滇水金凤花距发育相关基因Aux/IAA的克隆及表达分析 被引量：1

1

作者 杨建园 童桢开 +4 位作者 闻永慧 汪琼 黄美娟 鄢波 黄海泉 《植物生理学报》 CAS CSCD 北大核心 2023年第5期899-908,共10页

Aux/IAA(Auxin/Indole-3-Acetic Acid)作为诱导植物主要生长素的关键基因,在植物生长发育、细胞分裂及伸长等方面发挥重要调控作用。为研究Aux/IAA基因在滇水金凤(Impatiens uliginosa)花距发育中的功能,本试验从滇水金凤中克隆出Aux/IA... Aux/IAA(Auxin/Indole-3-Acetic Acid)作为诱导植物主要生长素的关键基因,在植物生长发育、细胞分裂及伸长等方面发挥重要调控作用。为研究Aux/IAA基因在滇水金凤(Impatiens uliginosa)花距发育中的功能,本试验从滇水金凤中克隆出Aux/IAA基因的2个拷贝,分别命名IuIAA1和IuIAA2,其cDNA全长序列分别为648和564 bp,分别编码215和187个氨基酸;分析发现, IuIAA1和IuIAA2分别含2个和1个内含子,其长度分别为84和108 bp;IuIAA1和IuIAA2蛋白都是不稳定蛋白。氨基酸序列分析表明, IuIAA1蛋白具有Domain Ⅰ、Domain Ⅱ、Domain Ⅲ和Domain Ⅳ 4个完整的保守结构域,而IuIAA2蛋白则缺乏完整的Domain Ⅳ,但是2个Aux/IAA蛋白中均发现核定位信号(NLS)。系统进化分析表明, IuIAA1和IuIAA2均与拟南芥的IAA1/AXR5、IAA2、IAA3/SHY2和IAA4聚为1支,其亲缘关系较近。qRT-PCR分析发现, 2个Aux/IAA基因在花发育的檐部和距部均呈现先升后降的趋势,且在始花期表达量最高,花苞期表达量最低,推测2个Aux/IAA基因在距部和檐部的始花期促进了细胞的分裂和伸长,而在盛花期Aux/IAA基因表达减弱。在始花期和盛花期, 2个Aux/IAA基因在尖部、弯部、基部和檐部相对表达量呈逐渐上升趋势,且均以檐部相对表达量最高,尖部相对表达量最低,推测2个Aux/IAA基因在檐部的始花期和盛花期均促进了细胞的分裂和伸长;上述结果为进一步研究滇水金凤花距发育提供一定的基础理论。 展开更多

关键词 滇水金凤 花距发育 aux/iaa基因 基因克隆 表达分析

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落叶松LaIAA2基因的克隆及表达分析 被引量：2

2

作者 冯健 《辽宁林业科技》 2014年第6期14-18,共5页

以落叶松扦插生根率存在显著差异的2个优良全同胞无性系茎和根为材料,利用抑制消减杂交(SSH)技术构建正、反2个落叶松扦插生根过程差别表达cDNA文库。序列分析获得1个AUX/IAA基因片段。运用Race技术,成功获得这个Aux/IAA基因的全长。同... 以落叶松扦插生根率存在显著差异的2个优良全同胞无性系茎和根为材料,利用抑制消减杂交(SSH)技术构建正、反2个落叶松扦插生根过程差别表达cDNA文库。序列分析获得1个AUX/IAA基因片段。运用Race技术,成功获得这个Aux/IAA基因的全长。同时,运用实时定量PCR和半定量PCR技术分析这个基因的表达谱,结果表明:LaIAA2基因在茎中高表达,叶中低表达。在生长素处理后,LaIAA2基因表达明显增加,表明这个基因受生长素调控。 展开更多

关键词 落叶松 差别表达cDNA文库 aux/iaa基因

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白及Aux/IAA基因的鉴定及分析 被引量：1

3

作者 刘厚伯 李春 +5 位作者 李林 上官艳妮 黄恻隐 刘怡 郑明辉 徐德林 《植物资源与环境学报》 CAS CSCD 北大核心 2020年第3期11-18,共8页

