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接种微生物菌剂对猪粪堆肥过程中细菌群落多样性的影响 被引量:36
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作者 解开治 徐培智 +5 位作者 张发宝 陈建生 唐拴虎 黄旭 严超 顾文杰 《应用生态学报》 CAS CSCD 北大核心 2009年第8期2012-2018,共7页
利用PCR-DGGE方法研究了接种外源微生物菌剂对鲜猪粪高温好氧堆肥过程中细菌群落多样性的影响.结果表明:接种外源微生物菌剂可以促进堆肥的顺利进行,比不接种处理的高温期提前2d.DGGE图谱分析表明,堆肥中优势细菌群落组成发生了明显的... 利用PCR-DGGE方法研究了接种外源微生物菌剂对鲜猪粪高温好氧堆肥过程中细菌群落多样性的影响.结果表明:接种外源微生物菌剂可以促进堆肥的顺利进行,比不接种处理的高温期提前2d.DGGE图谱分析表明,堆肥中优势细菌群落组成发生了明显的更迭现象,不同堆肥时期细菌群落的Shannon-Wiener指数呈显著差异.目的条带克隆测序结果表明,整个堆肥过程Clostridium stercorariumsub sp.thermolacticum sp.一直是优势菌属,不经培养细菌、Bacillus coagulans sp.、Clostridium thermocellumsp.在接种外源微生物菌剂处理的第10、16天成为优势菌属,不经培养的Firmicutes sp.和不经培养的deltaproteobacterium分别在未接种外源微生物菌剂处理堆肥发酵的第5天和第16天成为优势菌属.非优势菌属Ureibacillus thermosphaericus、不经培养的Silvimonas sp.出现在堆肥腐熟后期,不经培养的土壤细菌主要出现在堆肥初期和高温初期.UPGMC聚类分析表明,接种外源微生物菌剂明显影响了堆肥不同时期的细菌群落结构组成.堆肥化过程中细菌DGGE图谱主成分分析表明,细菌群落变化主要受外源接种微生物菌剂的影响. 展开更多
关键词 微生物菌剂 猪粪 好氧堆肥 细菌 群落多样性 变性梯度凝胶电泳(DGGE)
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东乡野生稻根际可培养细菌多样性及其植物促生活性分析 被引量:34
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作者 罗菲 汪涯 +3 位作者 曾庆桂 颜日明 张志斌 朱笃 《生物多样性》 CAS CSCD 北大核心 2011年第4期476-484,共9页
为了解江西东乡野生稻(Oryza rufipogon)不同生育期根际可培养细菌群落多样性动态,从中寻找新的具有植物促生活性的微生物资源,分别于2009年5月、8月和11月采集了东乡野生稻秧苗期、抽穗期和成熟期根际土壤,采用稀释平板法分离到118株... 为了解江西东乡野生稻(Oryza rufipogon)不同生育期根际可培养细菌群落多样性动态,从中寻找新的具有植物促生活性的微生物资源,分别于2009年5月、8月和11月采集了东乡野生稻秧苗期、抽穗期和成熟期根际土壤,采用稀释平板法分离到118株根际细菌,并检测了其植物促生活性。16S rRNA基因序列分析结合菌体形态观察表明:分离获得的118株细菌属于5大类群11个属20个种,其中29株(24.6%)属于变形菌门α亚群(α-Proteobacteria)、9株(7.6%)属于变形菌门β亚群(β-Proteobacteria)、37株(31.4%)属于变形菌门γ亚群(γ-Proteobacteria)、41株(34.7%)属于厚壁菌门(Firmicutes)、2株(1.7%)属于产水菌门(Aquificae)。芽孢杆菌属(Bacillus)、泛菌属(Pantoea)和鞘氨醇单胞菌属(Sphingomonas)的菌株数占优势。东乡野生稻根际可培养细菌多样性丰富,Shannon-Wiener指数为2.037–2.741,且细菌类群随水稻的生育期不同而改变。分离菌株的植物促生活性检测表明:东乡野生稻根际蕴含着丰富的固氮、溶磷、产IAA和分泌铁载体等生物活性细菌,其中泛菌属为优势根际促生细菌。此外,根际可培养细菌数量、促生细菌数量和植物促生活性等在东乡野生稻秧苗期开始升高,抽穗期到达高峰,成熟期下降。研究结果表明东乡野生稻根际土壤微生物多样性丰富,是根际促生细菌的重要资源库。 展开更多
关键词 ORYZA RUFIPOGON 根际细菌 可培养细菌 群落多样性 植物促生活性
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稻虾共作模式下稻田土壤氨氧化微生物丰度和群落结构的特征 被引量:32
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作者 王蓉 朱杰 +1 位作者 金涛 刘章勇 《植物营养与肥料学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第11期1887-1899,共13页
