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大鼠肝再生启动阶段肝细胞CCAAT增强子结合蛋白α mRNA、微小RNA-144-3p和3种环状RNA的表达和作用 被引量:8
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作者 臧夏炎 王子慧 +4 位作者 李亚霏 郭建林 靳伟 常翠芳 徐存拴 《解剖学报》 CAS CSCD 北大核心 2021年第6期901-908,共8页
目的了解大鼠肝再生启动阶段CCAAT增强子结合蛋白α(CEBPα)mRNA、微小RNA(miR)-144-3p、rno-LOC100365958_0001、rno-Usp3_0010和rno-AC241873_0010调节肝细胞处于G_(0)期还是G_(1)期的途径和方法。方法按Higgins等方法制备大鼠2/3肝切... 目的了解大鼠肝再生启动阶段CCAAT增强子结合蛋白α(CEBPα)mRNA、微小RNA(miR)-144-3p、rno-LOC100365958_0001、rno-Usp3_0010和rno-AC241873_0010调节肝细胞处于G_(0)期还是G_(1)期的途径和方法。方法按Higgins等方法制备大鼠2/3肝切除(PH)模型,按Smedsrod等方法分离肝细胞,用大规模定量分析技术检测大鼠肝再生中肝细胞竞争性内源RNA(ceRNA)表达的变化,用Cytoscape 3.2软件构建ceRNA的相互作用网络,用ceRNA综合分析等方法解析它们表达的相关性和作用相关性。结果PH后0 h和6 h时,CEBPαmRNA的比值为4.88±0.78和1.12±0.27,miR-144-3p为1.30±0.11和2.97±0.81,rno-LOC100365958_0001为6.99±0.55和0.16±0.05,rnoUsp3_0010为8.48±0.67和0.13±0.01,rno-AC241873_0010为11.85±0.93和0.09±0.02。CEBPα促进的G_(0)期相关基因细胞周期蛋白依赖性激酶2相关蛋白2(CDK2AP2)为2.55±0.42和0.74±0.11,G_(0)/G_(1)开关2(G_(0)S2)为3.85±0.23和0.64±0.08,信号转导子和转录激活因子1(STAT1)为2.57±0.13和1.32±0.13,转化生长因子β受体2(TGFBR2)为2.77±0.20和0.79±0.13,抑制的G_(0)期相关基因细胞周期蛋白依赖性激酸酶抑制剂1a(CDKN1a)为0.39±0.07和0.93±0.15。CEBPα促进的G_(1)期相关基因细胞周期蛋白G2(CCNG2)为1.19±0.09和0.25±0.06,抑制的G_(1)期相关基因ETS变异转录因子6(ETV6)为0.77±0.05和2.22±0.68,血红蛋白加氧酶1(HMOX1)为1.05±0.21和4.57±0.88,MAPK14为1.01±0.15和2.01±0.32,STAT3为0.74±0.15和2.88±0.24,肿瘤坏死因子(TNF)为0.80±0.14和2.29±0.51。结论PH后0 h时,CEBPαmRNA上调,有利于CEBPα促进的G_(0)期相关基因表达和肝细胞处于G_(0)期。相反,PH后6 h时,rno-LOC100365958_0001、rno-Usp3_0010、rno-AC241873_0010和miR-144-3p的相互作用加强了后者对CEBPαmRNA的抑制,不利于CEBPα形成,有利于CEBPα抑制的G_(1)期相关基因表达和肝细胞处于G_(1)期。 展开更多
关键词 部分肝切除 肝再生 G_(0)期肝细胞 G_(1)期肝细胞 CCAAT增强子结合蛋白α 竞争性内源RNA综合分析 生物高通量检测 大鼠
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大鼠肝再生的肝细胞干性变化中性别决定区转录因子2 mRNA和其他非编码RNA的表达变化与作用
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作者 王子慧 郭建林 +6 位作者 臧夏炎 薛奇杰 林凯琳 张春博 韩璐 林俊堂 徐存拴 《解剖学报》 CAS CSCD 北大核心 2023年第2期202-207,共6页
