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CTD数据库架构及数据获取查询与提取方法
被引量：
8
1
作者
闫小妮
田国祥
+3 位作者
贺海蓉
刘晓敏
张军
吕军
《中国循证心血管医学杂志》
2019年第8期905-909,共5页
CTD即比较毒物基因组学数据库,CTD是一个强大的、公开的研究资源,是用于描述化学物质、基因和人类疾病之间关系的科学数据。这些数据与功能和通路数据相结合,以帮助建立关于环境影响疾病的机制的假说,其主要目标是促进对环境化学品对人...
CTD即比较毒物基因组学数据库,CTD是一个强大的、公开的研究资源,是用于描述化学物质、基因和人类疾病之间关系的科学数据。这些数据与功能和通路数据相结合,以帮助建立关于环境影响疾病的机制的假说,其主要目标是促进对环境化学品对人类健康影响的理解。CTD收录了许多描述跨物种化学基因/蛋白质相互作用和化学-疾病关系以及基因-疾病关系的精确数据,这些研究结果有助于了解潜在、可变的易感性和环境影响疾病的分子机理,还有助于了解化学基因和蛋白质之间复杂的相互作用网络。感兴趣的研究者可以申请其中的数据进行相关研究,本文旨在对CTD数据库的结构以及毒性与基因数据查询和获取进行介绍。
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关键词
毒性与基因
ctd
数据库
环境暴露
毒性机制
毒物基因
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职称材料
双酚A致雄性生殖损害毒性通路的富集分析及关键凋亡信号通路的实验研究
被引量：
5
2
作者
袁文博
刘文斌
+3 位作者
陈洪强
柴子力
张光辉
曹佳
《第三军医大学学报》
CAS
CSCD
北大核心
2021年第1期38-44,共7页
目的探讨低剂量双酚A(bisphenol A,BPA)暴露导致的雄性生殖损伤中可能涉及的关键毒性通路。方法利用比较毒理基因组学数据库(Comparative Toxicogenomics Database,CTD)筛选BPA毒性相关基因,对其进行功能富集,探索可能的作用通路,确认...
目的探讨低剂量双酚A(bisphenol A,BPA)暴露导致的雄性生殖损伤中可能涉及的关键毒性通路。方法利用比较毒理基因组学数据库(Comparative Toxicogenomics Database,CTD)筛选BPA毒性相关基因,对其进行功能富集,探索可能的作用通路,确认相关通路中的关键基因。采用终浓度为0(DMSO对照组)、20、40、80μmol/L BPA处理小鼠精原细胞株GC-2细胞72 h,观察细胞形态并检测凋亡发生率,采用RT-qPCR和Western blot检测关键基因mRNA和蛋白表达水平。结果通过对CTD数据库中BPA相关的疾病进行筛选,得到1460个相关基因,GO富集分析发现这些基因在生殖系统发育、生殖结构发育等分子生物过程中有明显富集,KEGG富集分析发现其在HIF-1和PI3K-Akt等信号通路中有明显富集(P<0.01)。可视化分析后得到通路上的关键基因分别为HIF-1α、PKC、P300/CBP以及PI3K、JAK、P53、BCL-2。BPA染毒GC-2细胞,发现凋亡率上升,且存在剂量-效应关系(P<0.05)。与对照组相比,染毒组PI3K和JAK的mRNA表达下调,P53和BCL-2上调(P<0.05);PI3K和BCL-2的蛋白水平下调,P53则上调(P<0.05)。结论PI3K-Akt信号通路在低剂量BPA暴露致GC-2细胞凋亡过程中可能发挥重要作用。
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关键词
双酚A
比较毒理基因组学数据库
GC-2细胞
细胞凋亡
PI3K-AKT信号通路
男性泌尿生殖系统疾病
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职称材料
题名
CTD数据库架构及数据获取查询与提取方法
被引量：
8
1
作者
闫小妮
田国祥
贺海蓉
刘晓敏
张军
吕军
机构
西安交通大学第一附属医院消化内科
解放军总医院第七医学中心
西安交通大学第一附属医院临床研究中心
西安交通大学医学部公共卫生学院
出处
《中国循证心血管医学杂志》
2019年第8期905-909,共5页
