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桃硬质性状可能源于PpYUC11基因启动子区域CACTA型转座子的插入 被引量：8
1
作者 曾文芳 丁义峰 +5 位作者 潘磊 王小贝 牛良 鲁振华 崔国朝 王志强 《果树学报》 CAS CSCD 北大核心 2017年第10期1239-1248,共10页
【目的】溶质(melting flesh,MF)型桃果实的成熟软化依赖于生长素诱导的乙烯合成相关基因的表达,硬质(stony-hard,SH)型桃不软化的原因是其在成熟期IAA的合成受阻导致乙烯不能正常释放。YUCCA编码类黄素单加氧酶(flavin monooxygenase-l... 【目的】溶质(melting flesh,MF)型桃果实的成熟软化依赖于生长素诱导的乙烯合成相关基因的表达,硬质(stony-hard,SH)型桃不软化的原因是其在成熟期IAA的合成受阻导致乙烯不能正常释放。YUCCA编码类黄素单加氧酶(flavin monooxygenase-like),催化吲哚丙酮酸合成IAA。前期研究发现,PpYUC11为控制桃SH肉质性状候选基因,笔者在此基础上继续探讨PpYUC11基因在溶质型和硬质型桃果实中差异表达的原因。【方法】采用实时荧光定量PCR分析其在果实和种子的表达特性,扩增SH和非SH型桃品种PpYUC11基因的上游区域,以期明确该基因在不同桃品种类型的序列特征及时空表达特征。【结果】PpYUC11基因在MF型桃果实成熟期果肉中的表达丰度高于其在SH型桃中的表达丰度,而在2种肉质类型种子中的表达基本没有差异,比较PpYUC11基因的上游调控区域的序列发现,SH型桃相比MF型桃,PpYUC11基因ATG上游约2.1 kb处存在大片段的插入。核苷酸比对发现该片段预测为CACTA型DNA转座子片段,同时基于转座子的标记可以明显区分SH和非SH类型,调控顺式元件分析表明PpYUC11启动子存在多种激素响应元件,其中在插入位点上游100 bp左右存在1个果实特异性元件,暗示该元件参与PpYUC11的组织特异性表达,而转座子的插入可能导致该元件不能与果实成熟相关的转录因子正常结合。【结论】桃SH肉质性状可能由CACTA型DNA转座子插入PpYUC11基因启动子区域所致,本试验不仅为后期选育和鉴定SH型品种提供了可靠的分子标记,同时为进一步解析SH型桃果实的突变机制奠定基础。 展开更多
关键词 桃 果实 硬质 cacta转座子 类黄素加氧酶
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植物CACTA转座子的研究进展(英文)
2
作者 田平芳 《Acta Genetica Sinica》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2006年第9期765-774,共10页
转座子是染色体上可移动的DNA序列,根据转座机制可将其分为:通过RNA中间体进行转座的逆转录座子(Retrotransposon)和通过DNA中间体进行转座的转座子(Transposon)。En/Spm家族转座子是后者中的一类,它的末端反向重复序列(Terminalinverte... 转座子是染色体上可移动的DNA序列,根据转座机制可将其分为:通过RNA中间体进行转座的逆转录座子(Retrotransposon)和通过DNA中间体进行转座的转座子(Transposon)。En/Spm家族转座子是后者中的一类,它的末端反向重复序列(Terminalinvertedrepeats,TIRs)具有保守的5个碱基CACTA,所以通常又称为CACTA转座子。除此之外,其靶位点一般为3bp的同向重复(Targetsiteduplication,TSD);亚末端区域分布着若干正向或反向的重复序列(Subterminrepeat,STR)。迄今为止,CACTA转座子仅发现于植物基因组。过去一直认为由于其相对保守的转座机制而拷贝较少,但最近研究发现,该因子多拷贝存在于某些禾本科植物基因组中。由于该家族在基因组中分布的广泛性,具有用作分子指纹的应用前景。本文就其结构、转座机制和应用前景等做一综述。 展开更多
关键词 cacta转座子 结构 转座 应用
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玉米CACTA型转座子携带宿主基因片段转移新功能的发现与特性分析
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作者 李青 李林 +2 位作者 戴景瑞 李建生 严建兵 《科学通报》 EI CAS CSCD 北大核心 2009年第2期177-186,共10页
携带宿主基因片段转座子的转座对基因组扩增、新基因产生具有重要作用.本研究以参与玉米维生素E合成的基因HGGT为例,采用生物信息学方法,寻找携带宿主基因片段转座子,并分析其特性.通过BLAST搜索和基因注释,发现了3个携带HGGT基因不同... 携带宿主基因片段转座子的转座对基因组扩增、新基因产生具有重要作用.本研究以参与玉米维生素E合成的基因HGGT为例,采用生物信息学方法,寻找携带宿主基因片段转座子,并分析其特性.通过BLAST搜索和基因注释,发现了3个携带HGGT基因不同部位片段的ENSPM2_ZM转座子.利用公共数据库,在玉米自交系B73基因组中发现了另外66个能携带宿主基因片段的转座子.这69个转座子分布在10条染色体上,平均长度为3689bp.其中,有9个转座子携带了2个来源的宿主基因片段.通过比对玉米EST数据库,发现至少13个转座子可以转录,且2个携带不同来源宿主基因片段的转座子具有融合转录的特征. 展开更多
关键词 cacta转座子 基因片段 基因组分布 嵌合转录本 玉米
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一个新的水稻TE的克隆及其与CACTA转座子结构的比较(英文)
4
作者 田平芳 王国栋 +2 位作者 李群 李德葆 何祖华 《浙江大学学报（农业与生命科学版）》 CAS CSCD 北大核心 2004年第2期133-140,共8页
对水稻受稻瘟病菌诱导的新因子 Rim2的基因组结构进行了研究 .以 Rim2 c DNA片段作探针 ,筛选水稻 BAC文库并对其亚克隆 ,获得了一个基因组 DNA克隆 Rim2 - 5 6 9.序列分析表明 ,Rim2 - 5 6 9序列具备 Class 2转座子的基本结构特征 .它... 对水稻受稻瘟病菌诱导的新因子 Rim2的基因组结构进行了研究 .以 Rim2 c DNA片段作探针 ,筛选水稻 BAC文库并对其亚克隆 ,获得了一个基因组 DNA克隆 Rim2 - 5 6 9.序列分析表明 ,Rim2 - 5 6 9序列具备 Class 2转座子的基本结构特征 .它两端具有完整的末端颠倒重复 (TIRs) ,若干正向和反向的亚末端重复 (STRs) ,以及插入位点 3bp的同向重复 .它 TIRs上的保守序列 CACTG有别于以往报道的 CACTA转座子 .该因子包含一个开读框 ,其预测蛋白与 CACTA转座子编码的 TNP2、TNPD等转座酶有低程度的同源性 .该因子没有能够编码类似 TNP1/ TNPA的 DNA结合蛋白的开读框 .Southern杂交显示 ,Rim2因子在多个不同起源的水稻品种上广泛存在 ,连同检索结果 ,证明该家族具有很多拷贝 .上述特点表明 ,该因子属于一个与 CACTA转座子有一定差异的新的转座子大家族 . 展开更多
关键词 水稻 TE 克隆 cacta转座子 基因组 稻瘟病菌 Rim2因子 分子结构
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