【目的】研究稻虾共作模式下土壤氨氧化微生物数量、群落多样性及群落结构,深入了解该模式下的土壤微生态环境的演变。【方法】试验点在湖北省荆州市长江大学农学院基地,设置稻虾共作模式(CR)与常规中稻种植模式(MR),借助荧光定量PCR技... 【目的】研究稻虾共作模式下土壤氨氧化微生物数量、群落多样性及群落结构,深入了解该模式下的土壤微生态环境的演变。【方法】试验点在湖北省荆州市长江大学农学院基地,设置稻虾共作模式(CR)与常规中稻种植模式(MR),借助荧光定量PCR技术与Illumina Miseq高通量测序平台,分析了土壤氨氧化细菌(AOB)与古菌(AOA)丰度、多样性及群落结构。【结果】与MR模式相比,CR模式显著提高了土壤硝态氮、总碳及总氮含量,对土壤p H、碱解氮及土壤碳氮比无显著影响。CR模式土壤AOA与AOB amo A基因拷贝数为3.13×10^5和7.01×10^5 copies/g干土,MR模式土壤AOA、AOB amoA基因拷贝数为1.41×10^5和3.87×10^5 copies/g干土,两个模式土壤AOB的数量均显著高于AOA,CR模式土壤AOA、AOB的数量均显著高于MR模式(P<0.05)。α群落多样性指数表明,相比MR,CR模式显著降低了土壤AOA群落多样性,对AOB群落多样性无显著影响。Venn结果分析,CR模式增加了AOA amoA基因的物种,改变了AOB amoA基因的物种组成,且AOB amoA物种数量下降。在属水平上,norank_c_environmental_samples_p_Thaumarchaeota、unclassified_k_norank_d_Archaea、norank_c_environmental_samples_p_Crenarchaeota、norank_p_environmental_samples_k_norank为AOA的优势类群,相对丰度占AOA amoA基因总序列的99.25%~99.46%,CR模式显著提高了norank_c_environmental_samples_p_Crenarchaeota在AOA群落属水平的相对丰度;unclassified_k_norank_d_Bacteria、norank_f_environmental_samples、norank_o_environmental_samples_c_Betaproteobacteria、unclassified_o_Nitrosomonadales为AOB的优势类群,相对丰度共占97.78%~98.49%,且CR模式显著增加了norank_o_environmental_samples_c_Betaproteobacteria与unclassified_o_Nitrosomonadales在AOB群落属水平的相对丰度。冗余分析(RDA)结果显示,土壤基本理化性质对于土壤AOA、AOB群落结构影响有着相似的趋势,其中对AOA、AOB群落结构影响最大的因子是硝态氮,其 展开更多
关键词 稻虾共作 氨氧化细菌 氨氧化古菌 微生物丰度 群落多样性 高通量测序
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厌氧氨氧化反应器脱氮性能及细菌群落多样性分析 被引量:28
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作者 曹雁 王桐屿 +2 位作者 秦玉洁 韩彬 任君怡 《环境科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2017年第4期1544-1550,共7页
采用提高进水NH_4^+-N和NO_2^--N浓度的方式将上流式厌氧过滤床(UBF)反应器的容积负荷由0.52 kg·(m^3·d)^(-1)增大至2.75 kg·(m^3·d)^(-1),NH_4^+-N、NO_2^--N和TN的去除率也相应地分别从76.18%、53.47%、55.66%增... 采用提高进水NH_4^+-N和NO_2^--N浓度的方式将上流式厌氧过滤床(UBF)反应器的容积负荷由0.52 kg·(m^3·d)^(-1)增大至2.75 kg·(m^3·d)^(-1),NH_4^+-N、NO_2^--N和TN的去除率也相应地分别从76.18%、53.47%、55.66%增大至94.04%、86.97%、82.96%.同时,采用Illumina高通量测序分析技术,对UBF厌氧氨氧化反应器内微生物的分布规律进行了研究.结果表明,反应器中的脱氮细菌较为丰富,其中变形菌门、浮霉菌门和硝化螺旋菌门分别占27.9%~39.9%、1.1%~26.4%和0.035%~0.188%.反应器运行过程中,反应器中的浮霉菌门Planctomycetes和变形菌门Proteobacteria分别由1.1%、27.9%增加至26.4%、39.9%.其中,浮霉菌门的丰度增大最为显著,其包含的Brocadiacea科达到了24.57%,成为优势菌群,Brocadiacea科主要包含Candidatus brocadia属.Alpha多样性指数和物种相对丰度聚类图分析表明反应器内微生物群落多样性逐渐减小,微生物群落结构产生了显著变化. 展开更多
关键词 上流式厌氧过滤床反应器 厌氧氨氧化 高通量测序 厌氧氨氧化菌 群落多样性
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嘉陵江滨岸带不同土地利用类型对土壤细菌群落多样性的影响 被引量:27
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作者 刘坤和 薛玉琴 +4 位作者 竹兰萍 徐飞 朱志豪 张拓 张富斌 《环境科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2022年第3期1620-1629,共10页