目的了解大鼠肝再生(LR)0 h和2 h时性别决定区转录因子2(SOX2)基因及其mRNA相互作用的微小RNA(miRNA,miR)和环状RNA(circRNA)的表达变化、相互作用和调节肝细胞干性变化的途径与方式。方法按Higgins等方法制备大鼠2/3肝切除(partial hep... 目的了解大鼠肝再生(LR)0 h和2 h时性别决定区转录因子2(SOX2)基因及其mRNA相互作用的微小RNA(miRNA,miR)和环状RNA(circRNA)的表达变化、相互作用和调节肝细胞干性变化的途径与方式。方法按Higgins等方法制备大鼠2/3肝切除(partial hepatectomy,PH)模型,按Smedsrod等方法分离肝细胞,用大规模定量检测技术测定大鼠肝再生中肝细胞的mRNA、miRNA合称内源竞争RNA(ceRNA)的表达变化,用Cytoscape 3.2软件构建ceRNA的相互作用网,用ceRNA综合分析等方法解析它们的表达相关性和作用相关性。结果PH后0 h和2 h时,SOX2 mRNA的比值为1.00±0.09和2.15±0.48,miR-3558-3p为4.53±0.10和0.81±0.16,circRNA_18404为1.24±0.04和11.10±0.57,circRNA_18045为1.97±0.47和4.44±0.23。同时,PH后0 h时,SOX2促进的富含AT的交互域5A(ARID5A)、激活转录因子3(ATF3)、BTG抗增殖因子2(BTG2)等8个细胞去分化相关基因表达下调,抑制的细胞分化相关基因干扰素调节因子6(IRF6)和生长抑素(SST)表达上调。PH后2 h时,SOX2促进的ARID5A、ATF3、BTG2等8个细胞去分化相关基因表达上调,抑制的细胞分化相关基因SST表达下调、IRF6未发生有意义表达变化。结论上述circRNA抑制的miRNA、miRNA抑制的SOX2 mRNA以及SOX2调节的细胞干性相关基因的表达相关性和作用相关性有利于PH后0 h时肝细胞处于分化状态和PH后2 h时肝细胞处于干性状态。 展开更多
关键词 肝再生 肝细胞干性 性别决定区转录因子2 生物高通量检测 内源竞争RNA综合分析 大鼠
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大鼠肝再生终止阶段肝细胞CCAAT增强子结合蛋白α mRNA、微小RNA-144-3p和3种环状RNA的表达和作用
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作者 臧夏炎 王子慧 +4 位作者 高寒 郭建林 靳伟 常翠芳 徐存拴 《解剖学报》 CAS CSCD 北大核心 2021年第6期909-912,共4页
目的了解大鼠肝再生终止阶段CCAAT增强子结合蛋白α(CEBPα)mRNA、miR-144-3p、rnoLOC100365958_0001、rno-Usp3_0010和rno-AC241873_0010调节肝细胞进入G_(1)期的途径和方法。方法按Higgins等方法制备大鼠2/3肝切除(PH)模型,按Smedsro... 目的了解大鼠肝再生终止阶段CCAAT增强子结合蛋白α(CEBPα)mRNA、miR-144-3p、rnoLOC100365958_0001、rno-Usp3_0010和rno-AC241873_0010调节肝细胞进入G_(1)期的途径和方法。方法按Higgins等方法制备大鼠2/3肝切除(PH)模型,按Smedsrod等方法分离肝细胞,用大规模定量分析技术检测大鼠肝再生中肝细胞竞争性内源RNA(ceRNA)表达的变化,用Cytoscape 3.2软件构建ceRNA的相互作用网络,用ceRNA综合分析等方法解析它们表达的相关性和作用相关性。结果PH后6 h和72 h时,CEBPαmRNA的比值为1.12±0.27和2.52±0.15,miR-144-3p为2.97±0.81和0.99±0.36,rno-LOC100365958_0001为0.16±0.05和6.78±0.62,rnoUsp3_0010为0.13±0.01和7.61±0.69,rno-AC241873_0010为0.09±0.02和7.53±0.69。