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中国部分鸡种B-G基因SNP和Indel 被引量：5
1
作者 吴允 毕榆林 +8 位作者 张扬 郭晓敏 李志腾 万方 朱鹏飞 徐璐 常国斌 徐琪 陈国宏 《浙江农业学报》 CSCD 北大核心 2016年第8期1338-1342,共5页
鸡的MHC基因家族中B-G基因与鸡抗病性有关,通过研究与抗病有关的B-G基因的多态性可以从根本上提高鸡抵抗疾病的能力,进而为抗病育种奠定基础。试验对25个鸡种基因组DNA进行目标捕获测序,以NCBI中Gallus gallus的B-G基因序列为参考,利用M... 鸡的MHC基因家族中B-G基因与鸡抗病性有关,通过研究与抗病有关的B-G基因的多态性可以从根本上提高鸡抵抗疾病的能力,进而为抗病育种奠定基础。试验对25个鸡种基因组DNA进行目标捕获测序,以NCBI中Gallus gallus的B-G基因序列为参考,利用MEGA6软件进行不同鸡种基因序列比对,分析B-G基因外显子和内含子中的SNPs和Indels以及氨基酸的变化,最后制作进化树。结果表明,25个鸡种中外显子存在8个SNPs、19个Indels,内含子有67个SNPs、327个Indels;同时氨基酸序列也呈现出相应的多态性,中国地方鸡种也表现出丰富的遗传多样性。来航鸡、仙居鸡、隐性白羽鸡的B-G基因存在丰富的多态性;来航鸡在进化树上单独为一类,藏鸡、文昌鸡由于地理位置因素也分别为单独一类;现代肉鸡中罗斯与隐性白羽鸡聚为一类;不同类型的中国地方鸡种间同源性较小。中国地方鸡种B-G基因存在多源性进化以及丰富的遗传多样性,进而产生抗病性差异。 展开更多
关键词 鸡 b-g基因 SNPS INDELS 进化树
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中国部分地方鸡种MHC B-G基因第二外显子的遗传多态性 被引量：3
2
作者 徐日福 李奎 +5 位作者 陈国宏 强巴央宗 张玉波 林丽 樊斌 刘榜 《动物学报》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2006年第1期160-169,共10页
根据鸡主要组织相容性复合体BG基因序列设计特异性引物,在9个中国地方鸡种和1个国外引进鸡种基因组中扩增了包括其第一内含子和第二外显子在内、长度为401bp的DNA片段。经PCRSSCP分型筛选后,对该片段的核苷酸序列进行克隆测序和直接PCR... 根据鸡主要组织相容性复合体BG基因序列设计特异性引物,在9个中国地方鸡种和1个国外引进鸡种基因组中扩增了包括其第一内含子和第二外显子在内、长度为401bp的DNA片段。经PCRSSCP分型筛选后,对该片段的核苷酸序列进行克隆测序和直接PCR测序及比对分析,发现了31个MHCBG新等位基因;各等位基因主型所含有的亚型数及其在不同品种间的分布极不均衡。第二外显子核苷酸序列和其所编码的MHCBG抗原类IgV结构域氨基酸序列比较表明,在中国地方鸡种BG基因第二外显子的207bp序列中有37个多态性变异位点,其中简约性信息位点29个,单个位点的变异8个;等位基因间的遗传变异范围0.0013-0.1433;各变异位点的核苷酸变异指数0.206-1.462。该编码区核苷酸的异义替换率为9.26%±1.92%,高于同义替换率2.34%±0.90%。所估计的核苷酸转换数和颠换数随着遗传距离的增加而逐渐增加,当核苷酸转换数和颠换数达到平衡后,该片段核苷酸转换数的增加幅度逐渐高于颠换数。在其所编码的类IgV结构域氨基酸序列中,多态变异位点有22个,其中简约性信息位点6个,单变异位点16个;所估测的等电点为8.45,疏水性氨基酸占40.3%,亲水性氨基酸占29.9%;该序列具有明显的疏水性特点。等位基因间的系统发生分析表明,31个BG等位基因分为两个群,相同主型的等位基因首先聚类。 展开更多
关键词 中国 地方鸡种 b—g基因 等位基因 遗传多态性