通过明确嘉陵江滨岸带不同土地利用土壤细菌群落多样性的差异,为嘉陵江流域合理的土地开发和资源保护提供理论参考依据.在四川段嘉陵江滨岸带选取自然林地、农业用地、泥土湿地和沙土湿地这4种土地利用类型设置样地,基于第二代高通量测... 通过明确嘉陵江滨岸带不同土地利用土壤细菌群落多样性的差异,为嘉陵江流域合理的土地开发和资源保护提供理论参考依据.在四川段嘉陵江滨岸带选取自然林地、农业用地、泥土湿地和沙土湿地这4种土地利用类型设置样地,基于第二代高通量测序技术研究不同土地利用类型土壤细菌群落的多样性、结构组成、功能类型及其影响因素.结果表明:(1)不同土地利用之间的土壤理化性质存在一定差异,农业用地和泥土湿地的各项营养指标显著高于自然林地和沙土湿地(P<0.05).(2)沙土湿地与泥土湿地的Ace、Shannon和Chao指数显著高于自然林地与农业用地(P<0.05),各土地利用类型土壤细菌的Simpson指数差异显著(P<0.05).(3)嘉陵江滨岸带土壤细菌的优势菌门为变形菌门(Proteobacteria)、放线菌门(Actinobacteriota)、酸杆菌门(Acidobacteriota)和绿弯菌门(Chloroflexi),相对丰度占比65%以上.沙土湿地与泥土湿地之间的群落结构相近,与其它土地利用类型的土壤细菌群落结构存在着显著差异(P<0.05).(4)一级功能新陈代谢是细菌群落的核心功能,占75%以上.农业活动对群落功能影响最大,显著提高了群落的氨基酸代谢和碳水化合物代谢功能,增强其对氮磷物质的利用,降低了能量代谢和辅酶维生素代谢功能,减弱细菌群落对环境影响的抗逆能力(P<0.05).(5)总磷(TP)是土壤细菌群落的关键影响因子.综上所述,嘉陵江滨岸带构建湿地生境最有利于地下生态多样性发展和土壤生态系统稳定性. 展开更多
关键词 土地利用类型 水分条件 土壤细菌 群落多样性 功能预测
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利用高通量测序分析云南豆豉中细菌群落多样性 被引量:23
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作者 李晓然 李洁 +2 位作者 刘晓峰 冯阳 柳陈坚 《食品与生物技术学报》 CAS CSCD 北大核心 2014年第2期137-142,共6页
发酵食品是人类饮食的重要组成之一,其中豆豉风味独特,富含多种生理活性物质。微生物在食品发酵过程中起着极为重要的作用。作者选择云南豆豉为研究对象,使用焦磷酸高通量测序,可以全面地分析豆豉中的细菌群落,能够得到其中稀少群落(rar... 发酵食品是人类饮食的重要组成之一,其中豆豉风味独特,富含多种生理活性物质。微生物在食品发酵过程中起着极为重要的作用。作者选择云南豆豉为研究对象,使用焦磷酸高通量测序,可以全面地分析豆豉中的细菌群落,能够得到其中稀少群落(rare biosphere)的信息。乳酸杆菌是丰度最高的细菌,占总序列数的72%,在豆豉发酵中起重要作用;芽孢杆菌也是重要的细菌,占序列总数的10%。此外,还发现了属于人类致病菌(Shigella flexneri)和植物病原菌(Erwinia persicina)的序列,显示出传统方法制作的豆豉中存在着食品安全隐患。 展开更多
关键词 发酵食品 细菌 群落多样性 乳酸菌
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松花江下游沿江湿地土地利用变化对土壤细菌群落多样性的影响 被引量:23
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作者 张拓 徐飞 +2 位作者 怀宝东 杨雪 隋文志 《环境科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2020年第9期4273-4283,共11页
本研究旨在明确生境质量变化对土壤细菌群落的影响,为松花江退化湿地选择科学的修复方法提供参考依据.于2018年使用Illumina MiSeq PE300第二代高通量测序平台对松花江下游的5种土地利用类型湿地(天然湿地、稻田地、玉米田、采砂迹地及... 本研究旨在明确生境质量变化对土壤细菌群落的影响,为松花江退化湿地选择科学的修复方法提供参考依据.于2018年使用Illumina MiSeq PE300第二代高通量测序平台对松花江下游的5种土地利用类型湿地(天然湿地、稻田地、玉米田、采砂迹地及恢复湿地)土壤细菌16S rDNA进行测序,分析不同土地利用类型土壤细菌群落多样性和功能的差异.结果表明:沿江湿地开垦为玉米田造成土壤细菌的Ace、Chao1和Shannon指数显著降低(P<0.05),采砂迹地的仿湿地修复使土壤细菌的Ace、Chao1和Shannon指数显著提高(P<0.05).天然湿地、稻田、玉米田和采砂迹地的土壤细菌群落结构差异显著(P<0.05),采砂迹地与恢复湿地的土壤细菌群落结构相似.沿江湿地土壤细菌划分为40门、105纲、258目、421科、802属和1673种,变形菌门、放线菌门、酸杆菌门、绿弯菌门、拟杆菌门、疣微菌门、厚壁菌门和芽单胞菌门为各样地共有的优势菌门(相对丰度>1%).相比之下,拟杆菌门偏好稻田土壤环境,变形菌门和芽单胞菌门偏好玉米田土壤环境,放线菌门偏好采砂迹地土壤环境.湿地土壤细菌具有新陈代谢、环境信息处理、遗传信息处理、细胞过程、人类疾病和有机系统这6类一级代谢通路、46类二级代谢通路和19类主要二级代谢通路(相对丰度>1%).土壤pH、含水量、碱解氮和碳氮比是沿江湿地土壤细菌群落多样性的主要影响因子.由此可见,改变沿江湿地土地用途降低了土壤生态系统稳定性,增加了湿地退化的潜在生态风险. 展开更多
