNA被发现,但现有的检测技术各有优劣,主要体现于检测成本、假阳性率、检测时间等方面的差异。本文对嵌合RNA的检测方法、验证方法及各方法的优劣性进行阐述。 展开更多
关键词 嵌合rna 检测技术 验证技术 rna-SEQ 生物信息学
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一种体内高效表达反义RNA、三链形成RNA及Ribozyme的新载体 被引量:2
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作者 刘静 金由辛 王德宝 《高技术通讯》 EI CAS CSCD 2000年第8期6-9,共4页
为了在体内高效表达反义RNA、三链形成RNA及Ribozyme ,通过PCR克隆技术构建了一种全新载体 pBSKneorU 6’。该载体利用hsnRNAU6基因表达单元的特性 ,保留了U 6RNA分子 5’端维持分子稳定性的发夹和帽式结构的序列 ,缺失了其中间参与mRN... 为了在体内高效表达反义RNA、三链形成RNA及Ribozyme ,通过PCR克隆技术构建了一种全新载体 pBSKneorU 6’。该载体利用hsnRNAU6基因表达单元的特性 ,保留了U 6RNA分子 5’端维持分子稳定性的发夹和帽式结构的序列 ,缺失了其中间参与mRNA前体剪切的部分 ,取而代之的是 3个限制性内切酶位点。Hela细胞核抽提物体外转录实验证明该载体可有效地表达U6变体RNA分子。该载体携带新霉素抗性基因neor ,因而可用于真核细胞稳定转染的筛选。 展开更多
关键词 基因治疗 HSNrna U6基因 U6变体基因 U6 SNrna U6变体rna 嵌合rna 载体
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天然嵌合基因的结构特性及其对基因设计的启示 被引量:3
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作者 李迎侠 张婷婷 +1 位作者 马磊 张勇 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2018年第2期135-144,共10页
天然嵌合基因(natural chimeric gene)是由两个或两个以上的独立基因天然融合而成的新基因,该类型基因的发现,突破了"一个基因对应一个染色体座位"的经典认知,扩展了基因的概念。在人类癌症研究过程中,诸多的嵌合基因可导致... 天然嵌合基因(natural chimeric gene)是由两个或两个以上的独立基因天然融合而成的新基因,该类型基因的发现,突破了"一个基因对应一个染色体座位"的经典认知,扩展了基因的概念。在人类癌症研究过程中,诸多的嵌合基因可导致肿瘤相关疾病,并作为癌症分子的诊断标志而受到人们的广泛关注。本文基于嵌合基因生物信息学方面的相关研究,以癌基因为切入点,从天然嵌合基因的融合特点、转录、调控,以及融合蛋白的结构域组合形式和功能等方面,结合本研究组前期的相关工作,综述了嵌合基因融合结构和功能的研究进展,探讨了当前研究工作的困难与挑战,并对嵌合规律在新基因设计的应用作了展望。 展开更多
关键词 嵌合基因 嵌合rna 嵌合蛋白 基因表达
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嵌合RNA在肿瘤中的生物学意义
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作者 吕文倩 唐悦 秦付军 《中国生物化学与分子生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2023年第8期1087-1097,共11页
嵌合RNA(chimeric RNA)是来自不同基因的外显子片段通过一定的染色体重排或转录剪接机制形成的融合转录本,具有编码新RNA和/或蛋白质的潜能。嵌合RNA广泛存在于肿瘤和正常组织中,但不同的组织、细胞甚至分化的不同时间点都可能有其独特... 嵌合RNA(chimeric RNA)是来自不同基因的外显子片段通过一定的染色体重排或转录剪接机制形成的融合转录本,具有编码新RNA和/或蛋白质的潜能。嵌合RNA广泛存在于肿瘤和正常组织中,但不同的组织、细胞甚至分化的不同时间点都可能有其独特的嵌合RNA表达谱。目前,对嵌合RNA的研究尚处于起步阶段,其相关定义和术语尚不明确,因此,本文将对其进行统一规范。此外,为了从多维度认识“嵌合RNA”,本文将对嵌合RNA的形成机制和分类,以及其在肿瘤发生发展中的作用机制及其在不同肿瘤中的功能和应用进行详细论述。研究表明,嵌合RNA可编码一定的基因产物,在调控细胞的增殖、迁移、侵袭和凋亡等方面发挥重要作用。在肿瘤中,嵌合RNA可编码特异性蛋白质,通过改变细胞表型,或者直接以非编码嵌合RNA的形式影响基因的表达或调控通路,导致癌症的发生。基于此使得嵌合RNA及其编码产物有望成为诊断癌症的重要标志物和药物治疗的有效靶点。近年来,已在不同肿瘤中发现了多种特异性嵌合RNA,它们在疾病的发生和进展中发挥了重要的作用。目前,已有嵌合RNA及其产物作为分子靶标成功应用于临床诊断和治疗,或者评估疾病的预后。本文将着重阐述嵌合RNA在不同肿瘤中的功能和应用,旨在为肿瘤嵌合RNA的研究提供新的参考,并为疾病的诊断和治疗提供新的视角和方向。 展开更多