基于白及〔Bletilla striata(Thunb.ex A.Murray)Rchb.f.〕的全转录组数据,采用生物信息学方法对白及Aux/IAA基因进行鉴定和序列分析,对白及Aux/IAA蛋白的一级和二级结构、基序、保守结构域、GO功能分类和KEGG富集结果进行分析,并对其... 基于白及〔Bletilla striata(Thunb.ex A.Murray)Rchb.f.〕的全转录组数据,采用生物信息学方法对白及Aux/IAA基因进行鉴定和序列分析,对白及Aux/IAA蛋白的一级和二级结构、基序、保守结构域、GO功能分类和KEGG富集结果进行分析,并对其与拟南芥〔Arabidopsis thaliana(Linn.)Heynh.〕和铁皮石斛(Dendrobium officinale Kimura et Migo)的Aux/IAA蛋白进行系统发育分析。结果表明:在白及的全转录组中共筛选出5个Aux/IAA基因,分别命名为BsAux/IAA1至BsAux/IAA5,开放阅读框(ORF)长度为492~2739 bp。5个BsAux/IAA蛋白的氨基酸残基数为163~912,理论相对分子质量为18172.97~101442.89,理论等电点为pI 4.40至pI 11.51,亚细胞定位于细胞核中,二级结构以α-螺旋和无规则卷曲为主。5个BsAux/IAA蛋白共有DomainⅠ、DomainⅡ、DomainⅢ和DomainⅣ4个完整的保守结构域,依次对应保守基序motif9、motif3、motif2和motif1。5个BsAux/IAA蛋白的功能均包括细胞组分、生物学过程和分子功能3个大类,并参与植物激素信号转导通路。系统发育分析结果表明:5个BsAux/IAA蛋白均属于GroupⅠ亚家族,并进一步分成a和b 2个亚群,其中,BsAux/IAA3、BsAux/IAA4和BsAux/IAA5属于a亚群,BsAux/IAA1和BsAux/IAA2属于b亚群;并且,BsAux/IAA1、BsAux/IAA2、BsAux/IAA4和BsAux/IAA5与铁皮石斛Aux/IAA的亲缘关系较近。研究结果显示:白及Aux/IAA蛋白具有一定的保守性,可能在细胞核中发挥作用,并具有组织特异性、发育依赖性和非生物胁迫应答性。 展开更多

关键词 白及 aux/iaa基因 基因鉴定 序列分析 系统发育分析

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柚AUX/IAA基因族的基因注释分析 被引量：1

4

作者 张敬虎 潘一山 +5 位作者 王少峰 邹金美 陈羡德 朱阳 蔡文燕 蓝炎阳 《福建热作科技》 2015年第4期5-11,共7页

以De novo转录组学方法分析柚Citrus grandis Osbeck cv.生长素/吲哚乙酸蛋白(auxin/indoleacetic acids protein,AUX/IAA)基因家族的基因。以特早熟龙柚(变异型)和琯溪蜜柚(参照型)嫩果和叶片为材料,经过RNA提取、反转录、测序、组装得... 以De novo转录组学方法分析柚Citrus grandis Osbeck cv.生长素/吲哚乙酸蛋白(auxin/indoleacetic acids protein,AUX/IAA)基因家族的基因。以特早熟龙柚(变异型)和琯溪蜜柚(参照型)嫩果和叶片为材料,经过RNA提取、反转录、测序、组装得到Unigene序列。Unigene序列在Nr、Swiss-Prot、KEGG和COG四大数据库中进行比对,获得AUX/IAA家族基因注释结果。采用数字基因表达标签(digital gene expression tag,DGE)技术,对样本中基因转录丰度以RPKM值表示,比较处理组和对照组的RPKM值,以倍性变化≥2确定差异表达基因(differentially expressed genes,DEGs)。从特早熟龙柚和琯溪蜜柚嫩果和叶片中,总共注释到17个AUX/IAA基因家族基因,它们都在特早熟龙柚和琯溪蜜柚嫩果和叶片中表达。其中在龙柚嫩果(FE)和蜜柚嫩果(FL)中有1个差异表达基因(序号:035781);在龙柚叶片(LE)和蜜柚叶片(LL)中有1个差异表达基因(序号:001808)。注释到的17个AUX/IAA基因家族基因各有14个在克莱门特柚Citrus clementina和中国甜橙Citrus sinensis报道过。 展开更多

关键词 柚Citrus grandis OSBECK cv. aux/iaa基因 差异表达基因(DEGs)

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高粱全基因组生长素原初响应基因Aux/IAA的序列特征分析 被引量：18