关键词 沿江湿地 土地利用方式 土壤细菌 群落多样性 功能预测
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配施磷细菌肥对复垦土壤细菌多样性及磷有效性的影响 被引量:20
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作者 孟会生 洪坚平 +3 位作者 杨毅 王向英 李廷亮 栗丽 《应用生态学报》 CAS CSCD 北大核心 2016年第9期3016-3022,共7页
为了解磷细菌肥对复垦土壤微生物群落结构变化特征和磷有效性的影响,本研究以连续配施磷细菌肥5年的定位试验为背景,利用16Sr DNA基因序列测序方法对土壤细菌群落多样性进行分析,探讨土壤细菌群落与土壤Olsen-P、碱性磷酸酶的关系。试... 为了解磷细菌肥对复垦土壤微生物群落结构变化特征和磷有效性的影响,本研究以连续配施磷细菌肥5年的定位试验为背景,利用16Sr DNA基因序列测序方法对土壤细菌群落多样性进行分析,探讨土壤细菌群落与土壤Olsen-P、碱性磷酸酶的关系。试验共设对照、单施化肥、有机肥、有机肥化肥、化肥磷细菌肥、有机肥磷细菌肥和有机肥化肥磷细菌肥7个处理。结果表明:复垦土壤中放线菌门和变形菌门所占相对丰度最大,分别为21.6%~32.2%和13.8%~28.9%。有机肥化肥磷细菌肥处理的OTU数和Chao1指数分别为809和26190,均属最高。磷细菌肥处理能提高土壤的放线菌门和变形菌门的相对丰度,降低土壤中酸杆菌门、热袍菌门和硝化螺旋菌门的相对丰度,对诺卡氏菌属、屈挠杆菌属有一定的促进作用。有机肥化肥磷细菌肥处理能够提高复垦土壤Olsen-P及碱性磷酸酶活性。复垦土壤变形菌门与Olsen-P、碱性磷酸酶的相关系数最高(0.900、0.955),在一定程度上可以作为土壤磷有效性的灵敏性指标。 展开更多
关键词 磷细菌肥 复垦土壤 微生物群落多样性 OLSEN-P 碱性磷酸酶
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陕北沙化区3种主要植物根际土壤细菌多样性与土壤理化性质相关性分析 被引量:16
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作者 罗旦 陈吉祥 +3 位作者 程琳 李彦林 王永刚 周永涛 《干旱区资源与环境》 CSSCI CSCD 北大核心 2019年第3期151-157,共7页
柠条、沙柳和沙蒿是我国陕北生态脆弱区主要固沙植物,为研究其环境适应机制,用高通量测序技术研究了榆林沙化区3种主要固沙植物根际土壤细菌多样性及其与土壤理化性质相关性。发现非根际土壤细菌由22门组成,含量超过1%优势菌门主要为放... 柠条、沙柳和沙蒿是我国陕北生态脆弱区主要固沙植物,为研究其环境适应机制,用高通量测序技术研究了榆林沙化区3种主要固沙植物根际土壤细菌多样性及其与土壤理化性质相关性。发现非根际土壤细菌由22门组成,含量超过1%优势菌门主要为放线菌门(Actinobacteria)、变形菌门(Proteobacteria)、酸杆菌门(Acidobacteria)、厚壁菌门(Firmicutes)、拟杆菌门(Bacteroidetes)、绿弯菌门(Chloroflexi)、芽单胞菌门(Gemmatimonadetes)和浮霉菌门(Planctomycetes),占细菌总数96. 07%。柠条、沙柳和沙蒿根际土壤细菌群落分别由25、23和24门组成,含量超过1%优势菌门分别占细菌类群的94. 40%、95. 42%、95. 80%。其中,Thermotogae、Atribacteria、Lentisphaerae为柠条根际土壤所特有菌门;Caldiserica为沙蒿根际土壤特有菌门;BRC1类群为三种植物根际土壤共有菌门,在非根际土壤中未发现。非根际土壤、柠条、沙柳、沙蒿根际土壤细菌属分别为455、499、461和465。各优势菌门和属所占比例在不同植物根际土壤及其非根际土壤中存在明显差别。土壤细菌群落和主要理化性质存在显著相关性,其中全氮、速效氮、全磷和速效钾是影响土壤细菌丰富度主要因素。 展开更多
关键词 固沙植物 根际土壤 高通量测序 细菌群落 土壤理化性质
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沙化对高寒草地土壤碳、氮、酶活性及细菌多样性的影响 被引量:14
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作者 朱灵 李易 +1 位作者 杨婉秋 高永恒 《水土保持学报》 CSCD 北大核心 2021年第3期350-358,共9页
高寒草地沙化是青藏高原生态安全的严峻威胁,研究沙化过程中土壤碳氮和微生物变化有助于揭示驱动高寒草地沙化演替的生物学机制。以川西北沙化高寒草地为研究对象,分析了未沙化、轻度沙化、中度沙化和重度沙化程度下土壤碳氮、酶活性以... 高寒草地沙化是青藏高原生态安全的严峻威胁,研究沙化过程中土壤碳氮和微生物变化有助于揭示驱动高寒草地沙化演替的生物学机制。以川西北沙化高寒草地为研究对象,分析了未沙化、轻度沙化、中度沙化和重度沙化程度下土壤碳氮、酶活性以及细菌多样性的变化。结果表明:中度和重度沙化显著降低了土壤有机碳、溶解性有机碳、微生物量碳、全氮、可溶解性总氮、可溶解性有机氮、微生物量氮、硝态氮和铵态氮含量(P<0.05),但轻度沙化下的土壤有机碳、微生物量碳、硝态氮和铵态氮含量没有显著变化;土壤β-葡萄糖苷酶、蔗糖酶、几丁质酶、脲酶和过氧化物酶活性通常随沙化的加剧而降低,下降速率最大的阶段出现在轻度沙化向中度沙化过渡的阶段;土壤细菌多样性随着沙化的加剧先增加后降低,最高细菌多样性出现在轻度沙化阶段,但不同沙化程度下土壤细菌群落结构并无显著差异。冗余分析表明,土壤碳、氮、酶活性与细菌多样性呈正相关关系;主成分分析表明,土壤有机碳、微生物量氮、过氧化物酶和几丁质酶对土壤优势菌的影响最大。因此,在轻度沙化阶段及时采取治理措施更能有效阻止土壤性质的恶化,在沙化土壤恢复过程中还需要关注少数菌群的重建作用。 展开更多