关键词 嵌合rna 基因融合 相邻基因顺式剪接 生物标志物 治疗靶点
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猪嵌合RNA BCL2L2-PABPN1剪接调控、表达与亚细胞定位分析
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作者 杨秀芹 张倩 +4 位作者 李佳欣 郝婉君 张晓涵 何鑫淼 庞宇 《东北农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2023年第1期79-87,共9页
相邻基因间顺式剪接(cis-splicing of adjacent gene,cis-SAGe)产生的嵌合RNA在细胞生长、疾病发生等生理活动中发挥重要作用,为探究cis-SAGe剪接调控机制,研究在前期克隆BCL2L2-PABPN1(BP)基础上,利用minigene、定点突变、瞬时转染、... 相邻基因间顺式剪接(cis-splicing of adjacent gene,cis-SAGe)产生的嵌合RNA在细胞生长、疾病发生等生理活动中发挥重要作用,为探究cis-SAGe剪接调控机制,研究在前期克隆BCL2L2-PABPN1(BP)基础上,利用minigene、定点突变、瞬时转染、半定量RT-PCR以及生物信息学分析等方法分析BP转录后剪接的调控元件,发现thyroid hormone receptor exon 9、gh-1 intron 3、srp40-exonic splicing enhancer、β-tropomyosin exon 6b等剪接增强子元件在嵌合子形成中发挥重要作用。同时比较分析BP与两个亲本基因组织表达以及亚细胞定位情况。研究结果将为进一步揭示BP转录后调控机制及功能提供基础。 展开更多
关键词 嵌合rna BCL2L2-PABPN1 剪接 顺式调控元件
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嵌合RNA的形成机制及生物学意义 被引量:1
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作者 陈晨 秦付军 唐悦 《中国生物化学与分子生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2022年第7期839-848,共10页
传统观念认为,嵌合RNA只是由染色体重排导致的基因融合,且融合基因及其产物(RNA和蛋白质)曾被认为是癌症的独有特征。然而,随着测序技术的进步和生物信息学软件工具的开发,通过对RNA-Seq数据库分析,越来越多的嵌合RNA被分离和鉴定出来... 传统观念认为,嵌合RNA只是由染色体重排导致的基因融合,且融合基因及其产物(RNA和蛋白质)曾被认为是癌症的独有特征。然而,随着测序技术的进步和生物信息学软件工具的开发,通过对RNA-Seq数据库分析,越来越多的嵌合RNA被分离和鉴定出来。近年的研究表明,嵌合RNA并不是癌症所特有的现象,它广泛存在于人类多种正常组织和细胞中。除了染色体重排之外,嵌合RNA还有多种不同的分子形成机制,包括相邻基因的顺式剪接和反式剪接等。未发生染色体改变的嵌合RNA在转录水平上受到调控,从而呈现出独特的调控模式,其失调可能影响细胞分化并诱导肿瘤的发生。此外,嵌合RNA还发挥特定的生理功能,包括影响正常细胞生长和迁移能力,调控细胞周期及凋亡。通过影响染色体重排从而诱导基因组畸变,亦可作为潜在的竞争性内源RNA,以及影响干细胞的分化等。了解嵌合RNA在组织和细胞发育不同阶段的特异性表达,将有助于发掘潜在的临床诊疗生物标志物。深入且准确地对嵌合RNA的组织学图谱进行研究,可能实现从崭新的视角对特定细胞类型进行嵌合RNA治疗。越来越多的实验数据表明,嵌合RNA广泛存在于癌症和正常组织中,且具有重要的生理功能,其表达水平和模式也是高等动物拓展基因组功能的方式之一. 展开更多
关键词 染色体重排 嵌合rna 顺式剪接 反式剪接 相邻基因顺式剪接
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Research Progress of Chimeric RNA and Health
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作者 Weikai Chen Wei Cui +1 位作者 Ye Qiu Di Cui 《Health》 2021年第4期454-471,共18页