CEBPα促进的G_(1)期相关基因细胞周期蛋白G2(CCNG2)为0.25±0.06和1.10±0.22,抑制的G_(1)期相关基因ETS变异转录因子6(ETV6)为2.22±0.68和0.99±0.27,MAPK14为2.01±0.32和0.85±0.11,信号转导子和转录激活因子3(STAT3)为2.88±0.24和1.08±0.07,肿瘤坏死因子(TNF)为2.29±0.51和0.86±0.51。CEBPα促进的G_(0)期相关基因G_(0)/G_(2)期开关2(G_(0)S2)为0.64±0.08和4.71±0.91,磷脂酶A2-IVA(PLA2G4A)为0.42±0.13和2.83±0.62。结论PH后6 h时,rno-LOC100365958_0001、rno-Usp3_0010、rno-AC241873_0010和miR-144-3p的相互作用加强了后者对CEBPαmRNA的抑制,不利于CEBPα形成,有利于CEBPα抑制的G_(1)期相关基因表达和肝细胞处于G_(1)期。相反,PH后72 h时,CEBPαmRNA上调,有利于CEBPα促进G_(0)期相关基因表达和肝细胞处于G_(0)期。 展开更多
关键词 部分肝切除 肝再生 G_(0)期肝细胞 G_(1)期肝细胞 CCAAT增强子结合蛋白α 生物高通量检测 竞争性内源RNA综合分析 大鼠
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大鼠肝再生启动阶段肝细胞CCAAT增强子结合蛋白β mRNA、微小RNA-369-3p和rno-Rmdn2_0006的表达和作用
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作者 白格 王子慧 +5 位作者 宋亚萍 臧夏炎 李亚霏 叶丙雨 赵志虎 徐存拴 《解剖学报》 CAS CSCD 北大核心 2021年第6期913-916,共4页
目的了解大鼠肝再生启动阶段CCAAT增强子结合蛋白β(CEBPβ)mRNA、miR-369-3p和rnoRmdn2_0006调节肝细胞处于G_(0)期还是G_(1)期的途径和方法。方法按Higgins等方法制备大鼠2/3肝切除(PH)模型,按Smedsrod等方法分离肝细胞,用大规模定量... 目的了解大鼠肝再生启动阶段CCAAT增强子结合蛋白β(CEBPβ)mRNA、miR-369-3p和rnoRmdn2_0006调节肝细胞处于G_(0)期还是G_(1)期的途径和方法。方法按Higgins等方法制备大鼠2/3肝切除(PH)模型,按Smedsrod等方法分离肝细胞,用大规模定量分析技术检测大鼠肝再生中肝细胞竞争性内源RNA(ceRNA)表达的变化,用Cytoscape 3.2软件构建ceRNA的相互作用网络,用ceRNA综合分析等方法解析它们表达的相关性和作用相关性。结果PH后0 h和6 h时,CEBPβmRNA的比值为1.11±0.11和2.57±0.10,miR-136-3p为0.70±0.22和0.28±0.03,rno-Rmdn2_0006为1.26±0.34和2.62±0.70。CEBPβ促进的G_(0)期相关基因生长停滞和DNA损伤诱导型β(GADD45β)为0.12±0.09和2.50±0.44,细胞周期蛋白依赖性激酶抑制剂1A(CDKN1A)为0.39±0.07和0.93±0.15,抑制的G_(0)期相关基因细胞周期蛋白依赖性激酶2相关蛋白2(CDK2AP2)为2.55±0.42和0.74±0.11,信号转导子和转录激活因子1(STAT1)为2.57±0.13和1.32±0.13。CEBPβ促进的G_(1)期相关基因ETS变异转录因子6(ETV6)为0.77±0.05和2.22±0.68,血红蛋白加氧酶1(HMOX1)为1.05±0.21和4.57±0.88,丝裂原活化蛋白激酶14(MAPK14)为1.01±0.15和2.01±0.32,硫氧还蛋白相互作用蛋白(TXNIP)为1.03±0.07和2.50±0.19,抑制的G_(1)期相关基因红细胞衍生核因子2样蛋白2(NFE2L2)为0.66±0.09和0.35±0.05。结论PH后0 h时,CEBPβmRNA未上调,有利于CEBPβ抑制的G_(0)期相关基因表达和肝细胞处于G_(0)期。相反,PH后6 h时,rno-Rmdn2_0006和miR-369-3p通过相互作用解除了后者对CEBPβmRNA的抑制,有利于CEBPβ形成,有利于CEBPβ促进的G_(1)期相关基因表达和肝细胞处于G_(1)期。 展开更多