基金
国家社会科学基金一般项目(16BGL183)
文摘
CTD即比较毒物基因组学数据库,CTD是一个强大的、公开的研究资源,是用于描述化学物质、基因和人类疾病之间关系的科学数据。这些数据与功能和通路数据相结合,以帮助建立关于环境影响疾病的机制的假说,其主要目标是促进对环境化学品对人类健康影响的理解。CTD收录了许多描述跨物种化学基因/蛋白质相互作用和化学-疾病关系以及基因-疾病关系的精确数据,这些研究结果有助于了解潜在、可变的易感性和环境影响疾病的分子机理,还有助于了解化学基因和蛋白质之间复杂的相互作用网络。感兴趣的研究者可以申请其中的数据进行相关研究,本文旨在对CTD数据库的结构以及毒性与基因数据查询和获取进行介绍。
关键词
毒性与基因
ctd
数据库
环境暴露
毒性机制
毒物基因
Keywords
Toxicity
and
genes
ctd
database
Environmental
exposure
Toxicity
mechanism
Toxic
gene
分类号
R4 [医药卫生—临床医学]
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职称材料
题名
双酚A致雄性生殖损害毒性通路的富集分析及关键凋亡信号通路的实验研究
被引量：
5
2
作者
袁文博
刘文斌
陈洪强
柴子力
张光辉
曹佳
机构
新乡医学院公共卫生学院
陆军军医大学(第三军医大学)军事预防医学系毒理学研究所
出处
《第三军医大学学报》
CAS
CSCD
北大核心
2021年第1期38-44,共7页
基金
国家重点研发计划(2017YFC1002001)
国家自然科学基金重点项目(81630087)。
文摘
目的探讨低剂量双酚A(bisphenol A,BPA)暴露导致的雄性生殖损伤中可能涉及的关键毒性通路。方法利用比较毒理基因组学数据库(Comparative Toxicogenomics Database,CTD)筛选BPA毒性相关基因,对其进行功能富集,探索可能的作用通路,确认相关通路中的关键基因。采用终浓度为0(DMSO对照组)、20、40、80μmol/L BPA处理小鼠精原细胞株GC-2细胞72 h,观察细胞形态并检测凋亡发生率,采用RT-qPCR和Western blot检测关键基因mRNA和蛋白表达水平。结果通过对CTD数据库中BPA相关的疾病进行筛选,得到1460个相关基因,GO富集分析发现这些基因在生殖系统发育、生殖结构发育等分子生物过程中有明显富集,KEGG富集分析发现其在HIF-1和PI3K-Akt等信号通路中有明显富集(P<0.01)。可视化分析后得到通路上的关键基因分别为HIF-1α、PKC、P300/CBP以及PI3K、JAK、P53、BCL-2。BPA染毒GC-2细胞,发现凋亡率上升,且存在剂量-效应关系(P<0.05)。与对照组相比,染毒组PI3K和JAK的mRNA表达下调,P53和BCL-2上调(P<0.05);PI3K和BCL-2的蛋白水平下调,P53则上调(P<0.05)。结论PI3K-Akt信号通路在低剂量BPA暴露致GC-2细胞凋亡过程中可能发挥重要作用。
关键词
双酚A
比较毒理基因组学数据库
GC-2细胞
细胞凋亡
PI3K-AKT信号通路
男性泌尿生殖系统疾病
Keywords
bisphenol
A
ctd
database
GC-2
cells
apoptosis
PI3K-Akt
signaling
pathway
male
urogenital
disease
分类号
R394.1 [医药卫生—医学遗传学]
R698 [医药卫生—基础医学]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
CTD数据库架构及数据获取查询与提取方法
闫小妮
田国祥
贺海蓉
刘晓敏
张军
吕军
《中国循证心血管医学杂志》
2019
8
下载PDF
职称材料
2
双酚A致雄性生殖损害毒性通路的富集分析及关键凋亡信号通路的实验研究
袁文博
刘文斌
陈洪强
柴子力
张光辉
曹佳
《第三军医大学学报》
CAS
CSCD
北大核心
2021
5
下载PDF
职称材料
已选择
0
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参考文献
引证文献
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