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2021年南京市手足口病流行特征及柯萨奇A组4型VP1区基因特征分析
1
作者 董晓庆 王雅倩 +2 位作者 石利民 董潇潇 乔梦凯 《热带医学杂志》 CAS 2023年第11期1635-1640,共6页
目的了解南京市手足口病(HFMD)流行特征,分析柯萨奇病毒A组(CVA)4型基因特征。方法收集2021年来自南京市12个区的监测样本,使用实时荧光定量PCR方法检测肠道病毒并分型,对排除CVA6、16、10型和肠道病毒(EV)71型阳性的其他未分型肠道病毒... 目的了解南京市手足口病(HFMD)流行特征,分析柯萨奇病毒A组(CVA)4型基因特征。方法收集2021年来自南京市12个区的监测样本,使用实时荧光定量PCR方法检测肠道病毒并分型,对排除CVA6、16、10型和肠道病毒(EV)71型阳性的其他未分型肠道病毒,用反转录·聚合酶链反应(RT-PCR)的方法扩增VP4-VP2区,双向测序确定基因型,最后巢式扩增CVA4型的VP1区,确定其基因亚型。结果2021年南京市手足口病呈季节性流行,不同月份之间的肠道病毒阳性率差异有统计学意义(χ^(2)=80.06,P<0.05)。易感人群为3~<6岁儿童,该年龄段阳性数占总阳性数的57.05%(178/312)。不同年龄段之间的肠道病毒阳性率差异有统计学意义(χ^(2)=73.70,P<0.05)。地区分布中,肠道病毒阳性率占前三位的依次是玄武区94.74%(18/19)、浦口区94.00%(47/50)和江北新区83.33%(65/78),不同地区肠道病毒阳性率差异有统计学意义(χ^(2)=177.42,P<0.05)。550份标本中,荧光定量PCR法检测肠道病毒阳性312份,主要型别为CVA6型,占总阳性数的83.01%(259/312),其次依次为CVA16型(21份)和CVA10型(5份),未分型肠道病毒27份。经VP4-VP2区测序得到CVA4型6份,对其VP1区扩增测序后获得目的片段。结论南京市2021年手足口病主要型别以CVA6型为主,与其他毒株(CVA16型、CVA4型、CVA10型等)共同循环流行;其中CVA4型毒株均属于C2亚型,未发现新的亚型,需持续监测。 展开更多
关键词 手足口病 柯萨奇病毒A组4型 VP4-VP2区基因 VP1区基因
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2018-2020年云南省手足口病病原监测及柯萨奇病毒A组4型VP1基因特征分析 被引量：1
2
作者 曹亿会 杨景晖 +6 位作者 周晓芳 张勇 寸建萍 李楠 杨溪 姜黎黎 乔恩发 《中华微生物学和免疫学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2022年第12期917-923,共7页
目的阐明2018-2020年云南省手足口病优势肠道病毒感染类型及柯萨奇病毒A组4型(CVA4)VP1基因特征分析。方法手足口病监测肠道病毒实时荧光定量PCR核酸阳性标本进一步病毒分离,送中国疾病预防控制中心并对VP1基因测序分析。结果2018-2020... 目的阐明2018-2020年云南省手足口病优势肠道病毒感染类型及柯萨奇病毒A组4型(CVA4)VP1基因特征分析。方法手足口病监测肠道病毒实时荧光定量PCR核酸阳性标本进一步病毒分离,送中国疾病预防控制中心并对VP1基因测序分析。结果2018-2020年共采集手足口病标本21757份,其中阳性标本16457份,阳性检出率75.64%。共分离阳性标本4114份,分离到毒株533份,其中肠道病毒71型(EVA71)共89例,占总病原的16.70%;柯萨奇病毒A组16型(CVA16)共180例,占33.77%;CVA10为76例,占14.26%;CVA6、CVA4分别占22.14%、4.88%;其他型别共44例,占8.26%。5岁以下儿童是手足口患者主要人群,男女性别比1.35∶1,气温较高的第二、三季度是手足口病高发季。云南省CVA4主要分布在曲靖和昆明等地,文山、红河零星分布,VP1基因全长915 bp,26株CVA4毒株均属于C基因型的C2亚型,与原始株AY421762-HighPoint之间遗传距离较远。VP1基因的18、23、34、102、148、164、200、262、174、275、285、303等位点均有不同程度的突变。核苷酸同源性为80.4%~99.0%,氨基酸同源性为95.6%~99.0%,核苷酸突变多为有义突变。结论CVA16、EVA6、EVA71和CVA10为云南省2018—2020年手足口病的优势肠道病毒。CVA4渐成为引起手足口病不可忽视的病原体,云南省CVA4属于C基因型的C2亚型,主要流行于云南省的东部及东南部,渐成为持续共循环优势株,长期动态监测对于提高手足口病预警敏感性具有重要的公共卫生意义。 展开更多
关键词 手足口病 cva4 VP1基因 系统进化分析
