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家蚕全基因组启动子预测及基于芯片表达谱的精巢偏向表达启动子顺式元件分析
1
作者 查幸福 殷志明 +4 位作者 周春燕 李俊龙 张李颖 向仲怀 夏庆友 《蚕业科学》 CAS CSCD 北大核心 2014年第2期216-222,共7页
启动子是基因的重要组成部分,决定mRNA的转录,从而实现生物的有序发育过程。基于家蚕基因组和全长cDNA序列数据,鉴定了1 341条家蚕启动子序列。序列分析显示,在启动子-500~200 bp区间的GC、AT含量分别出现了1次和2次高峰值。TATA框(TATA... 启动子是基因的重要组成部分,决定mRNA的转录,从而实现生物的有序发育过程。基于家蚕基因组和全长cDNA序列数据,鉴定了1 341条家蚕启动子序列。序列分析显示,在启动子-500~200 bp区间的GC、AT含量分别出现了1次和2次高峰值。TATA框(TATA-box)、起始子(Inr)、CAAT框(CAAT-box)和GC框(GC-box)等元件分别在256、453、200、334个启动子中被鉴定出,前3种元件集中分布于启动子-500~200 bp区间,第4种元件主要分布在-1 600^-300 bp上游较远处。进一步利用家蚕芯片表达谱数据发现23个启动子为精巢偏向表达基因的启动子。顺式元件分析这些精巢偏向表达启动子中含有6个高频率基序(motif),其中3个motif在精巢偏向表达启动子中的出现频率显著高于对照组,暗示这3个motif在精巢偏向表达基因的转录调控中可能起着重要作用。 展开更多
关键词 家蚕基因组 启动子 结构特征 精巢偏向表达 顺式元件
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国际鳞翅目昆虫基因组筑波会议与中国家蚕基因组 被引量：9
2
作者 向仲怀 《蚕业科学》 CAS CSCD 2002年第4期271-272,共2页
首届国际鳞翅目昆虫基因组研讨会于 2 0 0 2年 9月在日本召开 ,来自 12个国家的 12 0名科学家就鳞翅目昆虫基因组的研究现状进行了广泛的交流 ,并正式成立了鳞翅目昆虫基因组国际筹划指导委员会 ,初步决定在2 0 0 4年前完成家蚕这一鳞... 首届国际鳞翅目昆虫基因组研讨会于 2 0 0 2年 9月在日本召开 ,来自 12个国家的 12 0名科学家就鳞翅目昆虫基因组的研究现状进行了广泛的交流 ,并正式成立了鳞翅目昆虫基因组国际筹划指导委员会 ,初步决定在2 0 0 4年前完成家蚕这一鳞翅目的模式昆虫的全基因组测序。我国作为世界蚕丝业中心 ,有关家蚕基因组的研究应如何对应 ?值得业内人士深思。 展开更多
关键词 鳞翅目昆虫 基因组 中国 家蚕 基因组计划
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家蚕线粒体基因组1.8kb片段的克隆及序列分析 被引量：4
3
作者 廖顺尧 刘运强 +2 位作者 鲁成 周泽扬 向仲怀 《蚕业科学》 CAS CSCD 2002年第1期26-30,共5页
克隆并测定了家蚕 (Bombyxmori)线粒体基因组 1781bp的EcoRⅠ和HindⅢ双酶切片段序列 ,根据序列同源性比较 ,推测该DNA片段包括 :ND1基因、16SrRNA基因 3′端、tRNALeu(UAG)基因和一个尚待确定的tRNA基因。家蚕与果蝇ND1基因序列同源性... 克隆并测定了家蚕 (Bombyxmori)线粒体基因组 1781bp的EcoRⅠ和HindⅢ双酶切片段序列 ,根据序列同源性比较 ,推测该DNA片段包括 :ND1基因、16SrRNA基因 3′端、tRNALeu(UAG)基因和一个尚待确定的tRNA基因。家蚕与果蝇ND1基因序列同源性约为 81 85 % ,16SrRNA基因 3′端序列同源性约为 74 5 %。在家蚕、果蝇、蜜蜂、蝗虫、卤虫和人 6个物种中 ,线粒体ND1编码的疏水性氨基酸比例较稳定 ,显示了ND1基因的保守性。对上述 6个物种ND1基因序列和 16SrRNA基因 3′端序列进行系统进化分析 ,构建了系统进化树。 展开更多