5

作者 王益军 吕燕萍 +2 位作者 谢秦 邓德祥 卞云龙 《作物学报》 CAS CSCD 北大核心 2010年第4期688-694,共7页

生长素在生物体的生长、发育与分化过程中发挥着重要作用。Aux/IAA基因家族在生长素诱导的早期做出响应,是生长素早期应答的三大基因家族之一。采用生物信息学的方法,对高粱全基因组Aux/IAA基因进行序列特征分析表明,高粱基因组中共有25... 生长素在生物体的生长、发育与分化过程中发挥着重要作用。Aux/IAA基因家族在生长素诱导的早期做出响应,是生长素早期应答的三大基因家族之一。采用生物信息学的方法,对高粱全基因组Aux/IAA基因进行序列特征分析表明,高粱基因组中共有25个Aux/IAA基因,分布于高粱9对染色体,在高粱第6号染色体上未发现Aux/IAA基因。序列比对与系统发生分析表明,22个(88%)高粱Aux/IAA蛋白具有4个保守结构域,19对高粱/玉米Aux/IAA蛋白、2对高粱/水稻Aux/IAA蛋白处于系统进化树的同一分支。该研究结果不仅有助于生长素信号转导通路的解析,而且可以为其他作物基因家族的研究提供参考。 展开更多

关键词 高粱 生长素 aux/iaa基因家族 比较基因组学

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香蕉Aux/IAA基因家族的全基因组鉴定及表达分析 被引量：16

6

作者 孙雪丽 刘范 +7 位作者 田娜 项蕾蕾 郝向阳 王云 彭丽云 王天池 程春振 赖钟雄 《园艺学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第10期1919-1935,共17页

对香蕉Aux/IAA基因家族进行了全基因组鉴定,获得分布于除1号染色体外的10条染色体上的44个家族成员,其CDS长度为378~1062 bp,其中10个存在选择性剪切体。它们编码的蛋白包含125~353个氨基酸,均为不含信号肽的亲水蛋白。序列分析结果表明... 对香蕉Aux/IAA基因家族进行了全基因组鉴定,获得分布于除1号染色体外的10条染色体上的44个家族成员,其CDS长度为378~1062 bp,其中10个存在选择性剪切体。它们编码的蛋白包含125~353个氨基酸,均为不含信号肽的亲水蛋白。序列分析结果表明:该基因家族成员多为5个外显子和4个内含子的基因结构,编码蛋白多具有4个典型的保守基序。亚细胞定位预测结果显示,Aux/IAA成员多定位于细胞核、细胞质和叶绿体,定位情况与保守结构域有一定相关性。MaIAA31是该家族中唯一预测有跨膜区域且亚细胞观察定位在胞外的成员。进化树分析结果显示,香蕉Aux/IAA可分为2大类8个亚组。顺式作用元件分析结果显示该家族成员启动子包含激素、光、非生物以及生物胁迫响应相关元件。通过分析部分成员在不同激素和逆境处理下的表达情况发现:MaIAA基因的表达受多因素调控,其中MaIAA27变化显著,MaIAA15响应干旱和盐胁迫,MaIAA25在热、低温和机械损伤胁迫下显著上调,暗示它们在香蕉响应这些逆境的过程中发挥作用。 展开更多

关键词 香蕉 aux/iaa基因家族 生物信息学 基因表达

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植物AUX/IAA基因家族研究进展 被引量：13

7

作者 李俊男 燕晓杰 +1 位作者 李枢航 张荣沭 《中国农学通报》 2018年第15期89-92,共4页

AUX/IAA是生长素早期响应基因家族,其编码的蛋白质能通过与生长素响应因子特异性结合来调控生长素响应基因的表达,在整个植物生长素信号转导过程中具有重要作用。为了深入研究生长素信号转导分子机制,本研究介绍了AUX/IAA基因家族的基... AUX/IAA是生长素早期响应基因家族,其编码的蛋白质能通过与生长素响应因子特异性结合来调控生长素响应基因的表达,在整个植物生长素信号转导过程中具有重要作用。为了深入研究生长素信号转导分子机制,本研究介绍了AUX/IAA基因家族的基因克隆、结构特征和组织表达特异性,概括了AUX/IAA基因家族的分子调控机制,总结了AUX/IAA基因的功能。最后对AUX/IAA基因家族未来的研究方向做了探讨。 展开更多

关键词 生长素 aux/iaa基因家族 信号转导 基因功能 调控机制

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粗山羊草全基因组Aux/IAA基因家族的分离、染色体定位及序列分析 被引量：9

8

作者 乔麟轶 李欣 +6 位作者 畅志坚 张晓军 詹海仙 郭慧娟 李建波 常建忠 郑军 《作物学报》 CAS CSCD 北大核心 2014年第12期2059-2069,共11页