关键词 草地沙化 土壤碳氮 土壤细菌 群落结构 青藏高原
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中条山铜尾矿坝面土壤细菌群落的结构特征 被引量:13
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作者 景炬辉 刘晋仙 +3 位作者 李毳 贾彤 王小云 柴宝峰 《应用与环境生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2017年第3期527-534,共8页
微生物在尾矿废弃地土壤发育、营养物质循环、有毒物质降解等生态恢复过程中发挥重要作用.采用Illumina Mi Seq测序的方法,分析中条山十八河尾矿废弃地不同恢复阶段(1-45年)的细菌群落结构,并结合植物群落、土壤理化性质和土壤酶活性,... 微生物在尾矿废弃地土壤发育、营养物质循环、有毒物质降解等生态恢复过程中发挥重要作用.采用Illumina Mi Seq测序的方法,分析中条山十八河尾矿废弃地不同恢复阶段(1-45年)的细菌群落结构,并结合植物群落、土壤理化性质和土壤酶活性,探讨细菌群落结构与功能变化的调控机制.结果表明,不同恢复年限的尾矿坝,土壤理化性质、土壤酶活性和植物群落结构发生梯度变化.在这一环境梯度下,不同恢复年限的细菌群落结构具有显著差异,其中优势细菌主要有变形菌门(Proteobacteria)、放线菌门(Actinobacteri)、厚壁菌门(Firmicutes)和拟杆菌门(Bacteroidetes).细菌群落组成与环境因子和植物群落多样性显著相关.细菌优势科的相对丰度主要与重金属(Cu、Mn、Pb、Zn)含量相关,鞘脂单胞菌科(Sphingomonadaceae)的相对丰度与重金属(Cd、Cu、Pb、Zn)含量极显著正相关.恢复45年、15年的土壤中细菌多样性最高,且群落组成相似,恢复1年的土壤中细菌丰度较高,而多样性最低.本研究表明,土壤理化因子、重金属含量和植物群落结构是造成土壤中细菌群落结构变化的关键因素;鞘脂单胞菌科对重金属具有一定的耐受性,因此可作为重金属污染区域生态恢复的理想菌种. 展开更多
关键词 铜尾矿地 微生物群落 植物群落多样性 环境因子 重金属 土壤酶
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松花江下游滨岸带典型植被根际土壤细菌群落结构与功能多样性 被引量:12
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作者 王露莹 孙慧珍 杨雪 《环境科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2022年第4期2182-2191,共10页
通过分析松花江典型植被(芦苇、白杨、松江柳和修氏苔草)根际土壤细菌群落结构与功能的差异,辨识不同类型植被修复受损滨岸带生境的潜力,为松花江受损滨岸带生境修复和保护提供理论依据.使用Illumina MiSeq PE300二代高通量测序平台对... 通过分析松花江典型植被(芦苇、白杨、松江柳和修氏苔草)根际土壤细菌群落结构与功能的差异,辨识不同类型植被修复受损滨岸带生境的潜力,为松花江受损滨岸带生境修复和保护提供理论依据.使用Illumina MiSeq PE300二代高通量测序平台对松花江下游滨岸带的4种典型植被根际土壤细菌16S rRNA进行测序,分析不同植被根际土壤细菌群落组成与功能的差异及其影响因素.结果表明,芦苇根际土壤细菌多样性的Ace、Chao1和Shannon指数显著高于白杨(P<0.05),与松江柳和修氏苔草的土壤细菌多样性差异不显著.主坐标轴分析和ANOSIM组间差异检验表明,白杨与其它植被根际土壤细菌群落结构差异显著(P<0.05),松江柳、修氏苔草和芦苇根际土壤细菌群落结构相近.4种典型植被根际土壤细菌共划分为38个菌门,其中,酸杆菌门(Acidobacteria)、放线菌门(Actinobacteria)、绿弯菌门(Chloroflexi)、疣微菌门(Verrucomicrobia)和变形菌门(Proteobacteria)为各样地共有的优势菌门(相对丰度>5%).硝化螺旋菌门(Nitrospirae)、芽单胞菌门(Gemmatimonadetes)、拟杆菌门(Bacteroidetes)、厚壁菌门(Firmicutes)和己科河菌门(Rokubacteria)的相对丰度均超过1%.4种典型植被根际土壤细菌群落包括6类一级代谢通路,43类二级代谢通路,其中主要的二级代谢通路(功能基因序列相对丰度>1%)包括14类.碳氮比、土壤pH和有机碳为影响不同植被根际土壤细菌多样性的关键环境因子.由此可见,不同植被在修复滨岸带生境中的效果具有一定差异,湿地植被(松江柳和修氏苔草)有利于土壤细菌多样性的提高和土壤生态系统功能的发挥. 展开更多
关键词 松花江 植被类型 土壤细菌 群落结构 功能预测
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NaCl胁迫对滨梅根际细菌群落多样性及优势菌群的影响 被引量:9
