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黔北麻羊CTSK、FN1基因生物信息学分析及其在性腺轴中的表达 被引量：3
1
作者 赵佳福 周明帅 +2 位作者 徐畅 杨秀远 陈祥 《西南农业学报》 CSCD 北大核心 2023年第4期854-860,共7页
【目的】研究组织蛋白酶K(Cathepsin K,CTSK)和纤维连接蛋白1(Fibronectin 1,FN1)基因与黔北麻羊繁殖率之间的相互关系,为研究CTSK、FN1基因调控山羊卵泡发育的分子机制提供参考。【方法】通过生物信息学方法分析黔北麻羊CTSK、FN1蛋白... 【目的】研究组织蛋白酶K(Cathepsin K,CTSK)和纤维连接蛋白1(Fibronectin 1,FN1)基因与黔北麻羊繁殖率之间的相互关系,为研究CTSK、FN1基因调控山羊卵泡发育的分子机制提供参考。【方法】通过生物信息学方法分析黔北麻羊CTSK、FN1蛋白理化性质、亚细胞定位、信号肽位点和蛋白高级结构,并进行氨基酸同源性分析,构建系统发育进化树;采用荧光定量PCR法检测CTSK、FN1基因在单羔、多羔黔北麻羊性腺轴(下丘脑、垂体、子宫、输卵管、卵巢)中的表达量。【结果】CTSK、FN1基因分别编码330和2478个氨基酸,理论PI值分别为8.82和5.37,CTSK是一种具有信号肽的稳定亲水性蛋白,而FN1是一种具有信号肽的不稳定亲水性蛋白;亚细胞定位结果说明:CTSK蛋白可能主要在细胞外和内质网中发挥生物学作用,而FN1蛋白可能主要在细胞核中发挥生物学作用;高级结构预测结果显示,CTSK和FN1蛋白均主要由无规则卷曲构成;与其他动物相比,黔北麻羊CTSK、FN1基因均与反刍动物绵羊及牛的亲缘关系最近。qPCR分析表明:CTSK和FN1基因在单羔、多羔黔北麻羊下丘脑、垂体、子宫、输卵管和卵巢组织中均有表达,与单羔组相比,多羔组CTSK基因在卵巢、下丘脑、子宫中的表达量均极显著下调(P<0.01),而FN1基因在下丘脑和子宫中的表达均极显著上调(P<0.01),在卵巢中显著上调(P<0.05)。【结论】CTSK基因表达量与黔北麻羊的繁殖性状呈负相关,FN1基因则呈正相关,CTSK和FN1基因均是影响黔北麻羊繁殖性能的重要候选基因。 展开更多
关键词 黔北麻羊 性腺轴 ctsk基因 FN1基因 生物信息学
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调控CTSK基因的候选miRNA在单羔、多羔贵州黑山羊卵巢和子宫体的表达分析 被引量：1
2
作者 陆情梅 杨永鲜 +4 位作者 冉铭 刘彬 周明帅 温晓艳 赵佳福 《畜牧与兽医》 CAS 北大核心 2023年第5期7-12,共6页
以贵州黑山羊为研究对象,通过生物在线软件预测调控CTSK基因表达的候选miRNAs,采用荧光定量PCR法检测CTSK及其候选miRNAs在贵州黑山羊单、多羔性腺轴下丘脑、垂体、卵巢、输卵管、子宫体及子宫角6种组织中的表达量。结果:CTSK在单、多... 以贵州黑山羊为研究对象,通过生物在线软件预测调控CTSK基因表达的候选miRNAs,采用荧光定量PCR法检测CTSK及其候选miRNAs在贵州黑山羊单、多羔性腺轴下丘脑、垂体、卵巢、输卵管、子宫体及子宫角6种组织中的表达量。结果:CTSK在单、多羔贵州黑山羊的6个组织中均有表达,在单羔组中表达量依次为子宫角>输卵管>卵巢>子宫体>垂体>下丘脑,其中在子宫角中的表达量显著高于其他组织(P<0.05),在多羔组中,其表达量依次为子宫体>输卵管>子宫角>卵巢>垂体>下丘脑,其中子宫体的表达量显著高于其他组织(P<0.05);组间比较可知,CTSK基因在多羔组子宫体中的表达量极显著高于单羔组(P<0.01),卵巢中的表达量极显著低于单羔组(P<0.01)。