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侵染贵州火龙果的仙人掌X病毒基因组序列分离与变异分析
被引量:
1
1
作者
郑乾明
柏自琴
+3 位作者
王小柯
林乾
王彬
马玉华
《贵州农业科学》
CAS
2022年第4期1-7,共7页
【目的】分析侵染贵州火龙果的仙人掌X病毒(Cactus virus X,CVX)及其NTU株系的基因组序列遗传变异,为建立分子检测和防控体系奠定理论基础。【方法】对感染病毒的样品采用宏转录组测序和生物信息学分析,分离病毒基因组序列并分析分子变...
【目的】分析侵染贵州火龙果的仙人掌X病毒(Cactus virus X,CVX)及其NTU株系的基因组序列遗传变异,为建立分子检测和防控体系奠定理论基础。【方法】对感染病毒的样品采用宏转录组测序和生物信息学分析,分离病毒基因组序列并分析分子变异和系统进化。【结果】获得4条CVX(CVX-LW、CVX-RF、CVX-ZNS和CVX-ZYP)和5条CVX-NTU(CVX-NTU-LW、CVX-NTU-RF、CVX-NTU-ZNF、CVX-NTU-ZNS和CVX-NTU-ZYP)贵州火龙果分离物近全长基因组序列,长度为6494~6603 bp,覆盖参考基因组96.2%~99.6%;CVX贵州分离物之间的基因组序列一致性为98.3%~98.6%,与已报道的其他分离物基因组序列一致性为97.1%~98.0%;CVX-NTU贵州分离物之间的基因组序列一致性为98.1%~98.8%,与已报道的其他分离物基因组序列一致性为97.6%~99.1%;CVX和CVX-NTU群体未出现明显的遗传分化。【结论】研究获得的CVX和CVX-NTU贵州火龙果分离物近全长基因组序列表现较高的一致性,未发生明显遗传变异。
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关键词
仙人掌
x
病毒
宏转录组测序
遗传变异
序列一致性
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职称材料
题名
侵染贵州火龙果的仙人掌X病毒基因组序列分离与变异分析
被引量:
1
1
作者
郑乾明
柏自琴
王小柯
林乾
王彬
马玉华
机构
贵州省果树科学研究所
出处
《贵州农业科学》
CAS
2022年第4期1-7,共7页
基金
贵州省科研机构创新能力建设专项“贵州省精品水果创新能力建设”[黔科合服企(2019)4002]
贵州省农业科学院青年基金项目“利用高通量测序挖掘火龙果病毒”[黔农科院青年基金(2017)11]
贵州省优秀青年科技人才培养计划项目“火龙果提质增效关键技术集成与示范”[黔科合平台人才(2019)5642]。
文摘
【目的】分析侵染贵州火龙果的仙人掌X病毒(Cactus virus X,CVX)及其NTU株系的基因组序列遗传变异,为建立分子检测和防控体系奠定理论基础。【方法】对感染病毒的样品采用宏转录组测序和生物信息学分析,分离病毒基因组序列并分析分子变异和系统进化。【结果】获得4条CVX(CVX-LW、CVX-RF、CVX-ZNS和CVX-ZYP)和5条CVX-NTU(CVX-NTU-LW、CVX-NTU-RF、CVX-NTU-ZNF、CVX-NTU-ZNS和CVX-NTU-ZYP)贵州火龙果分离物近全长基因组序列,长度为6494~6603 bp,覆盖参考基因组96.2%~99.6%;CVX贵州分离物之间的基因组序列一致性为98.3%~98.6%,与已报道的其他分离物基因组序列一致性为97.1%~98.0%;CVX-NTU贵州分离物之间的基因组序列一致性为98.1%~98.8%,与已报道的其他分离物基因组序列一致性为97.6%~99.1%;CVX和CVX-NTU群体未出现明显的遗传分化。【结论】研究获得的CVX和CVX-NTU贵州火龙果分离物近全长基因组序列表现较高的一致性,未发生明显遗传变异。
关键词
仙人掌
x
病毒
宏转录组测序
遗传变异
序列一致性
Keywords
cactus
virus
x
metatranscriptomic
sequencing
genetic
variation
sequence
identity
分类号
S436.412 [农业科学—农业昆虫与害虫防治]
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题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
侵染贵州火龙果的仙人掌X病毒基因组序列分离与变异分析
郑乾明
柏自琴
王小柯
林乾
王彬
马玉华
《贵州农业科学》
CAS
2022
1
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