关键词 肝再生 G_(0)期肝细胞 G_(1)期肝细胞 CCAAT增强子结合蛋白β 竞争性内源RNA综合分析 生物高通量检测 大鼠
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大鼠肝再生启动阶段肝细胞CCAAT增强子结合蛋白δ mRNA、微小RNA-3553和rno-Acad8_0002的表达和作用
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作者 李亚霏 王子慧 +4 位作者 臧夏炎 靳伟 常翠芳 郭建林 徐存拴 《解剖学报》 CAS CSCD 北大核心 2021年第6期917-920,共4页
目的了解大鼠肝再生启动阶段CCAAT增强子结合蛋白δ(CEBPδ)mRNA、miR-3553和rno-Acad8_0002调节肝细胞处于G_(0)期还是G_(1)期的途径和方法。方法按Higgins等方法制备大鼠2/3肝切除(PH)模型,按Smedsrod等方法分离肝细胞,用大规模定量... 目的了解大鼠肝再生启动阶段CCAAT增强子结合蛋白δ(CEBPδ)mRNA、miR-3553和rno-Acad8_0002调节肝细胞处于G_(0)期还是G_(1)期的途径和方法。方法按Higgins等方法制备大鼠2/3肝切除(PH)模型,按Smedsrod等方法分离肝细胞,用大规模定量分析技术检测大鼠肝再生中肝细胞竞争性内源RNA(ceRNA)表达的变化,用Cytoscape 3.2软件构建ceRNA的相互作用网络,用ceRNA综合分析等方法解析它们表达和作用的相关性。结果PH后0 h和6 h时,CEBPδmRNA的比值为0.40±0.08和2.15±0.24,miR-3553为2.53±0.47和1.17±0.31,rno-Acad8_0002为1.24±0.04和2.66±0.54。CEBPδ抑制的G_(0)期相关基因转化生长因子β受体2(TGFBR2)为2.77±0.20和0.79±0.13,磷脂酶A2-IVA(PLA2G4A)为2.56±0.76和0.42±0.13。CEBPδ促进的G_(1)期相关基因纤溶酶原激活剂尿激酶受体(PLAUR)为0.27±0.08和2.62±0.31,丝裂原活化蛋白激酶14(MAPK14)为1.01±0.15和2.01±0.32,ETS变异转录因子6(ETV6)为0.77±0.05和2.22±0.68,血红蛋白加氧酶1(HMOX1)为1.05±0.21和4.57±0.88。结论PH后0 h时,CEBPδmRNA下调,有利于CEBPδ抑制的G_(0)期相关基因表达和肝细胞处于G_(0)期。相反,PH后6 h时,rno-Acad8_0002和miR-3553的相互作用解除了后者对CEBPδmRNA的抑制,有利于CEBPδ形成,有利于CEBPδ促进的G_(1)期相关基因表达和肝细胞处于G_(1)期。 展开更多
关键词 肝再生 G_(0)期肝细胞 G_(1)期肝细胞 CCAAT增强子结合蛋白δ 竞争性内源RNA综合分析 生物高通量检测 大鼠
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大鼠肝再生启动阶段肝细胞CCAAT增强子结合蛋白ζ mRNA、微小RNA-136-3p和4种环状RNA的表达和作用
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作者 高寒 王子慧 +4 位作者 臧夏炎 靳伟 常翠芳 郭建林 徐存拴 《解剖学报》 CAS CSCD 北大核心 2021年第6期921-924,共4页