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从手足口病病例分离的两株柯萨奇病毒A组4型毒株的VP_4～VP_2区基因特征分析 被引量：10
3
作者 刘建锋 张勇 +10 位作者 李慧 赵晓虹 甄晓荣 严冬梅 付鸿 陈瑛 王东绝 祝双利 安洪秋 郭学斌 许文波 《中国疫苗和免疫》 CAS 2009年第4期345-349,共5页
目的研究2008年甘肃省从手足口病(Hand,Foot and Mouth Disease,HFMD)患儿分离的柯萨奇病毒A组4型(Coxsackievirus A4,CVA4)的VP4～VP2区特征。方法采集门诊就诊的两例HFMD患儿的临床标本,接种人横纹肌肉瘤细胞(Human Rhabdomyosarcoma... 目的研究2008年甘肃省从手足口病(Hand,Foot and Mouth Disease,HFMD)患儿分离的柯萨奇病毒A组4型(Coxsackievirus A4,CVA4)的VP4～VP2区特征。方法采集门诊就诊的两例HFMD患儿的临床标本,接种人横纹肌肉瘤细胞(Human Rhabdomyosarcoma,RD细胞)分离病毒,然后对阳性病毒分离物使用逆转录-聚合酶链反应法扩增病毒VP4～VP2区,并进行核苷酸序列测定和分析,通过生物信息学的方法进行分子定型,最后与其它16株基因数据库中登录的CVA4株构建亲缘进化树图。结果使用RD细胞成功地从两例HFMD患儿的临床标本中分离到病毒,分子定型鉴定为CVA4。2株CVA4在VP4～VP2区核苷酸同源性为94.6%,氨基酸同源性为100%;与CVA4原型株High Point/USA/1948株的核苷酸和氨基酸同源性分别为85.5%～85.8%和99.3%。在亲缘进化树图中显示,2株CVA4分离株位于独立的进化支中。结论与基因数据库中登录的在日本、蒙古分离的CVA4株相比,从甘肃省2008年HFMD病例分离的两株CVA4,在VP4～VP2区核苷酸序列上差异很大。同源进化分析结果表明,甘肃省CVA4属于独立的进化支。 展开更多
关键词 手足口病 柯萨奇病毒A组4型 基因特征
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2011-2014年福建省手足口病相关病原柯萨奇病毒A组4型的分子流行病学分析 被引量：8
4
作者 陈炜 翁育伟 +6 位作者 何文祥 朱颖 黄萌 张拥军 谢剑锋 郑奎城 严延生 《中国人兽共患病学报》 CAS CSCD 北大核心 2017年第9期768-773,共6页
目的分析福建省手足口病患者中柯萨奇病毒A组4型(Coxsackievirus A4,CVA4)的流行病学、基因变异及遗传进化等特征。方法应用细胞培养方法获得病毒分离株,RT-PCR方法进行分子分型及扩增CVA4血清型完整VP1区全长序列,并进行序列变异及遗... 目的分析福建省手足口病患者中柯萨奇病毒A组4型(Coxsackievirus A4,CVA4)的流行病学、基因变异及遗传进化等特征。方法应用细胞培养方法获得病毒分离株,RT-PCR方法进行分子分型及扩增CVA4血清型完整VP1区全长序列,并进行序列变异及遗传进化分析。结果 2011-2014年,从福建省手足口病其它肠道病毒病例标本中分子分型33例CVA4病例,在407例的其它肠道病毒病例中的构成比为8.1%,其中2012年31例,2014年2例。CVA4病例在性别、年龄组分布特征,与一般手足口病流行特征相比,没有特异性。VP1区序列差异比较表明,2011-2014年福建省CVA4分离株之间VP1核苷酸及氨基酸序列相似性分别在92.6%~100%、95.7%~100%;与原型株及国外地方株的核苷酸序列相似性较低,分别为83.7%~85.4%、82.1%~89.1%,氨基酸序列相似性分别为96.1%~99.0%、90.4%~99.6%;与国内地方株核苷酸及氨基酸序列相似性较高,分别为87.9%~99.2%、96.1%~100%。进化树结果表明福建CVA4分离株与原型株及国外代表株的遗传距离远,与国内代表株的遗传距离近。福建CVA4分离株在进化树的分布呈多个分支。结论 CVA4已成为近年来福建省除EV71、CVA16、CVA6、CVA10外导致手足口病的又一重要病原体。福建CVA4分离株与国内地方株同进化共循环,在福建省各个地区同时流行多条亲缘关系接近的传播链。 展开更多
关键词 手足口病 柯萨奇病毒A4 分子流行病学
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厦门市11株柯萨奇病毒A4型分离株全基因组序列分析
5
作者 张建梅 温娟 +2 位作者 张荣秋 陈泽辉 徐雪荣 《中国病原生物学杂志》 CSCD 北大核心 2024年第6期665-670,共6页
