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利用CRISPR/Cas9 sgRNA文库筛选调控结直肠癌对奥沙利铂敏感性的表观遗传相关基因
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作者 付亚坤 贾林创 穆标 《中国生物化学与分子生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第12期1698-1708,共11页
结直肠癌是最常见的消化系统恶性肿瘤之一,以奥沙利铂(oxaliplatin,OXA)为基础的联合化疗方案是临床上治疗中晚期病人最常用的策略,但耐药性的产生极大限制了化疗的效果,是导致化疗失败的主要原因。因耐药发生机制未明,亟需一种高通量... 结直肠癌是最常见的消化系统恶性肿瘤之一,以奥沙利铂(oxaliplatin,OXA)为基础的联合化疗方案是临床上治疗中晚期病人最常用的策略,但耐药性的产生极大限制了化疗的效果,是导致化疗失败的主要原因。因耐药发生机制未明,亟需一种高通量、高特异性的测序方法探索奥沙利铂耐药性产生的原因。CRISPR/Cas9(clustered regularly interspaced short palindromic repeats/Cas9)文库筛选是近年快速发展起来高通量筛选肿瘤耐药基因的新技术,但尚未在结直肠癌对奥沙利铂耐药性产生的基因筛选中应用。我们构建了含有5256个小向导RNA(small-guide RNA,sgRNA)的针对910个人类表观遗传相关基因的sgRNA文库,利用慢病毒包装,并通过蛋白质免疫印迹检测,以及流式细胞术检测确定病毒感染的条件,将慢病毒感染复数(multiplicity of infection,MOI)维持在30%以下,使其保证每1个细胞感染1条sgRNA并敲除1个基因;使用慢病毒携带文库感染结直肠癌细胞HCT116和SW620,通过阳性筛选策略获得单克隆并进行扩增,通过测序筛选得到21个调控结直肠癌细胞对奥沙利铂敏感的基因,通过分别敲除候选基因发现,敲除TDRKH、ALKBH3、UNKL、TTF2、TNKS、AURKA、RBM12、ELAVL2、LSM5、NOL8、PRPF 3基因可以显著提高奥沙利铂对结直肠癌细胞的半数致死量(IC_(50))(P<0.05),其中ALKBH3、AURKA和RBM 12等3个基因的高表达与临床的预后具有显著的相关性(总生存期:P=0.043,P<0.0001,P=0.045;无复发生存期:P=0.004,P=0.0019,P=0.0064)。研究证明,CRISPR/Cas9文库是筛选肿瘤敏感性基因的高通量方法,可为进一步探究结直肠癌对奥沙利铂敏感性的机制提供靶点参考。 展开更多
关键词 结直肠癌 奥沙利铂 肿瘤耐药性 crispr/cas9文库筛选
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基于CRISPR-Cas9技术的鸡成纤维细胞系全基因组敲除文库的建立与初步应用 被引量：2
2
作者 徐娟 刘忠媛 +7 位作者 刘彦峰 廖瑛 仇旭升 宋翠萍 谭磊 刘玮炜 孙英杰 丁铲 《中国动物传染病学报》 CAS 北大核心 2022年第5期50-59,共10页
CRISPR-Cas9已被广泛证实是高效强大的第三代基因编辑工具。高通量且系统无偏的靶向全基因组水平编辑技术的应用对充分理解基因功能具有重要的意义。基于CRISPR-Cas9技术的大规模筛选方法已在哺乳动物研究领域取得重要进展,尽管鸡全基... CRISPR-Cas9已被广泛证实是高效强大的第三代基因编辑工具。高通量且系统无偏的靶向全基因组水平编辑技术的应用对充分理解基因功能具有重要的意义。基于CRISPR-Cas9技术的大规模筛选方法已在哺乳动物研究领域取得重要进展,尽管鸡全基因组测序的工作已完成,但至今尚未有关于禽类CRISPR-Cas9文库的研究,严重限制了对其基因功能的解析。本研究利用CRISPR-Cas9技术构建鸡成纤维细胞系(DF-1)细胞全基因组敲除文库,并利用新城疫病毒(NDV)感染DF-1文库细胞,经过高通量测序筛选到sgRNA富集程度排名前10的影响NDV复制的关键宿主因子。该研究首次构建了鸡CRISPR-Cas9文库筛选模型,为进一步研究家禽免疫学、病毒学等提供强大高效的工具。 展开更多
关键词 crispr-cas9文库筛选 DF-1细胞 新城疫病毒 c-C基序趋化因子类26
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基于CRISPR/cas9文库筛选的慢病毒库包装方法研究 被引量：1
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作者 刘铁柱 李阿茜 +7 位作者 李乃哲 曲园园 李川 张全福 刘洋 李德新 梁米芳 王世文 《中华实验和临床病毒学杂志》 CAS CSCD 2019年第2期207-211,共5页
目的探讨基于CRISPR/cas9(Clustered regularly interspaced short palindromic repeat sequences/CRISPR-associated protein 9)文库筛选的慢病毒库包装优化条件。方法采用RT-PCR、酶联免疫吸附试验(ELISA法)和免疫荧光法,对不同质粒... 目的探讨基于CRISPR/cas9(Clustered regularly interspaced short palindromic repeat sequences/CRISPR-associated protein 9)文库筛选的慢病毒库包装优化条件。方法采用RT-PCR、酶联免疫吸附试验(ELISA法)和免疫荧光法,对不同质粒配比、不同收毒时间以及不同量的Lipofectamine 3000 reagent包装出的慢病毒滴度进行检测,最后通过高通量测序技术评价慢病毒库的sgRNA(single guide RNA,单链引导RNA)覆盖度和reads数分布。结果当质粒配比psPAX2∶pMD2.0G∶Lentivirus library=2∶1∶1时,慢病毒滴度较高;当加入Lipofectamine 3000 reagent的量为10 μl时,慢病毒滴度较高。两种情况,RT-PCR和ELISA法结果一致。免疫荧光显示,收毒时间为60 h时慢病毒滴度较高。经Ion Torrent高通量测序,按照本研究的最优条件包装出的慢病毒库覆盖度达99.3%,sgRNA的reads数符合正态分布。结论本研究探索了慢病毒库包装的优化条件,为下一步CRISPR/cas9文库筛选提供保证。 展开更多
关键词 crispr/cas9文库筛选 慢病毒库包装 高通量测序技术
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