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玉米B3基因家族全基因组鉴定及表达模式
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作者 仝帧翰 张严玲 +6 位作者 王雷立 李安然 王闻琦 王盼盼 刘洪畅 刘青青 王翠玲 《草业科学》 CAS CSCD 北大核心 2023年第10期2556-2570,共15页
B3基因家族是植物中特有的转录因子家族,在植物生长发育及胁迫响应中有重要作用。为探究B3基因家族在玉米(Zea mays)中的基本信息及生长发育和逆境胁迫中的生物学功能,本研究对玉米全基因组B3家族成员进行鉴定并分析相关信息,依据转录... B3基因家族是植物中特有的转录因子家族,在植物生长发育及胁迫响应中有重要作用。为探究B3基因家族在玉米(Zea mays)中的基本信息及生长发育和逆境胁迫中的生物学功能,本研究对玉米全基因组B3家族成员进行鉴定并分析相关信息,依据转录组数据分析B3基因家族组织特异性表达及胁迫处理下的表达响应。结果显示,玉米B3基因家族包含88个成员,分为ABI、ARF、HSI、RAV和REM 5个亚家族,均含有B3结构域,同一个亚族成员的基因结构及保守基序(数量、类型)相似。分析发现,B3成员基因的启动子区域中均富含激素及逆境响应等功能元件。组织特异性表达分析结果显示,大部分B3基因在分生组织中优势表达。对B3家族成员在冷、热、盐、紫外和干旱这5种胁迫因子的响应表达分析显示,5个亚家族成员均可不同程度参与响应冷、热、盐、紫外和干旱胁迫因子,其中HSI亚家族中的所有成员均参与了对紫外胁迫因子的响应途径。以上结果阐明了B3基因家族在玉米全基因组中的分布、结构和系统发育特征,并依据玉米转录组数据,初步推测其在生长发育和胁迫应激响应中发挥重要作用,为深入研究B3基因家族在玉米中的功能与分子机制提供了数据基础。 展开更多
关键词 玉米 b3家族 生物信息学 系统进化分析 生长发育 非生物胁迫 表达分析
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水稻B3转录因子OsL1的生信分析及表达模式
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作者 李磊 邱牡丹 +8 位作者 董皓 沈泓 宋书锋 李懿星 王天抗 黎燕霞 张龙辉 李莉 王建龙 《分子植物育种》 CAS 北大核心 2021年第15期4880-4886,共7页
B3转录因子是植物特有的转录因子,与植物花形态建成、激素信号转导、种子生长发育及植物逆境胁迫响应密切相关。前期研究中,利用穗发育芯片筛选到一个OsL1基因。生物信息学分析发现,OsL1基因位于水稻4号染色体,基因全长4262 bp,编码433... B3转录因子是植物特有的转录因子,与植物花形态建成、激素信号转导、种子生长发育及植物逆境胁迫响应密切相关。前期研究中,利用穗发育芯片筛选到一个OsL1基因。生物信息学分析发现,OsL1基因位于水稻4号染色体,基因全长4262 bp,编码433个氨基酸,蛋白分子量为48.7 kD,序列比对和系统发育分析表明OsL1属于B3家族转录因子,不含信号肽剪切位点和跨膜结构域,亚细胞定位于细胞核。启动子序列分析发现,该基因启动子中含有8个光响应元件及部分激素响应元件。实时PCR分析发现OsL1在水稻根、茎、叶、和穗中均有表达,其中在根和穗发育7期表达量较高,进一步克隆OsL1启动子区域,构建pCAMBIA1301-OsL1-GUS表达载体,遗传转化并鉴定获得转基因植株,The previous study在水稻根、茎、叶、和穗中均检测到了GUS信号,表明OsL1属于组成型表达。以上结果为深入研究OsL1基因在水稻生长发育过程的生物学功能提供了科学依据。 展开更多
关键词 水稻 b3家族 亚细胞定位 表达模式
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拟南芥AT4G32010基因缺失突变体对非生物胁迫的响应 被引量:2
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作者 赵彦敏 瓮巧云 《湖北农业科学》 2018年第13期94-97,共4页
B3家族基因是植物中特有的转录因子,参与到植物生长发育、抗逆境胁迫等过程。拟南芥HSI基因(AT4G32010基因)是B3家族中成员之一。以拟南芥野生型和突变体hsi为材料,利用PCR和实时荧光定量PCR技术获得HSI基因表达量发生变化、纯合突变体... B3家族基因是植物中特有的转录因子,参与到植物生长发育、抗逆境胁迫等过程。拟南芥HSI基因(AT4G32010基因)是B3家族中成员之一。以拟南芥野生型和突变体hsi为材料,利用PCR和实时荧光定量PCR技术获得HSI基因表达量发生变化、纯合突变体。在模拟干旱和盐胁迫下,野生型和突变体his发芽率随甘露醇和盐浓度的增加而下降。同一浓度下,突变体hsi发芽率均低于野生型,两者之间差异明显。表明拟南芥HSI基因在种子发芽过程中起正调控作用。在模拟干旱和不同盐浓度胁迫下,野生型和突变体根长度差异不明显。表明该基因参与根的生长过程,关于其调控作用还需要进一步分析。 展开更多
