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新西兰白兔CTSB、CTSS基因克隆、生物信息学分析及组织表达研究
1
作者 袁冬冬 宋国华 +5 位作者 陈孟娟 王智通 柏中峰 蔡含芳 李明 许会芬 《中国畜牧兽医》 CAS CSCD 北大核心 2023年第9期3499-3509,共11页
【目的】克隆新西兰白兔组织蛋白酶B(cathepsin B,CTSB)与CTSS基因CDS区序列并进行生物信息学分析,探究其在新西兰白兔不同组织中的表达规律。【方法】采用PCR法扩增并克隆CTSB、CTSS基因CDS区序列,使用Mega 7.0软件构建系统进化树并分... 【目的】克隆新西兰白兔组织蛋白酶B(cathepsin B,CTSB)与CTSS基因CDS区序列并进行生物信息学分析,探究其在新西兰白兔不同组织中的表达规律。【方法】采用PCR法扩增并克隆CTSB、CTSS基因CDS区序列,使用Mega 7.0软件构建系统进化树并分析氨基酸序列相似性;利用生物信息学软件分析CTSB、CTSS蛋白理化性质、跨膜结构、信号肽位点及亚细胞定位情况;用实时荧光定量PCR检测CTSB、CTSS基因在新西兰白兔不同组织中的表达量。【结果】新西兰白兔CTSB、CTSS基因CDS区序列长分别为1020、1023 bp,共编码339、340个氨基酸,蛋白分子质量分别为37.627、38.253 ku,理论等电点为5.53、8.40,不稳定系数为30.76、32.38,分别为酸性及碱性蛋白。新西兰白兔CTSB、CTSS基因氨基酸序列分别与猪、马的亲缘关系最近,与鸡亲缘关系较远。CTSB、CTSS蛋白二级结构均主要由α-螺旋和无规则卷曲构成,二者三级结构预测结果与二级结构一致,均为亲水性蛋白;CTSB蛋白信号肽剪切位点位于第17—18位氨基酸处,含有1个N-端Propeptide-C1结构域与1个Peptidase-C1A-C结构域;CTSS蛋白信号肽剪切位点位于第25—26位氨基酸处,含有1个Inhibitor-129结构域与1个Peptidase-C1结构域。亚细胞定位结果表明,CTSB、CTSS蛋白均主要分布于细胞质(包括细胞壁)内。实时荧光定量PCR结果显示,CTSB基因在腹脂和肝脏组织中表达量较高,CTSS基因在脾脏组织中表达量最高,均显著高于其他组织(P<0.05)。【结论】成功克隆新西兰白兔CTSB、CTSS基因CDS全长序列,揭示了CTSB、CTSS基因在新西兰白兔不同组织中的表达水平并初步分析了其生物学功能,为进一步研究家兔CTSB、CTSS基因功能及调控机制提供了基础和参考。 展开更多
关键词 新西兰白兔 ctsb基因 CTSS基因 克隆 生物信息学分析 组织表达
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猪Cathepsin B基因cDNA分子克隆、序列分析及遗传多态性分析 被引量：4
2
作者 陈磊 李学伟 +2 位作者 朱砺 李强 李明洲 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2008年第4期385-392,共8页
采用RT-PCR结合克隆测序的方法,从猪肌肉组织总RNA中克隆出了猪组织蛋白酶B(Cathepsin B,CTSB)基因的cDNA序列,并推导出其编码的氨基酸序列。猪CTSB基因开放阅读框(ORF)全长1008 bp,编码335个氨基酸。同源性分析结果表明,猪与人、鼠、牛... 采用RT-PCR结合克隆测序的方法,从猪肌肉组织总RNA中克隆出了猪组织蛋白酶B(Cathepsin B,CTSB)基因的cDNA序列,并推导出其编码的氨基酸序列。猪CTSB基因开放阅读框(ORF)全长1008 bp,编码335个氨基酸。