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作者 朱泓 王小敏 +2 位作者 黄涛 吴文龙 李维林 《南京林业大学学报(自然科学版)》 CAS CSCD 北大核心 2017年第4期49-54,共6页
【目的】研究盐胁迫下耐盐植物根际微生物群落变化情况。【方法】基于温室盆栽试验,结合植株生长测定、土壤理化性质分析、PCR-DGGE图谱技术、香农多样性分析、主成分分析等方法,研究NaCl(0、2.9、8.8 g/L)溶液胁迫下,耐盐果树滨梅根际... 【目的】研究盐胁迫下耐盐植物根际微生物群落变化情况。【方法】基于温室盆栽试验,结合植株生长测定、土壤理化性质分析、PCR-DGGE图谱技术、香农多样性分析、主成分分析等方法,研究NaCl(0、2.9、8.8 g/L)溶液胁迫下,耐盐果树滨梅根际和非根际土壤细菌多样性变化情况及变化规律,以及滨梅生长及土壤理化性质变化。【结果】盐胁迫60 d后,高浓度NaCl(8.8 g/L)溶液处理下滨梅根际土壤细菌16s rDNA序列变性梯度凝胶电泳(DGGE)图谱中的条带亮度、多样性指数、均匀度指数和丰富度指数最高,非根际土壤中的条带数明显减少,条带亮度变暗,丰富度指数最低。对DGGE谱带进行聚类分析发现,不同谱带间具有较高的相似性(>62%),其中根际盐处理试验组和根际对照组可聚为一类,非根际盐处理试验组可聚为一类,非根际对照组单独聚为一类。选择9条主要优势条带克隆测序,其中细菌类群为变形菌门、拟杆菌门、酸杆菌门和放线菌门。这些优势菌中除放线菌Candidatus属外,其他均对植物生长具有促进作用。对主要优势菌的变性梯度凝胶电泳(DGGE)图谱进行主成分(PCA)分析发现,非根际细菌与根际细菌在第一主成分上完全分离,非根际细菌均聚为一类,而根际细菌则按亲缘关系聚类。【结论】在耐盐果树滨梅正常生长时,一定程度的盐胁迫不但未能对根际土壤微生物群落造成伤害,反而起到一定的促进作用,这种促进作用体现为植株根系对有益细菌生长的保护和促进,以及对群落多样性的维持,而非根际土壤细菌的生长和群落多样性则受到了较为严重的伤害。 展开更多
关键词 滨梅 NACL胁迫 PCR-DGGE 土壤细菌 细菌群落多样性
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西沙野生诺尼内生细菌群落多样性初步研究 被引量:9
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作者 曹艳花 刘洋 +3 位作者 姚粟 李金霞 谭望桥 程池 《食品科学技术学报》 CAS 2014年第2期39-45,共7页
采用构建16S rDNA克隆文库方法,首次对我国海南永兴岛西沙野生诺尼果内生细菌的群落结构和多样性进行初步研究.首次采用Mothur软件对诺尼果内生细菌克隆文库数据进行分析,构建Mothur软件数据分析平台.构建的西沙野生诺尼果内生细菌16S r... 采用构建16S rDNA克隆文库方法,首次对我国海南永兴岛西沙野生诺尼果内生细菌的群落结构和多样性进行初步研究.首次采用Mothur软件对诺尼果内生细菌克隆文库数据进行分析,构建Mothur软件数据分析平台.构建的西沙野生诺尼果内生细菌16S rDNA克隆文库中,93个克隆分属于12个不同可操作分类单元(operational taxonomic units,OTU),序列比对结果表明大部分克隆与已知细菌16S rDNA序列相似性较高.分别属于变形菌门(Proteobacteria)的Alpha、Beta、Gamma亚群,放线菌门(Actinobacteria)和厚壁菌门(Firmicutes).水库杆菌属(Piscinibacter sp.)细菌为野生诺尼果内生细菌优势菌群.优势菌属分别为水库杆菌属(Piscinibacter sp.)为80.65%,蛋白胨菌属(Peptoniphilus sp.)和链球菌属(Streptococcus sp.)均为3.23%,甲基杆菌属(Methylobacterium sp.)为2.15%.研究结果表明西沙野生诺尼果中存在较为丰富的内生细菌资源,将为进一步研究奠定理论基础. 展开更多
关键词 西沙野生诺尼果 内生细菌 16S rDNA克隆文库 群落多样性
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某采油区石油污染土壤微生物群落特征研究 被引量:8
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作者 马会强 张洪林 +2 位作者 李爽 李长波 刘娜 《环境污染与防治》 CAS CSCD 北大核心 2011年第5期54-58,共5页
采用Biolog方法、最大或然数和主成分分析方法研究了某采油区污染场地及周围土壤的污染特征、微生物数量、微生物群落功能多样性以及相互作用关系。结果表明,土壤均一定程度受到石油污染,污染场地土壤呈现以萜类、姥鲛烷及植烷等难降解... 采用Biolog方法、最大或然数和主成分分析方法研究了某采油区污染场地及周围土壤的污染特征、微生物数量、微生物群落功能多样性以及相互作用关系。结果表明,土壤均一定程度受到石油污染,污染场地土壤呈现以萜类、姥鲛烷及植烷等难降解物质为主的污染特征,其土壤中微生物数量最多,总活菌数为1.73×1010个/g,石油烃降解菌数为7.50×106个/g;石油污染对微生物群落结构与功能多样性影响较大,污染严重土壤微生物群落代谢活性较强、群落结构丰富、种群数量及常见物种较多、均一性较好;石油污染土壤微生物群落结构存在一定相似性,根据主成分的变量系数得出,污染严重土壤微生物群落倾向利用羧酸和碳水化合物。 展开更多