关键词 拟南芥 b3家族基因 HSI基因 干旱胁迫 盐胁迫
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番茄B3超家族成员鉴定及生物信息学分析 被引量:8
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作者 孙亭亭 王大伟 +3 位作者 龚达平 陈乐 陈雅琼 孙玉合 《植物遗传资源学报》 CAS CSCD 北大核心 2015年第4期806-814,共9页
B3超家族是一类含有B3功能域(与DNA结合的高度保守结构域)的转录因子,在植物生长发育过程中起重要作用。本研究采用生物信息学的方法,利用Pfam中的B3保守结构域序列检索番茄(Solanum lycopersicum L.)蛋白序列,确定了97个B3超家族基因... B3超家族是一类含有B3功能域(与DNA结合的高度保守结构域)的转录因子,在植物生长发育过程中起重要作用。本研究采用生物信息学的方法,利用Pfam中的B3保守结构域序列检索番茄(Solanum lycopersicum L.)蛋白序列,确定了97个B3超家族基因。对番茄B3超家族成员进行了系统进化树分析、染色体定位、结构域分析、组织表达和诱导表达分析等。番茄B3超家族分为LAV、ARF、RAV和REM 4个亚家族,每个亚家族中的数量分别为4、22、9和62个,且在进化树中形成明显不同的分支,每个亚家族都进行了系统进化和结构域分析;番茄12条染色体都含有B3超家族基因;11个成员的表达模式表明,B3超家族同一亚家族成员也具有不同的时空表达模式;在干旱、盐和高温胁迫处理下,部分成员响应强烈并且响应不同的外界信号;而对于ABA处理响应非常弱。本研究将为B3基因超家族成员的生物学功能研究提供参考。 展开更多
关键词 番茄 b3家族 生物信息学
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陆地棉ARF与LAV家族成员鉴定及表达模式分析
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作者 孙旭 苏雪强 +4 位作者 樊洪泓 郭宁 高俊山 蔡永萍 林毅 《安徽农业大学学报》 CAS CSCD 2018年第2期337-348,共12页
为了了解B3超家族在棉花纤维发育及色素代谢过程中的作用,应用生物信息学的方法,对陆地棉B3超家族中的ARF和LAV亚族成员的序列特征、染色体定位、保守基序、基因结构、系统进化以及表达模式进行分析。结果表明,在陆地棉基因组中鉴定出49... 为了了解B3超家族在棉花纤维发育及色素代谢过程中的作用,应用生物信息学的方法,对陆地棉B3超家族中的ARF和LAV亚族成员的序列特征、染色体定位、保守基序、基因结构、系统进化以及表达模式进行分析。结果表明,在陆地棉基因组中鉴定出49个GhARF和8个GhLAV,通过表达模式分析表明,GhARF17、GhARF18、GhARF20、GhARF21、GhARF43、GhARF44、GhARF45、GhARF47、GhARF49以及GhLAV1、GhLAV3和GhLAV6在纤维不同发育时期的表达模式和纤维中原花青素含量变化趋势相符,推测可能参与纤维成色过程。 展开更多
关键词 陆地棉 b3家族 ARF和LAV家族 生物信息学 表达模式
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拟南芥B3转录因子基因超家族 被引量:9
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作者 罗光宇 叶玲飞 陈信波 《生命的化学》 CAS CSCD 2013年第3期287-293,共7页
B3类转录因子基因组成了植物所特有的B3基因超家族,按照其结构和功能的特征可将其进一步分为LAV(LEAFY COTYLEDON2[LEC2]–ABSCISIC ACID INSENSITIVE3[ABI3]–VAL)、ARF(AUXINRESPONSE FACTOR)、RAV(RELATED TO ABI3 and VP1)和REM(REP... B3类转录因子基因组成了植物所特有的B3基因超家族,按照其结构和功能的特征可将其进一步分为LAV(LEAFY COTYLEDON2[LEC2]–ABSCISIC ACID INSENSITIVE3[ABI3]–VAL)、ARF(AUXINRESPONSE FACTOR)、RAV(RELATED TO ABI3 and VP1)和REM(REPRODUCTIVE MERISTEM)等4个家族。B3基因超家族主要存在于裸子植物、苔藓和绿藻类植物中,并在植物逆境胁迫响应和生长发育过程中起着极其重要的作用。目前已在拟南芥中发现了118个B3类转录因子,本文综述了拟南芥中B3转录因子基因超家族的系统发育和功能鉴定方面的研究进展。 展开更多
关键词 拟南芥 b3基因超家族 转录因子
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