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题名茶树BES1转录因子全基因组鉴定与分析
被引量：8
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作者
陈雪津
王鹏杰
郑玉成
陈笛
郭永春
叶乃兴
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机构
福建农林大学园艺学院茶学福建省高校重点实验室
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出处
《西北植物学报》
CAS
CSCD
北大核心
2019年第5期876-885,共10页
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基金
福建省“2011协同创新中心”中国乌龙茶产业协同创新中心专项(闽教科[2015]75号)
国家现代农业(茶叶)产业技术体系建设专项(CARS-19)
福建农林大学科技创新专项(CXZX2016117,CXZX2017181)
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文摘
植物特异性转录因子(BRI1-EMS-SUPPRESSOR1,BES1)家族参与调节油菜素内酯(brassinosteroids,BR)信号通路,在植物生长和应对非生物胁迫的反应中发挥重要作用。该研究利用生物信息学方法对茶树BES1转录因子家族进行鉴定,分析茶树CsBES1基因在8个茶树组织中的表达模式,并对CsBES1转录因子家族在低温、干旱及ABA激素处理下的表达进行分析,以揭示茶树CsBES1转录因子家族的功能及其对环境胁迫的响应。结果显示:(1)从茶树全基因组中鉴定获得10个茶树BES1转录因子家族成员,均具有完整的BES1_N结构域;根据系统进化关系将10个CsBES1转录因子家族分成3组,分别包含2个、3个和5个成员;该家族成员每个基因含有2~11个外显子。(2)组织表达模式分析显示,茶树BES1转录因子家族在生长活跃的茶树嫩梢和成熟叶中表达量较高,不同成员之间表达存在差异性。(3)上游启动子区域分析发现大量与植物激素和非生物胁迫响应相关的顺式作用元件。(4)荧光定量检测发现,BES1基因在茶树不同胁迫处理下的表达模式不同,在低温和脱落酸处理下,CsBES1-1、CsBES1-7、CsBES1-8和CsBES1-9基因的表达量显著提高,而在干旱处理下,CsBES1-2、CsBES1-4、CsBES1-5、CsBES1-6、CsBES1-7、CsBES1-8和CsBES1-9基因的表达量显著提高。
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关键词
茶树
bes1转录因子
系统进化
非生物胁迫
表达分析
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Keywords
Camellia sinensis
bes 1 transcription factors
phylogeny analysis
abiotic stress
expression analysis
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分类号
Q786
[生物学—分子生物学]
Q789
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题名白刺NtBES1转录因子家族的鉴定及分析
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作者
王丽蓉
杜萌
易丹
王博
杨鑫光
李毅
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机构
青海民族大学青海省特色经济植物高值化利用重点实验室
甘肃农业大学林学院
青海民族大学青藏高原生态环境研究所
青海民族大学青藏高原资源化学与生态环境保护国家民委重点实验室
青海民族大学土地资源勘测与规划实验室
青海民族大学青藏高原种质资源研究与利用实验室
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出处
《西北植物学报》
CAS
CSCD
北大核心
2023年第1期45-54,共10页
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基金
国家自然科学基金(31860118)
青海省自然科学基金(2021-ZJ-944Q)
+3 种基金
青海民族大学校级高层次人才项目(2018XJG07)
科技部对发展中国家常规性科技援助项目(KY202002011)
中央财政林业科技推广示范资金(17JR7WA018)
甘肃省林业科技创新与国际合作资金(GLC2019-418-8)。
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文摘
该研究基于白刺(Nitraria tangutorum)全长转录组数据,以白刺幼苗为材料,利用生物信息学手段,从转录组数据中鉴定白刺NtBES1家族成员,预测其理化性质、磷酸化位点、亚细胞定位,分析其保守结构域和系统进化关系;采用荧光定量PCR方法分析该家族基因在不同浓度PEG和NaCl处理下白刺叶片中的表达模式,为深入研究白刺NtBES1家族成员的功能以及白刺抗逆分子机理奠定基础。结果表明:(1)从白刺全长转录组中共鉴定出7个具有完整BES1_N保守结构域的NtBES1成员,分别命名为NtBES1-1~NtBES1-7。(2)NtBES1蛋白氨基酸数在86~422 aa之间,分子量在9.75~47.53 kD之间,等电点在5.29~10.22之间,不稳定指数范围在34.88~75.02之间,平均亲水系数均为负值。(3)亚细胞定位预测结果显示,NtBES1-6定位在细胞质中,其余6个成员均被定位在细胞核中。(4)系统发育树将7个成员分为3组,NtBES1-2、NtBES1-3和NtBES1-7为一组,NtBES1-1、NtBES1-5和NtBES1-6为一组,NtBES1-4单独为一组,且同组成员的结构、理化性质以及功能注释均相似。(5)经预实验筛选的表达水平较高的3个基因在胁迫下呈现不同的表达模式,其中:NtBES 1-2和NtBES 1-6仅在30%PEG胁迫2 h时表达上调;NtBES 1-2和NtBES 1-4在200 mmol/L NaCl处理2 h时表达量最高,在450 mmol/L NaCl处理12 h后3个基因的表达陆续开始上调,于24 h时表达量达到最高。研究认为,白刺NtBES1家族成员结构特征存在差异,且不同成员在白刺耐干旱和耐盐的过程中发挥不同的作用。
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关键词
bes1转录因子家族
白刺
生物信息学
表达模式
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Keywords
bes1 transcription factor family
Nitraria tangutorum
bioinformatics
expression pattern
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分类号
Q785
[生物学—分子生物学]
Q786
Q789
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