关键词 序列分析 家蚕 线粒体基因组 1.8kb片段 基因组成 基因结构 系统进化 基因克隆
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家蚕Osiris基因家族成员的系统进化与组织表达芯片分析 被引量：1
4
作者 胡文波 朱晓南 +6 位作者 刘春 程廷才 黄小凤 蒋礼 夏菊 张洁 夏庆友 《蚕业科学》 CAS CSCD 北大核心 2011年第1期26-32,共7页
昆虫特有基因对于维持昆虫特有的形态、行为及生活习性起关键作用,同时也是防治有害昆虫的靶标基因。基于家蚕基因组数据,对昆虫特有基因Osiris(Osi)家族进行了分析。通过同源比对,发现家蚕的Osi家族含有22个成员,其中21个基因串联分布... 昆虫特有基因对于维持昆虫特有的形态、行为及生活习性起关键作用,同时也是防治有害昆虫的靶标基因。基于家蚕基因组数据,对昆虫特有基因Osiris(Osi)家族进行了分析。通过同源比对,发现家蚕的Osi家族含有22个成员,其中21个基因串联分布在26号染色体,1个基因位于4号染色体。共线性分析发现,家蚕与黑腹果蝇有18个Osi基因表现为共线性关系。系统进化分析表明Osi基因家族是在昆虫物种分化前已形成的多基因家族,家蚕与果蝇的Osi家族亲缘关系相对较近。家蚕的4个Osi基因(BmOsi9-1、BmOsi9-3、BmOsi9-4和BmOsi9-5)聚成一个进化枝,且在基因组上呈串联分布,暗示其是在物种分化后通过基因复制产生的,属特有基因。结构域分析发现,家蚕Osi蛋白均含有一个功能未知的结构域DUF1676,是Osi基因家族的典型特征。组织芯片分析表明,BmOsi20和BmOsi17分别在家蚕5龄幼虫的中肠和精巢中特异性高量表达,BmO-si18和BmOsi9-1分别在马氏管和丝腺中特异表达。 展开更多
关键词 家蚕基因组 Osi基因家族 昆虫特有基因 共线性 蛋白结构域 系统进化 表达谱
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家蚕基因组中G四链体特征序列分布及关联基因的功能分析
5
作者 吴凤 相辉 冯启理 《蚕业科学》 CAS CSCD 北大核心 2018年第1期32-41,共10页
G-四链体（G-quadruplex,G4）是一种不同于双螺旋的特殊结构,由富含鸟嘌呤的DNA链在阳离子的参与下形成的四链DNA螺旋高级结构,在哺乳动物中被证明是具有重要生物学功能的表观遗传学元件。以鳞翅目模式昆虫家蚕（Bombyx mori）为对象,利... G-四链体（G-quadruplex,G4）是一种不同于双螺旋的特殊结构,由富含鸟嘌呤的DNA链在阳离子的参与下形成的四链DNA螺旋高级结构,在哺乳动物中被证明是具有重要生物学功能的表观遗传学元件。以鳞翅目模式昆虫家蚕（Bombyx mori）为对象,利用Quadparser程序,在家蚕全基因组范围预测G4结构,对其分布特征以及对其潜在调控基因的表达特性和功能的影响进行初步分析。在家蚕全基因组共预测到6 278个G4结构,其中有63.5%位于转座子区,35.3%分布在编码基因区。在基因的5＇端侧翼序列转录起始位点和3＇端转录终止位点附近都有相对明显的G4结构富集,暗示G4结构可能对于基因表达具有一定的调控作用。