在线软件预测结果表明:miR-122、miR-205、miR-7、miR-30-5p和miR-124为调控CTSK表达评分最高的5条miRNAs。qPCR结果表明:5条miRNAs在子宫体和卵巢中均有表达,在子宫体中,单羔组和多羔组的表达量均依次为miR-122>miR-30-5p>miR-205>miR-7>miR-124,其中miR-122的表达量显著高于其他miRNAs(P<0.05);组间比较显示,单羔组中miR-122、miR-30-5p、miR-205和miR-124表达量极显著高于多羔组(P<0.01),而miR-7表达量显著高于多羔组(P<0.05)。在卵巢组织中,5条miRNAs在单羔组中的表达量依次为miR-30-5p>miR-122>miR-205>miR-7>miR-124,其中miR-30-5p的表达量显著高于其他miRNAs(P<0.05),在多羔组中,其表达量依次为miR-122>miR-30-5p>miR-7>miR-205>miR-124,其中miR-122的表达量显著高于其他miRNAs(P<0.05),而miR-124表达量最低;组间比较可知,miR-7在多羔组中极显著高于单羔组(P<0.01),而miR-30-5p在多羔组中极显著低于单羔组(P<0.01)。本研究解析了CTSK基因在贵州黑山羊性腺轴上的表达情况,筛选到5条调控CTSK表达的候选miRNAs,弄清了5条miRNAs在贵州黑山羊子宫体和卵巢组织上的表达谱,为进一步阐明miRNA调控CTSK基因影响山羊繁殖率的分子� 展开更多
关键词 贵州黑山羊 ctsk基因 MICRORNA 特异性表达
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广西巴马小型猪CTSK基因CDS区克隆与生物信息学分析 被引量：1
3
作者 黄叶 瞿秋红 +7 位作者 奉玲丽 江雨航 朱思燃 张广杰 张其伟 綦文晶 郭亚芬 兰干球 《中国实验动物学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第1期96-103,共8页
目的对广西巴马小型猪组织蛋白酶K(cathepsin K,CTSK)基因CDS区进行克隆及生物信息学分析。方法从广西巴马小猪的皮下脂肪中提取总RNA,通过RT-PCR方法扩增获得CTSK基因CDS区序列,并采用相关生物信息学软件对其序列特征、系统进化、编码... 目的对广西巴马小型猪组织蛋白酶K(cathepsin K,CTSK)基因CDS区进行克隆及生物信息学分析。方法从广西巴马小猪的皮下脂肪中提取总RNA,通过RT-PCR方法扩增获得CTSK基因CDS区序列,并采用相关生物信息学软件对其序列特征、系统进化、编码蛋白结构和理化性质进行分析。结果广西巴马小型猪CTSK基因CDS全长993 bp,编码330个氨基酸,与NCBI上公布的普通猪(NM_214302.1)CTSK基因序列完全一致。同源性比对结果发现,CTSK基因在进化过程中具有较高的保守性。广西巴马小型猪CTSK蛋白具有明显的亲水性区域,在第17-330氨基酸位置区域存在一条信号肽序列,不存在跨膜结构域,二级结构元件由α螺旋、β折叠、无规卷曲和延伸链组成。修饰结构预测发现CTSK蛋白存在两处N糖基化位点,亚细胞定位发现其可能主要分布于内质网和细胞核。结论本研究成功克隆了广西巴马小型猪CTSK基因CDS序列并进行分析,为今后进一步深入研究该基因功能和建立相关疾病动物模型提供理论基础。 展开更多
关键词 ctsk基因 广西巴马小型猪 克隆
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