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H9N2禽流感病毒血凝素蛋白的主要特性及B/T细胞抗原表位预测分析 被引量：9
1
作者 于娟 李红 +3 位作者 饶华祥 卢囡囡 雷有菊 赵生仓 《中国病原生物学杂志》 CSCD 北大核心 2018年第1期11-15,21,共6页
目的应用生物信息学方法分析人源和禽源H9N2禽流感病毒血凝素蛋白(hemagglutinin,HA)的主要特性,预测可能的B/T细胞抗原表位。方法以H9N2禽流感病毒HA蛋白的氨基酸序列一级结构为基础分析其保守性,采用ProtParam预测H9N2禽流感病毒HA蛋... 目的应用生物信息学方法分析人源和禽源H9N2禽流感病毒血凝素蛋白(hemagglutinin,HA)的主要特性,预测可能的B/T细胞抗原表位。方法以H9N2禽流感病毒HA蛋白的氨基酸序列一级结构为基础分析其保守性,采用ProtParam预测H9N2禽流感病毒HA蛋白的理化特性,SOPMA预测其二级结构,MotifScan预测翻译后修饰位点,DNAStar分析其序列的亲水性指数、柔韧性指数、可及性参数以及抗原指数并推测B细胞抗原表位的可能位置,采用SYFPEITHI的T细胞表位预测工具分别预测CTL和Th细胞表位。结果人源和禽源H9N2禽流感病毒HA蛋白氨基酸序列分别有90和75个变异位点,其中有38个突变位点与氨基酸置换均相同,有14个突变位点相同但氨基酸置换不同。人源和禽源毒株中还各有38和23个特异性突变位点。HA蛋白存在多个糖基化、酰胺化及磷酸化等翻译后修饰位点。除了蛋白激酶C磷酸化位点外,其他类型的翻译后修饰位点在人源和禽源毒株中均有一些变化。经综合各种单参数,HA蛋白均为亲水性蛋白。人源和禽源H9N2禽流感病毒HA蛋白含有4个B细胞表位,8个CTL细胞表位和6个Th细胞表位,以人源和禽源的B细胞和Th细胞表位差异较大,而CTL细胞表位有部分序列相同。结论人源和禽源H9N2禽流感病毒HA蛋白的氨基酸序列有一定差异,其B/T细胞抗原表位的不同,可为H9N2禽流感病毒疫苗的研制提参考。 展开更多
关键词 H9N2禽流感 血凝素蛋白(HA) b/t细胞表位 生物信息学
原文传递
人易感H10N8禽流感病毒血凝素蛋白主要特性及B/T细胞抗原表位预测分析
2
作者 于娟 李红 +3 位作者 饶华祥 卢囡囡 雷有菊 赵生仓 《医学动物防制》 2018年第4期311-314,共4页
目的应用生物信息学方法分析人H10N8禽流感病毒血凝素蛋白(hemagglutinin,HA)的主要特性,预测可能的B/T细胞抗原表位。方法采用Prot Param预测H10N8禽流感病毒HA蛋白的理化特性,SOPMA预测二级结构,Motif Scan预测翻译后修饰位点,DNASta... 目的应用生物信息学方法分析人H10N8禽流感病毒血凝素蛋白(hemagglutinin,HA)的主要特性,预测可能的B/T细胞抗原表位。方法采用Prot Param预测H10N8禽流感病毒HA蛋白的理化特性,SOPMA预测二级结构,Motif Scan预测翻译后修饰位点,DNAStar分析其序列的亲水性指数、柔韧性指数、可及性参数以及抗原指数,推测B细胞抗原表位的可能位置,并采用SYFPEITHI的T细胞表位预测工具分别预测CTL和Th细胞表位。结果人易感H10N8禽流感病毒HA为亲水性蛋白,二级结构中包含218个α-螺旋、108个β-片层、64个β-转角和171个无规卷曲,具有多个糖基化、酰胺化及磷酸化翻译后修饰位点。经综合各种参数,预测出H10N8禽流感病毒HA蛋白可能存在的7个B细胞抗原表位、7个CTL细胞表位和8个Th细胞表位。结论 HA蛋白B/T细胞抗原表位的预测为人易感H10N8染禽流感病毒的疫苗研制奠定了一定的基础。 展开更多
关键词 人 H10N8 血凝素蛋白(HA) b/t细胞表位 生物信息学
原文传递
MERS-CoV棘突蛋白主要特性及B/T细胞抗原表位预测分析
3
作者 于娟 李红 +4 位作者 卢囡囡 饶华祥 雷有菊 姜双应 赵生仓 《中国病原生物学杂志》 CSCD 北大核心 2017年第7期627-630,共4页