With the development of deep sequencing and bioinformatics technology, a large number of products produced by abnormal RNA splicing, such as chimeric RNA and chimeric/fusion proteins, have been discovered. Natural chi... With the development of deep sequencing and bioinformatics technology, a large number of products produced by abnormal RNA splicing, such as chimeric RNA and chimeric/fusion proteins, have been discovered. Natural chimeric/fusion genes are new genes formed by natural fusion of two or more independent genes. Chimeric RNAs can be transcribed by natural chimeric genes, and can also be formed by cis-splicing or trans-splicing of two or more precursor mRNAs. Unlike fusion genes, the production of chimeric RNAs does not involve changes in the DNA level of chromosomes. At first, chimeric RNAs were found as tumor markers. With the deepening of research, researchers also found a large number of chimeric RNAs in normal tissues. From the perspective of biological function, chimeric RNAs can play a biological role in regulating the expression of corresponding maternal genes, translating into chimeric proteins, and forming long non-coding RNAs. The objective of the present study focused on the frontiers of chimeric RNA and reviewed its role in health and tumor study to reveal research progress of chimeric RNA and health and provide a new sight of relative disease treatment. The main conclusion of this review is that chimeric RNA may serve as a biomarker for specific tumor diagnose and treatment while its role in normal physiology needs to be revealed. 展开更多
关键词 chimeric rna Fusion Gene Sis-Splicing TRANS-SPLICING TUMOR HEALTH
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猪嵌合RNABCL2L2CR克隆与功能初步分析
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作者 杨秀芹 张晓涵 +4 位作者 郝婉君 张倩 李佳欣 何鑫淼 庞宇 《东北农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2022年第8期54-61,共8页
研究前期鉴定一个嵌合子标签——BCL2L2CR,含有B细胞淋巴瘤/白血病-2样蛋白2(B-cell CLL/lymphoma 2 like protein 2,BCL2L2)重复序列,为分析BCL2L2CR作用,利用RT-PCR方法克隆其cDNA序列,采用流式细胞术、过表达、CCK-8和细胞划痕试验... 研究前期鉴定一个嵌合子标签——BCL2L2CR,含有B细胞淋巴瘤/白血病-2样蛋白2(B-cell CLL/lymphoma 2 like protein 2,BCL2L2)重复序列,为分析BCL2L2CR作用,利用RT-PCR方法克隆其cDNA序列,采用流式细胞术、过表达、CCK-8和细胞划痕试验等分子生物学技术分析其对细胞凋亡、增殖和迁移的影响。发现BCL2L2CR是BCL2L2外显子3部分序列发生顺式重复形成,前141个氨基酸与BCL2L2完全相同,含有BCL2同源结构域4、3和1,缺少同源结构域2;BCL2L2CR促进PK-15和3T3L细胞增殖和迁移。研究结果确定嵌合RNA BCL2L2CR具有一定功能,将为深入揭示BCL2L2CR功能提供基础,有助于进一步认识嵌合RNAs及其在正常生理活动中的作用。 展开更多
关键词 嵌合rna BCL2L2 克隆 细胞增殖 细胞迁移
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