生长素是植物生长发育过程中的关键激素之一,Aux/IAA家族基因是重要的生长素原初响应基因。通过生物信息学方法从粗山羊草(Aegilops tauschii)全基因组中分离出28个Aux/IAA基因,其中20个粗山羊草Aux/IAA蛋白具有4个保守结构域;28个Aux/... 生长素是植物生长发育过程中的关键激素之一,Aux/IAA家族基因是重要的生长素原初响应基因。通过生物信息学方法从粗山羊草(Aegilops tauschii)全基因组中分离出28个Aux/IAA基因,其中20个粗山羊草Aux/IAA蛋白具有4个保守结构域;28个Aux/IAA基因分布于全部7对染色体上,5个基因分别具有位于同一位点的已知标记。粗山羊草IAA3、IAA11和IAA26的表达具有组织特异性,分别在雌蕊、种子和根中特异表达。系统发育显示,11对粗山羊草-乌拉尔图小麦Aux/IAA蛋白、5对粗山羊草-大麦Aux/IAA蛋白直系同源。共线性分析表明,粗山羊草Aux/IAA基因与短柄草、水稻中同源基因具有很好的共线性。本研究分离的相关基因不仅可用于小麦的遗传改良,也为深入研究小麦Aux/IAA基因提供了信息。 展开更多

关键词 粗山羊草 生长素 aux/iaa基因家族 染色体定位 生物信息学

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芸薹属大白菜Aux/IAA基因家族的生物信息学分析 被引量：7

9

作者 郑小敏 赵敬会 +2 位作者 李荣冲 王瑞雪 张涛 《北方园艺》 CAS 北大核心 2012年第14期109-113,共5页

Aux/IAA基因家族在生长素诱导的早期做出响应,是生长素早期应答的3类基因家族之一。现主要从基因组水平研究白菜Aux/IAA基因的分布及特征。结果表明:从BRAD共检测到59条白菜Aux/IAA基因,不均等分布在白菜的全部10条染色体上。通过多重... Aux/IAA基因家族在生长素诱导的早期做出响应,是生长素早期应答的3类基因家族之一。现主要从基因组水平研究白菜Aux/IAA基因的分布及特征。结果表明:从BRAD共检测到59条白菜Aux/IAA基因,不均等分布在白菜的全部10条染色体上。通过多重比对和基序探测结果显示,40条白菜Aux/IAA基因具有4个保守基序,其它基因的保守基序则有不同程度的分化。系统进化分析表明,Aux/IAA基因家族可分为7个亚家族。通过表达模式预测发现,白菜Aux/IAA基因家族表达模式也有较大差异。 展开更多

关键词 芸薹属大白菜 生长素 aux/iaa基因家族 生物信息学分析

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辣椒Aux/IAA基因家族的鉴定与表达分析 被引量：6

10

作者 张帆 马艳青 +5 位作者 李雪峰 杨博智 郑井元 邹学校 谢玲玲 刘峰 《湖南农业大学学报（自然科学版）》 CAS CSCD 北大核心 2018年第6期597-606,共10页

采用生物信息学的方法,共鉴定出22个辣椒Aux/IAA基因,经聚类分析,将其分为A、B、C、D、E、F、G 7个亚族。这些基因非均匀地分布在辣椒7条染色体上,其中第3条染色体上分布最多,有8个Aux/IAA基因。这些基因在辣椒的根、茎、叶、花、花蕾... 采用生物信息学的方法,共鉴定出22个辣椒Aux/IAA基因,经聚类分析,将其分为A、B、C、D、E、F、G 7个亚族。这些基因非均匀地分布在辣椒7条染色体上,其中第3条染色体上分布最多,有8个Aux/IAA基因。这些基因在辣椒的根、茎、叶、花、花蕾以及果实各个发育时期的表达模式显示:Capana03g000310在每个组织的各个发育时期都能检测到表达,且表达量较高,呈现出明显的组成型表达模式。Capana00g002758只在根和茎中检测到表达,Capana03g000311和Capana06g001465只在花和果实中检测到有较高表达量,呈现出明显的特异型表达模式。以辣椒6421高世代自交系为试验材料,用30μmol/L脱落酸处理幼叶,采用qRT–PCR进行分析,结果表明:辣椒Capana00g002644和Capana01g001423的相对表达量高于对照,而Capana09g001096、Capana06g001308、Capana03g004455、Capana00g000845、Capana03g004568、Capana03g000244和Capana03g000310的相对表达量均低于对照,说明脱落酸胁迫可以对辣椒Aux/IAA部分基因产生明显的正向或负向诱导。 展开更多

