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前列腺癌相关基因及功能的生物信息学分析 被引量:5
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作者 何宜宸 孙浩 +4 位作者 焦志敏 周洋 王诚悦 张金虎 陈兵海 《江苏大学学报(医学版)》 CAS 2019年第3期258-263,共6页
目的:利用生物信息学方法和体外实验,寻找前列腺癌发生的关键基因。方法:从GEO数据库下载基因芯片数据GSE60502,其中包括48例正常前列腺组织样本和47例前列腺癌组织样本。利用Morpheus(https:∥software.broadinstitute.org/morpheus/)... 目的:利用生物信息学方法和体外实验,寻找前列腺癌发生的关键基因。方法:从GEO数据库下载基因芯片数据GSE60502,其中包括48例正常前列腺组织样本和47例前列腺癌组织样本。利用Morpheus(https:∥software.broadinstitute.org/morpheus/)在线工具分析前列腺癌组织和正常前列腺组织的差异表达基因,然后使用GCBI(https:∥www.GCBI.com.cn)在线进行差异表达基因的基因本体富集论(gene ontology,GO)分析、Pathway分析,对同时参与GO分析和Pathway分析的差异基因取交集,构建基因共表达网络和基因相互作用网络。最后通过CCK8实验进行验证。结果:共筛选出6 903个表达差异的基因,差异最大的前15个基因中,有上调基因9个,下调基因6个,其中表达差异最大的基因为CRISP3。GO分析提示差异基因主要参与的分子生物学过程包括小分子代谢过程、信号转导、DNA依赖的转录过程、RNA聚合酶Ⅱ启动子转录的正调节等。Pathway分析提示差异基因主要参与的通路包括PI3K-Akt信号通路、代谢途径、MAPK信号通路以及Wnt信号通路等。CACNA1A基因位于共表达网络的核心位置,而ADCY5、PIK3CB基因位于基因相互作用网络的核心位置。体外CCK8实验证实下调CACNA1A表达可明显抑制前列腺癌细胞增殖能力。结论:CRISP3、CACNA1A、ADCY5、PIK3CB基因可能是影响前列腺癌发生的关键基因。 展开更多
关键词 生物信息学分析 前列腺癌 CACNA1A crisp3 ADCY5 PIK3CB
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CRISP3在宫颈癌分泌物与组织中的表达及临床意义 被引量:1
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作者 刘婷 吴东明 许颖 《现代肿瘤医学》 CAS 北大核心 2022年第1期107-111,共5页
目的:筛选宫颈癌诊断标志物,检测其在宫颈癌组织中的表达及临床意义。方法:从基因表达数据库(gene expression omnibus,GEO)中下载宫颈癌相关数据集,利用R语言对差异表达基因(differentially expressed genes,DEGs)进行筛选,酶联免疫法... 目的:筛选宫颈癌诊断标志物,检测其在宫颈癌组织中的表达及临床意义。方法:从基因表达数据库(gene expression omnibus,GEO)中下载宫颈癌相关数据集,利用R语言对差异表达基因(differentially expressed genes,DEGs)进行筛选,酶联免疫法检测其在宫颈癌血清中表达水平,PCR法检测其在宫颈癌分泌物中的表达情况,组织芯片上检测其在宫颈癌组织和正常组织中的表达情况,统计学分析其与临床特征的关系。结果:GEO数据库分析筛选出差异基因富含半胱氨酸分泌蛋白3(cystein-rich secretory protein 3,CRISP3),血清中CRISP3的表达,宫颈癌组与对照组相比无显著差异(P>0.05),宫颈分泌物中CRISP3表达在宫颈癌组显著降低(P<0.01),组织芯片中CRISP3在宫颈癌组中呈低表达(P<0.01),宫颈癌不同分期之间比较,Ⅰ期和Ⅱ-Ⅲ期差异有统计学意义(P<0.05)。结论:宫颈分泌物中CRISP3有可能作为宫颈癌诊断的潜在生物标志物之一。 展开更多
关键词 宫颈肿瘤 crisp3 基因表达 GEO 肿瘤标志物
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柯乐猪CRISP 3基因SNP鉴定及其对繁殖性状的影响
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作者 向进 王春源 +3 位作者 吴燕 谭元成 杨酸 张依裕 《浙江农业学报》 CSCD 北大核心 2024年第6期1270-1278,共9页
为分析富半胱氨酸的分泌蛋白3(cysteine rich secretory protein 3,CRISP3)基因单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)位点对柯乐猪繁殖性状的影响,采用Sanger测序法检测250头健康经产柯乐猪母猪CRISP 3基因的SNP突变位点... 为分析富半胱氨酸的分泌蛋白3(cysteine rich secretory protein 3,CRISP3)基因单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)位点对柯乐猪繁殖性状的影响,采用Sanger测序法检测250头健康经产柯乐猪母猪CRISP 3基因的SNP突变位点,利用SPSS 22.0软件分析SNP位点与柯乐猪产活仔猪数、初生窝重、初生均重、断奶窝重、断奶仔猪数和断奶均重6个指标的关联性。结果显示,在柯乐猪CRISP 3基因第4内含子共发现3个SNP突变位点,即g.43796318T>C、g.43796424T>A和g.43796425G>T,均存在3种基因型。g.43796318T>C和g.43796424T>A位点的优势基因型为TT,优势等位基因为T;g.43796425G>T位点的优势基因型为GG,优势等位基因为G。χ^(2)检验显示,g.43796318T>C位点基因型分布符合Hardy-Weinberg平衡状态(P>0.05);g.43796424T>A和g.43796425G>T位点基因型分布均极显著(P<0.01)偏离Hardy-Weinberg平衡状态。3个SNP位点的多态信息含量(PIC)为0.25~0.50,表现为中度多态。连锁不平衡分析显示,g.43796424T>A与g.43796425G>T之间存在强连锁不平衡。关联分析显示,g.43796318T>C位点TT和CC基因型个体的初生窝重和初生均重均显著(P<0.05)高于TC基因型;g.43796424T>A位点TA基因型个体的产活仔猪数、初生窝重和断奶仔猪数均显著(P<0.05)高于TT和AA基因型;g.43796425G>T位点GT基因型个体的产活仔猪数、初生窝重和断奶仔猪数均显著(P<0.05)高于GG和TT基因型。双倍型关联分析显示,双倍型H2H4(CCTAGT)个体的产活仔猪数、初生窝重、断奶仔猪数和断奶窝重显著(P<0.05)高于H1H2(TCTAGT)个体和H2H2(CCAATT)个体;双倍型H2H2(CCAATT)个体的初生均重显著(P<0.05)高于除H4H4(CCTTGG)个体外的其他个体,且其断奶均重显著(P<0.05)高于其他双倍型个体。CRISP 3基因第4内含子上的3个突变位点与柯乐猪的6个繁殖性状均存在显著关联,可作为柯乐猪繁殖性状选择的候选分子标记。 展开更多