关键词 石油烃 降解菌 Biolog方法 群落多样性
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番茄不同生态位内生菌的菌群结构组成和差异性分析 被引量:8
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作者 张婷 黎烨 +3 位作者 熊娟 许小红 蓝灿华 田宝玉 《基因组学与应用生物学》 CAS CSCD 北大核心 2020年第12期5558-5566,共9页
植物内生菌与其宿主在长期进化过程中形成一种共生或互生的关系,对植物的生长发育、病虫害防治、植物抗性、生物修复等方面都具有积极的作用。为了解植物不同生态位内生菌菌群组成和形成机制,本研究以番茄为材料,通过高通量测序解析番... 植物内生菌与其宿主在长期进化过程中形成一种共生或互生的关系,对植物的生长发育、病虫害防治、植物抗性、生物修复等方面都具有积极的作用。为了解植物不同生态位内生菌菌群组成和形成机制,本研究以番茄为材料,通过高通量测序解析番茄植株根、茎和叶3个不同生态位内生菌菌群组成与结构差异。收集番茄根、茎、叶组织样品分别消毒,并分别进行研磨破碎提取基因组DNA,检验合格后送交公司进行16S rDNA序列V5~V7可变区的Illumina Miseq测序和微生物多样性分析。结果表明,植物植株内不同生态位内生细菌菌群结构组成和多样性有一定的差异。其中,根内生菌优势菌群主要由Proteobacteria、Actinobacteria、Firmicutes等组成;茎的优势菌群包括Proteobacteria和Firmicutes等;而叶的优势菌群主要由Proteobacteria等组成。Proteobacteria是番茄根、茎、叶中共有的主要优势内生菌群,但其在3个不同生态位中所占比例大小明显不同。根内生菌具有更高的种群多样性,且与茎和叶相比具有明显的差异性。总体来讲,根和茎内生菌组成和多样性相似度更高,Venn图分析表明根和茎有更多的共有OTU,而根和叶都有较多的特有OTU,表明茎的菌群受根的影响较大,而根和叶的菌群组成有较高的独立性。 展开更多
关键词 生态位 植物内生菌 菌群多样性 细菌定殖 高通量测序
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水稻旱育壮秧的根际生态学特性分析 被引量:7
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作者 张志兴 林芸青 +3 位作者 戴沛良 李洲 李忠 林文雄 《中国生态农业学报》 CAS CSCD 北大核心 2015年第12期1552-1561,共10页
旱育秧是水稻高产栽培中的关键技术之一,具有省水、省种、省工、省肥、增产、早熟等特点。本研究采用大田试验,通过比较旱育秧与水育秧根际土壤生态因子及细菌群落多样性的变化,并结合地上部秧苗的形态特征,探讨旱育壮秧形成的根际生态... 旱育秧是水稻高产栽培中的关键技术之一,具有省水、省种、省工、省肥、增产、早熟等特点。本研究采用大田试验,通过比较旱育秧与水育秧根际土壤生态因子及细菌群落多样性的变化,并结合地上部秧苗的形态特征,探讨旱育壮秧形成的根际生态学特性。研究结果表明,旱育方式下秧苗株高较水育秧苗矮32.31%,但植株地上部干重、根长、根干重、根冠比、白根数分别提高3.02%、21.99%、18.93%、15.10%、200.00%。根际土壤生态因子监测表明,旱育秧土壤含水量为15%-17%;与水育秧相比,土壤p H降低7.94%,电导率提高244.62%,温度上升2-3℃。旱育秧根际土壤中的磷酸单酯酶、蔗糖酶、脲酶、过氧化氢酶、脱氢酶活性分别比水育秧高166.66%、518.85%、131.98%、102.70%、84.36%,但硝酸盐还原酶活性却下降72.95%,这有利于土壤物能转化,提高土壤养分的有效性,表现为土壤有机质、硝态氮、铵态氮、速效钾、有效磷含量分别比水育秧高89.27%、320.11%、56.95%、50.85%、184.75%。细菌16S r DNA测序表明旱育秧苗根际土壤细菌Chao1指数和香农指数显著高于水育秧。菌群分析发现,旱育栽培下变形菌门α-变形菌纲和γ-变形菌纲,拟杆菌门,绿弯菌门,硝化螺旋菌门,酸杆菌门,芽单胞菌门,浮霉菌门和放线菌门比例上升,而厚壁菌门,变形菌门β-变形菌纲的比例下降。对土壤细菌优势群落的功能分析发现,旱育秧能够显著促进根际与土壤养分转化密切相关的硝化细菌、固氮菌、氨氧化菌、光合细菌、解磷菌、解钾菌的繁殖。同时,旱育秧根际土壤中与根系生长密切相关的根际促生菌的数量也显著提高。可见,旱育秧栽培方式通过控制土壤中水分的含量,调控秧苗根际土壤p H、电导率和温度,改善土壤生态环境,增强了根际土壤中与营养转化循环相关的优势菌群的数量比例,进而有利于健壮秧苗的形成。 展开更多
关键词 水稻 旱育秧 根际土壤 生态因子 细菌 群落多样性
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不同活性污泥中菌群多样性及差异分析 被引量:7
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作者 闫来洪 张振冲 +1 位作者 郗丽君 梁文龙 《化学与生物工程》 CAS 2016年第8期57-62,共6页