目的了解大鼠肝再生启动阶段CCAAT增强子结合蛋白ζ(CEBPζ)mRNA、miR-136-3p、rno-Got1_0001、rno-Crebrf_0009、rno-Slc38a9_0001和rno-LOC100362999_0001调节肝细胞处于G_(0)期还是G_(1)期的途径和方法。方法按Higgins等方法制备大鼠... 目的了解大鼠肝再生启动阶段CCAAT增强子结合蛋白ζ(CEBPζ)mRNA、miR-136-3p、rno-Got1_0001、rno-Crebrf_0009、rno-Slc38a9_0001和rno-LOC100362999_0001调节肝细胞处于G_(0)期还是G_(1)期的途径和方法。方法按Higgins等方法制备大鼠2/3肝切除(PH)模型,按Smedsrod等方法分离肝细胞,用大规模定量分析技术检测大鼠肝再生中肝细胞的ceRNA表达变化,用Cytoscape 3.2软件构建竞争性内源RNA(ceRNA)的相互作用网络,用ceRNA综合分析等方法解析它们表达的相关性和作用相关性。结果PH后0 h和6 h时,CEBPζmRNA的比值为0.97±0.15和2.56±0.12,miR-136-3p为1.05±0.32和0.38±0.04,rno-Got1_0001为0.33±0.03和4.35±0.78,rnoCrebrf_0009为1.17±0.32和2.99±0.28,rno-Slc38a9_0001为0.67±0.08和2.64±0.29,rno-LOC100362999_0001为0.25±0.02和0.92±0.22。CEBPζ抑制的G_(0)期相关基因细胞周期蛋白依赖性激酶2相关蛋白2(CDK2AP2)为2.55±0.42和0.74±0.11,myb1膜运输蛋白的靶标(TOM1)为2.80±0.91和1.40±0.36,含缬草肽蛋白质(VCP)为2.63±0.17和1.10±0.10。CEBPζ促进的G_(1)期相关基因c AMP响应元件结合蛋白3样4(CREB3L4)为1.13±0.63和2.00±0.81,硫氧还蛋白相互作用蛋白(TXNIP)为1.03±0.07和2.50±0.19。结论PH后0 h时,CEBPζmRNA未上调,有利于CEBPζ抑制G_(0)期相关基因的表达和肝细胞处于G_(0)期。相反,PH后6 h时,rno-Got1_0001、rno-Crebrf_0009、rnoSlc38a9_0001、rno-LOC100362999_0001和miR-136-3p的相互作用解除了后者对CEBPζmRNA的抑制,有利于CEBPζ的形成,有利于CEBPζ促进G_(1)期相关基因的表达和肝细胞处于G_(1)期。 展开更多
关键词 肝再生 G_(0)期肝细胞 G_(1)期肝细胞 CCAAT增强子结合蛋白ζ 竞争性内源RNA综合分析 生物高通量检测 大鼠
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大鼠肝再生的肝细胞周期启动及终止中骨髓瘤基因mRNA与其他非编码RNA的表达变化与作用
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作者 薛奇杰 常翠芳 +6 位作者 王子慧 臧夏炎 林凯琳 张春博 韩璐 叶丙雨 徐存拴 《解剖学报》 CAS CSCD 北大核心 2023年第4期414-419,共6页
目的 了解大鼠肝再生(LR)0 h、6 h和72 h时骨髓瘤基因(MYC)及其mRNA相互作用的微小RNA(miRNA)和环状RNA(circRNA)调节肝细胞周期启动及终止的途径与方式。方法 按Higgins等方法制备大鼠2/3肝切除(PH)模型,按Smedsrod等方法分离肝细胞,... 目的 了解大鼠肝再生(LR)0 h、6 h和72 h时骨髓瘤基因(MYC)及其mRNA相互作用的微小RNA(miRNA)和环状RNA(circRNA)调节肝细胞周期启动及终止的途径与方式。方法 按Higgins等方法制备大鼠2/3肝切除(PH)模型,按Smedsrod等方法分离肝细胞,用大规模定量检测技术测定大鼠肝再生中肝细胞的mRNA、miRNA和circRNA[合称内源竞争RNA(ceRNA)]表达变化,用Cytoscape 3.2软件构建ceRNA的相互作用网,用ceRNA综合分析等方法解析它们的表达相关性和作用相关性。结果 在PH后肝细胞周期启动0~6 h间的0 h和6 h时,MYC mRNA的比值为0.15±0.03和2.36±0.2,miR-134-5p为3.22±0.61和0.08±0.02,circRNA_12112为0.68±0.21和13.35±3.53。