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鸡MHC基因B-G区域的生物信息学分析 被引量：2
3
作者 余春林 徐亚欧 +3 位作者 杜华锐 李小成 辅宏璞 蒋小松 《四川畜牧兽医》 2010年第5期26-28,共3页
根据鸡主要组织相容性复合体(MHC)基因B-G区域外显子2的序列设计引物,采用直接测序的方法对该区域(207bp)进行序列测定,并对所获得核苷酸序列进行生物信息学分析。结果显示:该片段中碱基T、C、A、G的平均含量分别为22.0%、19.8%、24.8%... 根据鸡主要组织相容性复合体(MHC)基因B-G区域外显子2的序列设计引物,采用直接测序的方法对该区域(207bp)进行序列测定,并对所获得核苷酸序列进行生物信息学分析。结果显示:该片段中碱基T、C、A、G的平均含量分别为22.0%、19.8%、24.8%、33.4%,C+G含量为53.2%,T+A含量为46.8%,C+G含量高于T+A含量;同时检测到27个核苷酸变异位点,导致14个氨基酸位点的变异;16条序列进行单倍型构建获得16种单倍型,单倍型多样度达到了高的多样水平。试验结果表明,鸡MHC-B-F基因外显子2的序列表现出了高度的多态性,而且其序列的多态性更多地表现在氨基酸水平上。 展开更多
关键词 MHC b—g基因 序列分析 鸡
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藏鸡MHC B-G基因第1、2外显子的遗传多态性分析 被引量：1
4
作者 商鹏 强巴央宗 +1 位作者 张浩 吕永磊 《四川畜牧兽医》 2009年第9期25-27,共3页
本研究根据NCBI上红色原鸡MHC(主要组织相容性复合物)B-G基因序列设计特异性引物,在藏鸡、白来航鸡、寿光鸡基因组中扩增出包含第一外显子、第二外显子在内的长度为1178bp的DNA特异性片段,并对该片段的核苷酸序列进行PCR测序及比对分析... 本研究根据NCBI上红色原鸡MHC(主要组织相容性复合物)B-G基因序列设计特异性引物,在藏鸡、白来航鸡、寿光鸡基因组中扩增出包含第一外显子、第二外显子在内的长度为1178bp的DNA特异性片段,并对该片段的核苷酸序列进行PCR测序及比对分析。结果发现:在MHC B-G基因的第1、2外显子上,藏鸡在177位存在突变点,由C→T;藏鸡在345位存在缺失现象,白来航鸡和寿光鸡都为C;藏鸡在511位存在突变点,由C→T;藏鸡在547位存在突变点,由T→C。 展开更多
关键词 藏鸡 b-g基因 1、2外显子 遗传多态性
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东北春麦区小麦品种(系)低分子量麦谷蛋白基因Glu-A3d和Glu-B3g的分子检测 被引量：5
5
作者 杨雪峰 宋维富 +4 位作者 张延滨 宋庆杰 张春利 辛文利 肖志敏 《黑龙江农业科学》 2016年第12期13-17,共5页
Glu-A3位点的Glu-A3d基因和Glu-B3位点的Glu-B3g基因是优质低分子量麦谷蛋白亚基(LMWGS)。为明确2个优质基因在东北春麦区小麦品种(系)中的分布情况,从而为强筋小麦育种和品质改良提供有用信息,利用Glu-A3d和Glu-B3g基因特异性STS标记... Glu-A3位点的Glu-A3d基因和Glu-B3位点的Glu-B3g基因是优质低分子量麦谷蛋白亚基(LMWGS)。为明确2个优质基因在东北春麦区小麦品种(系)中的分布情况,从而为强筋小麦育种和品质改良提供有用信息,利用Glu-A3d和Glu-B3g基因特异性STS标记检测了127份小麦品种(系)。结果表明:2个品种携带Glu-A3d基因,62个品种(系)携带优质基因Glu-B3g基因,占48.8%。 展开更多
关键词 小麦 glu-A3d基因 glu-b3g基因 分子标记辅助选择
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