关键词 柯乐猪 crisp 3基因 单核苷酸多态性 繁殖性状
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Growth inhibition mediated by PSP94 or CRISP-3 is prostate cancer cell line specific 被引量:3
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作者 Bhakti R. Pathak Ananya A. Breed Vaishali H. Nakhawa Dhanashree D. Jagtap Smita D. Mahale 《Asian Journal of Andrology》 SCIE CAS CSCD 2010年第5期677-689,共13页
The prostate secretory protein of 94 amino acids (PSP94) has been shown to interact with cysteine-rich secretory protein 3 (CRISP-3) in human seminal plasma. Interestingly, PSP94 expression is redaced or lost in t... The prostate secretory protein of 94 amino acids (PSP94) has been shown to interact with cysteine-rich secretory protein 3 (CRISP-3) in human seminal plasma. Interestingly, PSP94 expression is redaced or lost in the majority of the prostate tumours, whereas CRISP-3 expression is upregulated in prostate cancer compared with normal prostate tissue. To obtain a better understanding of the individual roles these proteins have in prostate tumourigenesis and the functional relevance of their interaction, we ectopically expressed either PSP94 or CRISP-3 alone or PSP94 along with CRISP-3 in three prostate cell lines (PC3, WPE1-NB26 and LNCaP) and performed growth inhibition assays. Reverse transcription-polymerase chain reaction and Western blot analysis were used to screen prostate cell lines for PSP94 and CRISP-3 expression. Mammalian expression constructs for human PSP94 and CRISP-3 were also generated and the expression, localization and secretion of recombinant protein were assayed by transfection followed by Western blot analysis and immunofluorescence assay. The effect that ectopic expression of PSP94 or CRISP-3 had on cell growth was studied by clonogenic survival assay follokving transfection. To evaluate the effects of coexpression of the two proteins, stable clones of PC3 that expressed PSP94 were generated. They were subsequently transfected with a CRISP-3 expression construct and subjected to clonogenic survival assay. Our results showed that PSP94 and CRISP-3 could each induce growth inhibition in a cell line specific manner. Although the growth of CRISP-3-positive cell lines was inhibited by PSP94, growth inhibition mediated by CRISP-3 was not affected by the presence or absence of PSP94. This suggests that CRISP-3 may participate in PSP94-independent activities during prostate tumourigenesis. 展开更多
关键词 β-microseminoprotein crisp-3 clonogenic survival assay LNCAP PC3 WPE1-NB26
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