目的通过分析11株CVA4病毒毒株的全基因序列,揭示其基因进化及变异特征。方法将PCR检测阳性且Ct值<25的样本进行病毒分离培养,获得的毒株提取核酸(RNA)后采用高通量宏基因组测序方法进行序列测定,将质控合格的测序数据进行基因组组装... 目的通过分析11株CVA4病毒毒株的全基因序列,揭示其基因进化及变异特征。方法将PCR检测阳性且Ct值<25的样本进行病毒分离培养,获得的毒株提取核酸(RNA)后采用高通量宏基因组测序方法进行序列测定,将质控合格的测序数据进行基因组组装;获得的基因组序列提交至肠道病毒分型网站获得毒株血清型,同时与公共数据库下载的其他国家或地区的CVA4毒株序列通过MegAlign、Mega X、Simplot3.5.1软件分别进行相似性分析、系统进化树分析和重组分析。结果11株毒株全基因组序列长度在7434~7419 bp之间,血清型均为CVA4,核苷酸与氨基酸序列相似性分别为91.7%~99.3%和98%~100%;与原型株序列相比,核苷酸序列何氨基酸序列相似性分别在84.3%~84.7%和97.1%~97.3%之间;与其他参考序列相比,核苷酸与氨基酸序列相似性分别为80.8%~98.8%和96.9%~99.6%;全基因组遗传进化分析表明,其与中国其他地区CVA4毒株序列属同一遗传分枝;根据VP1基因进化树分析,本研究的毒株与中国其他地区毒株属于C基因型中的C2亚型;重组分析结果显示,11株CVA4与其他毒株无明显重组特征,但其中1株的部分区段序列与CVA2毒株序列一致性可达97.2%,剩余毒株与既往重组株相似度可高达98.6%。结论11株CVA4毒株为中国主要流行基因型,虽然与其他毒株无重组现象,但是与其他型别及以往重组株相似性较高,故在工作中需加强毒株重组监测,为手足口病的预防控制工作提供数据支撑。 展开更多
关键词 柯萨奇病毒A组4型(cva4) 全基因组 基因测序 基因重组
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昆明市2018—2021年手足口病病例中柯萨奇病毒A组4型流行情况及VP1编码序列基因特征分析 被引量：2
6
作者 刘艳艳 周永明 +5 位作者 赵云珍 颜军 刘如锦 杨春丽 伏晓庆 侯敏 《中国病毒病杂志》 CAS 2022年第5期364-370,共7页
目的 分析昆明市2018—2021年手足口病病原构成,研究柯萨奇病毒A组4型(coxsackievirus A4,CVA4)的流行特点及VP1编码序列系统进化与氨基酸变异情况。方法 采用实时荧光逆转录聚合酶链反应(real-time reverse transcript-polymerase chai... 目的 分析昆明市2018—2021年手足口病病原构成,研究柯萨奇病毒A组4型(coxsackievirus A4,CVA4)的流行特点及VP1编码序列系统进化与氨基酸变异情况。方法 采用实时荧光逆转录聚合酶链反应(real-time reverse transcript-polymerase chain reaction, real time RT-PCR)对2018—2021年昆明市疾病预防控制中心监测到的昆明市手足口病病例标本3 553份进行肠道病毒核酸检测,描述CVA4的流行情况,并进行VP1编码序列全长测序、氨基酸位点变异及系统进化分析。结果 共检出肠道病毒阳性标本2 531份,阳性率71.24%,其中CVA16、EV-A71及其他肠道病毒(非EV-A71、非CVA16)占阳性样本的构成比分别为38.05%(963/2 531)、4.11%(104/2 531)和57.84%(1 464/2 531)。CVA4阳性52份,其高发区域为昆明市区及东南部,涉及5个县区,阳性数占CVA4病例总数的73.08%(38/52),高发时间为8—12月,占CVA4病例总数的71.15%(37/52),高危人群为1~3岁儿童,占86.54%(45/52),男性多于女性,多引起轻症。CVA4共测序成功51份,核苷酸相似性为90.90%~100.00%,氨基酸相似性为97.30%~100.00%,均为C基因型C2亚型,分为3个传播链(cluster),clusterⅠ以2019年昆明市毒株为主,clusterⅡ以2020和2021年昆明市毒株为主,clusterⅠ、Ⅱ包含了98.04%(50/51)昆明市毒株。与原型株High Point(AF081295)VP1区氨基酸序列相比,有R18K、T23V、A34T、S102A、A200T、I262V、R274K和Y285H共8个高频氨基酸变异位点。结论 2018—2021年昆明市手足口病病原谱中其他肠道病毒(非EV-A71、非CVA16)占主导地位,CVA4作为其中的一个重要类型,属于C2亚型。应针对昆明市主城区及东南部区县、8—12月和1~3岁儿童等因素合理配置防控资源,做好CVA4防控工作。 展开更多
关键词 手足口病 柯萨奇病毒A组4型(cva4) 病原学 流行 VP1编码序列 系统发育
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