同源性分析结果表明,猪与人、鼠、牛的CTSB基因cDNA编码区(CDS)同源性分别为85%、81%、90%,推测的氨基酸序列同源性分别为81%、79%、91%。利用同源性结合序列特征预测表明该蛋白具有信号肽和前肽序列。蛋白质结构同源建模分析表明,该蛋白具有木瓜蛋白酶家族的典型空间结构,包括1个底物结合凹槽和3个相互靠近的活性位点。另外采用PCR-SSCP方法,在147头个体中分析了CTSB基因第6内含子内的SS-CP位点多态性,检测到3个等位基因6种基因型。FF基因型个体的各项嫩度指标最高,其最大剪切力与硬度值分别为6.56 kg和23.55 kg.s,极显著地高于EE和EF基因型个体(P<0.01),平均剪切力为4.85 kg,显著地高于EF基因型个体(P<0.05)。 展开更多
关键词 猪 ctsb基因 基因克隆 嫩度
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牛CTSB基因第6内含子SNP与经济性状的关联分析 被引量：2
3
作者 邓桂馨 许尚忠 +6 位作者 高雪 李俊雅 高会江 袁峥嵘 周正奎 黄萌 李姣 《中国草食动物》 2011年第3期12-14,共3页
以174头西门塔尔牛和鲁西黄牛的杂交后代作为试验动物,利用PCR-RFLP方法对组织蛋白酶B基因(cathepsin B,CTSB)内含子6进行多态性检测,并应用SAS软件采用最小二乘法拟合线性模型,对不同基因型与牛部分经济性状进行关联分析。结果表明,CTS... 以174头西门塔尔牛和鲁西黄牛的杂交后代作为试验动物,利用PCR-RFLP方法对组织蛋白酶B基因(cathepsin B,CTSB)内含子6进行多态性检测,并应用SAS软件采用最小二乘法拟合线性模型,对不同基因型与牛部分经济性状进行关联分析。结果表明,CTSB基因内含子6的T5357C位点与大理石纹和活重2个经济性状显著相关,其中AA型大理石纹评分显著地高于BB型(P<0.05),BB型活重显著高于AA型(P<0.05)。上述结果为T5357C作为肉牛部分经济性状的分子标记提供了一定的理论依据。 展开更多
关键词 牛 ctsb基因 肉质性状 胴体性状
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牛CTSB基因SNP与胴体和生长性状的关联分析
4
作者 邓桂馨 许尚忠 +6 位作者 高雪 李俊雅 高会江 袁峥嵘 周正奎 黄萌 李姣 《中国农学通报》 CSCD 北大核心 2011年第14期1-4,共4页
西门塔尔X鲁西黄牛的杂交群体属于优良的乳肉兼用品种,为探讨其部分经济性状的标记进行早期育种,提高产业利润,此研究以组织蛋白酶B(Cathepsin B,CTSB)基因为胴体和生长性状的候选基因,利用PCR-RFLP方法对174头西门塔尔X鲁西黄牛CTSB内... 西门塔尔X鲁西黄牛的杂交群体属于优良的乳肉兼用品种,为探讨其部分经济性状的标记进行早期育种,提高产业利润,此研究以组织蛋白酶B(Cathepsin B,CTSB)基因为胴体和生长性状的候选基因,利用PCR-RFLP方法对174头西门塔尔X鲁西黄牛CTSB内含子6进行多态性检测,分析了不同基因型的群体遗传结构,应用SAS9.2软件采用最小二乘法拟合线性模型,对不同基因型与牛4个胴体和生长性状进行关联分析。结果表明,CTSB基因第6内含子的T5357C突变在群体中处于哈代温伯格平衡状态;且基因型值与日增重和净肉重两个性状呈显著相关(P<0.05),其中AA型的日增重和净肉重显著高于AB,BB型。上述结果为T5357C突变作为潜在的肉牛胴体和生长性状的分子标记提供了一定的参考。 展开更多
关键词 牛 ctsb基因 胴体性状 生长性状
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