目的应用生物信息学方法分析中东呼吸综合征冠状病毒(Middle East respiratory syndrome coronavirus,MERS-CoV)棘突蛋白(Spike,S)的主要特性,预测可能的B/T细胞抗原表位。结果 MERS-CoV的S蛋白氨基酸序列基本保守,具有多个糖基化、酰... 目的应用生物信息学方法分析中东呼吸综合征冠状病毒(Middle East respiratory syndrome coronavirus,MERS-CoV)棘突蛋白(Spike,S)的主要特性,预测可能的B/T细胞抗原表位。结果 MERS-CoV的S蛋白氨基酸序列基本保守,具有多个糖基化、酰胺化及磷酸化翻译后修饰位点。综合各种单参数预测MERS-CoV S蛋白可能存在4个B细胞抗原表位、7个CTL细胞表位和5个Th细胞表位。方法以MERS-CoV S蛋白的氨基酸序列一级结构为基础分析其保守性,采用ProtParam预测S蛋白的理化特性,SOPMA预测其二级结构,MotifScan预测翻译后修饰位点,DNAStar分析其序列的亲水性指数、柔韧性指数、可及性参数以及抗原指数,推测B细胞抗原表位的可能位置,采用SYFPEITHI的T细胞表位预测工具预测CTL和Th细胞表位。结论生物信息学方法预测MERS-CoV S蛋白氨基酸保守序列,该蛋白可能含有B/T细胞抗原表位,为MERS-CoV疫苗研制及其他相关研究奠定了基础。 展开更多
关键词 MERS-CoV SPIKE蛋白 b/t细胞表位 生物信息学
原文传递
非洲猪瘟病毒Pig/HLJ/2018株CP2475L编码蛋白pp220的生物信息学分析 被引量：2
4
作者 曹乾大 戴碧红 +1 位作者 曹雪莲 杨旸 《猪业科学》 2021年第7期100-105,共6页
非洲猪瘟是世界动物卫生组织(OIE)的A类动物疫病,我国将其列为一类动物疫病,自2018年传入我国以来,对我国的养殖业造成巨大的冲击。pp220蛋白是非洲猪瘟病毒CP2475L基因编码的多聚蛋白前体,其经过酶解加工后形成病毒主要的结构蛋白。文... 非洲猪瘟是世界动物卫生组织(OIE)的A类动物疫病,我国将其列为一类动物疫病,自2018年传入我国以来,对我国的养殖业造成巨大的冲击。pp220蛋白是非洲猪瘟病毒CP2475L基因编码的多聚蛋白前体,其经过酶解加工后形成病毒主要的结构蛋白。文章从生物信息学角度分析了pp220蛋白的基本理化特性、跨膜区、信号肽、优势B、T细胞抗原表位和构建了基于pp220蛋白的遗传进化树,通过分析结果,文章对非洲猪瘟病毒的基础数据进行了补充,以期能为非洲猪瘟防控提供基础信息和指引。 展开更多
关键词 非洲猪瘟 CP2475L pp220 生物信息学 b、t细胞抗原表位 进化树
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1种有应用前景的猪瘟病毒多表位重组疫苗的研制
5
作者 Tian H 董晓云 《中国畜牧兽医》 CAS 北大核心 2014年第2期263-263,共1页
猪瘟(CSF)是一种高度传染性疾病,常导致病猪死亡,由黄病毒科瘟病毒属的猪瘟病毒(CSFV)引起。安全有效的CSF疫苗的开发是控制CSF大流行的关键,本研究介绍了1种串联重复多表位重组疫苗,可保护猪免受CSFV的侵害。其组成为包含有2拷贝E2糖... 猪瘟(CSF)是一种高度传染性疾病,常导致病猪死亡,由黄病毒科瘟病毒属的猪瘟病毒(CSFV)引起。安全有效的CSF疫苗的开发是控制CSF大流行的关键,本研究介绍了1种串联重复多表位重组疫苗,可保护猪免受CSFV的侵害。其组成为包含有2拷贝E2糖蛋白的693—707、241—276和770—781氨基酸残基及2拷贝非结构蛋白NS2-3的1446—1460氨基酸残基。在攻毒试验中,所有接种中国疫苗株(C株)的猪均被充分保护;而连续接种3次多表位重组疫苗后3/5的猪被保护(通过临床症状和病毒血症进行确诊)。结果表明,带有CSFV主要抗原表位的多表位重组疫苗可诱导产生高水平的特异性抗体,并在一定程度上具有和C疫苗株相似的保护能力。 展开更多
关键词 猪瘟病毒(CSFV) 抗原表位 b和t细胞表位 多表位
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