同时,PH后0 h时,MYC促进的细胞周期启动相关基因Ras关联域家族成员1(RASSF1)、细胞周期蛋白依赖性激酶2(CDK2)、超氧化物歧化酶2(SOD2)表达下调,抑制的细胞周期启动相关基因嵌套蛋白(NES)、雷达21黏附复合物成分(RAD21)、CUE域包含2(CUEDC2)未发生有意义表达变化。PH后6 h时,MYC促进的细胞周期启动相关基因SOD2表达上调,抑制的细胞周期启动相关基因NES、RAD21、CUEDC2表达下调。相反,在细胞周期终止,即PH后72 h时,MYC mRNA的比值为0.30±0.10,miR-880-3p为0.54±0.01,circRNA_09599为0.54±0.16。同时,MYC促进的细胞周期终止相关基因肝细胞生长因子(HGF)表达上调,抑制的细胞周期终止相关基因MET原癌基因受体酪氨酸激酶(MET)和细胞周期蛋白依赖性激酶抑制剂1A(CDKN1A)表达下调。结论 上述circRNA抑制的miRNA、miRNA抑制的MYC mRNA以及MYC调节的细胞周期启动及终止相关基因的表达相关性和作用相关性有利于PH后6 h时肝细胞处于细胞周期启动状态和PH后72 h时肝细胞处于细胞周期终止状态。 展开更多
关键词 肝再生 肝细胞周期启动 肝细胞周期终止 生物高通量检测 大鼠
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大鼠肝再生的肝细胞凋亡中Kruppel样因子4 mRNA、微小RNA-881-3p、环状RNA_20298和环状RNA_14826的表达变化与作用
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作者 林凯琳 杨献光 +6 位作者 王子慧 臧夏炎 薛奇杰 韩璐 张春博 赵志虎 徐存拴 《解剖学报》 CAS CSCD 北大核心 2023年第4期420-424,共5页
目的 了解大鼠肝再生(LR)0 h和120 h时Kruppel样因子4(KLF4)基因及其mRNA相互作用的微小RNA(miRNA)和环状RNA(circRNA)的表达变化、相互作用和调节肝细胞凋亡的途径与方式。方法 按Higgins等方法制备大鼠2/3肝切除(PH)模型,按Smedsrod... 目的 了解大鼠肝再生(LR)0 h和120 h时Kruppel样因子4(KLF4)基因及其mRNA相互作用的微小RNA(miRNA)和环状RNA(circRNA)的表达变化、相互作用和调节肝细胞凋亡的途径与方式。方法 按Higgins等方法制备大鼠2/3肝切除(PH)模型,按Smedsrod等方法分离肝细胞,用大规模定量检测技术测定大鼠肝再生中肝细胞的mRNA、miRNA和circRNA合称内源竞争RNA(ceRNA)表达变化,用Cytoscape 3.2软件构建ceRNA的相互作用网络,用ceRNA综合分析等方法解析它们的表达相关性和作用相关性。结果 PH后0 h和120 h时,KLF4 mRNA的比值为1.00±0.16和3.14±0.27,miR-881-3p为18.30±1.44和0.47±0.02,circRNA_20298为0.32±0.10和4.24±0.22,circRNA_14826为0.42±0.13和0.61±0.08。同时,PH后0 h时,KLF4促进的肾上腺素受体β 2(ADRB2)、二甲基精氨酸二甲基氨基水解酶2(DDAH2)、膜联蛋白A5(ANXA5)等4个细胞凋亡相关基因表达下调,抑制的细胞凋亡相关基因突触核蛋白γ(synuclein gamma, SNCG)、谷胱甘肽二硫化物还原酶(GSR)、FYVE、RhoGEF和PH结构域包含4(FGD4)表达上调。PH后120 h时,KLF4促进的细胞凋亡相关基因ANXA5和胸腺素beta 10(TMSB10)表达上调,抑制的细胞凋亡相关基因氯化物细胞内通道4(CLIC4)和紫杉素3(ATXN3)表达下调。结论 上述circRNA抑制的miRNA、miRNA抑制的KLF4 mRNA以及KLF4调节的细胞凋亡相关基因的表达相关性和作用相关性有利于PH后0 h时肝细胞保持活性状态和PH后120 h时肝细胞处于凋亡状态。 展开更多
关键词 肝再生 Kruppel样因子4 生物高通量检测 内源竞争RNA综合分析 大鼠
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