采用Illumina MiSeq第二代深度高通量测序方法测定了5种不同活性污泥中的菌群多样性,通过稀释度曲线、丰度分布曲线、活性污泥中菌群组成分析、微生物群落的聚类树与条形图组合分析、主坐标分析(PCoA)等对5种不同活性污泥中的菌群差异... 采用Illumina MiSeq第二代深度高通量测序方法测定了5种不同活性污泥中的菌群多样性,通过稀释度曲线、丰度分布曲线、活性污泥中菌群组成分析、微生物群落的聚类树与条形图组合分析、主坐标分析(PCoA)等对5种不同活性污泥中的菌群差异进行了分析。结果表明,不同活性污泥中的优势细菌相似,但某些细菌的含量存在较大差异,如:正常污泥中浮霉状菌含量几乎是泡沫中的2倍,而正常污泥中放线菌含量不足泡沫中的一半;泡沫中WCHB1-60和Candidate division TM7的含量分别比正常污泥多1.3倍和3.2倍,而泡沫中硝化螺旋菌的含量仅仅是正常污泥中的1/5。表明,活性污泥中的菌群组成与环境相似度呈正相关,且细菌含量与活性污泥的状态密切相关。 展开更多
关键词 活性污泥 高通量测序 菌群多样性 差异
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模拟酸雨及氮沉降对马尾松林土壤细菌群落结构及其多样性的影响 被引量:3
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作者 王楠 钱少郁 +3 位作者 潘小承 陈一磊 白尚斌 徐飞 《环境科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2023年第4期2315-2324,共10页
通过分析酸雨和氮沉降对马尾松林土壤细菌群落结构及多样性的影响,探究马尾松林对环境胁迫的响应机制,为天目山国家自然保护区资源管理和保护提供理论参考依据.于2017~2021年在浙江省临安天目山国家级自然保护区设置4个酸雨和氮沉降模... 通过分析酸雨和氮沉降对马尾松林土壤细菌群落结构及多样性的影响,探究马尾松林对环境胁迫的响应机制,为天目山国家自然保护区资源管理和保护提供理论参考依据.于2017~2021年在浙江省临安天目山国家级自然保护区设置4个酸雨和氮沉降模拟梯度[即pH 5.5和0 kg·(hm^(2)·a)^(-1),CK;pH 4.5和30 kg·(hm^(2)·a)^(-1),T1;pH 3.5和60 kg·(hm^(2)·a)^(-1),T2;pH 2.5和120 kg·(hm^(2)·a)^(-1),T3].使用Illumina MiSeq PE300二代高通量测序平台对4种处理土壤细菌16S rDNA进行测序,分析不同处理土壤细菌群落组成和结构的差异及其影响因素.结果表明,酸雨和氮沉降显著降低了马尾松林土壤细菌α多样性(P<0.05).马尾松林土壤由36个门类的菌群组成,酸杆菌门(Acidobacteria)、变形菌门(Proteobacteria)、放线菌门(Actinobacteria)和绿弯菌门(Chloroflexi)为马尾松林土壤的主要细菌门类(相对丰度>1%).Flavobacterium、Nitrospira、Haliangium、Candidatus_Koribacter、Bryobacter、Occallatibacter、Acidipla、Singulisphaera、Pajaroellobacter和Acidothermus属相对丰度变化显著,可作为酸雨和氮沉降胁迫下土壤细菌群落变化指示种.土壤pH和总氮是土壤细菌群落多样性的两个主要影响因子.由此可见,酸雨及氮沉降降低马尾松林土壤细菌群落多样性,微生物多样性的损失将改变生态系统的功能,降低了生态系统的稳定性. 展开更多
关键词 酸雨 氮沉降 马尾松林 土壤细菌 群落结构
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西沙野生诺尼叶片内生菌的分离与初步鉴定 被引量:7
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作者 白飞荣 刘洋 +4 位作者 曹艳花 姚粟 李金霞 谭望桥 程池 《食品科学技术学报》 CAS 2015年第1期32-37,共6页
主要研究西沙群岛野生诺尼叶片中可培养内生菌的多样性。利用常规平板分离方法进行菌株分离。通过测定真菌核糖体基因翻译间隔序列(ITS序列)和细菌16S r DNA基因序列,结合系统发育研究对所分离菌株进行鉴定分析。共分离到32株内生菌,分... 主要研究西沙群岛野生诺尼叶片中可培养内生菌的多样性。利用常规平板分离方法进行菌株分离。通过测定真菌核糖体基因翻译间隔序列(ITS序列)和细菌16S r DNA基因序列,结合系统发育研究对所分离菌株进行鉴定分析。共分离到32株内生菌,分为19种。其中2种霉菌,共2株,分别属于炭层菌属(Nemania sp.)和毛壳菌属(Chaetomium sp.);细菌17种,共30株,分别属于芽孢杆菌属(Bacillus sp.)、赖氨酸芽孢杆菌属(Lysinibacillus sp.)、微球菌属(Micrococcus sp.)、土地芽孢杆菌属(Terribacillus sp.)、肠杆菌属(Enterobacter sp.)、黄单胞菌属(Xanthomonas sp.)、黄杆菌属(Flavobacterium sp.)等7个已知属,其中芽孢杆菌属(Bacillus sp.)为绝对优势属,共20株,11种。 展开更多
关键词 西沙野生诺尼叶片 内生细菌 群落多样性
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