相对于基因组背景,上游含有G4结构的基因其编码区长度偏短,下游含有G4结构的基因其编码区则显著加长。上游含有G4结构的基因主要富集于核酸结合活性尤其是转录因子活性分子功能上,主要参与核酸代谢相关的调控过程,G4结构主要位于编码链;下游含G4结构的基因则主要富集于激酶和转移酶活性以及受体活性分子功能上,主要参与蛋白质加工及信号转导过程,G4结构主要位于模板链。上述结果提示G4结构位于基因上、下游所调控的靶基因有所分歧,作用机制可能也有所差异。结合家蚕基因组芯片数据分析发现,含有G4结构的基因没有明显的组织表达特异性,提示该类基因在广泛的生物学过程中均发挥作用。以上结果为后续深入研究该类表观遗传学结构在家蚕中的生物学功能提供了重要线索和参考依据。 展开更多
关键词 家蚕基因组 G-四链体 核酸代谢调控 信号转导
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利用RGR核酶结构拓展家蚕CRISPR基因组编辑系统的应用研究
6
作者 张启超 宋红生 +5 位作者 曾保胜 陈树清 许军 李芝倩 张忠杰 陈旭 《蚕业科学》 CAS CSCD 北大核心 2018年第2期226-232,共7页
针对目前家蚕基因组编辑平台在基因组特定位点的靶点选择、多靶点同时编辑等方面的技术瓶颈,利用家蚕卵巢培养细胞系（Bm N）验证含有双核酶结构的RGR（Ribozyme-gRNA-Ribozyme）在CRISPR/Cas9基因组编辑系统中的应用效果,用以拓展现有C... 针对目前家蚕基因组编辑平台在基因组特定位点的靶点选择、多靶点同时编辑等方面的技术瓶颈,利用家蚕卵巢培养细胞系（Bm N）验证含有双核酶结构的RGR（Ribozyme-gRNA-Ribozyme）在CRISPR/Cas9基因组编辑系统中的应用效果,用以拓展现有CRISPR/Cas9系统的靶点范围。研究结果显示,采用Cas9系统和Cpf1系统,RGR结构在Bm N细胞中具有良好的定点编辑效果,可成功实现对内源、外源靶基因序列的剪切,且对内外源基因具有高效编辑作用,表明RGR结构可应用于家蚕CRISPR/Cas9和CRISPR/Cpf1基因组编辑系统。利用RGR结构的自剪切功能不仅可以拓展家蚕基因组靶基因的范围,还为进一步实现多靶点编辑打下了基础。 展开更多
关键词 CRISPR/Cas9系统 CRISPR/Cpf1系统 RGR核酶结构 家蚕基因组编辑 家蚕卵巢培养细胞
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一种简便分离高质量家蚕基因组DNA的方法 被引量：11
7
作者 陈冬妹 林英 +3 位作者 王艳霞 杨瑜 代方银 夏庆友 《蚕学通讯》 2007年第2期5-9,共5页
本研究对传统的家蚕基因组提取方法进行了改进。改进方法无需研钵和液氮,将RNase与蛋白酶K同时加入剪碎的家蚕样品中消化处理,并利用旋转振荡培养箱旋转混匀和培育每步的样品。该方法减少了基因组DNA的损失,提高了工作效率,节约了成本... 本研究对传统的家蚕基因组提取方法进行了改进。改进方法无需研钵和液氮,将RNase与蛋白酶K同时加入剪碎的家蚕样品中消化处理,并利用旋转振荡培养箱旋转混匀和培育每步的样品。该方法减少了基因组DNA的损失,提高了工作效率,节约了成本。利用改进后的方法对不同家蚕品种的基因组DNA进行了提取和PCR扩增验证,结果表明提取的基因组DNA的质量、获得率、重复性都更好,能够满足家蚕分子生物学研究的需要。 展开更多
关键词 家蚕 基因组DNA 分离 方法
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