关键词 辣椒 aux/iaa基因家族 脱落酸胁迫 基因表达

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桑树Aux/IAA基因家族鉴定与IBA处理下表达模式分析 被引量：1

11

作者 冯曦 豆浩 +2 位作者 孙佳佳 孙慧娟 毕会涛 《河南农业大学学报》 CAS CSCD 2023年第6期936-948,共13页

【目的】在全基因组范围内鉴定桑树Aux/IAA基因家族成员,并研究在IBA处理下对该家族基因表达模式的影响,为深入研究桑树Aux/IAA基因家族的功能提供依据。【方法】通过本地川桑全基因组数据对桑树Aux/IAA基因家族成员进行鉴定分析,包括... 【目的】在全基因组范围内鉴定桑树Aux/IAA基因家族成员,并研究在IBA处理下对该家族基因表达模式的影响,为深入研究桑树Aux/IAA基因家族的功能提供依据。【方法】通过本地川桑全基因组数据对桑树Aux/IAA基因家族成员进行鉴定分析,包括蛋白质理化性质分析、系统进化树构建、基因结构分析、蛋白质三级结构及蛋白互作关联分析、启动子顺式作用元件分析。并以“强桑1号”扦插枝为试验材料,对其进行1000 mg·L^(-1) IBA处理和清水对照处理,分析处理后10、20、30、40 d的MnAux/IAA基因家族的表达模式。【结果】MnAux/IAA基因家族共有51个成员,分为8个亚家族,AtIAA基因家族分布在其中6个亚家族中;51个基因家族成员均有外显子和内含子,仅有1个成员无UTR;顺式作用元件表明,MnAux/IAA基因家族对光、激素、逆境胁迫等都有相应的调控作用;蛋白质同族进化序列的基因结构相似度较高,但族间差异较大;IBA处理后,47个基因表达量会有不同程度的提升,而基因MnAux/IAA34、MnAux/IAA33、MnAux/IAA32在表达量上有较大程度的下降。【结论】MnAux/IAA基因家族功能相对稳定,在家族进化过程中无明显变化;IBA具有促进Aux/IAA基因表达的作用;MnAux/IAA34、MnAux/IAA33、MnAux/IAA32与AtARF2同源性较高,推测具有调控叶片衰老的作用。 展开更多

关键词 桑树 aux/iaa基因家族 进化分析 基因表达 生物信息学

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龙眼Aux/IAA基因家族全基因组鉴定及表达分析 被引量：5

12

作者 梁钒 张艺勇 +3 位作者 张梦媛 方庭 郑少泉 曾黎辉 《果树学报》 CAS CSCD 北大核心 2021年第11期1839-1853,共15页

【目的】Aux/IAA作为重要的生长素原初响应因子参与到植物的各个生长发育阶段。为了解Aux/IAA家族基因在龙眼花芽分化过程中的作用,对DlIAA基因家族进行全基因组鉴定和分析,并研究其在外源激素处理下的表达模式。【方法】利用生物信息... 【目的】Aux/IAA作为重要的生长素原初响应因子参与到植物的各个生长发育阶段。为了解Aux/IAA家族基因在龙眼花芽分化过程中的作用,对DlIAA基因家族进行全基因组鉴定和分析,并研究其在外源激素处理下的表达模式。【方法】利用生物信息学方法对Aux/IAA基因家族进行全基因组鉴定与分析,基于RNA-seq数据库分析DlIAA基因家族的表达,利用qRT-PCR探究DlIAA基因家族在龙眼花芽分化过程中和外源IAA处理下的表达情况。【结果】利用龙眼参考基因组数据,鉴定出18个DlIAA基因,依据龙眼、苹果、拟南芥和番茄之间的系统发育关系,可将进化树分为4大类7个亚族。结果表明,DlIAA基因家族与苹果具有较高的同源性,而与拟南芥、番茄的亲缘关系较远。基因结构和结构域中同一类群的不同DlIAA基因家族成员具有较高的相似度。启动子中顺式元件的分布表明,DlIAA基因表达不仅受生长素(AuxREs、TGA-element和TGA-box)的调节,还受其他激素和生长环境的调节。DlIAA基因家族在龙眼9个不同组织中表现出不同的表达模式,且部分DlIAA基因为组织特异性基因。通过对不同品种龙眼花芽的3个RNAseq数据库筛选发现,有5个候选基因(D1IAA2、D1IAA4、D1IAA7、D1IAA15和D1IAA17)均显示出较低的表达量,表明其功能与龙眼花芽分化可能存在一定的关系。进一步的qRT-PCR分析表明,DlIAA2和DlIAA17可能在开花诱导中起作用。DlIAA对外源IAA的反应结果表明,5个候选基因在100μmol·L^(-1) IAA处理下被不同程度地诱导表达,且在500μmol·L^(-1)浓度下均显著上调。【结论】转录组数据显示DlIAA基因参与了龙眼花芽分化过程,DlIAA2和DlIAA17可能在开花诱导中起作用。 展开更多

关键词 龙眼 aux/iaa基因家族 生物信息学 定量分析

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红花Aux/IAA基因家族鉴定及盐胁迫响应分析

13

作者 刘湘楠 胡祥祥 +2 位作者 乔梦燚 周丹宁 朱畇昊 《江苏农业科学》 北大核心 2024年第6期68-76,共9页

为了对红花Aux/IAA基因家族进行生物信息学分析,研究该基因在红花生长发育中的调控作用,利用生物信息学方法,在红花全基因组中鉴定出28个Aux/IAA基因。根据其与拟南芥Aux/IAA基因的系统发育关系,使用MEGA 7.0做出系统发育进化树。经理... 为了对红花Aux/IAA基因家族进行生物信息学分析,研究该基因在红花生长发育中的调控作用,利用生物信息学方法,在红花全基因组中鉴定出28个Aux/IAA基因。根据其与拟南芥Aux/IAA基因的系统发育关系,使用MEGA 7.0做出系统发育进化树。经理化性质分析,红花Aux/IAA蛋白为亲水性蛋白,且79%位于细胞核中,大多数红花Aux/IAA蛋白表现为偏酸性;经聚类分析,将红花Aux/IAA基因分为5个亚族。基因结构分析表明,所有基因均含有1~9个内含子。这些基因在红花的9条染色体上非均匀地分布,其中9号染色体上分布最多,有7个Aux/IAA基因。红花Aux/IAA基因在不同发育期及不同外源激素处理下表达量各不相同。对保守基序作图分析发现,大部分红花Aux/IAA蛋白具有4个共同的保守基序,分别为motif 1、motif 2、motif 3、motif 4,qRT-PCR结果表明,不同浓度盐胁迫处理24 h后,基因CtAux/IAA1相对表达量呈上调趋势,推测此基因可能与提高红花抗盐胁迫能力有关。本研究结果将有助于了解红花Aux/IAA基因家族在生长发育过程中的功能并筛选优良基因。 展开更多

关键词 红花 aux/iaa基因家族 生物信息学分析 盐胁迫

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香蕉Aux/IAA基因家族密码子偏好性分析 被引量：4

14

作者 孙雪丽 郝向阳 +7 位作者 李蓉 项蕾蕾 彭丽云 刘范 田娜 程春振 赖钟雄 王天池 《分子植物育种》 CAS CSCD 北大核心 2019年第8期2467-2475,共9页

通过对香蕉Aux/IAA (auxin/indole-3-acetic acid)基因家族密码子使用偏好性进行研究为进一步的功能研究尤其是异源表达验证提供参考。本研究采用CodonW、EMBOSS在线程序、SPSS和Origin软件分析了香蕉Aux/IAA基因家族的密码子使用偏好... 通过对香蕉Aux/IAA (auxin/indole-3-acetic acid)基因家族密码子使用偏好性进行研究为进一步的功能研究尤其是异源表达验证提供参考。本研究采用CodonW、EMBOSS在线程序、SPSS和Origin软件分析了香蕉Aux/IAA基因家族的密码子使用偏好性参数,并和香蕉基因组以及几种遗传转化再生体系成熟的模式植物基因组做了比较。结果表明:家族基因密码子偏好性较弱,偏好使用G或C,且以G或C结尾,与单子叶植物密码子偏好特性较为一致,UUG、GCA、GAC、GGA是该家族的最优密码子,具有偏好性的密码子和最优密码子与香蕉基因组差异较大。香蕉Aux/IAA基因家族密码子偏好性主要受突变压力影响。在密码子改造和优化的基础上,大肠杆菌原核表达系统适合作为该家族成员的异源表达系统,烟草可作为该家族基因遗传转化的受体。本研究结果有助于开展香蕉Aux/IAA基因家族的功能研究。 展开更多

关键词 香蕉 aux/iaa基因家族 密码子偏好性 基因功能研究

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三倍体枇杷坐果期内源激素测定及Aux/IAA基因家族表达分析 被引量：3

15

作者 彭宏燕 蒋朋飞 +3 位作者 李华 郭启高 梁国鲁 何桥 《西南大学学报（自然科学版）》 CAS CSCD 北大核心 2020年第9期40-49,共10页

将三倍体枇杷坐果期材料分为子房和其他部分,测定其4种内源植物激素的含量,并对6个Aux/IAA基因家族的时空表达特点进行了初步分析.结果表明:对于IAA来说,GA3处理后子房内IAA质量分数明显高于其他部分,并在处理后第5 d和第7 d出现了2个高... 将三倍体枇杷坐果期材料分为子房和其他部分,测定其4种内源植物激素的含量,并对6个Aux/IAA基因家族的时空表达特点进行了初步分析.结果表明:对于IAA来说,GA3处理后子房内IAA质量分数明显高于其他部分,并在处理后第5 d和第7 d出现了2个高峰,推测其质量分数升高可能与外源GA3处理有关,高质量分数的IAA替代受精作用从而诱导枇杷坐果.荧光定量PCR分析发现,GA3处理后6个基因的表达量都具有变化,IAA6,IAA8,IAA10在子房中的表达量明显高于其他部分,IAA9在子房和其他部分的表达量相当,IAA11和IAA20在子房中的表达量低于其他部分.此外,在外源GA3处理前期,子房中IAA9的表达量与内源IAA质量分数变化趋势一致,推测内源IAA质量分数升高,诱导IAA9表达上调,从而诱导枇杷果实坐果.IAA8在GA3处理3 d后表达量开始升高,并显著高于对照组,推测其功能可能与IAA9相似. 展开更多

关键词 枇杷 生长素 坐果 基因克隆 aux/iaa基因家族

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油棕Aux/IAA基因家族鉴定与生物信息学分析 被引量：3

16

作者 杨蒙迪 金龙飞 +3 位作者 周丽霞 窦雅静 曹红星 李新国 《分子植物育种》 CAS 北大核心 2021年第5期1451-1465,共15页

Aux/IAA基因家族是植物激素生长素(Auxin)早期反应的三大家族之一,研究Aux/IAA基因家族有利于深入探讨生长素信号转导分子机制,而油棕Aux/IAA基因家族的全基因组分析尚无报道。本研究利用生物信息学方法在油棕中鉴定到55个Aux/IAA家族基... Aux/IAA基因家族是植物激素生长素(Auxin)早期反应的三大家族之一,研究Aux/IAA基因家族有利于深入探讨生长素信号转导分子机制,而油棕Aux/IAA基因家族的全基因组分析尚无报道。本研究利用生物信息学方法在油棕中鉴定到55个Aux/IAA家族基因,染色体定位分析表明其中50个分布在油棕的除第5、第13、第14、第15染色体外的不同染色体上;聚类分析将油棕Aux/IAA分为A、B两大类群,8个亚族;分析油棕Aux/IAA基因的表达模式,表明其Aux/IAA基因家族不同亚族基因的表达模式存在较大差异,其中一些基因可能与油棕的授粉受精过程相关。本研究将为油棕Aux/IAA基因家族各基因的具体功能研究提供一定的理论依据,并对油棕育种研究和高产栽培提供一定的参考。 展开更多

关键词 油棕 aux/iaa基因家族 生物信息学

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芥蓝Aux/IAA家族基因生物信息学与表达分析 被引量：3

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作者 王尤轩 王梦雨 +4 位作者 李煜博 陶晗 夏楚楚 黄凯美 汪俏梅 《浙江大学学报（农业与生命科学版）》 CAS CSCD 北大核心 2021年第3期314-324,共11页

为更好地理解芥蓝生长素(indole-3-acetic acid,IAA)的响应途径及揭示Aux/IAA基因家族在芥蓝生长和抗盐胁迫中的功能,本研究利用生物信息学的方法从芥蓝基因组中鉴定到了41个Aux/IAA家族基因。系统进化分析结果表明,芥蓝Aux/IAA基因家... 为更好地理解芥蓝生长素(indole-3-acetic acid,IAA)的响应途径及揭示Aux/IAA基因家族在芥蓝生长和抗盐胁迫中的功能,本研究利用生物信息学的方法从芥蓝基因组中鉴定到了41个Aux/IAA家族基因。系统进化分析结果表明,芥蓝Aux/IAA基因家族成员分布于9条染色体上,在染色体C01和C05上分布的基因最多,各有6个;该家族基因编码的蛋白质的氨基酸残基数在128~427之间,大多数为亲水性蛋白,仅有2个疏水性蛋白。亚细胞定位预测结果表明,Aux/IAA家族成员多位于细胞质、细胞核和叶绿体上。实时荧光定量聚合酶链式反应(real-time quantitative polymerase chain reaction,qRT-PCR)结果表明,芥蓝Aux/IAA基因家族部分成员对生长素(IAA)、脱落酸(abscisic acid,ABA)、油菜素内酯(brassinosteroids,BR)处理存在不同程度的响应,说明芥蓝Aux/IAA基因家族很可能参与植物激素信号的传导。此外,经过盐胁迫处理后,芥蓝BoIAA19-1与BoIAA2-1的表达量在处理前期均显著上调,预示Aux/IAA基因在芥蓝响应逆境的过程中也可能发挥作用。本研究结果为进一步研究Aux/IAA基因家族在芥蓝生长和抗性平衡中的功能奠定了理论基础。 展开更多

关键词 芥蓝 aux/iaa基因家族 生物信息学分析 表达分析

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一个属于Aux/IAA基因家族的毛白杨PtIAA1的克隆和序列分析(英文) 被引量：3

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作者 董秀春 樊金会 +1 位作者 于学宁 束怀瑞 《分子植物育种》 CAS CSCD 2007年第4期565-571,共7页

基于NCBI数据库中的序列信息,我们利用PCR技术克隆到一个毛白杨(Populustomentosa)PtI-AA1基因。序列分析表明PtIAA1cDNA长度为946个碱基,编码一个由258个氨基酸组成的蛋白,该蛋白与PtIAA1、NtIAA28和AtIAA16蛋白的同源性分别高达97%、... 基于NCBI数据库中的序列信息,我们利用PCR技术克隆到一个毛白杨(Populustomentosa)PtI-AA1基因。序列分析表明PtIAA1cDNA长度为946个碱基,编码一个由258个氨基酸组成的蛋白,该蛋白与PtIAA1、NtIAA28和AtIAA16蛋白的同源性分别高达97%、75%和74%。系统进化分析表明PtIAA1基因可能属于Aux/IAA基因家族中组的成员。与大多数的Aux/IAA基因家族中的基因一样,PtIAA1蛋白是一个短命核蛋白,拥有4个高度保守的区域。 展开更多

关键词 毛白杨(Populus tomentosa) Ptiaa1 aux/iaa基因家族 克隆和序列分析

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Aux/IAA基因家族鉴定及对大豆茎尖发育的调控作用分析

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作者 刘婷婷 李艳燕 +3 位作者 宁晓霜 刘志华 姜振峰 李文滨 《中国油料作物学报》 CAS CSCD 北大核心 2021年第4期648-655,共8页

Aux/IAA基因家族在植物茎尖发育过程发挥重要作用。为了探究大豆Aux/IAA基因家族在大豆茎尖发育过程的调控作用,本文以拟南芥Aux/IAA基因家族蛋白序列为参照鉴定了大豆全基因组Aux/IAA家族基因,包括63个成员;然后以拟南芥、鹰嘴豆和大豆... Aux/IAA基因家族在植物茎尖发育过程发挥重要作用。为了探究大豆Aux/IAA基因家族在大豆茎尖发育过程的调控作用,本文以拟南芥Aux/IAA基因家族蛋白序列为参照鉴定了大豆全基因组Aux/IAA家族基因,包括63个成员;然后以拟南芥、鹰嘴豆和大豆的Aux/IAA家族为研究对象,比对这些基因全长氨基酸序列并构建进化树,结果表明三种作物的Aux/IAA家族成员间亲缘关系差异明显,进化过程中同源重组频率不同;进而利用RNA-seq技术分析东农594(DN)、Charleston(CH)及二者杂交后代的RIL群体的高矮秆池(WH、WS)和F2群体的高矮秆池(JH、JS)的差异表达基因及其功能,共有17个Aux/IAA基因在3组材料中差异表达。CHvsDN组有15个差异表达基因,JHvsJS组有2个,WHvsWS组只有1个;其中,Glyma.10G180100在JHvsJS组和WHvsWS组均差异表达,这些结果为进一步研究大豆Aux/IAA基因家族的功能及调控茎尖发育提供理论依据。 展开更多

关键词 大豆 aux/iaa基因家族 茎尖 发育调控

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